UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1ZK328.4ZK328.40chrIII 6,007,663contains similarity to Interpro domain IPR006640 (Protein of unknown function SprT)
2C05C8.5C05C8.5n/achrV 7,233,733contains similarity to Pfam domain PF00929 Exonuclease contains similarity to Interpro domains IPR013520 (Exonuclease, RNase T and DNA polymerase III), IPR006055 (Exonuclease), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
3sra-25T26E3.9n/achrI 12,687,150C. elegans SRA-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
4ptr-2C32E8.8n/achrI 3,791,060ptr-2 encodes an ortholog of Drosophila and human PTCHD3, which defines one of seven paralogous families of sterol sensing domain (SSD) proteins; PTR-2 is required for cytokinesis in somatic cells, but not in the germline (the converse of PTC-1's function); PTR-2 is partially required for normal molting from L4 to adult stages; PTR-2 is also required for normal male tail development, growth to full size, locomotion, and viability.
5rad-54W06D4.6n/achrI 9,067,667rad-54 is orthologous to the human gene RAD54 (RAD54L; OMIM:603615), which when mutated leads to disease.
6math-24C46F9.3n/achrII 1,901,084The C46F9.3 gene encodes a protein with a meprin-associated Traf homology (MATH) domain that may be involved in apoptosis.
7F45C12.16F45C12.16n/achrII 1,737,908contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
8fbxa-184F45C12.8n/achrII 1,710,841This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
9F32D8.4F32D8.4n/achrV 10,892,425F32D8.4 is homologous to Yip1p, an essential Golgi membrane protein in S. cerevisiae that specifically binds the transport GTPases Ypt1p and Ypt31p, as well as Yop1p (the yeast homolog of human ADENOMATOUS POLYPOSIS COLI 1); F32D8.4 is also homologous to the Golgi membrane protein SB140 of H. sapiens, and contains a glutamine/asparagine-rich domain.
10tag-256ZK637.3n/achrIII 8,892,125C. elegans TAG-256 protein ; contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG7739-PA;; FLYBASE:CG7739
11set-14R06F6.4n/achrII 10,794,856set-14 encodes a divergent ortholog of human SMYD1 (OMIM:606846), SMYD2 (OMIM:610663), and SYMD3 (OMIM:608783); SET-14 is paralogous to SET-10, SET-18, and SET-30; SET-14 has no obvious function in individual RNAi assays of vulval development, or in mass RNAi assays.
12T05E7.4T05E7.4n/achrI 6,193,727
13ZC373.3ZC373.3n/achrX 10,061,060contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
14T09E11.4T09E11.4n/achrI 12,361,669contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
15zim-3T07G12.11n/achrIV 10,559,796zmp-3 encodes a protein with two C-terminal noncanonical C2H2 zinc-fingers whose paralogs include HIM-8, ZIM-1/-2, and C02F5.12; ZIM-3 is specifically required for homolog pairing, synapsis, and segregation of chromosomes I and IV during meiosis; zim-3(tm2303) oocytes ending prophase have ~4 bivalents and ~4 univalents, the latter of which are consistently chromosomes I and IV; ZIM-3 associates with the right end of chromosome I and the left end of chromosome IV, which may indicate an association with their pairing centers; while the C-terminal region of ZIM-3 most closely resembles those of its orthologs in other Caenorhabditis species, its N-terminal region instead most closely resembles those of its paralogs in C. elegans, indicating coevolving, species-specific functions; ZIM-3 foci, like HIM-8 foci, associate with the nuclear envelope during meiotic prophase; zim-3 mutants also have some defective segregation of the X chromosome (yielding a Him phenotype), but this may be an indirect effect of autosomal asynapsis.
16pld-1C04G6.3n/achrII 5,087,755C. elegans PLD-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00169 (PH domain) , PF00614 (Phospholipase D Active site motif) (2), PF00787 (PX domain) contains similarity to Interpro domains IPR016555 (Phospholipase D, eukaryota), IPR001683 (Phox-like), IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR001736 (Phospholipase D/Transphosphatidylase), IPR015679 (Phospholipase D)
17W06A11.2W06A11.2n/achrII 4,060,321
18snx-3W06D4.5n/achrI 9,064,058C. elegans SNX-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00787 PX domain contains similarity to Interpro domain IPR001683 (Phox-like)
19qua-1T05C12.10n/achrII 8,201,326qua-1 encodes a hedgehog-like protein, with (from N- to C-terminus) a signal sequence, a Qua domain, a 5W repeat, an extended region of low-complexity sequence, and a Hint/Hog domain; QUA-1 is conserved among nematodes from Caenorhabditis to Brugia; QUA-1 is expressed prior to molting in hyp1 to hyp11 hypodermal cells, but not in seam cells, and ceases to be expressed after each molting cycle or in gravid adults no longer molting; QUA-1 is strongly required for normal molting, with lethal molting defects in qua-1 mutants and severe defects in qua-1(RNAi) animals; similar molting defects in RNAi of ptr-4 and ptr-23 (encoding Dispatched homologs) suggest that PTR-4 and PTR-23 may export QUA-1 from hypodermal cells synthesizing it; other sites of QUA-1 expression include intestinal and rectal cells, excretory duct and pore cells, sensilla support cells, the P cell lineage in L1, body wall muscle, and the adult reproductive system; QUA-1 is also required for normal adult alae formation, growth to full size, cuticle adhesion, locomotion, and male tail development; the Hint/Hog domain is predicted to cut QUA-1 into two halves and then covalently link cholesterol to the C-terminus of the Qua domain; the Qua domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and the Qua domain has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins; both Qua and Hint/Hog domains are required for transgenic rescue of a lethal qua-1 allele; defects in both qua-1 mutants and qua-1(RNAi) animals; all of QUA-1's functions may reflect common defects in cholesterol-dependent hedgehog-like signalling.
20aat-8F28F9.4n/achrIV 3,863,573aat-8 encodes a predicted amino acid transporter catalytic subunit; unlike catalytic subunits in other organisms, however, AAT-8 does not contain the highly conserved cysteine residue known to facilitate covalent interaction with a glycoprotein subunit, suggesting that AAT-8 does not require this residue for heterodimer formation or alternatively, does not require the glycoprotein subunit for function.
21nspb-3F38A5.5n/achrIV 6,594,788C. elegans NSPB-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF07312 Protein of unknown function (DUF1459) contains similarity to Interpro domain IPR009924 (Protein of unknown function DUF1459)
22ZK822.1ZK822.1n/achrIV 11,920,082contains similarity to Homo sapiens myosin, heavy polypeptide 7B, cardiac muscle, beta; ENSEMBL:ENSP00000262873
23C06E7.4C06E7.4n/achrIV 5,855,392contains similarity to Human cytomegalovirus Protein UL53 (Protein HFRF2).; SW:P16794
24W06B4.2W06B4.2n/achrII 4,469,593contains similarity to Pfam domain PF01869 BadF/BadG/BcrA/BcrD ATPase family contains similarity to Interpro domain IPR002731 (ATPase, BadF/BadG/BcrA/BcrD type)
25nph-1M28.7n/achrII 10,650,519nph-1 encodes a novel, SH3 domain-containing protein that is orthologous to mammalian nephrocystin-1.
26cyp-33C4F44C8.1n/achrV 2,237,058C. elegans CYP-33C4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
27C09G9.7C09G9.7n/achrIV 8,878,734contains similarity to Pfam domain PF00292 'Paired box' domain contains similarity to Interpro domains IPR001523 (Paired box protein, N-terminal), IPR011991 (Winged helix repressor DNA-binding), IPR009057 (Homeodomain-like)
28ZC84.6ZC84.6n/achrIII 9,196,038contains similarity to Pfam domains PF01683 (EB module) (3), PF00014 (Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain) (5)contains similarity to Interpro domains IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa), IPR006150 (Cysteine-rich repeat), IPR006149 (Nematode-specific EB region)
29K06B9.2K06B9.2n/achrIV 4,192,443K06B9.2 encodes a putative UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase, paralogous to C36A4.4 and orthologous to human UAP1 (OMIM:602862) and UAP1L1; K06B9.2 is thought to catalyse the fourth step of the hexosamine pathway to UDP-N-acetylglucosamine or UDP-N-acetylgalactosamine; K06B9.2 transcripts are enriched during oogenesis; K06B9.2(RNAi) animals have an osmotically-sensitive embryonic lethal phenotype, presumably because of defects in chitin and eggshell synthesis.
30nol-1W07E6.1n/achrII 473,591C. elegans NOL-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01189 NOL1/NOP2/sun family contains similarity to Interpro domains IPR011023 (Nop2p), IPR006174 (rRNA subunit methyltransferase), IPR001678 (Bacterial Fmu (Sun)/eukaryotic nucleolar NOL1/Nop2p)
31R52.2R52.2n/achrII 2,127,157contains similarity to Pfam domains PF03564 (Protein of unknown function (DUF1759)) , PF05585 (Protein of unknown function (DUF1758)) contains similarity to Interpro domains IPR009007 (Peptidase aspartic, catalytic), IPR008737 (Protein of unknown function DUF1758), IPR005312 (Protein of unknown function DUF1759), IPR001878 (Zinc finger, CCHC-type)
32lgc-14T01H10.2n/achrX 12,112,417C. elegans LGC-14 protein; contains similarity to Pfam domain PF02931 Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain contains similarity to Interpro domains IPR006028 (Gamma-aminobutyric acid A receptor), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding)
33F43C1.3F43C1.3n/achrIII 4,244,006F43C1.3 encodes a protein containing an HIT-type zinc finger domain and a coiled-coil region; loss of F43C1.3 activity via RNAi results in slower than normal growth rates.
34Y38A10A.6Y38A10A.6n/achrV 6,098,058contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) , PF04851 (Type III restriction enzyme, res subunit) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR006935 (Restriction endonuclease, type I, R subunit/Type III, Res subunit), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
35math-36R52.8n/achrII 2,118,724C. elegans MATH-36 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
36R07B7.2R07B7.2n/achrV 12,058,156contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Protein required for accurate chromosomal segregation at meiosis II and for mitotic chromosome stability; protects centromeric Spo69p; SGD:YOR073W
37ugt-58F35H8.6n/achrII 9,585,502C. elegans UGT-58 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
38R05D3.1R05D3.1n/achrIII 8,384,526contains similarity to Pfam domains PF00521 (DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A) , PF02518 (Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase) , PF00204 (DNA gyrase B) contains similarity to Interpro domains IPR002205 (DNA topoisomerase, type IIA, subunit A or C-terminal), IPR013506 (DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, region 2), IPR001241 (DNA topoisomerase, type IIA, subunit B or N-terminal), IPR011558 (DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, conserved region), IPR013758 (DNA topoisomerase, type IIA, subunit A or C-terminal, alpha-beta), IPR013757 (DNA topoisomerase, type IIA, subunit A, alpha-helical), IPR003594 (ATP-binding region, ATPase-like), IPR013759 (DNA topoisomerase, type IIA, subunit B or N-terminal, alpha-beta), IPR001154 (DNA topoisomerase II, eukaryotic-type), IPR014721 (Ribosomal protein S5 domain 2-type fold), IPR013760 (DNA topoisomerase, type IIA, central)
39F52G3.3F52G3.3n/achrX 16,946,368contains similarity to Medicago truncatula Putative uncharacterized protein.; TR:A2Q378
40C35D10.6C35D10.6n/achrIII 4,859,975contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
41ugt-30T01G5.2n/achrV 15,123,493C. elegans UGT-30 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
42ZK792.5ZK792.5n/achrIV 11,686,516contains similarity to Pfam domain PF00806 Pumilio-family RNA binding repeat contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR002952 (Eggshell protein), IPR001313 (Pumilio RNA-binding region), IPR016024 (Armadillo-type fold)
43K09F6.2K09F6.2n/achrII 2,268,709contains similarity to Pfam domain PF06869 Protein of unknown function (DUF1258) contains similarity to Interpro domain IPR009667 (Protein of unknown function DUF1258)
44str-25F44G3.11n/achrV 16,116,262C. elegans STR-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
45rpt-5F56H1.4n/achrI 5,742,805rpt-5 encodes a triple A ATPase subunit of the 26S proteasome's 19S regulatory particle (RP) base subcomplex; RPT-5 is required for embryonic, larval, and germline development and by homology, is predicted to function in unfolding protein substrates and translocating them into the core proteolytic particle (CP) of the proteasome.
46mdt-4ZK546.13n/achrII 4,943,020C. elegans MDT-4 protein ; contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is MED4-PA;; FLYBASE:CG8609
47str-5T23D5.12n/achrV 15,753,810C. elegans STR-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter)
48C50H2.4C50H2.4n/achrV 9,917,432contains similarity to Arabidopsis thaliana Putative cytochrome P450.; TR:Q9LQ26
49nhr-232Y22F5A.1n/achrV 10,257,478C. elegans NHR-232 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
50ZK643.5ZK643.5n/achrIII 8,954,457contains similarity to Homo sapiens RNA binding motif protein 25; ENSEMBL:ENSP00000261973