UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1gcy-5ZK970.60chrII 10,313,230gcy-5 encodes a predicted guanylate cyclase with strong similarity to rat atrial natriuretic peptide receptor A; expressed in ASER.
2T22H9.1T22H9.1n/achrV 361,718contains similarity to Pfam domain PF06102 Domain of unknown function (DUF947) contains similarity to Interpro domain IPR009292 (Protein of unknown function DUF947)
3acr-3K11G12.7n/achrX 6,711,143acr-3 encodes a non-alpha subunit of the nicotinic acetylcholine receptor (nAChR) superfamily; ACR-3 functions as a ligand-gated ion channel that likely mediates fast actions of acetylcholine at neuromuscular junctions and in the nervous system; when coexpressed with UNC-38, an nAChR alpha subunit, the resulting hetero-oligomer can form levamisole-gated channels; ACR-3 is a member of the UNC-29-like group of nAChR subunits.
4srw-59H24D24.1n/achrV 15,950,332C. elegans SRW-59 protein; contains similarity to Pfam domain PF06976 Protein of unknown function (DUF1300) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR010726 (Protein of unknown function DUF1300), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
5C09B9.1C09B9.1n/achrIV 5,039,116
6ZK1307.4ZK1307.4n/achrII 9,651,306contains similarity to Pfam domain PF00635 MSP (Major sperm protein) domain contains similarity to Interpro domains IPR008962 (PapD-like), IPR000535 (Major sperm protein)
7C41C4.1C41C4.1n/achrII 8,106,208contains similarity to Pfam domain PF04590 Protein of unknown function, DUF595 contains similarity to Interpro domain IPR007669 (Protein of unknown function DUF595)
8ckb-1B0285.8n/achrIII 4,366,386ckb-1 encodes a putative choline kinase; CKB-1 through CKB-4 comprise a related group ('B') of choline kinases.
9T11A5.6T11A5.6n/achrV 9,884,090contains similarity to Pfam domain PF00648 Calpain family cysteine protease contains similarity to Interpro domains IPR001300 (Peptidase C2, calpain), IPR001876 (Zinc finger, RanBP2-type)
10skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
11E01G4.5E01G4.5n/achrII 13,473,085contains similarity to Interpro domains IPR002345 (Lipocalin), IPR000215 (Protease inhibitor I4, serpin)
12T05E8.3T05E8.3n/achrI 5,475,882The T05E8.3 gene encodes a divergent DEAH helicase that is (apparently) unique to Caenorhabditis; it has no well-characterized orthologs in the complete Drosophila or S. cerevisiae genomes, and no obvious orthologs in the draft human genome sequence either.
13col-164T21D9.1n/achrX 2,094,123C. elegans COL-164 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR008160 (Collagen triple helix repeat), IPR013286 (Annexin, type VII)
14W03G9.3W03G9.3n/achrI 4,960,459
15C04B4.4C04B4.4n/achrX 12,291,546contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Nucleolar protein involved in exit from mitosis; SGD:YJL076W
16R12C12.3R12C12.3n/achrII 6,030,297contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002184 (Serpentine beta receptor), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
17T24F1.2T24F1.2n/achrII 11,304,196contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG7744-PA;; FLYBASE:CG7744
18Y59C2A.2Y59C2A.2n/achrII 2,201,637contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
19F27D9.4F27D9.4n/achrX 7,653,722
20C08G5.1C08G5.1n/achrII 736,664contains similarity to Pfam domain PF02206 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR003125 (Protein of unknown function WSN)
21C03E10.3C03E10.3n/achrV 11,287,593contains similarity to Clostridium perfringens Probable cytochrome C-type biogenesis protein.; TR:Q8XME8
22nhr-125R02D1.1n/achrV 4,322,934C. elegans NHR-125 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
23fbxa-81T24C2.4n/achrX 14,541,293This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
24srx-59T07H8.3n/achrV 6,972,490C. elegans SRX-59 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
25B0361.4B0361.4n/achrIII 7,263,665
26emb-27F10B5.6n/achrII 8,160,979emb-27 encodes a tetratricopeptide repeat (TPR)-containing protein that is the C. elegans ortholog of the anaphase-promoting complex (APC) subunit APC-6 (CDC16); required maternally and paternally, EMB-27 activity is essential for proper execution of the metaphase-to-anaphase transition during meiosis (both oogenesis and spermatogenesis) and mitosis (during germline proliferation); EMB-27 activity is also critical for embryonic anterior-posterior (A-P) axis formation, production of the secreted eggshell, and normal vulval development; in establishing the embryonic A-P axis, EMB-27 likely acts upstream of the separin protease to ensure proper localization of PAR-3 and PAR-2 to the anterior and posterior cortices, respectively.
27B0280.10B0280.10n/achrIII 7,132,835
28ced-3C48D1.2n/achrIV 13,202,258The ced-3 gene encodes a protease required for apoptosis.
29B0403.3B0403.3n/achrX 7,062,539
30AH9.1AH9.1n/achrX 2,245,299contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
31F53B6.6F53B6.6n/achrI 8,956,012contains similarity to Pfam domain PF00100 Zona pellucida-like domain contains similarity to Interpro domain IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
32atf-6F45E6.2n/achrX 12,482,840atf-6 is an ortholog of mammalian ATF6alpha, a proximal sensor required for the unfolded protein response (UPR) in the endoplasmic reticulum (ER); ATF6alpha is a transmembrane protein, with a bZIP transcription factor domain in its cytosolic amino terminus that is released and activated by proteolytic cleavage upon ER stress; either ire-1 or xbp-1 deletions are synthetically lethal with atf-6 or pek-1 deletions, producing arrest in L2 larvae; RNAi of Y56A3A.2 (a S2P protease homolog) is synthetically lethal with ire-1(RNAi), consistent with the hypothesis that Y56A3A.2 cleaves ATF-6; atf-6 regulates few genes that are transcriptionally induced by UPR, but regulates roughly one-quarter of genes that require UPR constitutively; pdr-1 transcripts are strongly upregulated in a atf-6(ok551) mutant background, but atf-6(ok551);pdr-1(lg103) double mutants have a grossly normal phenotype ; atf-6 is dispensable for proper localization of GLR-1 glutamate receptors.
33ZC376.1ZC376.1n/achrV 14,179,216contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
34ZK945.8ZK945.8n/achrII 10,108,812contains similarity to Pfam domain PF07491 Protein phosphatase inhibitor contains similarity to Interpro domain IPR011107 (Protein phosphatase inhibitor)
35srg-28T09D3.2n/achrV 5,335,592C. elegans SRG-28 protein; contains similarity to Pfam domain PF02118 C.elegans Srg family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
36W06E11.4W06E11.4n/achrIII 637,463W06E11.4 encodes an ortholog of human SBDS (OMIM:607444, mutated in Shwachman-Bodian-Diamond syndrome) and S. cerevisiae SDO1; by homology, W06E11.4 is predicted to be a nucleolar protein that may be required for normal processing of rRNA; WS06E11.4 shares an operon with tag-266 and T19C3.7.
37tag-89H02I12.3n/achrIV 11,395,562C. elegans TAG-89 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
38C35A5.7C35A5.7n/achrV 10,512,499contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
39Y75B8A.28Y75B8A.28n/achrIII 12,320,885contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Required for START A of cell cycle, and glucose and nitrogen repression of sporulation; SGD:YJL005W
40T16A9.4T16A9.4n/achrV 14,218,017T16A9.4 encodes a neprilysin; neprilysins are thermolysin-like zinc metallopeptidases, found on the outer surface of animal cells, that negatively regulate small signalling peptides (e.g., enkephalin, tachykinin, insulin, and natriuretic peptides) by cleaving them; while T16A9.4 has no clear orthologs in other organisms, it falls into a group of proteins that includes the classical neprilysins found in mammals (e.g., PEX [OMIM:307800] and the enkephalin cleaving enzymes).
41E04D5.4E04D5.4n/achrII 10,441,286contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
42F58H7.1F58H7.1n/achrIV 933,095contains similarity to Homo sapiens Isoform 8 of Collagen alpha-2(XI) chain precursor; ENSEMBL:ENSP00000355123
43F41G4.7F41G4.7n/achrX 16,834,908
44nhr-189F47C10.8n/achrV 3,859,413C. elegans NHR-189 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
45K08F4.5K08F4.5n/achrIV 10,135,380contains similarity to Paramecium tetraurelia Chromosome undetermined scaffold_96, whole genome shotgun sequence.; TR:A0EH68
46ZC487.3ZC487.3n/achrV 6,723,598
47F15A8.6F15A8.6n/achrX 4,432,690contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
48F58B3.6F58B3.6n/achrIV 11,637,391contains similarity to Pfam domains PF04836 (Interferon-related protein conserved region) , PF05004 (Interferon-related developmental regulator (IFRD)) contains similarity to Interpro domains IPR007701 (Interferon-related developmental regulator), IPR006921 (Interferon-related protein conserved region), IPR016024 (Armadillo-type fold)
49C31E10.5C31E10.5n/achrX 13,993,587contains similarity to Homo sapiens Splice isoform 1 of Q92614 Myosin XVIIIA; ENSEMBL:ENSP00000332202
50C26C6.8C26C6.8n/achrI 7,504,574contains similarity to Pfam domains PF07653 (Variant SH3 domain) (3), PF00018 (SH3 domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR001452 (Src homology-3), IPR000108 (Neutrophil cytosol factor 2), IPR011511 (Variant SH3)