UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1ZK637.14ZK637.143e-83chrIII 8,888,644contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
2W03B1.7W03B1.7n/achrIV 4,337,935contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
3W02B3.6W02B3.6n/achrIII 690,542contains similarity to Pfam domain PF01744 GLTT repeat (6 copies) contains similarity to Interpro domain IPR008164 (Repeat of unknown function XGLTT)
4fbxb-49K05F6.1n/achrII 1,570,989C. elegans FBXB-49 protein; contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
5goa-1C26C6.2n/achrI 7,524,411goa-1 encodes an ortholog of the heterotrimeric G protein alpha subunit Go (Go/Gi class) that affects normal locomotion, egg-laying, and male mating; it genetically interacts with the egl-30 pathway, and is expressed in all neurons and sex-specific muscles.
6F39H12.3F39H12.3n/achrX 839,898contains similarity to Pfam domains PF00612 (IQ calmodulin-binding motif) (3), PF02197 (Regulatory subunit of type II PKA R-subunit) contains similarity to Interpro domains IPR003117 (cAMP-dependent protein kinase, regulatory subunit, type I/II alpha/beta), IPR000048 (IQ calmodulin-binding region)
7F12F6.8F12F6.8n/achrIV 11,556,346contains similarity to Schizosaccharomyces pombe Adenylate cyclase (EC 4.6.1.1) (ATP pyrophosphate-lyase) (Adenylylscyclase).; SW:CYAA_SCHPO
8Y47D3B.1Y47D3B.1n/achrIII 11,385,678contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008166 (Protein of unknown function DUF23), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
9K10H10.1K10H10.1n/achrII 14,491,241contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
10dpy-27R13G10.1n/achrIII 3,816,595dpy-27 encodes an ATP-binding protein that is a homolog of the SMC4 subunit of mitotic condensin; DPY-27, in combination with other proteins including MIX-1, act as a unit to repress X-linked gene expression during hermaphrodite dosage compensation; in XX oocytes and early embryos, DPY-27 exhibits diffuse nuclear localization, but by the 30-cell stage of embryogenesis, DPY-27 specifically localizes to X chromosomes; in XO animals at all stages, DPY-27 remains diffusely nuclear; the sex-specific localization of DPY-27 to X chromosomes is dependent upon wild-type activity of xol-1, as DPY-27 mislocalizes to the X chromosome of XO embryos in a xol-1 mutant background.
11dgn-1T21B6.1n/achrX 10,922,297C. elegans DGN-1 protein; contains similarity to Interpro domains IPR015919 (Cadherin-like), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR006644 (Dystroglycan-type cadherin-like), IPR003992 (Pertactin virulence factor, N-terminal)
12sop-2C50E10.4n/achrII 12,342,269sop-2 encodes a SAM domain-containing protein that is related to, but not orthologous with, Polycomb group proteins and ETS transcription factors; during development, SOP-2 activity is required for maintaining a restricted pattern of Hox gene expression, such as that of mab-5 and egl-5, to specific cells and tissues; thus, SOP-2 is required for proper cell fate specification in a variety of cell lineages, including the serotonergic and dopaminergic male tail neurons and the ventral nerve cord; in regulating neurotransmitter phenotype, sop-2 functions together with sor-3, which also encodes a Polycomb group protein, and members of the TGF-beta signaling pathway; sop-2 and sor-3 also function together to regulate progression through larval development; a SOP-2::GFP reporter fusion is expressed in the nuclei of all somatic cells beginning at the 50-cell stage of embryogenesis; SOP-2::GFP expression is initially diffuse, but by the 200-cell stage is visible in distinct nuclear bodies, the size and number of which may correlate with DNA content.
13K10B3.5K10B3.5n/achrX 3,104,756contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
14F41C3.11F41C3.11n/achrII 4,732,558contains similarity to Pfam domain PF03407 Protein of unknown function (DUF271) contains similarity to Interpro domains IPR002345 (Lipocalin), IPR005069 (Protein of unknown function DUF271)
15sym-2ZK1067.6n/achrII 9,183,417sym-2 encodes a predicted RNA binding protein that contains three RNA recognition motifs (RRMs) similar to those of Drosophila Fusilli and mammalian hnRNP F and H; genetic analyses indicate that, during embryonic development, sym-2 functions redundantly with mec-8, which also encodes an RRM-containing protein, to affect the structure of body wall muscles or their attachment to the body cuticle, perhaps by regulating maturation of transcripts essential for muscle development.
16Y53C12B.6Y53C12B.6n/achrII 9,723,099contains similarity to Pfam domain PF00100 Zona pellucida-like domain contains similarity to Interpro domain IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
17fbxb-74R08C7.9n/achrIV 4,438,735This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains a Pfam-B45 motif of presently unknown function.
18F11C1.1F11C1.1n/achrX 12,988,210contains similarity to Pfam domain PF06747 CHCH domain contains similarity to Interpro domain IPR010625 (CHCH)
19R04A9.5R04A9.5n/achrX 386,590
20F59D12.2F59D12.2n/achrX 15,674,207contains similarity to Homo sapiens Calcium-dependent protease, small subunit; ENSEMBL:ENSP00000246533
21F23C8.6F23C8.6n/achrI 2,421,287contains similarity to Pfam domain PF03357 Snf7 contains similarity to Interpro domain IPR005024 (Snf7)
22srw-67F18E3.2n/achrV 7,418,725C. elegans SRW-67 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
23ugt-59R11A8.3n/achrIV 10,362,030C. elegans UGT-59 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
24asf-1F10G7.3n/achrII 4,702,628C. elegans ASF-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF04729 Anti-silencing protein, ASF1-like contains similarity to Interpro domains IPR006818 (Anti-silencing protein, ASF1-like), IPR017282 (Histone deposition protein Asf1)
25C14B9.3C14B9.3n/achrIII 8,109,908
26pac-1C04D8.1n/achrIII 8,508,167C. elegans PAC-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00620 (RhoGAP domain) , PF00169 (PH domain) contains similarity to Interpro domains IPR008936 (Rho GTPase activation protein), IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR000104 (Antifreeze protein, type I), IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR000198 (RhoGAP)
27F28H1.1F28H1.1n/achrI 3,996,331
28pqn-67T16G1.1n/achrV 12,926,198The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
29pqn-26DY3.5n/achrI 8,774,608The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
30fbxa-199T06E6.3n/achrV 15,398,082srx-40 encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
31ceh-37C37E2.5n/achrX 14,203,216ceh-37 encodes one of three C. elegans proteins with an OTX-like homeodomain; however, CEH-37 lacks other domains found in OTX proteins, and the CEH-37 homeodomain is predicted to resemble the Myb domain of telomere-binding proteins; CEH-37 binds the telomeric sequence 'TTAGGC' if it is repeated at least 1.5 times, and is mainly localized to the telomere in vivo; ceh-37 mutants have a weak increase in chromosomal nondisjunction; CEH-37 is involved in specifying some aspects of the AWB olfactory neuron fate, such as expression of an AWB-specific odorant receptor and a LIM-class homeodomain protein, LIM-4; CEH-37 is expressed broadly in the early embryo, while in larvae and adults it is expressed solely in the excretory cell.
32T27A3.2T27A3.2n/achrI 6,112,337contains similarity to Pfam domains PF00443 (Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase) , PF00627 (UBA/TS-N domain) (2), PF02148 (Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein) contains similarity to Interpro domains IPR001394 (Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2), IPR016652 (Ubiquitinyl hydrolase), IPR005924 (Arginase), IPR000449 (Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal), IPR001607 (Zinc finger, UBP-type), IPR015940 (Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal, eukaryote)
33slt-1F40E10.4n/achrX 14,678,771slt-1 encodes the sole C. elegans homolog of Drosophila Split, a secreted extracellular protein containing leucine-rich and EGF-like repeats that functions as a ligand for the Robo receptor; during C. elegans larval development, slt-1 acts via the SAX-3/Robo receptor, and in parallel with UNC-6/Netrin, to direct ventral axon guidance and guidance at the midline; during embryonic development, slt-1 also functions to regulate anterior-posterior migrations of the CAN neurons; slt-1::gfp reporters are initially expressed at high levels in the anterior part of the embryo, with more moderate levels seen in dorsal tail muscles and lower levels seen in cells in the center of the body; in L1 larvae, slt-1::gfp is expressed in both dorsal and ventral muscles, with higher levels seen in dorsal muscle cells; slt-1::gfp is also expressed in a number of additional cells including some neurons, pharyngeal cells, and the anal sphincter muscle.
34F44D12.2F44D12.2n/achrIV 10,015,214contains similarity to Pfam domain PF01064 Activin types I and II receptor domain contains similarity to Interpro domain IPR000472 (TGF-beta receptor/activin receptor, type I/II)
35K10C9.3K10C9.3n/achrV 1,064,729contains similarity to Pfam domain PF00445 Ribonuclease T2 family contains similarity to Interpro domain IPR001568 (Ribonuclease T2)
36srx-97F19B10.7n/achrII 3,667,915C. elegans SRX-97 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
37Y17G7B.17Y17G7B.17n/achrII 12,096,120contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is Mlf-PD;; FLYBASE:CG8295
38C33B4.2C33B4.2n/achrII 11,371,111contains similarity to Aristolochia gigantea RPB140 (EC 2.7.7.6) (DNA-directed RNA polymerase beta chain)s(Fragment).; TR:O48912
39C18A3.2C18A3.2n/achrII 5,719,035contains similarity to Pfam domain PF02535 ZIP Zinc transporter contains similarity to Interpro domain IPR003689 (Zinc/iron permease)
40F26D10.11F26D10.11n/achrIV 17,276,156F26D10.11 encodes an ortholog of murine TMHS (mutated in hurry-scurry/hscy mice), a predicted tetraspan membrane protein required for stereociliary function and a possible ortholog of human DFNB53; the cysteine mutated in hscy mice is conserved in F26D10.11.
41fox-1T07D1.4n/achrX 2,448,279fox-1 encodes an RNA-binding protein of the RNA recognition motif (RRM) superfamily of ribonucleic acid binding proteins; during C. elegans development, FOX-1 functions redundantly with other numerator elements to effect proper dosage compensation in the early embryo; in influencing dosage compensation, FOX-1 likely acts via post-transcriptional regulation of xol-1 mRNA levels; in addition to its role in dosage compensation, fox-1 activity is also required for normal male mating behavior; Western analysis and lacZ reporter constructs indicate that FOX-1 is expressed throughout the life cycle, beginning at the 18-20-cell stage of embryogenesis and continuing on through larval stages and into adult hermaphrodites and males; while early embryonic expression of fox-1 is ubiquitous, postembryonic expression is limited to a subset of head and tail neurons.
42F13E6.4F13E6.4n/achrX 10,693,437contains similarity to Pfam domain PF00397 WW domain contains similarity to Interpro domains IPR002349 (WW), IPR001202 (WW/Rsp5/WWP)
43C56G2.15C56G2.15n/achrIII 6,367,144contains similarity to Pfam domain PF00583 Acetyltransferase (GNAT) family contains similarity to Interpro domains IPR000182 (GCN5-related N-acetyltransferase), IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase), IPR008125 (Streptothricin acetyltransferase)
44mdt-29K08E3.8n/achrIII 13,776,056mdt-29 encodes a putative mediator subunit with a prion-like (asparagine- or glutamine-rich) domain; note that K08E3.8 is allegedly an ortholog of Drosophila INTERSEX/IX, but the actual C. elegans IX ortholog appears to be PQN-15); in yeast two-hybrid screens, MDT-29 interacts with SEL-7 and SEL-8; MDT-29 protein also self-associates; RNAi of K08E3.8 weakly enhances the two-anchor-cell phenotype of lin-12(ar170), roughly as much as sel-7 RNAi; since SEL-7 is a novel nuclear protein, MDT-29/SEL-7/SEL-8 is likely to form a nuclear complex formed in response to LIN-12 activation.
45Y51A2D.15Y51A2D.15n/achrV 18,602,136contains similarity to Mus musculus Girdin (Girders of actin filament) (Coiled-coil domain-containingsprotein 88A) (Akt phosphorylation enhancer) (APE) (Hook-relatedsprotein 1) (HkRP1) (G alpha-interacting vesicle-associated protein)s(GIV).; SW:Q5SNZ0
46ZK287.1ZK287.1n/achrV 9,668,349contains similarity to Interpro domain IPR006560 (AWS)
47T12E12.6T12E12.6n/achrIV 5,570,564contains similarity to Pfam domain PF01433 Peptidase family M1 contains similarity to Interpro domains IPR014782 (Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase, N-terminal), IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR001930 (Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase)
48Y116A8B.5Y116A8B.5n/achrIV 17,228,490contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
49T13F2.9T13F2.9n/achrIV 9,768,468contains similarity to Interpro domain IPR003071 (Orphan nuclear receptor, HMR type)
50F56D2.3F56D2.3n/achrIII 5,585,825