UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1ZC190.7ZC190.70.00000000000004chrV 8,686,461
2lin-12R107.8n/achrIII 9,065,726The lin-12 gene encodes a member of the Notch/LIN-12/glp-1 transmembrane receptor family that affects cell fate specification events during development, notably including the anchor cell, secondary vulval precursor cells, and the embryonic ABplp lineage; its expression is dynamic, including Z1.ppp and Z4.aaa, ABplaa descendants, ABplpa descendants, and the intestinal primordium.
3T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
4T01C3.2T01C3.2n/achrV 14,991,380T01C3.2 encodes a divergent ortholog of Drosophila melanogaster E(Y)2 and budding yeast Sus1p; by orthology, T01C3.2 is predicted to enable both transcriptional activation and silencing in chromatin; however, T01C3.2 has no obvious function in mass RNAi assays.
5C05C9.3C05C9.3n/achrX 11,148,023The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
6skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
7srg-25T09D3.5n/achrV 5,343,042C. elegans SRG-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02118 C.elegans Srg family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
8F28B1.3F28B1.3n/achrV 17,053,645contains similarity to Interpro domain IPR009021 ()
9C44B9.1C44B9.1n/achrIII 10,871,842contains similarity to Interpro domains IPR008162 (Inorganic pyrophosphatase), IPR001220 (Legume lectin, beta domain)
10C11D9.1C11D9.1n/achrI 4,424,085contains similarity to Pfam domain PF00621 RhoGEF domain contains similarity to Interpro domains IPR000219 (Dbl homology (DH) domain), IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
11pqn-27E01G4.4n/achrII 13,454,655The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
12Y51H1A.2Y51H1A.2n/achrII 13,867,372contains similarity to Pfam domain PF02759 RUN domain contains similarity to Interpro domain IPR004012 (RUN)
13M142.5M142.5n/achrIII 10,931,599contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Protein LSM12 homolog; ENSEMBL:ENSP00000293406
14try-10F15B9.5n/achrV 13,011,526C. elegans TRY-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF00089 Trypsin contains similarity to Interpro domains IPR001314 (Peptidase S1A, chymotrypsin), IPR001254 (Peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap), IPR009003 (Peptidase, trypsin-like serine and cysteine)
15srt-1C13B7.1n/achrV 2,436,754C. elegans SRT-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
16R02E12.4R02E12.4n/achrX 4,005,562contains similarity to Pfam domains PF03148 (Tektin family) , PF00097 (Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR000435 (Tektin), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
17C06C3.3C06C3.3n/achrII 9,370,697contains similarity to Pfam domain PF03607 Doublecortin contains similarity to Interpro domain IPR003533 (Doublecortin)
18lig-4C07H6.1n/achrIII 7,523,062lig-4 encodes an ortholog of DNA ligase IV in budding yeast (DNL4) and human (LIG4; OMIM:601837, mutated in LIG4 syndrome); LIG-4 is required for resistance to ionizing radiation (IR) in somatic tissues (such as motor neurons, vulva, or uterus) and in endoreduplicating intestinal cells, but not in the germline (e.g., in dog-1-induced lesions); LIG-4 is required for non-homologous end-joining of double-stranded breaks (DSB) in somatic genomic DNA; although LIG-4 is not strongly required in the germline, it is active on DSB of DNA injected into syncytial gonads, and its absence enhances the hypersensitivity of rad-51(RNAi) germlines to ionizing radiation; in meiotic cells deprived of homologous DNA repair by a rad-51(Ig08701) mutation, both LIG-4 and BRC-2 can promote chromosomal aggregation (presumably by repairing meiotic double-stranded breaks in DNA), but they do so independently; mutant lig-4 late-stage embryos or dauer larvae are hypersensitive to radiation-induced DNA damage in somatic cells; after irradiation, lig-4 mutants tend to display various postembryonic phenotypes (such as slow growth, uncoordinated locomotion, impaired egg-laying, or vulval defects) that are thought to reflect missegregation of fragmented chromosomes; LIG-4 is N-terminally acetylated on a serine residue.
19T27F6.6T27F6.6n/achrI 12,492,740contains similarity to Pfam domain PF03372 Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family contains similarity to Interpro domain IPR005135 (Endonuclease/exonuclease/phosphatase)
20Y4C6B.6Y4C6B.6n/achrIV 5,347,749The Y4C6B.6 gene encodes a homolog of the human gene GLCM, which when mutated leads to Gaucher disease type I (OMIM:230800).
21ZK185.2ZK185.2n/achrIV 4,539,155ZK185.2 encodes an ortholog of human SLC41A1 (OMIM:610801) and bacterial MgtE; like its orthologs, ZK185.2 is predicted to transport Mg(2+) into cells; ZK185.2 is paralogous to K07H8.2 and ZK1053.6, and has no obvious function in mass RNAi assays.
22K06G5.3K06G5.3n/achrX 14,221,334contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Required for invasion and pseudohyphae formation in response to nitrogen starvation; SGD:YIR019C
23C46A5.2C46A5.2n/achrIV 7,761,432contains similarity to Pfam domain PF00858 Amiloride-sensitive sodium channel contains similarity to Interpro domain IPR001873 (Na+ channel, amiloride-sensitive)
24vha-1R10E11.8n/achrIII 9,781,407vha-1 encodes an ortholog of subunit c of the membrane-bound (V0) domain of vacuolar proton-translocating ATPase (V-ATPase); VHA-1 is a predicted V-ATPase transmembrane rotor component; VHA-1 and VHA-2/3 comprise a closely related family of subunit c co-orthologs, predicted to carry protons from the cytosol to a-subunits (VHA-5, VHA-6, VHA-7, or UNC-32) for transmembrane export; VHA-1, like VHA-12 and VHA-17, antagonizes EFF-1-mediated cell fusion in hypodermal cells; VHA-1 is required for ovulation and embryogenesis, since vha-1(RNAi) animals are sterile with polyploid, unmatured oocytes and dead progeny; VHA-1 is required for alae formation, like the V0 subunits VHA-4 and VHA-5, but not like the V1 subunits VHA-8 or VHA-13; vha-1 shares an operon with vha-2 and R10E11.6; both vha-1 and vha-2 are expressed in the excretory cell, the rectum, and a pair of cells near the anus.
25K09B11.10K09B11.10n/achrIV 13,439,731contains similarity to Interpro domain IPR000998 (MAM)
26F22E5.11F22E5.11n/achrII 2,644,695contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
27del-2F58G6.6n/achrIV 9,639,468del-2 encodes an unfamiliar protein whose promoter drives expression in IL1, ASH, and OLQ.
28F13A2.1F13A2.1n/achrV 4,381,556
29F53G12.3F53G12.3n/achrI 141,205F53G12.3 encodes a large partial homolog of dual oxidase ('Ce-Duox2'), with an N-terminal peroxidase domain, two central calmodulin-binding EF hands, and a C-terminal superoxide-generating NADPH-oxidase domain; F53G12.3 may be required for dityrosine cross-linking of collagen, and thus for cuticular integrity; F53G12.3 may use cytosolic NADPH to generate reactive oxygen, which then may drive the peroxidase ectodomain to cross-link free tyrosine in collagen; F53G12.3 has no visible expression pattern detectable by antibodies, implying very low or rare expression.
30srx-116W05B10.5n/achrV 12,671,795C. elegans SRX-116 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
31hsr-9T05F1.6n/achrI 9,628,707hsr-9 encodes a protein containing a BRCT (BRCA 1 C terminus) domain that is found in proteins that regulate the cell cycle checkpoint in response to DNA damage; HSR-9 activity is required for a normal response to DNA damage caused by gamma-irradiation; loss of HSR-9 function via RNA-mediated interference after gamma-irradiation results in defects in mitotic cell cycle arrest, reduction of apoptosis of pachytene nuclei, and radiation sensitivity of progeny; the expression pattern and subcellular localization of HSR-9 are not yet known.
32mrt-2Y41C4A.14n/achrIII 11,748,489mrt-2 encodes a highly conserved DNA-damage checkpoint protein homologous to the RAD1 protein found in S. pombe, Drosophila, and mammals; MRT-2 interacts with HUS-1 and HPR-9, also conserved DNA-damage checkpoint proteins, and is required in the germline for maintaining chromosomal integrity; mrt-2 mutations result in a failure to induce apoptosis in response to DNA damage, progressive telomere loss, chromosome fusion, and aneuploidy, all leading eventually to germline immortality.
33M04F3.2M04F3.2n/achrI 4,766,635contains similarity to Bradyrhizobium japonicum 30S ribosomal protein S6.; SW:Q89MW3
34Y44E3A.4Y44E3A.4n/achrI 3,325,798contains similarity to Pfam domains PF07653 (Variant SH3 domain) (2), PF00018 (SH3 domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000104 (Antifreeze protein, type I), IPR001452 (Src homology-3), IPR000108 (Neutrophil cytosol factor 2), IPR000694 (Proline-rich region), IPR011511 (Variant SH3), IPR003071 (Orphan nuclear receptor, HMR type)
35C15C8.7C15C8.7n/achrV 12,744,584contains similarity to Rhizobium loti Hypothetical protein mll2265.; TR:Q98IT0
36str-209F26G5.5n/achrV 4,949,965C. elegans STR-209 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
37dis-3C04G2.6n/achrIV 10,101,854C. elegans DIS-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF00773 (RNB domain) , PF08206 (Ribonuclease B OB domain) contains similarity to Interpro domains IPR013223 (Ribonuclease B, OB region N-terminal), IPR001356 (Homeobox), IPR006596 (Nucleotide binding protein, PINc), IPR006058 (2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site), IPR001900 (Ribonuclease II and R)
38F52E10.3F52E10.3n/achrX 16,283,853contains similarity to Salmonella typhimurium Secretion system apparatus protein ssaM.; SW:SSAM_SALTY
39srg-61C24B9.11n/achrV 2,739,518C. elegans SRG-61 protein; contains similarity to Interpro domains IPR000175 (Sodium:neurotransmitter symporter), IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
40F18F11.1F18F11.1n/achrIV 335,994contains similarity to Interpro domain IPR014467 (Peroxisomal membrane protein 4)
41M02F4.1M02F4.1n/achrX 3,028,999contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Splicing factor, arginine/serine-rich 12; ENSEMBL:ENSP00000284041
42M02G9.2M02G9.2n/achrII 10,323,075contains similarity to Pfam domains PF06493 (Protein of unknown function (DUF1096)) , PF02363 (Cysteine rich repeat) (8)contains similarity to Interpro domains IPR009475 (Protein of unknown function DUF1096), IPR003566 (T-cell surface glycoprotein CD5)
43eif-3.HC41D11.2n/achrI 4,445,653C. elegans EIF-3.H protein; contains similarity to Pfam domain PF01398 Mov34/MPN/PAD-1 family contains similarity to Interpro domains IPR000555 (Mov34/MPN/PAD-1), IPR003639 (Mov34-1)
44Y41E3.11Y41E3.11n/achrIV 15,045,860contains similarity to Pfam domain PF00622 SPRY domain contains similarity to Interpro domains IPR001870 (B302, (SPRY)-like), IPR000694 (Proline-rich region), IPR003877 (SPla/RYanodine receptor SPRY)
45F34H10.2F34H10.2n/achrX 9,630,584contains similarity to Anabaena sp Hypothetical protein Alr0331.; TR:Q8YZX4
46nas-36C26C6.3n/achrI 7,529,499nas-36 encodes an astacin-like protease; nas-36 activity is required for molting; a nas-36::gfp reporter is expressed in hypodermal cells.
47nhr-78F36A4.14n/achrIV 4,276,441C. elegans NHR-78 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
48D1037.1D1037.1n/achrI 3,687,476contains similarity to Pfam domains PF00035 (Double-stranded RNA binding motif) , PF01585 (G-patch domain) contains similarity to Interpro domains IPR001159 (Double-stranded RNA binding), IPR000694 (Proline-rich region), IPR014720 (Double-stranded RNA-binding-like), IPR000467 (D111/G-patch)
49spp-19K04A8.9n/achrV 6,559,648C. elegans SPP-19 protein; contains similarity to Interpro domains IPR011001 (Saposin-like), IPR008139 (Saposin B)
50F23B2.8F23B2.8n/achrIV 9,152,242contains similarity to Interpro domain IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)