UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1C04C3.3C04C3.30chrIV 3,401,683contains similarity to Pfam domains PF02780 (Transketolase, C-terminal domain) , PF02779 (Transketolase, pyrimidine binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR005476 (Transketolase, C-terminal), IPR005475 (Transketolase, central region), IPR015941 (Transketolase C-terminal-like)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
4F53F1.3F53F1.3n/achrV 13,409,019contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
5cif-1K08F11.3n/achrIV 4,708,690C. elegans CIF-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01399 PCI domain contains similarity to Interpro domain IPR000717 (Proteasome component region PCI)
6math-40T08E11.3n/achrII 1,831,237C. elegans MATH-40 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
7ncbp-1F37E3.1n/achrI 6,423,903F37E3.1 encodes a putative nuclear cap-binding complex subunit ('CBP80') orthologous to budding yeast STO1 and human NCBP1 (OMIM:600469); in RNAi assays, F37E3.1 is required for embryonic and vulval development, normal locomotion, and general viability; by orthology to NCBP1, F37E3.1 is expected to participate in nonsense-mediated mRNA decay via a pioneer round of translation; F37E3.1(RNAi) induces expression of a gpdh-1::GFP transgene, perhaps because F37E3.1 prevents protein misfolding.
8mtss-1PAR2.1n/achrIII 8,768,640C. elegans MTSS-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00436 Single-strand binding protein family contains similarity to Interpro domains IPR000424 (Primosome PriB/single-strand DNA-binding), IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like), IPR012340 (Nucleic acid-binding, OB-fold), IPR011344 (Single-strand DNA-binding)
9nhr-253ZK6.4n/achrV 397,792C. elegans NHR-253 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000679 (Zinc finger, GATA-type), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
10K01A11.3K01A11.3n/achrIII 3,450,547contains similarity to Pfam domain PF00443 (Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolases family 2)
11C49H3.8C49H3.8n/achrIV 7,901,218contains similarity to Pfam domain PF00022 Actin contains similarity to Interpro domains IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF), IPR004000 (Actin/actin-like), IPR013126 (Heat shock protein 70)
12ZK593.1ZK593.1n/achrIV 10,911,466contains similarity to Pfam domains PF02887 (Pyruvate kinase, alpha/beta domain) , PF00224 (Pyruvate kinase, barrel domain) contains similarity to Interpro domains IPR015806 (Pyruvate kinase, beta-barrel), IPR015794 (Pyruvate kinase, alpha/beta), IPR015795 (Pyruvate kinase, C-terminal-like), IPR015813 (Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase, catalytic core), IPR001697 (Pyruvate kinase), IPR015793 (Pyruvate kinase, barrel)
13dis-3C04G2.6n/achrIV 10,101,854C. elegans DIS-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF00773 (RNB domain) , PF08206 (Ribonuclease B OB domain) contains similarity to Interpro domains IPR013223 (Ribonuclease B, OB region N-terminal), IPR001356 (Homeobox), IPR006596 (Nucleotide binding protein, PINc), IPR006058 (2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site), IPR001900 (Ribonuclease II and R)
14cdr-6K01D12.12n/achrV 12,413,079C. elegans CDR-6 protein; contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
15H16D19.4H16D19.4n/achrI 12,642,571contains similarity to Dictyostelium discoideum Rep protein.; TR:O15924
16F58G11.2F58G11.2n/achrV 13,667,324contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR000629 (RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site), IPR002952 (Eggshell protein), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
17Y45G12B.3Y45G12B.3n/achrV 2,691,488contains similarity to Pfam domain PF01266 FAD dependent oxidoreductase contains similarity to Interpro domains IPR006076 (FAD dependent oxidoreductase), IPR000447 (FAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase), IPR016040 (NAD(P)-binding)
18T19D7.4T19D7.4n/achrX 660,149contains similarity to Interpro domains IPR010989 (t-SNARE), IPR004012 (RUN)
19F18H3.4F18H3.4n/achrX 13,530,481contains similarity to Mus musculus GRIP1-associated protein 1 (GRASP-1) (HCMV-interacting protein).; SW:Q8VD04
20ubc-20F40G9.3n/achrIII 189,890C. elegans UBC-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF00179 Ubiquitin-conjugating enzyme contains similarity to Interpro domains IPR000608 (Ubiquitin-conjugating enzyme, E2), IPR009060 (UBA-like), IPR016135 (Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like), IPR015940 (Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal, eukaryote)
21nhr-166C49D10.2n/achrII 3,881,165C. elegans NHR-166 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
22T10D4.6T10D4.6n/achrII 3,121,247contains similarity to Pfam domain PF02178 AT hook motif contains similarity to Interpro domains IPR010993 (Sterile alpha motif homology), IPR009057 (Homeodomain-like)
23figl-1F32D1.1n/achrV 4,343,730F32D1.1 encodes an homolog of human SPASTIN (OMIM:604277, mutated in spastic paraplegia), FIDGETIN (OMIM:605295, mutated in fidget mice), and FIDGETIN-LIKE-1, and of Drosophila SPASTIN; recombinant F32D1.1 protein has N-ethylmaleimide-sensitive ATPase activity in vitro, which is strongly dependent on the C368 residue immediately C-terminal to its Walker A motif; F32D1.1 is required for persistence of the germline in RNAi assays.
24try-10F15B9.5n/achrV 13,011,526C. elegans TRY-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF00089 Trypsin contains similarity to Interpro domains IPR001314 (Peptidase S1A, chymotrypsin), IPR001254 (Peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap), IPR009003 (Peptidase, trypsin-like serine and cysteine)
25plc-4R05G6.8n/achrIV 7,511,060C. elegans PLC-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF00168 (C2 domain) , PF00387 (Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain) , PF09279 (Phosphoinositide-specific phospholipase C, efhand-like) , PF00036 (EF hand) , PF00388 (Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain) contains similarity to Interpro domains IPR015359 (Phospholipase C, phosphoinositol-specific, EF-hand-like), IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR001192 (Phospholipase C, phosphoinositol-specific, C-terminal (PLC)), IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR000909 (Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific , X region), IPR001711 (Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain), IPR013841 (Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific , X and Y boxes), IPR000008 (C2 calcium-dependent membrane targeting)
26C06E1.9C06E1.9n/achrIII 8,608,051contains similarity to Interpro domain IPR001680 (WD40 repeat)
27lgc-5F17E9.7n/achrIV 8,343,385C. elegans LGC-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF02931 Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain contains similarity to Interpro domains IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding)
28T27F6.6T27F6.6n/achrI 12,492,740contains similarity to Pfam domain PF03372 Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family contains similarity to Interpro domain IPR005135 (Endonuclease/exonuclease/phosphatase)
29C06H5.6C06H5.6n/achrV 17,884,381contains similarity to Pfam domains PF00083 (Sugar (and other) transporter) , PF07690 (Major Facilitator Superfamily) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
30C06E1.3C06E1.3n/achrIII 8,582,414contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is mol-PD;; FLYBASE:CG4482
31clec-206F59A7.1n/achrV 2,002,373C. elegans CLEC-206 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
32R02E12.4R02E12.4n/achrX 4,005,562contains similarity to Pfam domains PF03148 (Tektin family) , PF00097 (Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR000435 (Tektin), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
33Y44E3A.4Y44E3A.4n/achrI 3,325,798contains similarity to Pfam domains PF07653 (Variant SH3 domain) (2), PF00018 (SH3 domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000104 (Antifreeze protein, type I), IPR001452 (Src homology-3), IPR000108 (Neutrophil cytosol factor 2), IPR000694 (Proline-rich region), IPR011511 (Variant SH3), IPR003071 (Orphan nuclear receptor, HMR type)
34C47E12.3C47E12.3n/achrIV 10,000,452contains similarity to Pfam domain PF01532 Glycosyl hydrolase family 47 contains similarity to Interpro domain IPR001382 (Glycoside hydrolase, family 47)
35lig-4C07H6.1n/achrIII 7,523,062lig-4 encodes an ortholog of DNA ligase IV in budding yeast (DNL4) and human (LIG4; OMIM:601837, mutated in LIG4 syndrome); LIG-4 is required for resistance to ionizing radiation (IR) in somatic tissues (such as motor neurons, vulva, or uterus) and in endoreduplicating intestinal cells, but not in the germline (e.g., in dog-1-induced lesions); LIG-4 is required for non-homologous end-joining of double-stranded breaks (DSB) in somatic genomic DNA; although LIG-4 is not strongly required in the germline, it is active on DSB of DNA injected into syncytial gonads, and its absence enhances the hypersensitivity of rad-51(RNAi) germlines to ionizing radiation; in meiotic cells deprived of homologous DNA repair by a rad-51(Ig08701) mutation, both LIG-4 and BRC-2 can promote chromosomal aggregation (presumably by repairing meiotic double-stranded breaks in DNA), but they do so independently; mutant lig-4 late-stage embryos or dauer larvae are hypersensitive to radiation-induced DNA damage in somatic cells; after irradiation, lig-4 mutants tend to display various postembryonic phenotypes (such as slow growth, uncoordinated locomotion, impaired egg-laying, or vulval defects) that are thought to reflect missegregation of fragmented chromosomes; LIG-4 is N-terminally acetylated on a serine residue.
36T13H5.4T13H5.4n/achrII 8,524,376contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR000690 (Zinc finger, C2H2-type matrin)
37nas-36C26C6.3n/achrI 7,529,499nas-36 encodes an astacin-like protease; nas-36 activity is required for molting; a nas-36::gfp reporter is expressed in hypodermal cells.
38R09D1.2R09D1.2n/achrII 9,441,109contains similarity to Pfam domain PF00704 Glycosyl hydrolases family 18 contains similarity to Interpro domains IPR011583 (Chitinase II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR001223 (Glycoside hydrolase, family 18, catalytic domain), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core)
39F58E2.4F58E2.4n/achrIV 3,465,102contains similarity to Pfam domains PF01827 (FTH domain) (2), PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
40glrx-5Y49E10.2n/achrIII 12,373,098C. elegans GLRX-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF00462 Glutaredoxin contains similarity to Interpro domains IPR002109 (Glutaredoxin), IPR014025 (Glutaredoxin subgroup), IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR004480 (Glutaredoxin-related protein)
41ekl-1F22D6.6n/achrI 7,096,946C. elegans EKL-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00567 Tudor domain contains similarity to Interpro domains IPR008191 (Maternal tudor protein), IPR002999 (Tudor)
42DH11.4DH11.4n/achrII 7,993,221contains similarity to Pfam domain PF00168 C2 domain contains similarity to Interpro domains IPR008973 (C2 calcium/lipid-binding region, CaLB), IPR000008 (C2 calcium-dependent membrane targeting)
43F13E6.5F13E6.5n/achrX 10,696,500contains similarity to Pfam domain PF01569 PAP2 superfamily contains similarity to Interpro domains IPR000326 (Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase), IPR016118 (Phosphatidic acid phosphatase/chloroperoxidase, N-terminal)
44F22G12.3F22G12.3n/achrI 13,153,129This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
45ckb-1B0285.8n/achrIII 4,366,386ckb-1 encodes a putative choline kinase; CKB-1 through CKB-4 comprise a related group ('B') of choline kinases.
46T24F1.2T24F1.2n/achrII 11,304,196contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG7744-PA;; FLYBASE:CG7744
47C01F1.2C01F1.2n/achrII 4,300,243C01F1.2 is orthologous to the human gene SCO (CYTOCHROME OXIDASE DEFICIENT, YEAST) HOMOLOG 1 (SCO1; OMIM:603644), which when mutated leads to early-onset hepatic failure; the C01F1.2 protein is predicted to be mitochondrial with 68% accuracy.
48W06H3.3W06H3.3n/achrV 16,798,543contains similarity to Pfam domains PF00117 (Glutamine amidotransferase class-I) , PF06418 (CTP synthase N-terminus) contains similarity to Interpro domains IPR000630 (Ribosomal protein S8), IPR017456 (CTP synthase, N-terminal), IPR000991 (Glutamine amidotransferase class-I, C-terminal), IPR004468 (CTP synthase), IPR012998 (Glutamine amidotransferase, class I, active site)
49C46A5.2C46A5.2n/achrIV 7,761,432contains similarity to Pfam domain PF00858 Amiloride-sensitive sodium channel contains similarity to Interpro domain IPR001873 (Na+ channel, amiloride-sensitive)
50W09G10.3W09G10.3n/achrII 3,526,838contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)