UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1ZK512.7ZK512.75e-70chrIII 9,138,295
2sra-25T26E3.9n/achrI 12,687,150C. elegans SRA-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
3col-159F57B1.3n/achrV 13,198,753C. elegans COL-159 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR001419 (HMW glutenin), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat), IPR013286 (Annexin, type VII)
4bra-2F23H11.1n/achrIII 911,744The bra-2 gene encodes a homolog of the human BMP receptor-associated molecule (BRAM1), paralogous to bra-1, that may act upon the SMA-6 TGF-beta signalling pathway
5col-92W05B2.6n/achrIII 10,982,591C. elegans COL-92 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000596 (Cholecystokinin receptor, type A), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
6H11L12.1H11L12.1n/achrX 17,710,993
7F32D1.2F32D1.2n/achrV 4,346,245contains similarity to Pfam domain PF04627 Mitochondrial ATP synthase epsilon chain contains similarity to Interpro domain IPR006721 (ATPase, F1 complex, epsilon subunit, mitochondrial)
8col-146T06E4.6n/achrV 9,630,449C. elegans COL-146 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
9plk-3F55G1.8n/achrIV 7,472,120C. elegans PLK-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF00659 (POLO box duplicated region) (2), PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR017450 (POLO box), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR000959 (POLO box duplicated region)
10F25H5.6F25H5.6n/achrI 9,159,313contains similarity to Pfam domain PF08561 Mitochondrial ribosomal protein L37 contains similarity to Interpro domain IPR013870 (Ribosomal protein L37, mitochondrial)
11rnh-1.3C04F12.9n/achrI 9,710,453C. elegans RNH-1.3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00075 RNase H contains similarity to Interpro domains IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold), IPR002156 (Ribonuclease H)
12col-13F15H10.2n/achrV 10,421,363col-13 encodes a collagen which is expressed in all stages of development, like sqt-3 (col-1), col-3, col-10, col-11, col-12, and col-14; collagen genes with this expression profile may be specifically required to construct the L1 cuticle (and, perhaps, less specifically required for cuticles at other stages); the amino- and carboxyl-terminal cysteine-rich regions of COL-13 are most closely related to those of COL-6, COL-12, COL-14, COL-36, and COL-40.
13him-3ZK381.1n/achrIV 6,978,215him-3 encodes a homolog of the S. cerevisiae HOP1 protein which is required for the formation of the synaptonemal complex during meiosis; him-3 is required for synapsis and chiasma formation during meiotic recombination and for chromosome segregation; him-3 mutants show a high frequency of males in the population as well as a high frequency of arrested embryos due to defects in X-chromosome segregation; HIM-3 localizes to the meiotic chromosome associating with both unsynapsed and synapsed chromosomes.
14R06C7.1R06C7.1n/achrI 7,237,084contains similarity to Pfam domains PF02170 (PAZ domain) , PF02171 (Piwi domain) contains similarity to Interpro domains IPR003165 (Stem cell self-renewal protein Piwi), IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ), IPR000694 (Proline-rich region), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
15col-19ZK1193.1n/achrX 422,242col-19 encodes a member of the collagen superfamily containing collagen triple helix repeats (20 copies) that is required for normal structure of the alae; expressed during the L2-to-dauer and L4-to-adult molts with strongest expression in adult animals.
16F55H12.4F55H12.4n/achrI 8,893,719contains similarity to Brugia malayi 24 kDa secreted protein.; TR:O76497
17col-179C34F6.3n/achrX 11,201,934C. elegans COL-179 protein; contains similarity to Pfam domain PF01391 Collagen triple helix repeat (20 copies) contains similarity to Interpro domains IPR000596 (Cholecystokinin receptor, type A), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
18C50B6.7C50B6.7n/achrV 13,323,656contains similarity to Pfam domains PF02806 (Alpha amylase, C-terminal all-beta domain) , PF00128 (Alpha amylase, catalytic domain) contains similarity to Interpro domains IPR006046 (Glycoside hydrolase family 13), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR006048 (Alpha-amylase, C-terminal all beta), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core), IPR006047 (Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic region), IPR006589 (Glycosyl hydrolase, family 13, subfamily, catalytic region), IPR013780 (Glycosyl hydrolase, family 13, all-beta)
19R11A8.1R11A8.1n/achrIV 10,356,114contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein; ENSEMBL:ENSP00000299601
20T26E4.9T26E4.9n/achrV 15,799,338contains similarity to Mus musculus Insulin-like growth factor binding protein 1 precursor (IGFBP-1)s(IBP-1) (IGF-binding protein 1).; SW:IBP1_MOUSE
21F23F1.2F23F1.2n/achrII 34,690contains similarity to Pfam domain PF00036 EF hand contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
22iff-1T05G5.10n/achrIII 9,746,429iff-1 encodes an eIF-5A homolog that affects fertility and is required for germ cell proliferation and for some P granule components to localize properly; expression is germline specific and mRNA is expressed in the distal region of gonads where germ cells actively proliferate.
23col-94W05B2.1n/achrIII 10,987,216C. elegans COL-94 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000596 (Cholecystokinin receptor, type A), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
24C41G7.3C41G7.3n/achrI 9,516,858contains similarity to Pfam domains PF00013 (KH domain) , PF03073 (TspO/MBR family) contains similarity to Interpro domains IPR004307 (TspO/MBR-related protein), IPR004087 (K Homology), IPR004088 (K Homology, type 1)
25ZK1320.3ZK1320.3n/achrII 9,659,772
26cgh-1C07H6.5n/achrIII 7,496,952cgh-1 encodes a putative DEAD-box RNA helicase, orthologous to budding yeast Dhh1p, fission yeast Ste13p, Drosophila ME31B, and human DDX6 (OMIM:600326); CGH-1 inhibits physiological apoptosis in oocytes, keeping it down to a normal level of ~50% in hermaphrodite gonads; independently of apoptosis, CGH-1 is also required for sperm function, oocyte fertilization, and early embryonic cytokinesis; by orthology with budding yeast, CGH-1 is expected to enable decapping-dependent mRNA degradation; CGH-1 is expressed in meiotic germ cells, oocytes, sperm, early embryonic P granules, other unidentified cytoplasmic foci of the gonad core and early embryos, and the germline precursors Z2 and Z3; cgh-1(RNAi) hermaphrodites lose ~100% of their oocytes to physiological apoptosis; gonadal CGH-1 accumulation is suppressed by either glh-1/4 RNAi or gld-1(q485);gld-2(q497) mutations, yet physiological apoptosis (which would normally be elevated by loss of CGH-1) is also abnormally low in these genotypes; cgh-1(RNAi) males have sterile sperm with abnormally short pseudopods; CGH-1 associates with CAR-1, DCAP-2, and CEY-2/3/4 in P granules and cytoplasmic particles of the early embryo; CGH-1 is required for normal CAR-1 localization in early embyros, and binds CAR-1 in an RNA-dependent manner.
27lys-2Y22F5A.5n/achrV 10,280,860lys-2 is one of ten C. elegans lysozyme genes; as such, lys-2 can be predicted to have a role in lysozymal function including immune function.
28dpf-5R11E3.8n/achrIV 4,804,689dpf-5 encodes a putative acylamino-acid-releasing enzyme (AARE; EC 3.4.19.1), orthologous to human APEH, with no obvious function in mass RNAi assays.
29elo-5F41H10.7n/achrIV 5,375,925The elo-5 gene encodes a paralog of elo-1 and elo-2, each of which encodes a polyunsaturated fatty acid (PUFA) elongase; ELO-5 is required for normally rapid growth and for normal fatty acid composition.
30col-143T15B7.3n/achrV 6,836,152C. elegans COL-143 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
31mut-14C14C11.6n/achrV 5,659,724mut-14 mutants exhibit germline transposon activation, a deficient response to RNAi, resistance to co-suppression, and transgene desilencing.
32C27B7.5C27B7.5n/achrIV 8,902,390contains similarity to Pfam domain PF00098 Zinc knuckle contains similarity to Interpro domain IPR001878 (Zinc finger, CCHC-type)
33nhr-106T01G6.4n/achrV 490,539nhr-106 encodes a nuclear receptor that is most highly conserved amongst nematode species.
34col-139F41F3.4n/achrV 4,653,411C. elegans COL-139 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
35F35B3.4F35B3.4n/achrX 17,020,129contains similarity to Pfam domain PF01682 DB module contains similarity to Interpro domain IPR002602 (Protein of unknown function DB)
36F08G5.1F08G5.1n/achrIV 12,409,650contains similarity to Homo sapiens Putative protein TPRXL; ENSEMBL:ENSP00000322097
37R13H4.6R13H4.6n/achrV 11,864,309contains similarity to Archaeoglobus fulgidus Putative protease La homolog type (EC 3.4.21.-).; SW:O29883
38syp-1F26D2.2n/achrV 16,406,704C. elegans SYP-1 protein ; contains similarity to Paramecium tetraurelia Chromosome undetermined scaffold_7, whole genome shotgun sequence.; TR:A0DYW0
39F47B8.5F47B8.5n/achrV 14,326,311contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domains IPR002485 (Protein of unknown function DUF13), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000976 (Wilm's tumour protein), IPR003071 (Orphan nuclear receptor, HMR type)
40syp-2C24G6.1n/achrV 5,537,191C. elegans SYP-2 protein ;
41dhs-12K08F4.9n/achrIV 10,145,708C. elegans DHS-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
42car-1Y18D10A.17n/achrI 12,905,338car-1 encodes a putative RNA-binding protein orthologous to budding yeast Scd6p, fission yeast Sum2p, Drosophila TRAL, and human LSM14A and LSM14B; CAR-1 inhibits physiological apoptosis in oocytes, keeping it down to a normal level of ~50% in hermaphrodite gonads; independently of apoptosis, CAR-1 is also required for normal oogenesis, early embryonic cytokinesis, and normally organized endoplasmic reticulum (ER); CAR-1 has an N-terminal Sm-related domain that is dispensable for subcellular localization, but directly binds RNA and is critical for CAR-1's function; CAR-1 expressed in the germline; CAR-1 associates with CGH-1, DCAP-1, and CEY-2/3/4, in P granules and other cytoplasmic particles of the early embryo; CAR-1 also localizes to the mitotic spindle of dividing 1-cell embryos, and to ER; CAR-1 requires CGH-1 for normal localization in meiotic germ cells, and binds CGH-1 in an RNA-dependent manner; car-1(tm1753) or car-1(RNAi) embryos display abnormal cytokinesis, with aberrant cleavage furrow ingression and anaphase spindle structure, and mislocalized AIR-2, SPD-1, and ZEN-4; car-1(RNAi) also results in elevated (though not 100%) physiological germ cell apoptosis, reduced fertility, and failed oocyte diakinesis; maternal CAR-1 is sufficient to rescue car-1(tm1753) homozygotes through development to adulthood; in car-1(RNAi) animals, excess physiological apoptosis actually promotes fertility, since car-1(RNAi) hermaphrodites have larger brood sizes than those with apoptosis suppressed by ced-3(n717).
43col-142T15B7.4n/achrV 6,831,692C. elegans COL-142 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
44K02C4.3K02C4.3n/achrII 8,083,916contains similarity to Pfam domain PF00443 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase contains similarity to Interpro domain IPR001394 (Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2)
45W02D9.5W02D9.5n/achrI 12,561,291contains similarity to Pfam domain PF00635 MSP (Major sperm protein) domain contains similarity to Interpro domains IPR008962 (PapD-like), IPR000535 (Major sperm protein)
46xtr-2F17A2.1n/achrX 12,316,529xtr-2 encodes a protein with similarity to TRA-2A and TRA-2B in a region known as the MX region, hypothesized to be a protein-protein interaction domain involved in negatively regulating tra-2 activity in the germ line.
47heh-1R148.6n/achrIII 3,199,010tag-79/R148.6 is orthologous to human NPC2 (OMIM:601015, mutated in Niemann-Pick disease type C2)
48ivd-1C02B10.1n/achrIV 5,087,748The C02B10.1 gene encodes an isovaleryl-CoA dehydrogenase; this function has been verified by both sequence homology and direct biochemical assay.
49bath-5F59H6.11n/achrII 2,031,389C. elegans BATH-5 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) , PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
50fbxa-114Y113G7B.7n/achrV 20,197,592This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.