UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1let-60ZK792.69e-97chrIV 11,689,627let-60 encodes a member of the GTP-binding RAS protooncogene family; let-60 activity is required for viability, vulval development, spicule development, germ line meiotic progression, posterior development of the hypodermis, chemotaxis, sex myoblast migration, and muscle membrane extension; let-60 acts genetically downstream of let-23 with respect to vulval development and upstream of the MAPK pathway with respect to chemotaxis; let-60 is expressed in neural, muscle, and hypodermal lineages.
2nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3C26D10.3C26D10.3n/achrII 8,327,460contains similarity to Pfam domain PF07992 Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase contains similarity to Interpro domains IPR013027 (FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase), IPR000759 (Adrenodoxin reductase), IPR000103 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class-II), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR001100 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I)
4srsx-37M01B2.7n/achrV 15,258,341C. elegans SRSX-37 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
5rheb-1F54C8.52e-21chrIII 9,455,024rheb-1 encodes a GTPase orthologous to the mammalian Rheb and Rheb1 GTPases; loss of rheb-1 activity via RNAi indicates that RHEB-1 is involved in the mitochondrial unfolded protein response and that its function is required for normal growth rates, body size, osmoregulation, reproduction, and locomotion.
6hda-2C08B11.2n/achrII 8,021,602hda-2 encodes a Class I histone deacetylase; by homology, HDA-2 is predicted to function in deacetylation of histone residues and transcriptional regulation; loss of hda-2 activity via RNAi results in an increased spontaneous mutation rate, suggesting that hda-2 also plays a role in regulating genome stability.
7srh-239T26H5.3n/achrV 15,446,542C. elegans SRH-239 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
8C10C6.6C10C6.6n/achrIV 11,476,280contains similarity to Pfam domains PF00122 (E1-E2 ATPase) , PF00702 (haloacid dehalogenase-like hydrolase) contains similarity to Interpro domains IPR008250 (E1-E2 ATPase-associated region), IPR006069 (ATPase, P-type cation exchange, alpha subunit), IPR006544 (P-type ATPase of unknown pump specificity (type V)), IPR001757 (ATPase, P-type, K/Mg/Cd/Cu/Zn/Na/Ca/Na/H-transporter), IPR005834 (Haloacid dehalogenase-like hydrolase)
9srz-94F49H6.11n/achrV 17,034,553C. elegans SRZ-94 protein ;
10R10H10.6R10H10.6n/achrIV 10,409,131contains similarity to Pfam domain PF01687 Riboflavin kinase contains similarity to Interpro domain IPR015865 (Riboflavin kinase)
11emb-27F10B5.6n/achrII 8,160,979emb-27 encodes a tetratricopeptide repeat (TPR)-containing protein that is the C. elegans ortholog of the anaphase-promoting complex (APC) subunit APC-6 (CDC16); required maternally and paternally, EMB-27 activity is essential for proper execution of the metaphase-to-anaphase transition during meiosis (both oogenesis and spermatogenesis) and mitosis (during germline proliferation); EMB-27 activity is also critical for embryonic anterior-posterior (A-P) axis formation, production of the secreted eggshell, and normal vulval development; in establishing the embryonic A-P axis, EMB-27 likely acts upstream of the separin protease to ensure proper localization of PAR-3 and PAR-2 to the anterior and posterior cortices, respectively.
12F48G7.7F48G7.7n/achrV 626,072contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
13polq-1W03A3.2n/achrIII 5,797,057C. elegans POLQ-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00476 (DNA polymerase family A) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR001098 (DNA-directed DNA polymerase, family A), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR002298 (DNA polymerase A), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
14glb-18F52A8.4n/achrI 7,344,423glb-18 encodes a globin; glb-18 is expressed in larval and adult neurons and excretory gland cells, and in adult spermetheca and vulva; glb-18 transcription is higher in L3 and dauers than in young adults; glb-18 has no obvious function in mass RNAi assays.
15his-12ZK131.6n/achrII 13,821,298his-12 encodes an H2A histone; his-12 is contained within the histone gene cluster HIS3.
16VF39H2L.1VF39H2L.1n/achrI 8,645,323contains similarity to Pfam domain PF05739 SNARE domain contains similarity to Interpro domains IPR010989 (t-SNARE), IPR000727 (Target SNARE coiled-coil region)
17C55C3.5C55C3.5n/achrIV 5,699,611contains similarity to Interpro domain IPR001124 (Lipid-binding serum glycoprotein)
18srh-244C03G6.9n/achrV 7,344,629C. elegans SRH-244 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
19T09E11.1T09E11.1n/achrI 12,338,593contains similarity to Pfam domain PF03360 Glycosyltransferase family 43 contains similarity to Interpro domain IPR005027 (Glycosyl transferase, family 43)
20F21D5.6F21D5.6n/achrIV 8,740,745contains similarity to Xenopus laevis Ribonuclease H2 subunit B (RNase H2 subunit B) (Ribonuclease HIssubunit B).; SW:Q5HZP1
21C32B5.6C32B5.6n/achrII 969,468
22F39H11.1F39H11.1n/achrI 8,697,062contains similarity to Pfam domain PF07572 Bucentaur or craniofacial development contains similarity to Interpro domains IPR011421 (Bucentaur or craniofacial development), IPR005413 (Low calcium response V antigen)
23F54D12.4F54D12.4n/achrII 1,368,200
24nhr-168C50B6.8n/achrV 13,332,476C. elegans NHR-168 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
25mtr-4W08D2.7n/achrIV 9,828,133C. elegans MTR-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF08148 (DSHCT (NUC185) domain) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR016438 (RNA helicase, ATP-dependent, SK12/DOB1), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR012961 (DSH, C-terminal), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
26R52.6R52.6n/achrII 2,112,662contains similarity to Pfam domain PF02343 Domain of unknown function DUF130 contains similarity to Interpro domains IPR003326 (Protein of unknown function DUF130), IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
27nhr-151C06B8.3n/achrV 15,484,320C. elegans NHR-151 protein ;
28Y66A7A.3Y66A7A.3n/achrIII 11,480,163contains similarity to Interpro domain IPR009058 ()
29gad-1T05H4.14n/achrV 6,432,396The gad-1 gene encodes a WD repeat-containing protein that is required maternally for gastrulation initiation during early embryogenesis by regulating the division timing, spindle orientation, and subsequent inward migration of the two gut precusor (E) cells at the 26-cell stage.
30str-223F49C5.6n/achrII 12,564,977C. elegans STR-223 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
31T05A8.6T05A8.6n/achrII 2,739,156contains similarity to Xenopus laevis Integumentary mucin C.1 (FIM-C.1) (Fragment).; SW:Q05049
32nhr-59T27B7.1n/achrV 2,277,137C. elegans NHR-59 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
33sre-9C17E7.3n/achrV 3,896,569C. elegans SRE-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)
34C48B6.2C48B6.2n/achrI 6,917,161contains similarity to Pfam domain PF01479 S4 domain contains similarity to Interpro domains IPR002942 (RNA-binding S4), IPR001912 (Ribosomal protein S4)
35M01G12.6M01G12.6n/achrI 12,120,129contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
36nhr-76C05G6.1n/achrIV 630,739C. elegans NHR-76 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
37C05E7.4C05E7.4n/achrX 12,966,891contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
38Y48A5A.1Y48A5A.1n/achrIV 1,967,552contains similarity to Pfam domain PF04925 SHQ1 protein contains similarity to Interpro domain IPR007009 (SHQ1 protein)
39Y51A2A.5Y51A2A.5n/achrV 18,299,724contains similarity to Saccharomyces cerevisiae transcription factor tau (TFIIIC) subunit 95; SGD:YBR123C
40C37C3.1C37C3.1n/achrV 7,858,917contains similarity to Pfam domain PF08719 Domain of unknown function (DUF1768) contains similarity to Interpro domains IPR012816 (Conserved hypothetical protein CHP02464), IPR005448 (Voltage-dependent calcium channel, P/Q-type, alpha-1 subunit)
41gstk-2D2024.7n/achrIV 7,241,341C. elegans GSTK-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01323 DSBA-like thioredoxin domain contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR001853 (DSBA oxidoreductase), IPR014440 (HCCA isomerase/glutathione S-transferase kappa)
42C36B7.4C36B7.4n/achrX 7,086,834
43srw-118C44C3.5n/achrV 2,979,418C. elegans SRW-118 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
44sru-15T02D1.3n/achrIV 17,396,805C. elegans SRU-15 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
45dyrb-1T24H10.6n/achrII 9,106,748dyrb-1 encodes a small (95-residue) putative cytoplasmic dynein light chain 2A that inhibits DHC-1 in vivo, and is also required for mitotic spindle positioning, embryonic viability and fertility; DYRB-1 is orthologous to Drosophila ROADBLOCK (and six Drosophila paralogs), Chlamydomonas LC7, human DYNLRB1 (OMIM:607167), and human DYNLRB2 (OMIM:607168); dyrb-1(RNAi) and dyrb-1(tm2645) both suppress the lethality of conditional dhc-1 mutations, and dyrb-1(RNAi) suppresses dhc-1(or195) spindle length and cytokinesis defects as well, indicating that DYRB-1 negatively regulates dynein; in oocytes and early embryos, DYRB-1 is associated with nuclear envelopes and centrosomes, and with meiotic and mitotic spindle poles; like DHC-1 itself, DYRB-1 is strongly mislocalized to centrosomes in dhc-1(or195) animals shifted to nonpermissive temperature.
46sri-63F39E9.3n/achrII 3,288,198C. elegans SRI-63 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR003544 (Cytochrome c-type biogenesis protein CcmB)
47spr-5Y40B1B.6n/achrI 13,443,987spr-5 encodes the C. elegans ortholog of the human histone demethylase LSD1 (lysine-specific demethylase 1) that functions to mediate chromatin remodeling and transcriptional regulation; loss of spr-5 activity can suppress the egg-laying defective (Egl) phenotype of mutations in sel-12/presenilin and derepresses expression of hop-1, which encodes the second C. elegans presenilin, by 20- to 30-fold; in binding assays and yeast two-hybrid experiments, SPR-5 interacts with SPR-1, the C. elegans ortholog of CoREST.
48R08D7.5R08D7.5n/achrIII 8,974,466contains similarity to Pfam domain PF00036 EF hand contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
49srd-68F09C6.7n/achrV 16,901,990C. elegans SRD-68 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
50Y57G7A.2Y57G7A.2n/achrII 1,296,418