UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1ZK180.2ZK180.20chrIV 4,504,345contains similarity to Pfam domain PF01094 Receptor family ligand binding region contains similarity to Interpro domains IPR002455 (GPCR, family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B), IPR001828 (Extracellular ligand-binding receptor), IPR000923 (Blue (type 1) copper domain)
2C29F9.5C29F9.5n/achrIII 118,236contains similarity to Pfam domain PF02135 TAZ zinc finger contains similarity to Interpro domains IPR003101 (Coactivator CBP, KIX), IPR000197 (Zinc finger, TAZ-type)
3F35E8.1F35E8.1n/achrV 15,904,615contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
4F35H12.1F35H12.1n/achrX 936,580contains similarity to Interpro domain IPR015649 (Schwannomin interacting protein 1)
5F28C10.4F28C10.4n/achrX 539,044
6Y47H9A.1Y47H9A.1n/achrI 11,624,828contains similarity to Pfam domain PF04721 Domain of unknown function (DUF750) contains similarity to Interpro domain IPR006588 (Protein of unknown function PAW)
7tba-7T28D6.2n/achrIII 11,369,983C. elegans TBA-7 protein; contains similarity to Pfam domains PF00091 (Tubulin/FtsZ family, GTPase domain) , PF03953 (Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR002454 (Gamma tubulin), IPR002452 (Alpha tubulin), IPR002453 (Beta tubulin), IPR000217 (Tubulin), IPR003008 (Tubulin/FtsZ, GTPase), IPR004057 (Epsilon tubulin), IPR002967 (Delta tubulin), IPR000158 (Cell division protein FtsZ, N-terminal), IPR008280 (Tubulin/FtsZ, C-terminal)
8Y41C4A.11Y41C4A.11n/achrIII 11,721,632Y41C4A.11 encodes a divergent paralog of F38E11.5, the beta' (beta-prime) subunit of the coatomer (COPI) complex; unlike F38E11.5, Y41C4A.11 has no obvious function in mass RNAi assays.
9K06B4.3K06B4.3n/achrV 15,672,799contains similarity to Saccharomyces cerevisiae mRNA binding protein; SGD:YPR042C
10W05H12.1W05H12.1n/achrI 13,420,879contains similarity to Pfam domain PF01064 Activin types I and II receptor domain contains similarity to Interpro domain IPR000472 (TGF-beta receptor/activin receptor, type I/II)
11Y48A6B.8Y48A6B.8n/achrIII 11,028,225contains similarity to Interpro domains IPR003547 (Serine/threonine protein kinase, yersinia), IPR013022 (Xylose isomerase-like, TIM barrel)
12R11.2R11.2n/achrX 16,184,757contains similarity to Homo sapiens Chromosome-associated kinesin KIF4A; ENSEMBL:ENSP00000262784
13C43G2.4C43G2.4n/achrIV 6,562,982contains similarity to Pfam domain PF01062 Bestrophin contains similarity to Interpro domain IPR000615 (Bestrophin)
14C30F2.3C30F2.3n/achrX 16,084,008contains similarity to Dictyostelium discoideum Putative uncharacterized protein.; TR:Q1MVQ9
15col-177F59F3.2n/achrX 11,000,722C. elegans COL-177 protein; contains similarity to Pfam domain PF01391 Collagen triple helix repeat (20 copies) contains similarity to Interpro domains IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
16F38E1.3F38E1.3n/achrV 8,376,994contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
17C09G1.4C09G1.4n/achrX 15,992,503contains similarity to Interpro domain IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
18F16G10.2F16G10.2n/achrII 2,375,633contains similarity to Pfam domain PF02343 Domain of unknown function DUF130 contains similarity to Interpro domain IPR003326 (Protein of unknown function DUF130)
19fbxb-36F07E5.6n/achrII 2,061,815C. elegans FBXB-36 protein; contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
20F14H12.3F14H12.3n/achrX 4,344,919contains similarity to Pfam domain PF00090 Thrombospondin type 1 domain contains similarity to Interpro domains IPR008085 (Thrombospondin, subtype 1), IPR000884 (Thrombospondin, type I)
21wht-9Y49E10.9n/achrIII 12,393,102C. elegans WHT-9 protein; contains similarity to Pfam domains PF01061 (ABC-2 type transporter) , PF00005 (ABC transporter) contains similarity to Interpro domains IPR003439 (ABC transporter-like), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR013525 (ABC-2 type transporter)
22sri-36F33H12.5n/achrII 2,584,688C. elegans SRI-36 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
23DC2.5DC2.5n/achrV 211,433contains similarity to Pfam domain PF00439 Bromodomain contains similarity to Interpro domain IPR001487 (Bromodomain)
24ZC190.8ZC190.8n/achrV 8,687,699contains similarity to Tetrahymena thermophila Micronuclear linker histone polyprotein (MIC LH) [Contains:sMicronuclear linker histone-alpha; Micronuclear linker histone-beta;sMicronuclear linker histone-delta; Micronuclear linker histone-gamma].; SW:P40631
25R05H10.1R05H10.1n/achrII 14,852,898contains similarity to Interpro domain IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
26C53A5.13C53A5.13n/achrV 14,550,708contains similarity to Pfam domain PF00041 Fibronectin type III domain contains similarity to Interpro domains IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold), IPR003961 (Fibronectin, type III), IPR003962 (Fibronectin, type III subdomain)
27R09B5.12R09B5.12n/achrV 1,455,855contains similarity to Interpro domains IPR011583 (Chitinase II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core)
28Y113G7B.15Y113G7B.15n/achrV 20,226,741contains similarity to Pfam domains PF08246 (Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29)) , PF00112 (Papain family cysteine protease) contains similarity to Interpro domains IPR013128 (Peptidase C1A, papain), IPR000169 (Peptidase, cysteine peptidase active site), IPR013201 (Proteinase inhibitor I29, cathepsin propeptide), IPR000668 (Peptidase C1A, papain C-terminal)
29ZK930.5ZK930.5n/achrII 11,882,963contains similarity to Methanobacterium thermoautotrophicum Phosphoserine phosphatase.; TR:O27663
30sulp-4K12G11.1n/achrV 11,877,220sulp-4 encodes one of eight C. elegans members of the sulfate permease family of anion transporters; by homology, SULP-4 is predicted to function as an anion transporter that regulates cellular pH and volume via transmembrane movement of electrolytes and fluids and when expressed in Xenopus oocytes, SULP-4 exhibits robust transport of sulfate and more modest transport of chloride ions and oxalate; a SULP-4::GFP fusion is expressed in the apical canaliculae of the excretory cell and also in some head neurons.
31ZK418.6ZK418.6n/achrIII 7,076,490contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
32F40G9.14F40G9.14n/achrIII 176,962contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
33K02H8.1K02H8.1n/achrX 17,004,963K02H8.1 encodes, by alternative splicing, two isoforms of a putative MUSCLEBLIND-type mRNA splicing regulator required in adults for normal muscle dense body organization, locomotion, and vulval morphogenesis; K02H8.1 is orthologous to Drosophila MBL and human MBNL1 (OMIM:606516), MBNL2 (OMIM:607327), and MBNL3 (OMIM:300413); K02H8.1 is transcribed in larvae and adults; K02H8.1(RNAi) animals show protruding vulvae, progressive uncoordination, and disordered dense bodies; while K02H8.1 is required in adults, it is dispensable in larvae, perhaps reflecting a progressive muscle dystrophy in K02H8.1(RNAi) animals.
34ugt-43F01D4.1n/achrIV 10,466,113C. elegans UGT-43 protein; contains similarity to Pfam domains PF04101 (Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain) , PF00201 (UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase) contains similarity to Interpro domains IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase), IPR007235 (Glycosyl transferase, family 28, C-terminal)
35ZK180.1ZK180.1n/achrIV 4,497,817contains similarity to Pfam domain PF00003 7 transmembrane receptor (metabotropic glutamate family) contains similarity to Interpro domains IPR000337 (GPCR, family 3), IPR002455 (GPCR, family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B)
36F58G1.9F58G1.9n/achrII 12,924,971contains similarity to Homo sapiens Adapter-related protein complex 4 mu 1 subunit; SW:O00189
37D2096.10D2096.10n/achrIV 8,388,092
38gst-40F56B3.10n/achrIV 761,476C. elegans GST-40 protein; contains similarity to Pfam domains PF00043 (Glutathione S-transferase, C-terminal domain) , PF02798 (Glutathione S-transferase, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR004046 (Glutathione S-transferase, C-terminal), IPR004045 (Glutathione S-transferase, N-terminal), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
39glb-23R13A1.8n/achrIV 7,218,772glb-23 encodes a globin; glb-23 transcription is higher in L3 and dauers than in young adults; glb-23 has no obvious function in mass RNAi assays.
40nfyb-1W10D9.4n/achrII 464,524C. elegans NFYB-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00808 Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone contains similarity to Interpro domains IPR009072 (Histone-fold), IPR003957 (Transcription factor, CBFA/NFYB, DNA topoisomerase), IPR003958 (Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone)
41nhr-7F54D1.4n/achrIV 11,267,544C. elegans NHR-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF00105 Zinc finger, C4 type (two domains) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000694 (Proline-rich region), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
42abt-2F12B6.1n/achrI 2,264,395abt-2 encodes a predicted ATP-binding cassette (ABC) transporter that is a member of the ABCA subfamily of transport proteins; ABT-2 is predicted to function as a transmembrane protein that couples energy to transport of various molecules across membranes, but as loss of abt-2 activity via RNAi results in no obvious defects, the precise role of abt-2 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
43H04J21.1H04J21.1n/achrIII 2,369,757contains similarity to Pfam domain PF02206 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR010996 (DNA-directed DNA polymerase, family X, beta-like, N-terminal), IPR000626 (Ubiquitin), IPR003125 (Protein of unknown function WSN)
44C38D4.7C38D4.7n/achrIII 4,810,559contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
45tps-2F19H8.1n/achrII 14,605,629tps-2 encodes one of two trehalose-6-phosphate synthase proteins in C. elegans, and RNAi of both enzymes leads to a more than 90% reduction decrease in trehalose levels, but does not appear to affect viability or development; the tps-2 mRNA is expressed throughout development.
46F19C7.5F19C7.5n/achrIV 4,596,309
47R07C3.13R07C3.13n/achrII 927,201
48C53D6.5C53D6.5n/achrIV 9,026,997contains similarity to Enterococcus hirae V-type sodium pump subunit F (EC 3.6.3.14) (Na(+)-translocating ATPasessubunit F).; SW:P43437
49cho-1C48D1.3n/achrIV 13,212,115cho-1 encodes a high-affinity choline transporter orthologous to members of the sodium-dependent glucose transporter family; CHO-1 is expressed in cholinergic neurons.
50F13E9.9F13E9.9n/achrIV 10,898,387contains similarity to Homo sapiens Similar to Dentin sialophosphoprotein preproprotein; ENSEMBL:ENSP00000282478