UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1cdc-25.3ZK637.111e-170chrIII 8,917,082cdc-25.3 encodes a tyrosine phosphatase that is a member of the cell division cycle 25 (CDC25) family of cell cycle regulators that includes Schizosaccharomyces pombe CDC25 and Drosophila string; cdc-25.3 is one of four cdc-25 genes in C. elegans and while it is known to be expressed in hermaphrodites, the precise function of cdc-25.3 is not yet clear; cdc-25.3 may function redundantly with cdc-25.2 during embryonic development and redundantly with cdc-25.1, cdc-25.2, and emb-29 during meiosis.
2F46F5.14F46F5.14n/achrII 800,774contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
3C17E7.4C17E7.4n/achrV 3,893,699
4C35D10.13C35D10.13n/achrIII 4,877,976
5kbp-1R13F6.1n/achrIII 6,869,906C. elegans KBP-1 protein ;
6F48C1.5F48C1.5n/achrI 5,317,876
7T12G3.6T12G3.6n/achrIV 12,030,485contains similarity to Helicobacter pylori Hypothetical protein HP1128.; TR:O25753
8F40F11.3F40F11.3n/achrIV 11,592,569contains similarity to Saccharomyces cerevisiae involved intracellular protein transport, coiled-coil protein necessary for protein transport from ER to Golgi; SGD:YDL058W
9nhr-263F10G2.9n/achrV 7,341,043C. elegans NHR-263 protein; contains similarity to Pfam domain PF00104 Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
10C31G12.1C31G12.1n/achrV 18,180,590contains similarity to Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus K1 glycoprotein (Fragment).; TR:Q9WHA1
11ZK643.2ZK643.2n/achrIII 8,957,012contains similarity to Pfam domain PF00383 Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region contains similarity to Interpro domains IPR016192 (APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding), IPR002125 (CMP/dCMP deaminase, zinc-binding), IPR016473 (dCMP deaminase), IPR016193 (Cytidine deaminase-like), IPR015517 (Cytidine deaminase)
12F43G6.10F43G6.10n/achrII 11,809,738contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
13C16A3.2C16A3.2n/achrIII 6,390,183contains similarity to Pfam domain PF00782 Dual specificity phosphatase, catalytic domain contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR016130 (Protein-tyrosine phosphatase, active site), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase), IPR000340 (Protein-tyrosine phosphatase, dual specificity)
14F54D10.5F54D10.5n/achrII 3,807,652
15H04M03.3H04M03.3n/achrIV 5,892,434contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
16R04D3.2R04D3.2n/achrX 13,285,808contains similarity to Plasmodium falciparum Putative uncharacterized protein PFD0207c.; TR:Q8I1Y6
17F14D7.2F14D7.2n/achrV 14,292,817contains similarity to Homo sapiens Similar to Dentin sialophosphoprotein preproprotein; ENSEMBL:ENSP00000282478
18B0393.3B0393.3n/achrIII 4,758,450contains similarity to Pfam domains PF00560 (Leucine Rich Repeat) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR001810 (Cyclin-like F-box), IPR006553 (Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype)
19F31B9.3F31B9.3n/achrX 15,924,034contains similarity to Homo sapiens Similar to polymerase (RNA) III; ENSEMBL:ENSP00000334758
20R04D3.4R04D3.4n/achrX 13,288,277contains similarity to Rattus norvegicus Copper-transporting ATPase 1 (EC 3.6.3.4) (Copper pump 1) (Menkessdisease-associated protein homolog).; SW:AT7A_RAT
21skr-15F54D10.1n/achrII 3,824,456The skr-15 gene encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae that has no known function in vivo, since skr-15(RNAi) animals are at least superficially normal.
22cks-1C09G4.3n/achrIV 8,514,308A homolog of Cks/Suc1, a highly conserved member of the eukaryotic cell cycle machinery that affects both meiosis and mitosis and has a role in the inactivation of the M-phase promoting factor (MPF) during early embryogenesis.
23btb-6F45C12.7n/achrII 1,715,821C. elegans BTB-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
24C44B9.3C44B9.3n/achrIII 10,879,120contains similarity to Trypanosoma cruzi Mucin-like protein.; TR:O61047
25B0334.4B0334.4n/achrII 11,496,096contains similarity to Pfam domain PF04707 PRELI-like family contains similarity to Interpro domain IPR006797 (MSF1)
26F53F8.3F53F8.3n/achrV 20,684,555contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
27K03H1.7K03H1.7n/achrIII 9,947,654contains similarity to Saccharomyces cerevisiae major low affinity 55 kDa Centromere/microtubule binding protein; SGD:YLR175W
28meg-1K02B9.1n/achrX 13,928,257meg-1 encodes a novel protein that localizes exclusively to P granules; originally identified by microarray analyses of germline-enriched transcripts, loss of meg-1 activity via mutation and RNAi indicates that MEG-1 is required for germline development and normal levels of fertility; specifically, MEG-1 is required maternally for normal germ cell proliferation and/or survival and for fully normal P granule segregation to the germ cell lineage; in regulating germline development, meg-1 likely functions redundantly with meg-2 and mes-1; meg-1 expression in the proximal germline is positively regulated by MPK-1, the C. elegans MAP kinase ortholog; meg-1 mRNA is expressed in the proximal germline; MEG-1 localizes to P granules from the 4-to-8-cell through 100-cell stage of embryogenesis; MEG-1 localization to P granules partially requires MES-1 and, in turn, MES-1 localization to P granules is partly dependent on MEG-1.
29K04G2.10K04G2.10n/achrI 8,059,153contains similarity to Homo sapiens Meiosis-specific nuclear structural protein 1; ENSEMBL:ENSP00000260453
30F41C6.3F41C6.3n/achrX 6,870,780
31rgs-8.1F52D2.2n/achrX 1,953,014C. elegans RGS-8.1 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016137 (Regulator of G protein signalling superfamily), IPR000342 (Regulator of G protein signalling)
32F19H6.4F19H6.4n/achrX 12,366,324contains similarity to Pfam domain PF02544 3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR013838 (Beta tubulin, autoregulation binding site), IPR001104 (3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase, C-terminal), IPR016636 (3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase)
33meg-2K02B9.2n/achrX 13,924,518meg-2 encodes a novel protein that localizes exclusively to P granules; originally identified by microarray analyses of germline-enriched transcripts, loss of meg-2 activity by itself results in no obvious abnormalities, but loss of meg-2 activity in meg-1 mutant animals indicates that meg-1 and meg-2 likely have redundant functions in germline development; meg-2 may also function redundantly with mes-1; meg-2 expression in the proximal germline is positively regulated by MPK-1, the C. elegans MAP kinase ortholog; a GFP::MEG-2 fusion protein localizes exclusively to P granules in the embryonic germ cell lineage.
34R53.6R53.6n/achrII 9,969,060contains similarity to Pfam domain PF03651 Partner of SLD five, PSF1 contains similarity to Interpro domain IPR005339 (GINS complex, Psf1 component)
35F19B10.2F19B10.2n/achrII 3,676,170
36kbp-5C34B2.2n/achrI 10,687,701C. elegans KBP-5 protein ;
37rev-1ZK675.2n/achrII 7,902,571C. elegans REV-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00817 (impB/mucB/samB family) , PF00533 (BRCA1 C Terminus (BRCT) domain) contains similarity to Interpro domains IPR001126 (UMUC-like DNA-repair protein), IPR012112 (DNA repair protein, Rev1), IPR001357 (BRCT)
38T22C8.4T22C8.4n/achrII 8,623,075contains similarity to Interpro domains IPR003656 (Zinc finger, BED-type predicted), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
39fbxa-170C36C9.3n/achrX 1,677,298This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
40taf-11.2K10D3.3n/achrI 7,133,402C. elegans TAF-11.2 protein; contains similarity to Pfam domain PF04719 hTAFII28-like protein conserved region contains similarity to Interpro domains IPR006809 (TAFII28-like protein), IPR009072 (Histone-fold)
41F08F3.6F08F3.6n/achrV 5,419,025This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
42rgs-9ZC53.7n/achrX 1,916,166C. elegans RGS-9 protein; contains similarity to Interpro domains IPR015905 (Isoleucyl-tRNA synthetase, class Ia, N-terminal), IPR016137 (Regulator of G protein signalling superfamily), IPR000342 (Regulator of G protein signalling)
43bra-2F23H11.1n/achrIII 911,744The bra-2 gene encodes a homolog of the human BMP receptor-associated molecule (BRAM1), paralogous to bra-1, that may act upon the SMA-6 TGF-beta signalling pathway
44rgs-10F45B8.2n/achrX 14,963,378C. elegans RGS-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF00615 Regulator of G protein signaling domain contains similarity to Interpro domains IPR016137 (Regulator of G protein signalling superfamily), IPR000342 (Regulator of G protein signalling)
45C13F10.2C13F10.2n/achrV 7,221,750contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG10681-PA;; FLYBASE:CG10681
46T04D3.5T04D3.5n/achrI 13,330,023
47C18A3.1C18A3.1n/achrII 5,720,938contains similarity to Pfam domain PF05063 MT-A70 contains similarity to Interpro domains IPR007757 (MT-A70), IPR002052 (N-6 adenine-specific DNA methylase, conserved site)
48rmd-1T05G5.7n/achrIII 9,759,548C. elegans RMD-1 protein; contains similarity to Interpro domain IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical)
49T12A2.3T12A2.3n/achrIII 6,241,137
50F01F1.11F01F1.11n/achrIII 5,870,989