UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1dis-3C04G2.60chrIV 10,101,854C. elegans DIS-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF00773 (RNB domain) , PF08206 (Ribonuclease B OB domain) contains similarity to Interpro domains IPR013223 (Ribonuclease B, OB region N-terminal), IPR001356 (Homeobox), IPR006596 (Nucleotide binding protein, PINc), IPR006058 (2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site), IPR001900 (Ribonuclease II and R)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3fbxa-82C25D7.4n/achrV 15,051,980This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
4T27F6.6T27F6.6n/achrI 12,492,740contains similarity to Pfam domain PF03372 Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family contains similarity to Interpro domain IPR005135 (Endonuclease/exonuclease/phosphatase)
5lig-4C07H6.1n/achrIII 7,523,062lig-4 encodes an ortholog of DNA ligase IV in budding yeast (DNL4) and human (LIG4; OMIM:601837, mutated in LIG4 syndrome); LIG-4 is required for resistance to ionizing radiation (IR) in somatic tissues (such as motor neurons, vulva, or uterus) and in endoreduplicating intestinal cells, but not in the germline (e.g., in dog-1-induced lesions); LIG-4 is required for non-homologous end-joining of double-stranded breaks (DSB) in somatic genomic DNA; although LIG-4 is not strongly required in the germline, it is active on DSB of DNA injected into syncytial gonads, and its absence enhances the hypersensitivity of rad-51(RNAi) germlines to ionizing radiation; in meiotic cells deprived of homologous DNA repair by a rad-51(Ig08701) mutation, both LIG-4 and BRC-2 can promote chromosomal aggregation (presumably by repairing meiotic double-stranded breaks in DNA), but they do so independently; mutant lig-4 late-stage embryos or dauer larvae are hypersensitive to radiation-induced DNA damage in somatic cells; after irradiation, lig-4 mutants tend to display various postembryonic phenotypes (such as slow growth, uncoordinated locomotion, impaired egg-laying, or vulval defects) that are thought to reflect missegregation of fragmented chromosomes; LIG-4 is N-terminally acetylated on a serine residue.
6T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
7clec-206F59A7.1n/achrV 2,002,373C. elegans CLEC-206 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
8C05C9.3C05C9.3n/achrX 11,148,023The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
9C42C1.7C42C1.7n/achrIV 12,297,231contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
10ekl-1F22D6.6n/achrI 7,096,946C. elegans EKL-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00567 Tudor domain contains similarity to Interpro domains IPR008191 (Maternal tudor protein), IPR002999 (Tudor)
11srw-58H24D24.2n/achrV 15,947,853C. elegans SRW-58 protein; contains similarity to Pfam domain PF06976 Protein of unknown function (DUF1300) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR010726 (Protein of unknown function DUF1300), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
12H16D19.4H16D19.4n/achrI 12,642,571contains similarity to Dictyostelium discoideum Rep protein.; TR:O15924
13T01C3.2T01C3.2n/achrV 14,991,380T01C3.2 encodes a divergent ortholog of Drosophila melanogaster E(Y)2 and budding yeast Sus1p; by orthology, T01C3.2 is predicted to enable both transcriptional activation and silencing in chromatin; however, T01C3.2 has no obvious function in mass RNAi assays.
14H11E01.2H11E01.2n/achrX 1,623,360contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
15Y39A1A.6Y39A1A.6n/achrIII 10,616,526contains similarity to Interpro domains IPR005727 (Ribosomal protein L22, bacterial-type), IPR001063 (Ribosomal protein L22/L17)
16ZC190.7ZC190.7n/achrV 8,686,461
17T19D7.4T19D7.4n/achrX 660,149contains similarity to Interpro domains IPR010989 (t-SNARE), IPR004012 (RUN)
18try-10F15B9.5n/achrV 13,011,526C. elegans TRY-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF00089 Trypsin contains similarity to Interpro domains IPR001314 (Peptidase S1A, chymotrypsin), IPR001254 (Peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap), IPR009003 (Peptidase, trypsin-like serine and cysteine)
19F22G12.3F22G12.3n/achrI 13,153,129This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
20H41C03.2H41C03.2n/achrII 5,851,169contains similarity to Pfam domain PF01764 Lipase (class 3) contains similarity to Interpro domain IPR002921 (Lipase, class 3)
21str-101Y6E2A.2n/achrV 15,711,366C. elegans STR-101 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
22fbxa-84T09F5.11n/achrV 15,183,260This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
23F28B1.3F28B1.3n/achrV 17,053,645contains similarity to Interpro domain IPR009021 ()
24sre-12T07H8.7n/achrV 6,978,417C. elegans SRE-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor), IPR001680 (WD40 repeat)
25cif-1K08F11.3n/achrIV 4,708,690C. elegans CIF-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01399 PCI domain contains similarity to Interpro domain IPR000717 (Proteasome component region PCI)
26C04C3.3C04C3.3n/achrIV 3,401,683contains similarity to Pfam domains PF02780 (Transketolase, C-terminal domain) , PF02779 (Transketolase, pyrimidine binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR005476 (Transketolase, C-terminal), IPR005475 (Transketolase, central region), IPR015941 (Transketolase C-terminal-like)
27C18G1.6C18G1.6n/achrV 4,752,187contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
28C15C8.7C15C8.7n/achrV 12,744,584contains similarity to Rhizobium loti Hypothetical protein mll2265.; TR:Q98IT0
29srg-25T09D3.5n/achrV 5,343,042C. elegans SRG-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02118 C.elegans Srg family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
30D1037.1D1037.1n/achrI 3,687,476contains similarity to Pfam domains PF00035 (Double-stranded RNA binding motif) , PF01585 (G-patch domain) contains similarity to Interpro domains IPR001159 (Double-stranded RNA binding), IPR000694 (Proline-rich region), IPR014720 (Double-stranded RNA-binding-like), IPR000467 (D111/G-patch)
31F58G11.2F58G11.2n/achrV 13,667,324contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR000629 (RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site), IPR002952 (Eggshell protein), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
32nhr-253ZK6.4n/achrV 397,792C. elegans NHR-253 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000679 (Zinc finger, GATA-type), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
33T28F3.9T28F3.9n/achrIV 17,310,065contains similarity to Pfam domain PF02485 Core-2/I-Branching enzyme contains similarity to Interpro domain IPR003406 (Glycosyl transferase, family 14)
34nhr-166C49D10.2n/achrII 3,881,165C. elegans NHR-166 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
35R02E12.4R02E12.4n/achrX 4,005,562contains similarity to Pfam domains PF03148 (Tektin family) , PF00097 (Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR000435 (Tektin), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
36C44B9.1C44B9.1n/achrIII 10,871,842contains similarity to Interpro domains IPR008162 (Inorganic pyrophosphatase), IPR001220 (Legume lectin, beta domain)
37cyp-33E3F42A9.4n/achrIV 8,615,428C. elegans CYP-33E3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I)
38lin-12R107.8n/achrIII 9,065,726The lin-12 gene encodes a member of the Notch/LIN-12/glp-1 transmembrane receptor family that affects cell fate specification events during development, notably including the anchor cell, secondary vulval precursor cells, and the embryonic ABplp lineage; its expression is dynamic, including Z1.ppp and Z4.aaa, ABplaa descendants, ABplpa descendants, and the intestinal primordium.
39F18F11.1F18F11.1n/achrIV 335,994contains similarity to Interpro domain IPR014467 (Peroxisomal membrane protein 4)
40Y4C6B.6Y4C6B.6n/achrIV 5,347,749The Y4C6B.6 gene encodes a homolog of the human gene GLCM, which when mutated leads to Gaucher disease type I (OMIM:230800).
41egg-4T21E3.1n/achrI 3,933,502C. elegans EGG-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00102 Protein-tyrosine phosphatase contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase), IPR000340 (Protein-tyrosine phosphatase, dual specificity)
42ZK632.3ZK632.3n/achrIII 9,803,610contains similarity to Pfam domain PF01163 RIO1 family contains similarity to Interpro domains IPR000687 (RIO kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR017406 (Serine/threonine-protein kinase Rio3)
43atf-6F45E6.2n/achrX 12,482,840atf-6 is an ortholog of mammalian ATF6alpha, a proximal sensor required for the unfolded protein response (UPR) in the endoplasmic reticulum (ER); ATF6alpha is a transmembrane protein, with a bZIP transcription factor domain in its cytosolic amino terminus that is released and activated by proteolytic cleavage upon ER stress; either ire-1 or xbp-1 deletions are synthetically lethal with atf-6 or pek-1 deletions, producing arrest in L2 larvae; RNAi of Y56A3A.2 (a S2P protease homolog) is synthetically lethal with ire-1(RNAi), consistent with the hypothesis that Y56A3A.2 cleaves ATF-6; atf-6 regulates few genes that are transcriptionally induced by UPR, but regulates roughly one-quarter of genes that require UPR constitutively; pdr-1 transcripts are strongly upregulated in a atf-6(ok551) mutant background, but atf-6(ok551);pdr-1(lg103) double mutants have a grossly normal phenotype ; atf-6 is dispensable for proper localization of GLR-1 glutamate receptors.
44str-209F26G5.5n/achrV 4,949,965C. elegans STR-209 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
45T20F7.1T20F7.1n/achrX 16,875,523contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
46seld-1Y45F10A.4n/achrIV 13,507,532C. elegans SELD-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF02769 (AIR synthase related protein, C-terminal domain) , PF00586 (AIR synthase related protein, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR016188 (PurM, N-terminal-like), IPR000728 (AIR synthase related protein), IPR010918 (AIR synthase related protein, C-terminal), IPR004536 (Selenide water dikinase)
47srh-177K02E2.3n/achrV 20,363,754C. elegans SRH-177 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
48K01A11.3K01A11.3n/achrIII 3,450,547contains similarity to Pfam domain PF00443 (Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolases family 2)
49T24F1.2T24F1.2n/achrII 11,304,196contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG7744-PA;; FLYBASE:CG7744
50F36F12.7F36F12.7n/achrV 2,099,700