UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1wrt-1ZK1290.120chrII 7,532,133C. elegans WRT-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01079 Hint module contains similarity to Interpro domains IPR003586 (Hedgehog/intein hint domain, C-terminal), IPR001657 (Peptidase C46, hedgehog protein), IPR002034 (Alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase, conserved site), IPR006141 (Intein splicing site), IPR003587 (Hedgehog/intein hint, N-terminal), IPR001767 (Peptidase C46, hedgehog protein, hint region)
2nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
3Y37A1B.7Y37A1B.7n/achrIV 14,043,158
4T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
5dpy-7F46C8.6n/achrX 7,537,167dpy-7 encodes a cuticular collagen; DPY-7 functions as a structural constituent of the extracellular cuticle whose activity is required for normal cuticular morphology and hence, proper body form.
6F09F9.2F09F9.2n/achrX 4,110,914
7noah-2F52B11.3n/achrIV 14,093,906noah-2 encodes a PAN and ZP domain-containing protein that is related to the Drosophila extracellular matrix component NompA (no-mechanoreceptor-potential A); loss of noah-2 function via RNAi indicates that NOAH-2 activity is essential for molting; in addition, NOAH-2 appears to be required for embryonic and larval development, reproduction, coordinated locomotion, and the overall health of the animal.
8sqt-3F23H12.4n/achrV 12,353,631sqt-3 encodes a cuticle collagen; during development, sqt-3 activity is essential for viability and normal body morphology; genetic and expression studies indicate that SQT-3 is a cuticle component at all stages of development and that SQT-3 likely forms higher order cuticular structures with the DPY-17 cuticular collagen, both of which are candidate substrates for the DPY-31 procollagen C-proteinase.
9F53B1.4F53B1.4n/achrX 2,112,426contains similarity to Pfam domains PF07993 (Male sterility protein) , PF01370 (NAD dependent epimerase/dehydratase family) , PF04321 (RmlD substrate binding domain) , PF01073 (3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family) , PF02719 (Polysaccharide biosynthesis protein) contains similarity to Interpro domains IPR003869 (Polysaccharide biosynthesis protein CapD), IPR002225 (3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase), IPR005913 (dTDP-4-dehydrorhamnose reductase), IPR001509 (NAD-dependent epimerase/dehydratase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR013120 (Male sterility, NAD-binding)
10sym-1C44H4.3n/achrX 14,582,934sym-1 encodes a protein containing 15 contiguous leucine-rich repeats (LRRs) that functionally overlaps with sym-5 and interacts with mec-8 with respect to embryonic viability and attachment of body muscle to the extracellular cuticle; expression begins at the time of embryonic elongation and SYM-1 is secreted from the apical hypodermal surface of the embryo
11wrt-10ZK1290.8n/achrII 7,533,839wrt-10 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a Wart domain, and a C-terminal region of low-complexity sequence; WRT-10 is expressed in both male and hermaphrodite intestine; the Wart domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins; WRT-10 is required for normal growth to full size and locomotion; both of these requirements may reflect common defects in cholesterol-dependent hedgehog-like signalling or in vesicle trafficking.
12dpy-3EGAP7.1n/achrX 2,145,125dpy-3 encodes a cuticular collagen; along with dpy-2, dpy-7, dpy-8, and dpy-10, dpy-3 is required postembryonically for annular furrow formation and/or maintenance; specifically, DPY-3 activity is required for proper assembly of the DPY-7 collagen into the mature extracellular matrix; during each cuticle synthetic period, dpy-3 mRNA is expressed approximately four hours prior to the secretion of new cuticle.
13lpr-4W04G3.3n/achrX 11,065,896C. elegans LPR-4 protein; contains similarity to Interpro domains IPR012674 (Calycin), IPR011038 (Calycin-like)
14F15B9.8F15B9.8n/achrV 12,990,344contains similarity to Pfam domain PF00090 Thrombospondin type 1 domain contains similarity to Interpro domains IPR008085 (Thrombospondin, subtype 1), IPR000884 (Thrombospondin, type I)
15K08B12.1K08B12.1n/achrV 6,260,074contains similarity to Pfam domain PF01764 Lipase (class 3) contains similarity to Interpro domains IPR002921 (Lipase, class 3), IPR008262 (Lipase, active site)
16pqn-46F57B9.9n/achrIII 6,943,249The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
17F01D5.6F01D5.6n/achrII 14,007,416contains similarity to Pfam domain PF04536 Domain of unknown function (DUF477) contains similarity to Interpro domain IPR007621 (Protein of unknown function DUF477)
18C32H11.5C32H11.5n/achrIV 12,923,920contains similarity to Pfam domain PF02520 Domain of unknown function DUF148 contains similarity to Interpro domain IPR003677 (Protein of unknown function DUF148)
19F58H1.2F58H1.2n/achrV 11,929,524contains similarity to Lycopersicon esculentum Abscisic acid and environmental stress inducible protein TAS14s(Dehydrin TAS14).; SW:DH14_LYCES
20W08A12.3W08A12.3n/achrV 3,683,717
21D1014.5D1014.5n/achrV 8,125,176contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
22W04E12.7W04E12.7n/achrV 19,731,742contains similarity to Pfam domain PF06162 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF976) contains similarity to Interpro domains IPR010381 (Protein of unknown function DUF976, Caenorhabditis species), IPR016125 (Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like)
23lpr-3W04G3.8n/achrX 11,058,541W04G3.8 encodes a novel protein, conserved amongst nematodes; large-scale RNAi experiments indicate that W04G3.8 activity is required for normal growth rates, early larval development, and coordinated locomotion.
24clec-180F32E10.3n/achrIV 7,571,306C. elegans CLEC-180 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
25H03E18.1H03E18.1n/achrX 8,510,941contains similarity to Pfam domain PF00024 PAN domain contains similarity to Interpro domains IPR003609 (Apple-like), IPR003014 (N/apple PAN)
26grl-10C26F1.5n/achrV 7,775,086grl-10 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
27dpy-18Y47D3B.10n/achrIII 11,375,393An alpha subunit of prolyl-4-hydroxylase which is a procollagen modifying enzyme required for exoskeleton formation, morphogenesis and maintenance of body shape; it is expressed throughout the hypodermis and certain head and posterior neurons.
28dpy-2T14B4.6n/achrII 6,715,073The dpy-2 gene encodes an unusual cuticular collagen that is required for maintaining the normal body length of the animal in later larval stages; dpy-2 interacts with other cuticular collagens such as dpy-10 and sqt-1, and suppresses mutations in glp-1, mup-1, and emb-5.
29M03B6.3M03B6.3n/achrX 13,862,714contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
30T19B10.2T19B10.2n/achrV 11,222,045
31grl-15Y75B8A.20n/achrIII 12,234,051grl-15 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a central proline-rich low-complexity region, and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; GRL-15 is expressed in the reproductive system, vulva, and larval hypodermis; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
32fkb-3C05C8.3n/achrV 7,225,808fkb-3 encodes a peptidylprolyl cis/trans isomerase homologous to mammalian FK506 immunosuppressant-binding protein 9; FKB-3 expression is positively regulated by signaling through the DAF-2 insulin receptor-like pathway and the activity of the DAF-16 fork-head transcription factor suggesting that FKB-3 could play a role in metabolism and longevity; however, as loss of FKB-3 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of FKB-3 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; FKB-3 contains a predicted endoplasmic reticulum (ER) retention sequence and is thus proposed to localize to the ER.
33nas-4C05D11.6n/achrIII 6,413,237nas-4 encodes a predicted extracellular matrix metalloprotease of the M12A (astacin) family that contains an N-terminal signal sequence and a catalytic domain, but no recognizable regulatory domains in the C-terminus; as loss of nas-4 activity via RNAi results in no obvious abnormalities, the precise role of NAS-4 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; however, an NAS-4 translational reporter is expressed in the pharynx and intestine in larvae and adults, suggesting a role for NAS-4 in digestion; NAS-4 is specifically detected within cells of the pharyngeal procorpus, metacorpus, isthmus, and terminal bulb, with extracellular expression detected in the lumen of the terminal bulb and in the gut.
34cyn-6F42G9.2n/achrIII 773,770cyn-6 encodes a cyclophilin most similar to human secreted cyclophilin type B isoforms that is functional when expressed in E. coli; it is expressed in the intestine.
35col-90C29E4.1n/achrIII 7,949,381C. elegans COL-90 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR004829 (Cell surface antigen), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
36F22F4.1F22F4.1n/achrX 6,005,723
37F20G2.3F20G2.3n/achrV 13,767,197contains similarity to Pfam domains PF01105 (emp24/gp25L/p24 family/GOLD) , PF00650 (CRAL/TRIO domain) contains similarity to Interpro domains IPR001251 (Cellular retinaldehyde-binding/triple function, C-terminal), IPR011074 (Phosphatidylinositol transfer protein-like, N-terminal), IPR000348 (emp24/gp25L/p24)
38dpy-8C31H2.2n/achrX 5,149,633dpy-8 encodes a collagen with a nematode-specific N-terminal domain that is required for normal body morphology and (perhaps) for a normal embryonic cell division rate; dpy-8 interacts genetically with emb-5 and glp-1.
39F09C12.6F09C12.6n/achrII 5,117,137contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
40ZK154.1ZK154.1n/achrX 7,780,026contains similarity to Interpro domain IPR010916 (TonB box, conserved site)
41lips-9F58G1.5n/achrII 12,934,548C. elegans LIPS-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF01674 Lipase (class 2) contains similarity to Interpro domain IPR002918 (Lipase, class 2)
42ZC434.3ZC434.3n/achrI 10,334,634contains similarity to Interpro domain IPR000931 (Adenovirus fibre protein)
43R02F11.1R02F11.1n/achrV 4,801,848contains similarity to Interpro domain IPR006150 (Cysteine-rich repeat)
44R07E3.6R07E3.6n/achrX 10,319,714contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
45F40E10.5F40E10.5n/achrX 14,702,656contains similarity to Onchocerca volvulus OV39 antigen (Fragment).; SW:P31730
46ZK662.2ZK662.2n/achrX 15,697,316contains similarity to Homo sapiens Metallothionein-IL; ENSEMBL:ENSP00000290704
47R11A5.7R11A5.7n/achrI 7,873,884contains similarity to Pfam domains PF00246 (Zinc carboxypeptidase) , PF01549 (ShK domain-like) , PF02244 (Carboxypeptidase activation peptide) contains similarity to Interpro domains IPR003146 (Proteinase inhibitor, carboxypeptidase propeptide), IPR000834 (Peptidase M14, carboxypeptidase A), IPR009020 (Proteinase inhibitor, propeptide), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
48Y47D3B.6Y47D3B.6n/achrIII 11,427,622contains similarity to Pfam domain PF01683 EB module contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR000480 (Glutelin), IPR006149 (Nematode-specific EB region)
49C15C6.1C15C6.1n/achrI 12,202,933contains similarity to Caulobacter crescentus Hypothetical protein CC0499.; TR:Q9AAU5
50C34F6.1C34F6.1n/achrX 11,194,603contains similarity to Pfam domain PF00014 Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain contains similarity to Interpro domains IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa), IPR000694 (Proline-rich region), IPR006150 (Cysteine-rich repeat)