UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1ZK856.10ZK856.107.000000000000001e-125chrV 10,206,112contains similarity to Pfam domains PF08292 (RNA polymerase III subunit Rpc25) , PF03876 (RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR003029 (S1, RNA binding), IPR005576 (RNA polymerase Rpb7, N-terminal), IPR013238 (RNA polymerase III, subunit Rpc25)
2T05E7.1T05E7.1n/achrI 6,205,413contains similarity to Pfam domains PF08840 (BAAT / Acyl-CoA thioester hydrolase C terminal) , PF04775 (Acyl-CoA thioester hydrolase / Bile acid-CoA amino acid N-acetyltransferase) contains similarity to Interpro domains IPR006862 (Acyl-CoA thioester hydrolase/bile acid-CoA amino acid N-acetyltransferase), IPR014940 (BAAT/Acyl-CoA thioester hydrolase C-terminal), IPR016662 (Acyl-CoA thioesterase, long chain)
3adm-4ZK154.7n/achrX 7,796,626adm-4 encodes a member of the ADAM (disintegrin plus metalloprotease) family; ADM-4 is highly expressed in most post-embryonic tissues.
4Y47D3B.9Y47D3B.9n/achrIII 11,467,116contains similarity to Pfam domain PF02892 BED zinc finger contains similarity to Interpro domain IPR003656 (Zinc finger, BED-type predicted)
5C24D10.6C24D10.6n/achrIV 5,159,856contains similarity to Homo sapiens Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1; ENSEMBL:ENSP00000361923
6smp-2D1037.2n/achrI 3,669,414C. elegans SMP-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01403 Sema domain contains similarity to Interpro domains IPR001627 (Semaphorin/CD100 antigen), IPR003659 (Plexin/semaphorin/integrin), IPR016201 (Plexin-like fold), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
7F43C9.1F43C9.1n/achrX 4,794,691This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
8T26E3.4T26E3.4n/achrI 12,666,969contains similarity to Pfam domain PF05773 RWD domain contains similarity to Interpro domains IPR006575 (RWD), IPR016135 (Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like)
9ucp-4K07B1.3n/achrV 9,335,690C. elegans UCP-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR002030 (Mitochondrial brown fat uncoupling protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
10npp-14C03D6.4n/achrI 9,662,535npp-14 is orthologous to the human gene NUCLEOPORIN, 214-KD (NUP214; OMIM:114350), which encodes part of the nucleopore complex mediating nucleocytoplasmic transport; NUP214, as a fusion gene with DEK (OMIM:125264), is found in a subset of acute myeloid leukemia.
11C48E7.2C48E7.2n/achrI 6,256,337contains similarity to Pfam domains PF08221 (RNA polymerase III subunit RPC82 helix-turn-helix domain) , PF05645 (RNA polymerase III subunit RPC82) contains similarity to Interpro domains IPR013197 (RNA polymerase III subunit RPC82-related, helix-turn-helix), IPR008806 (RNA polymerase III Rpc82, C -terminal)
12prpf-4F22D6.5n/achrI 7,092,922C. elegans PRPF-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
13wrm-1B0336.1n/achrIII 5,724,932wrm-1 encodes, along with bar-1 and hmp-2, one of three C. elegans beta-catenin-like proteins; during development, wrm-1 functions in noncanonical Wnt signaling pathways that specify cell fates in the early embryo, the somatic gonad, and postembryonic hypodermal lineages.
14W04A8.2W04A8.2n/achrI 13,840,793contains similarity to Streptococcus pyogenes Putative type I site-specific deoxyribonuclease hsdS subunit.; TR:Q8K5V9
15cpf-1F28C6.3n/achrII 8,601,385C. elegans CPF-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR001632 (G-protein, beta subunit), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
16Y23H5A.2Y23H5A.2n/achrI 2,622,537Y23H5A.2 encodes a Caenorhabditis-specific protein, without obvious similarities or motifs; Y23H5A.2 inhibits CEP-1- and HUS-1-dependent germline apoptosis, as do BMK-1, RAD-50, and RAD-51.
17T02G5.1T02G5.1n/achrII 7,098,996
18C14B1.6C14B1.6n/achrIII 3,716,084contains similarity to Interpro domain IPR008162 (Inorganic pyrophosphatase)
19glod-4C16C10.10n/achrIII 4,154,066C. elegans GLOD-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00903 Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily contains similarity to Interpro domain IPR004360 (Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase)
20C34C12.2C34C12.2n/achrIII 3,458,263contains similarity to Homo sapiens Putative protein TPRXL; ENSEMBL:ENSP00000322097
21C32E8.9C32E8.9n/achrI 3,796,306contains similarity to Pfam domain PF00378 Enoyl-CoA hydratase/isomerase family contains similarity to Interpro domain IPR001753 (Crotonase, core)
22C07H6.4C07H6.4n/achrIII 7,501,398contains similarity to Pfam domains PF01805 (Surp module) , PF00076 (RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain)) contains similarity to Interpro domains IPR006569 (Regulation of nuclear pre-mRNA protein), IPR000061 (SWAP/Surp), IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR008942 (ENTH/VHS), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
23sid-1C04F5.1n/achrV 5,123,427The sid-1 gene encodes a predicted transmembrane protein with conserved human (OMIM:606816) and mouse homologs of unknown function and is required cell autonomously for systemic RNA interference (RNAi); a SID-1::GFP fusion is enriched at the cell periphery of most nonneuronal cells from late embryogenesis through adulthood with highest levels detected in cells exposed to the environment.
24CD4.8CD4.8n/achrV 5,600,286contains similarity to Pfam domain PF04435 Domain of unknown function (DUF545) contains similarity to Interpro domain IPR006570 (SPK)
25M01G5.1M01G5.1n/achrIII 1,503,267contains similarity to Homo sapiens hypothetical protein; VG:OTTHUMP00000024537
26ZK1236.7ZK1236.7n/achrIII 8,441,581contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG5862-PA;; FLYBASE:CG5862
27ggr-3F09C12.1n/achrII 5,131,702ggr-3 encodes a predicted member of the GABA/ glycine receptor family of ligand-gated chloride channels; expressed in the AVA, AVB, SMDD, DVA, SIAD, and in some other neurons of the nerve ring.
28C06H2.3C06H2.3n/achrV 11,128,767contains similarity to Pfam domains PF02373 (JmjC domain) , PF00583 (Acetyltransferase (GNAT) family) contains similarity to Interpro domains IPR013129 (Transcription factor jumonji), IPR003347 (Transcription factor jumonji/aspartyl beta-hydroxylase), IPR000182 (GCN5-related N-acetyltransferase), IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
29ptr-3C41D7.2n/achrII 364,958ptr-3 encodes a nematode-specific member of the sterol sensing domain (SSD) proteins, distantly paralogous to Drosophila PATCHED (PTC) and human PTCH (OMIM:601309, mutated in basal cell nevus syndrome); PTR-3 is weakly required for normal molting from L4 to adult stages; PTR-3 is also required for normal adult alae formation, growth to full size, and vulval morphogenesis.
30F25H5.5F25H5.5n/achrI 9,161,573F25H5.5 encodes the C. elegans homologue of Claspin, an S-phase checkpoint component that interacts with Chk1 and negatively regulates cell cycle progression; in wild-type animals, loss of F25H5.5 activity results in some embryonic lethality; loss of F25H5.5 activity in a lin-35 mutant background, however, results in sterility, as well as smaller than normal body size, uncoordinated locomotion, and a protruding vulva; weaker F25H5.5 RNAi phenotypes are seen in lin-15B and eri-1; lin-15B backgrounds.
31T12B3.2T12B3.2n/achrIV 7,377,887contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
32F40G9.2F40G9.2n/achrIII 191,482contains similarity to Pfam domain PF05051 Cytochrome C oxidase copper chaperone (COX17) contains similarity to Interpro domain IPR007745 (Cytochrome C oxidase copper chaperone)
33npp-5F07A11.3n/achrII 11,598,202C. elegans NPP-5 protein; contains similarity to Interpro domain IPR007252 (Nuclear pore protein 84/107)
34mrs-1F58B3.5n/achrIV 11,633,685mrs-1 encodes a predicted cytoplasmic methionyl-tRNA synthetase (MetRS), a class I aminoacyl-tRNA synthetase that catalyzes the attachment of methionine to its cognate tRNA and is thus required for protein biosynthesis; MRS-1 is essential for embryogenesis and required also for a normal rate of postembryonic growth.
35C49A9.5C49A9.5n/achrIV 6,215,077contains similarity to Pfam domain PF03312 Protein of unknown function, DUF272 contains similarity to Interpro domain IPR004987 (Protein of unknown function DUF272)
36rpl-29B0513.3n/achrIV 13,882,389rpl-29 encodes a large ribosomal subunit L29 protein; by homology, RPL-29 is predicted to function in protein biosynthesis; in C. elegans, loss of rpl-29 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any obvious abnormalities.
37T12E12.2T12E12.2n/achrIV 5,546,641contains similarity to Pfam domain PF00385 'chromo' (CHRromatin Organisation MOdifier) domain contains similarity to Interpro domains IPR000953 (Chromo domain), IPR016197 (Chromo domain-like)
38nhl-2F26F4.7n/achrIII 4,896,829C. elegans NHL-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00097 (Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)) , PF00643 (B-box zinc finger) (2), PF01436 (NHL repeat) (4)contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR003649 (B-box, C-terminal), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR000315 (Zinc finger, B-box), IPR001258 (NHL repeat)
39math-1B0047.4n/achrII 2,046,310C. elegans MATH-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
40dnj-17T03F6.2n/achrIII 13,392,282This gene encodes a protein containing a DnaJ ('J') domain.
41F45F2.5F45F2.5n/achrV 8,531,457contains similarity to Pfam domain PF03189 Protein of unknown function, DUF270 contains similarity to Interpro domain IPR004878 (Protein of unknown function DUF270)
42ran-3C26D10.1n/achrII 8,323,764C. elegans RAN-3 protein; contains similarity to Interpro domains IPR009091 (Regulator of chromosome condensation/beta-lactamase-inhibitor protein II), IPR000408 (Regulator of chromosome condensation, RCC1)
43D1043.1D1043.1n/achrII 11,585,601contains similarity to Pfam domain PF02985 HEAT repeat contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
44C09G5.2C09G5.2n/achrII 10,708,359C09G5.2 encodes an ortholog of S. cerevisiae DPH2/YKL191W and human DPH2L2 (OMIM:603456); C09G5.2 is a putative protein component of diphtamide synthesis; C09G5.2 has no obvious function in mass RNAi assays.
45W02D3.4W02D3.4n/achrI 6,720,208contains similarity to Pfam domain PF07857 CEO family (DUF1632) contains similarity to Interpro domain IPR012435 (Protein of unknown function DUF1632)
46C24G6.3C24G6.3n/achrV 5,517,383contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
47C50F4.12C50F4.12n/achrV 9,538,883contains similarity to Interpro domain IPR003690 (Mitochodrial transcription termination factor-related)
48F59B2.2F59B2.2n/achrIII 8,995,643contains similarity to Pfam domain PF01490 Transmembrane amino acid transporter protein contains similarity to Interpro domains IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter), IPR013057 (Amino acid transporter, transmembrane)
49C34B2.5C34B2.5n/achrI 10,675,986contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR013026 (Tetratricopeptide region)
50F56G4.6F56G4.6n/achrI 11,369,184contains similarity to Interpro domain IPR001623 (Heat shock protein DnaJ, N-terminal)