UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1nhr-249ZK381.31.9999999999999999e-63chrIV 6,972,292C. elegans NHR-249 protein; contains similarity to Pfam domain PF00104 Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3C17A2.7C17A2.7n/achrII 3,842,652contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domains IPR004101 (Mur ligase, C-terminal), IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
4rbr-2ZK593.4n/achrIV 10,923,428rbr-2 encodes a histone H3 lysine 4 (H3K4) demethylase that is required for normally short lifespan and reliable vulval development, that regulates genome-wide levels of H3K4 trimethylation, and that interacts genetically with CLK-2, GLP-1, LIN-15, and SEM-5; RBR-2 is orthologous to budding yeast Jhd2p, Drosophila LID, and human JARID1A (OMIM:180202), JARID1B (OMIM:605393), JARID1C (OMIM:314690, mutated in mental retardation), and JARID1D (OMIM:426000); rbr-2(tm1231) homozygotes display excess trimethylated H3K4 (H3K4me3) and erratic vulval development (either vulvaless or multivulva); rbr-2(RNAi) animals show extended lifespans, a strong synthetic multivulva and H3K4me3 phenotype in a lin-15(n765ts) mutant background at permissive temperature, and abnormally slow growth with clk-2(mn159), glp-1(or178), or sem-5(n2019) mutant backgrounds.
5grl-28T24A6.15n/achrV 3,551,603grl-28 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a central low-complexity region, and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
6str-170T08B6.7n/achrIV 4,878,848C. elegans STR-170 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
7B0564.7B0564.7n/achrIV 13,102,647contains similarity to Aedes aegypti Cell cycle progression.; TR:Q16U20
8tbx-32ZK380.1n/achrX 1,656,225C. elegans TBX-32 protein; contains similarity to Pfam domain PF00907 T-box contains similarity to Interpro domains IPR008967 (p53-like transcription factor, DNA-binding), IPR001699 (Transcription factor, T-box)
9srt-38F47D2.6n/achrV 4,270,408C. elegans SRT-38 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
10T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
11rfc-1C54G10.2n/achrV 14,644,310C. elegans RFC-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00004 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) , PF08519 (Replication factor RFC1 C terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR013725 (DNA replication factor RFC1, C-terminal), IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR008921 (DNA polymerase III clamp loader subunit, C-terminal), IPR012178 (DNA replication factor C, large subunit), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR001984 (Peptidase S16, Lon protease)
12M18.6M18.6n/achrIV 12,122,042contains similarity to Interpro domain IPR003111 (Peptidase S16, lon N-terminal)
13T21H3.5T21H3.5n/achrV 1,159,760
14F14D2.6F14D2.6n/achrII 3,331,956contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
15sra-4AH6.8n/achrII 9,542,193C. elegans SRA-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
16ZK488.5ZK488.5n/achrV 594,476contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
17atf-6F45E6.2n/achrX 12,482,840atf-6 is an ortholog of mammalian ATF6alpha, a proximal sensor required for the unfolded protein response (UPR) in the endoplasmic reticulum (ER); ATF6alpha is a transmembrane protein, with a bZIP transcription factor domain in its cytosolic amino terminus that is released and activated by proteolytic cleavage upon ER stress; either ire-1 or xbp-1 deletions are synthetically lethal with atf-6 or pek-1 deletions, producing arrest in L2 larvae; RNAi of Y56A3A.2 (a S2P protease homolog) is synthetically lethal with ire-1(RNAi), consistent with the hypothesis that Y56A3A.2 cleaves ATF-6; atf-6 regulates few genes that are transcriptionally induced by UPR, but regulates roughly one-quarter of genes that require UPR constitutively; pdr-1 transcripts are strongly upregulated in a atf-6(ok551) mutant background, but atf-6(ok551);pdr-1(lg103) double mutants have a grossly normal phenotype ; atf-6 is dispensable for proper localization of GLR-1 glutamate receptors.
18btb-19F57C2.2n/achrII 14,521,504C. elegans BTB-19 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
19clec-255F11D11.1n/achrV 18,770,210C. elegans CLEC-255 protein; contains similarity to Interpro domains IPR013278 (Apoptosis regulator, Bcl-2), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000480 (Glutelin), IPR003882 (Pistil-specific extensin-like protein)
20str-108F10A3.13n/achrV 16,166,795C. elegans STR-108 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
21fbxa-203W05F2.5n/achrI 3,372,801This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
22sdc-2C35C5.1n/achrX 11,528,006The sdc-2 gene encodes a protein that represses transcription of X chromosomes to achieve dosage compensation, and that also represses the male sex-determination gene her-1 to elicit hermaphrodite differentiation.
23C47F8.3C47F8.3n/achrI 12,315,930contains similarity to Pfam domain PF01762 Galactosyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR002659 (Glycosyl transferase, family 31)
24F13A2.1F13A2.1n/achrV 4,381,556
25C23H4.4C23H4.4n/achrX 12,231,444contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domains IPR008262 (Lipase, active site), IPR000062 (Thymidylate kinase), IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
26F28C10.1F28C10.1n/achrX 543,683
27R02D3.4R02D3.4n/achrIV 234,979contains similarity to Homo sapiens Uncharacterized protein C12orf11; ENSEMBL:ENSP00000261191
28F58B3.6F58B3.6n/achrIV 11,637,391contains similarity to Pfam domains PF04836 (Interferon-related protein conserved region) , PF05004 (Interferon-related developmental regulator (IFRD)) contains similarity to Interpro domains IPR007701 (Interferon-related developmental regulator), IPR006921 (Interferon-related protein conserved region), IPR016024 (Armadillo-type fold)
29R03A10.5R03A10.5n/achrX 15,448,432contains similarity to Pfam domains PF01105 (emp24/gp25L/p24 family/GOLD) , PF00650 (CRAL/TRIO domain) contains similarity to Interpro domains IPR001251 (Cellular retinaldehyde-binding/triple function, C-terminal), IPR000348 (emp24/gp25L/p24)
30F09E5.2F09E5.2n/achrII 5,376,151contains similarity to Pfam domain PF00534 Glycosyl transferases group 1 contains similarity to Interpro domain IPR001296 (Glycosyl transferase, group 1)
31ZC196.4ZC196.4n/achrV 8,734,518contains similarity to Pfam domain PF05218 Protein of unknown function (DUF713) contains similarity to Interpro domains IPR007883 (Protein of unknown function DUF713), IPR000565 (DNA topoisomerase, type IIA, subunit B)
32K02B2.6K02B2.6n/achrIV 5,961,963
33T01B11.1T01B11.1n/achrIV 8,448,108contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
34C01F1.6C01F1.6n/achrII 4,285,393contains similarity to Pfam domain PF00023 Ankyrin repeat contains similarity to Interpro domain IPR002110 (Ankyrin)
35F48E8.4F48E8.4n/achrIII 5,456,244contains similarity to Interpro domain IPR009011 (Mannose-6-phosphate receptor, binding)
36E02H4.2E02H4.2n/achrX 14,279,950contains similarity to Homo sapiens Type-1 protein phosphatase skeletal muscle glycogen targeting subunit; ENSEMBL:ENSP00000284601
37str-60T06C12.1n/achrV 15,898,679C. elegans STR-60 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
38str-101Y6E2A.2n/achrV 15,711,366C. elegans STR-101 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
39R02E12.5R02E12.5n/achrX 3,997,923
40srh-241F37B4.6n/achrV 2,868,696C. elegans SRH-241 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000215 (Protease inhibitor I4, serpin)
41srh-248H05B21.2n/achrV 2,954,922C. elegans SRH-248 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000215 (Protease inhibitor I4, serpin)
42C08G5.1C08G5.1n/achrII 736,664contains similarity to Pfam domain PF02206 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR003125 (Protein of unknown function WSN)
43F48G7.13F48G7.13n/achrV 615,813
44Y75B12B.8Y75B12B.8n/achrV 15,201,905contains similarity to Homo sapiens Xylosyltransferase I; ENSEMBL:ENSP00000261381
45F35E8.6F35E8.6n/achrV 15,912,576contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domains IPR000104 (Antifreeze protein, type I), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
46T04G9.6T04G9.6n/achrX 783,076contains similarity to Interpro domain IPR001759 (Pentaxin)
47F28H6.7F28H6.7n/achrX 14,116,353contains similarity to Interpro domain IPR013032 (EGF-like region, conserved site)
48his-67T23D8.5n/achrI 9,988,560his-67 encodes an H4 histone required for embryonic viability and growth.
49C06C3.3C06C3.3n/achrII 9,370,697contains similarity to Pfam domain PF03607 Doublecortin contains similarity to Interpro domain IPR003533 (Doublecortin)
50C14C6.6C14C6.6n/achrV 546,947contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)