UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1ZK265.6ZK265.62e-98chrI 8,255,792contains similarity to Tetraodon nigroviridis UPF0384 protein CGI-117 homolog.; SW:Q4SQ06
2sra-25T26E3.9n/achrI 12,687,150C. elegans SRA-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
3skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
4nhr-205R04B5.3n/achrV 10,080,904C. elegans NHR-205 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
5F10E9.4F10E9.4n/achrIII 8,309,032contains similarity to Homo sapiens 14 kDa protein; VG:OTTHUMP00000024648
6tag-267W06E11.2n/achrIII 641,164C. elegans TAG-267 protein ;
7rpb-8F26F4.11n/achrIII 4,917,583C. elegans RPB-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF03870 RNA polymerase Rpb8 contains similarity to Interpro domains IPR005570 (RNA polymerase, Rpb8), IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like), IPR012340 (Nucleic acid-binding, OB-fold)
8W06A11.4W06A11.4n/achrII 4,056,790
9F37F2.2F37F2.2n/achrI 1,442,805contains similarity to Pfam domain PF01922 SRP19 protein contains similarity to Interpro domain IPR002778 (Signal recognition particle, SRP19 subunit)
10C18D11.3C18D11.3n/achrIII 11,823,825contains similarity to Homo sapiens Transcription factor MLL UPN95022; TR:Q86YN8
11gst-7F11G11.2n/achrII 4,882,703gst-7 encodes a predicted glutathione S-transferase.
12F11A10.2F11A10.2n/achrIV 12,084,859contains similarity to Interpro domains IPR003604 (Zinc finger, U1-type), IPR000690 (Zinc finger, C2H2-type matrin)
13C45G9.5C45G9.5n/achrIII 5,049,097
14T20B12.1T20B12.1n/achrIII 7,388,607contains similarity to Pfam domains PF07719 (Tetratricopeptide repeat) (3), PF00515 (Tetratricopeptide repeat) (4)contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR001664 (Intermediate filament protein), IPR008940 (Protein prenyltransferase), IPR001440 (Tetratricopeptide TPR-1), IPR001356 (Homeobox), IPR013105 (Tetratricopeptide TPR2), IPR013026 (Tetratricopeptide region)
15F29A7.6F29A7.6n/achrII 2,752,187contains similarity to Mus musculus M-phase phosphoprotein 6.; SW:Q9D1Q1
16W04C9.4W04C9.4n/achrI 462,326
17ZK1127.5ZK1127.5n/achrII 7,051,269contains similarity to Pfam domains PF01137 (RNA 3'-terminal phosphate cyclase) , PF05189 (RNA 3'-terminal phosphate cyclase (RTC), insert domain) contains similarity to Interpro domains IPR016443 (RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like, eukaryotic), IPR013796 (RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert region), IPR000228 (RNA 3'-terminal phosphate cyclase), IPR013792 (RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta)
18T20B12.3T20B12.3n/achrIII 7,382,935contains similarity to Pfam domain PF03914 CBF/Mak21 family contains similarity to Interpro domain IPR005612 (CBF)
19K07F5.14K07F5.14n/achrIV 9,863,121contains similarity to Danio rerio Novel protein.; TR:Q1LV47
20F22B5.10F22B5.10n/achrII 8,467,514contains similarity to Pfam domain PF05809 Eukaryotic protein of unknown function (DUF841) contains similarity to Interpro domain IPR008559 (Protein of unknown function DUF841, eukaryotic)
21snr-6Y49E10.15n/achrIII 12,429,334snr-6 encodes the C. elegans ortholog of the small nuclear ribonucleoprotein E, one of seven subunits of the heptameric Sm complex required for the biogenesis and function of snRNPs that catalyze mRNA splicing; in addition to its predicted role in pre-mRNA processing, SNR-6 activity is essential for embryogenesis and is required for several aspects of germ cell specification including cell division patterns, localization and subcellular distribution of P granules, maintenance of transcriptional quiescence, and expression of the germ lineage-specific proteins PIE-1, GLD-1, and NOS-2; snr-6 is also required for wild-type levels of fertility; immunostaining of adults and embryos using antibodies raised against mammalian Sm proteins suggests that SNR-6 localizes to the nucleus and cytoplasm in many cell types, as well as to P granules in germ cells and their embryonic precursors.
22T25B9.1T25B9.1n/achrIV 10,749,242T25B9.1 encodes an protein highly similar to 2-amino-3-keto-butyrate coenzyme A ligases (also called AKB ligases or glycine acetyltransferases; EC 2.3.1.29; R.W.
23ZK686.2ZK686.2n/achrIII 7,764,804ZK686.2 encodes a DEAD-box helicase; loss of ZK686.2 activity via RNAi indicates that ZK686.2 activity is required for positive regulation of growth rate and larval development.
24pfd-1C08F8.1n/achrIV 11,150,492pfd-1 encodes a putative prefoldin subunit 1, orthologous to human PFDN1 (OMIM:604897), that is required for normal microtubule nucleation and growth, embryonic viability, distal tip cell (DTC) migration, and locomotion; PFD-1 is expressed cytoplasmically in most, if not all, tissues; pfd-1(RNAi) animals have sterile progeny and are uncoordinated, and pfd-1(RNAi) embryos show a reduced microtubule growth rate; pfd-1(gk526) or escaper pfd-1(RNAi) hermaphrodites exhibit detective DTC migration.
25F10G8.6F10G8.6n/achrI 10,047,224F10G8.6 encodes an homolog of S. cerevisiae CFD1 (also known as YIL003W/DRE3), a putative P-loop ATPase conserved in eukaryotes and required in yeast for 4Fe-4S cluster assembly; F10G8.6 is also homologous to yeast NBP35/YGL091C; in C. elegans, F10G8.6 is required for normally rapid growth and maintenance of the germline; F10G8.6 protein was predicted to be mitochondrial on the basis of its phylogenetic profile.
26cln-3.3ZC190.1n/achrV 8,684,539cln-3.3 encodes a predicted transmembrane protein that comprises one of three C. elegans homologs of human CLN3, (OMIM:607042, mutations are associated with Batten disease (also known as juvenile neuronal ceroid lipofuscinosis), a recessively inherited childhood neurodegenerative lysosomal storage disease); as loss of cln-3.3 via large-scale RNAi screens results in no obvious abnormalities, the precise role of cln-3.3 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
27C15H11.8C15H11.8n/achrV 14,423,017contains similarity to Pfam domain PF01096 Transcription factor S-II (TFIIS) contains similarity to Interpro domain IPR001222 (Zinc finger, TFIIS-type)
28F20G2.1F20G2.1n/achrV 13,752,929contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
29B0035.11B0035.11n/achrIV 11,328,468contains similarity to Pfam domain PF04004 Leo1-like protein contains similarity to Interpro domain IPR007149 (Leo1-like protein)
30ZK1236.5ZK1236.5n/achrIII 8,431,825ZK1236.5 encodes a protein with no obvious non-nematode homologs; either ZK1236.9, or ZK1236.5, or both proteins weakly inhibit DHC-1 in vivo; likewise, either ZK1236.5, or ZK1236.9, or both proteins are required in mass RNAi assays for normal osmoregulation and normally rapid growth.
31tag-170C05D11.3n/achrIII 6,432,606C05D11.3/tag-170 encodes a thioredoxin domain-containing protein orthologous to human TXNDC9 and ENSG00000145268; in one-cell embryos, C05D11.3/TAG-170 is required for normal nuclear-centrosome rotation, male pronuclear migration, cytokinesis, and mitotic spindles, and for normally long astral microtubules; in early embryos, C05D11.3/TAG-170 is also required for normally rapid microtubule elongation; C05D11.3/tag-170 is expressed in larval and adult neurons and pharynx, and in vulva, with its strongest transcription in adults; like its mammalian ortholog, C05D11.3/TAG-170 protein is both nuclear and cytoplasmic.
32F54C4.1F54C4.1n/achrIII 88,394contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is mRpL40-PA;; FLYBASE:CG5242
33C30C11.1C30C11.1n/achrIII 8,450,050contains similarity to Pfam domain PF01783 Ribosomal L32p protein family contains similarity to Interpro domain IPR002677 (Ribosomal protein L32p)
34R12C12.5R12C12.5n/achrII 6,044,615contains similarity to Pfam domain PF03357 Snf7 contains similarity to Interpro domain IPR005024 (Snf7)
35math-18C40A11.1n/achrII 2,154,617C. elegans MATH-18 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
36C25G4.3C25G4.3n/achrIV 12,445,137contains similarity to Pfam domain PF02033 Ribosome-binding factor A contains similarity to Interpro domains IPR000238 (Ribosome-binding factor A), IPR015946 (K homology-like, alpha/beta)
37rad-26C27B7.4n/achrIV 8,897,727C. elegans RAD-26 protein; contains similarity to Pfam domains PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) , PF00176 (SNF2 family N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR000330 (SNF2-related), IPR000694 (Proline-rich region), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
38F23F12.3F23F12.3n/achrIII 6,504,028contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR003663 (Sugar transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
39aos-1C08B6.9n/achrV 10,128,881aos-1 encodes the C. elegans ortholog of Saccharomyces cerevisiae Aos1p and human SUMO-1 activating enzyme E1 N subunit; by homology, AOS-1 is predicted to form, with a catalytic subunit, UBA-2, a heterodimeric enzyme that activates the ubiquitin-like protein SMO-1/SUMO in preparation for its covalent attachment to target proteins to regulate their subcellular localization and/or stability; in C. elegans, AOS-1 is required for embryonic and larval development, as well as for proper Hox gene regulation; uba-2/aos-1(RNAi) animals that survive embryogenesis show ectopic expression of EGL-5 and ectopic anterior sensory ray formation.
40K10B2.4K10B2.4n/achrII 6,360,595contains similarity to Pfam domain PF03669 Uncharacterised protein family (UPF0139) contains similarity to Interpro domain IPR005351 (Protein of unknown function UPF0139)
41scrm-4F11A6.2n/achrI 11,681,649scrm-4 encodes a putative phospholipid scramblase homologous to human PLSCR1-5, and paralogous to other C. elegans SCRMs (e.g., SCRM-1); in apoptotic germline cells, SCRM-4 is fully dispensable for normally rapid engulfment and largely dispensable for phosphatidylserine exposure; SCRM-4 does not bind WAH-1 in vitro, and scrm-4(tm624) mutants have no obvious phenotype.
42F44E7.9F44E7.9n/achrV 5,791,637contains similarity to Pfam domain PF07019 Rab5-interacting protein (Rab5ip) contains similarity to Interpro domain IPR010742 (Rab5-interacting)
43C14A4.3C14A4.3n/achrII 10,586,058contains similarity to Pfam domain PF03901 Alg9-like mannosyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR005599 (Alg9-like mannosyltransferase)
44C01A2.3C01A2.3n/achrI 13,389,622contains similarity to Pfam domain PF02096 60Kd inner membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR001708 (60 kDa inner membrane insertion protein)
45R05H10.2R05H10.2n/achrII 14,861,825contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR004838 (Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site), IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR003954 (RNA recognition, region 1), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
46C29F7.1C29F7.1n/achrX 13,413,508contains similarity to Pfam domains PF02958 (Domain of unknown function (DUF227)) , PF07914 (Protein of unknown function (DUF1679)) contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR012877 (Protein of unknown function DUF1679, Caenorhabditis species), IPR004119 (Protein of unknown function DUF227), IPR015897 (CHK kinase-like)
47C17E4.9C17E4.9n/achrI 9,432,529contains similarity to Pfam domain PF00287 Sodium / potassium ATPase beta chain contains similarity to Interpro domain IPR000402 (ATPase, P-type cation exchange, beta subunit)
48M04C9.3M04C9.3n/achrI 9,353,710contains similarity to Pfam domain PF06162 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF976) contains similarity to Interpro domains IPR010381 (Protein of unknown function DUF976, Caenorhabditis species), IPR016125 (Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like), IPR000816 (Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I)
49Y45G12C.4Y45G12C.4n/achrV 2,547,175contains similarity to Pfam domains PF02958 (Domain of unknown function (DUF227)) , PF07914 (Protein of unknown function (DUF1679)) contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR012877 (Protein of unknown function DUF1679, Caenorhabditis species), IPR004119 (Protein of unknown function DUF227), IPR015897 (CHK kinase-like)
50F10E7.5F10E7.5n/achrII 7,112,410contains similarity to Pfam domain PF00466 Ribosomal protein L10 contains similarity to Interpro domain IPR001790 (Ribosomal protein L10)