UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1rnp-1ZK863.71e-144chrV 12,193,297C. elegans RNP-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR003072 (Orphan nuclear receptor, NOR1 type), IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1), IPR001878 (Zinc finger, CCHC-type)
2Y39A3A.3Y39A3A.3n/achrIII 2,067,514contains similarity to Pfam domain PF03762 Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI) contains similarity to Interpro domain IPR005515 (Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI))
3F49E12.8F49E12.8n/achrII 8,393,450contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein KIAA0335; TR:O15044
4dpr-1R10D12.2n/achrV 13,941,139dpr-1 encodes a putative nuclear hormone receptor that affects endoderm differentiation and may promote entry into the dauer state and maintenance of the dauer state; expressed in the endoderm lineage and localization appears dependent on growth conditions.
5F53C3.8F53C3.8n/achrII 3,891,751
6C24A3.4C24A3.4n/achrX 8,993,472contains similarity to Pfam domain PF02515 CoA-transferase family III contains similarity to Interpro domains IPR016160 (Aldehyde dehydrogenase, conserved site), IPR003673 (CoA-transferase family III)
7sph-1F42G8.11n/achrIV 8,132,914sph-1 encodes a member of the synaptophysin/synaptoporin family that contains a MARVEL domain, a membrane-associating domain found in lipid-associating proteins, and contains a transmembrane domain.
8F49D11.7F49D11.7n/achrI 10,923,733
9C50C3.7C50C3.7n/achrIII 8,160,210contains similarity to Pfam domain PF03372 Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family contains similarity to Interpro domains IPR000300 (Inositol polyphosphate related phosphatase), IPR005135 (Endonuclease/exonuclease/phosphatase)
10R07B1.6R07B1.6n/achrX 9,867,228contains similarity to Pfam domain PF01681 C6 domain contains similarity to Interpro domain IPR002601 (Protein of unknown function C6)
11cof-2C48E7.5n/achrI 6,251,698cof-2 encodes a homolog of human GLC1A, which when mutated leads to glaucome primary open angle (OMIM:137750)
12clec-118W04H10.4n/achrII 610,423C. elegans CLEC-118 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
13srw-103ZK697.5n/achrV 1,718,354C. elegans SRW-103 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
14F48B9.8F48B9.8n/achrX 2,175,203contains similarity to Homo sapiens Protein FAM8A1; ENSEMBL:ENSP00000259963
15C23H5.7C23H5.7n/achrIV 2,107,829contains similarity to Pfam domains PF00027 (Cyclic nucleotide-binding domain) , PF00520 (Ion transport protein) contains similarity to Interpro domains IPR005821 (Ion transport), IPR000595 (Cyclic nucleotide-binding), IPR014710 (RmlC-like jelly roll fold)
16C09F5.1C09F5.1n/achrIII 660,714
17dod-22F55G11.5n/achrIV 12,966,321C. elegans DOD-22 protein; contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR003366 (CUB-like region)
18srz-15C32H11.2n/achrIV 12,916,637C. elegans SRZ-15 protein ;
19K04H4.5K04H4.5n/achrIII 9,360,700contains similarity to Yaba monkey tumor virus Yb-L1L protein.; TR:Q9QBC3
20C17H1.3C17H1.3n/achrI 13,105,263contains similarity to Trichomonas vaginalis G3 Smooth muscle caldesmon, putative.; TR:A2FBI1
21vps-32.2C37C3.3n/achrV 7,850,487C. elegans VPS-32.2 protein; contains similarity to Pfam domain PF03357 Snf7 contains similarity to Interpro domain IPR005024 (Snf7)
22str-149Y32B12B.5n/achrV 16,574,182C. elegans STR-149 protein ;
23T21D11.1T21D11.1n/achrIII 7,246,672contains similarity to Pfam domain PF00413 Matrixin contains similarity to Interpro domains IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR001506 (Peptidase M12A, astacin), IPR006026 (Peptidase, metallopeptidases), IPR001818 (Peptidase M10A and M12B, matrixin and adamalysin)
24R09A1.3R09A1.3n/achrV 1,025,455
25T27A8.5T27A8.5n/achrX 16,065,286contains similarity to Pfam domain PF06869 Protein of unknown function (DUF1258) contains similarity to Interpro domain IPR009667 (Protein of unknown function DUF1258)
26F52G3.5F52G3.5n/achrX 16,974,629contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domains IPR006150 (Cysteine-rich repeat), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
27srh-235F08E10.1n/achrV 17,470,910C. elegans SRH-235 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
28nhr-70Y51A2D.17n/achrV 18,618,286C. elegans NHR-70 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core), IPR002232 (5-Hydroxytryptamine 6 receptor)
29str-144C09H5.5n/achrV 8,071,381C. elegans STR-144 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
30F08D12.12F08D12.12n/achrII 2,784,540contains similarity to Homo sapiens hypothetical protein; VG:OTTHUMP00000024537
31F43C1.5F43C1.5n/achrIII 4,229,767contains similarity to Pfam domain PF02845 CUE domain contains similarity to Interpro domains IPR003892 (Ubiquitin system component Cue), IPR009060 (UBA-like)
32C13C4.6C13C4.6n/achrV 12,123,359contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
33clec-177E03H12.2n/achrIV 4,987,125C. elegans CLEC-177 protein; contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domains IPR006583 (CW), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR001304 (C-type lectin)
34amt-3M195.3n/achrII 8,366,108amt-3 encodes one of four C. elegans homologs of AMT1 (AT11_ARATH), a high-affinity ammonium transporter from Arabidopsis thaliana; AMT-3 is closely similar to its paralog AMT-2, with somewhat more distant paralogy to AMT-1 and AMT-4.
35F38C2.1F38C2.1n/achrIV 16,249,570contains similarity to Carnobacterium piscicola ATP-dependent translocator.; TR:Q46317
36W09D10.4W09D10.4n/achrIII 10,713,760contains similarity to Pfam domain PF07228 Stage II sporulation protein E (SpoIIE) contains similarity to Interpro domains IPR001932 (Protein phosphatase 2C-related), IPR010822 (Sporulation stage II, protein E C-terminal)
37dmd-3Y43F8C.10n/achrV 19,652,807C. elegans DMD-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00751 DM DNA binding domain contains similarity to Interpro domain IPR001275 (DM DNA-binding)
38fbxa-148Y102A5C.9n/achrV 16,939,509C. elegans FBXA-148 protein; contains similarity to Interpro domain IPR001810 (Cyclin-like F-box)
39cdc-42R07G3.1n/achrII 7,617,275cdc-42 encodes a RHO GTPase which controls polarity of both individual cells and developing embryos by regulating the localization of PAR proteins; CDC-42 is expressed at hypodermal cell boundaries; cdc-42 expression levels are unusually stable, with relatively little variation between adults, dauers, and L3 larvae, or between wild-type and daf-2(e1370ts) or daf-16(m26) mutant adults.
40sri-25C41G6.10n/achrV 15,218,422C. elegans SRI-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
41Y38F1A.4Y38F1A.4n/achrII 12,967,952contains similarity to Mus musculus Neuropeptide Y receptor type 6 (NPY6-R) (Pancreatic polypeptidesreceptor 2) (PP2).; SW:NY6R_MOUSE
42C34F6.7C34F6.7n/achrX 11,212,716contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG14646-PA;; FLYBASE:CG14646
43math-5C16C4.10n/achrII 1,882,210C. elegans MATH-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
44K08E3.2K08E3.2n/achrIII 13,747,959contains similarity to Pfam domain PF00635 MSP (Major sperm protein) domain contains similarity to Interpro domains IPR008962 (PapD-like), IPR000535 (Major sperm protein)
45C03A7.2C03A7.2n/achrV 5,182,798
46srb-6R05H5.6n/achrII 10,195,792C. elegans SRB-6 protein; contains similarity to Pfam domains PF02117 (C.elegans Sra family integral membrane protein) , PF02175 (C.elegans integral membrane protein Srb) contains similarity to Interpro domains IPR002184 (Serpentine beta receptor), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
47F07C6.3F07C6.3n/achrIV 12,789,701contains similarity to Coxiella burnetii Hypothetical protein.; TR:Q83D43
48sre-24F37B4.9n/achrV 2,885,567C. elegans SRE-24 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR002345 (Lipocalin), IPR001046 (Natural resistance-associated macrophage protein), IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor), IPR001382 (Glycoside hydrolase, family 47)
49srh-250C49D10.3n/achrII 3,879,253C. elegans SRH-250 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
50srh-169C49G7.2n/achrV 4,048,582C. elegans SRH-169 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)