UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1sre-23ZK265.50chrI 8,257,642C. elegans SRE-23 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)
2pax-3F27E5.2n/achrII 10,149,568pax-3 encodes a divergent paired-like homeodomain protein that does not belong to the Q50, K50, or S50 classes; PAX-3 is required for locomotion and vulval development; pax-3(RNAi) animals have consistent Pvl and Unc phenotypes (as well as less consistent Bmd, Rup, and Stp phenotypes).
3skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
4nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
5srh-20C02E7.3n/achrV 4,925,540C. elegans SRH-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
6C34C6.3C34C6.3n/achrII 8,692,922contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) , PF07974 (EGF-like domain) contains similarity to Interpro domains IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR000585 (Hemopexin), IPR006209 (EGF-like), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR005018 (DOMON related), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR013111 (EGF, extracellular)
7clec-43R07C3.1n/achrII 945,103C. elegans CLEC-43 protein; contains similarity to Pfam domains PF00431 (CUB domain) , PF00059 (Lectin C-type domain) (3)contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
8F38B6.2F38B6.2n/achrX 6,699,255contains similarity to Interpro domain IPR006150 (Cysteine-rich repeat)
9ptr-16T21H3.2n/achrV 1,172,902ptr-16 encodes a nematode-specific member of the sterol sensing domain (SSD) proteins, distantly paralogous to Drosophila PATCHED (PTC) and human PTCH (OMIM:601309, mutated in basal cell nevus syndrome); PTR-16 is partially required for normal molting from L2 to L3 larval stages; however, PTR-16 and PTR-1 together are strongly required for both molting and viability, with double ptr-1/-16 RNAi animals showing pronounced molting defects and lethality; PTR-16 is also required for normal growth to full size and locomotion.
10eak-4F53B2.3n/achrIV 12,524,964eak-4 encodes a novel protein that contains an N-myristoylation signal; eak-4 acts in parallel to akt-1 to regulate insulin-like signaling and dauer formation; EAK-4 is expressed primarily in the neuroendocrine XXXL/R cells, where it associates with the plasma membrane.
11str-45T09F5.3n/achrV 15,159,744C. elegans STR-45 protein ; contains similarity to Homo sapiens 42 kDa protein; VG:OTTHUMP00000169906
12nhr-42C33G8.6n/achrV 6,999,694C. elegans NHR-42 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
13mef-2W10D5.1n/achrI 9,097,999mef-2 encodes a transcription factor that is the sole C. elegans member of the MEF2 subgroup of MADS box transcription factors; loss of mef-2 activity does not result in a strong visible phenotype, although mef-2 mutant adults are slightly dumpy (Dpy); in vitro, MEF-2 is able to bind a consensus MEF2 DNA binding site and interact with the class II histone deacetylase encoded by C10E2.3 (hda-4/hda-7); mef-2 mRNA is detected at all stages of development and expression of mef-2 reporter gene fusions begins in neurons during late embryogenesis and continues in all tissues throughout postembryonic development; mef-2 mutations do not appear to interact with mutations in other myogenic factors such as hlh-1, hlh-8, pha-1, and unc-120.
14F13H8.2F13H8.2n/achrII 6,272,139contains similarity to Pfam domains PF04003 (Dip2/Utp12 Family) , PF00400 (WD domain, G-beta repeat) (8)contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR007148 (Small-subunit processome, Utp12), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
15ztf-11F52F12.6n/achrI 9,907,414C. elegans ZTF-11 protein; contains similarity to Pfam domain PF01530 Zinc finger, C2HC type contains similarity to Interpro domain IPR002515 (Zinc finger, C2HC-type)
16twk-9ZK1251.8n/achrIV 9,695,064C. elegans TWK-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF07885 Ion channel contains similarity to Interpro domains IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR013099 (Ion transport 2)
17srx-102F40H7.5n/achrII 3,694,076C. elegans SRX-102 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
18T23B3.6T23B3.6n/achrI 6,707,989
19T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
20Y43F8B.6Y43F8B.6n/achrV 19,493,363contains similarity to Yersinia pestis Putative insecticial toxin.; TR:Q8ZAV3
21bbs-5R01H10.6n/achrIII 10,260,159C. elegans BBS-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF07289 Protein of unknown function (DUF1448) contains similarity to Interpro domains IPR006606 (Protein of unknown function DUF1448), IPR008162 (Inorganic pyrophosphatase), IPR014003 (Protein of unknown function DM16)
22srw-107R11G11.13n/achrV 520,735C. elegans SRW-107 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
23nhr-140C33G8.9n/achrV 6,988,762C. elegans NHR-140 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
24C04E6.7C04E6.7n/achrV 5,894,251contains similarity to Pfam domain PF00702 haloacid dehalogenase-like hydrolase contains similarity to Interpro domains IPR011945 (Predicted HAD-superfamily phosphatase, subfamily IA/Epoxide hydrolase, N-terminal), IPR005833 (Haloacid dehydrogenase/epoxide hydrolase), IPR006402 (HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3), IPR016059 (ATP-dependent DNA ligase, conserved site), IPR005834 (Haloacid dehalogenase-like hydrolase)
25F40F8.4F40F8.4n/achrII 11,139,746contains similarity to Interpro domain IPR001680 (WD40 repeat)
26srx-20R13H7.1n/achrIV 6,868,598C. elegans SRX-20 protein ;
27glt-5Y53C12A.2n/achrII 9,707,756glt-5 encodes an ortholog of glutamate/aspartate and neutral amino acid transporters.
28M03A1.3M03A1.3n/achrII 4,558,668M03A1.3 encodes a protein with ~10 predicted transmembrane sequences; it has an internal repeat (in residues 74-351 and 377-668), with some similarity in these repeated domains to worm C05D12.1 and C13B4.1, and to mammalian stromal cell derived factor receptor 2.
29R13H4.5R13H4.5n/achrV 11,861,454This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
30che-3F18C12.1n/achrI 8,071,859The dynein heavy chain (DHC) 1b isoform that affects the establishment and maintainance of the structural integrity of sensory cilia and also has a role in intraflagellar transport; it is expressed in ciliated sensory neurons.
31R06B9.1R06B9.1n/achrII 13,764,398contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR000698 (Arrestin), IPR014752 (Arrestin, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
32F26D11.2F26D11.2n/achrV 7,960,124
33nhr-270R13D11.8n/achrV 803,647C. elegans NHR-270 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
34aqp-5C35A5.1n/achrV 10,492,631aqp-5 encodes a putative aquaporin with no known substrate, since AQP-5 expressed in Xenopus oocytes has no effect on water, glycerol, or urea permeability; AQP-5 also has no function in mass RNAi assays, perhaps reflecting genetic redundancy with its paralogs AQP-4 and AQP-6; AQP-5 is expressed in I1 and I2 pharyngeal interneurons, and is orthologous to human AQP8 (OMIM:603750).
35nhr-206R07B7.13n/achrV 12,092,930C. elegans NHR-206 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
36srv-32T13A10.12n/achrIV 6,281,179C. elegans SRV-32 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR000366 (Fungal pheromone mating factor STE2 GPCR)
37glb-22R11H6.3n/achrV 14,605,162glb-22 encodes a globin with no obvious function in mass RNAi assays.
38ZC581.3ZC581.3n/achrI 6,653,325contains similarity to Interpro domain IPR011046 (WD40 repeat-like)
39C31H5.6C31H5.6n/achrI 9,045,096contains similarity to Pfam domains PF08840 (BAAT / Acyl-CoA thioester hydrolase C terminal) , PF04775 (Acyl-CoA thioester hydrolase / Bile acid-CoA amino acid N-acetyltransferase) contains similarity to Interpro domains IPR006862 (Acyl-CoA thioester hydrolase/bile acid-CoA amino acid N-acetyltransferase), IPR014940 (BAAT/Acyl-CoA thioester hydrolase C-terminal), IPR016662 (Acyl-CoA thioesterase, long chain)
40C32D5.1C32D5.1n/achrII 6,344,783
41T27E7.6T27E7.6n/achrIV 14,541,148contains similarity to Interpro domains IPR000533 (Tropomyosin), IPR002291 (Phosphorylase kinase, gamma catalytic subunit)
42F56H6.1F56H6.1n/achrI 12,281,908contains similarity to Pfam domain PF01762 Galactosyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR002659 (Glycosyl transferase, family 31)
43F20D6.2F20D6.2n/achrV 8,186,659contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domain IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
44R13H4.7R13H4.7n/achrV 11,867,399contains similarity to Interpro domain IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
45T02E1.8T02E1.8n/achrI 8,236,518
46F22F1.2F22F1.2n/achrX 8,150,103contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
47nhr-18F44C8.3n/achrV 2,228,092The nhr-18 gene encodes a member of the superfamily of nuclear receptors, which is one of the most abundant class of transcriptional regulators; nuclear receptors have a well conserved DNA binding domain and a less conserved C-terminal ligand binding domain; the human homolog of nhr-18, CYP21, when mutated leads to congenital adrenal hyperplasia (OMIM:201910).
48C44H9.5C44H9.5n/achrV 12,849,210contains similarity to Trypanosoma brucei Hypothetical leucine-rich repeat protein 1 (LRRP1).; TR:Q8WPS9
49F53B7.2F53B7.2n/achrV 10,993,353F53B7.2 encodes a homolog of the functionally active Fmrf Receptor (FR; CG2114) of D. melanogaster; it is thus possible that F53B7.2 is a receptor for one of the FMRF-like neurotransmitters in C. elegans (e.g., FLP-1 through FLP-12).
50H25K10.2H25K10.2n/achrIV 16,210,717contains similarity to Halobacterium sp ORF H0114.; TR:O51964