UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1ZK1128.4ZK1128.40chrIII 10,119,727contains similarity to Pfam domain PF03850 Transcription factor Tfb4 contains similarity to Interpro domain IPR004600 (Transcription factor Tfb4)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3T01H3.2T01H3.2n/achrII 7,876,054T01H3.2 encodes a large (980-residue) uncharacterized protein, with multiple dysferlin and beta-propeller domains, that is conserved among metazoa; T01H3.2 shares an operon with vha-4, and thus might be a previously undescribed V-ATPase component or ancillary protein.
4Y53C12A.6Y53C12A.6n/achrII 9,717,654contains similarity to Bacteriophage RB69 Hypothetical protein RB69ORF024c.; TR:Q7Y5B4
5F31F6.2F31F6.2n/achrX 14,870,061F31F6.2 encodes a novel protein that is conserved in C. elegans; three other genes related to F31F6.2 are present in tandem on the X chromosome; loss of F31F6.2 function via large-scale RNAi results in increased fat content.
6sra-25T26E3.9n/achrI 12,687,150C. elegans SRA-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
7F54D5.9F54D5.9n/achrII 11,543,652F54D5.9 encodes an F-box protein orthologous to to human FBXO47 (OMIM:609498, deleted in renal cell carcinoma) and paralogous to PROM-1, that suppresses excess embryonic cell division; F54D5.9(RNAi) animals show hyperproliferating embryonic tissues, while having no obvious meiotic defects.
8lsl-1F52F12.4n/achrI 9,902,069C. elegans LSL-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007086 (Zinc finger, C2H2-subtype), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR003656 (Zinc finger, BED-type predicted), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
9F46B6.8F46B6.8n/achrV 9,792,368contains similarity to Pfam domains PF04083 (ab-hydrolase associated lipase region) , PF00561 (alpha/beta hydrolase fold) contains similarity to Interpro domains IPR006693 (AB-hydrolase associated lipase region), IPR000073 (Alpha/beta hydrolase fold-1), IPR008262 (Lipase, active site)
10C36B1.11C36B1.11n/achrI 8,756,734contains similarity to Interpro domain IPR001576 (Phosphoglycerate kinase)
11Y43E12A.3Y43E12A.3n/achrIV 10,988,514contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
12cyp-31A2H02I12.8n/achrIV 11,404,949cyp-31A2 encodes a class 4 cytochrome P450 predicted to hydroxylate polyunsaturated fats (PUFAs); CYP-31A2 is required for sperm to normally migrate towards a PUFA-based signal exuded by oocytes; cyp-31A2(RNAi) hermaphrodites are infertile, both through aberrant loss of their own sperm and through failure of males to effectively inseminate them; in mammalian eicosanoid signalling, class 4 cytochrome P450 is required for the omega hydroxylation of PUFAs, prostaglandins, and leukotrienes.
13ZK792.5ZK792.5n/achrIV 11,686,516contains similarity to Pfam domain PF00806 Pumilio-family RNA binding repeat contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR002952 (Eggshell protein), IPR001313 (Pumilio RNA-binding region), IPR016024 (Armadillo-type fold)
14ZC410.3ZC410.3n/achrIV 9,077,529contains similarity to Pfam domain PF01532 Glycosyl hydrolase family 47 contains similarity to Interpro domain IPR001382 (Glycoside hydrolase, family 47)
15pgl-2B0523.3n/achrIII 8,672,707pgl-2 encodes a novel protein of 532 amino acids that, in C. elegans, is one of three PGL protein family members; PGL-2 associates with P granules during postembryonic development; PGL-2 interacts with PGL-1, an additional P granule component, in yeast two-hybrid assays, but neither protein is required for proper localization of the other.
16btb-20F57C2.1n/achrII 14,522,887C. elegans BTB-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
17K06B9.2K06B9.2n/achrIV 4,192,443K06B9.2 encodes a putative UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase, paralogous to C36A4.4 and orthologous to human UAP1 (OMIM:602862) and UAP1L1; K06B9.2 is thought to catalyse the fourth step of the hexosamine pathway to UDP-N-acetylglucosamine or UDP-N-acetylgalactosamine; K06B9.2 transcripts are enriched during oogenesis; K06B9.2(RNAi) animals have an osmotically-sensitive embryonic lethal phenotype, presumably because of defects in chitin and eggshell synthesis.
18C34G6.5C34G6.5n/achrI 5,873,231contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
19C36A4.4C36A4.4n/achrIII 3,842,530C36A4.4 encodes a putative UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase, paralogous to K06B9.2 and orthologous to human UAP1 (OMIM:602862) and UAP1L1; C36A4.4 is thought to catalyse the fourth step of the hexosamine pathway to UDP-N-acetylglucosamine or UDP-N-acetylgalactosamine; C36A4.4 transcripts are enriched during oogenesis; C36A4.4(RNAi) animals have an osmotically-sensitive embryonic lethal phenotype, presumably because of defects in chitin and eggshell synthesis.
20W06B4.2W06B4.2n/achrII 4,469,593contains similarity to Pfam domain PF01869 BadF/BadG/BcrA/BcrD ATPase family contains similarity to Interpro domain IPR002731 (ATPase, BadF/BadG/BcrA/BcrD type)
21C54G4.9C54G4.9n/achrI 8,025,714contains similarity to Pyrococcus furiosus Hypothetical protein PF0537.; TR:Q8U3D2
22C01G5.5C01G5.5n/achrIV 6,525,508contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
23syp-3F39H2.4n/achrI 8,663,589syp-3 encodes a coiled-coil protein; SYP-3 activity is required during meiosis for chromosome synapsis and chiasma formation, specifically for proper assembly of the central region of the synaptonemal complex; thus, SYP-3 is essential activity is essential for normal embryonic development; immunolocalization studies indicate that SYP-3 is likely a structural component of the central element of the synaptonemal complex.
24K11H3.3K11H3.3n/achrIII 9,852,736contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
25B0545.4B0545.4n/achrIV 109,498contains similarity to Pfam domain PF05699 hAT family dimerisation domain contains similarity to Interpro domain IPR008906 (HAT dimerisation)
26T02G5.7T02G5.7n/achrII 7,076,340The T02G5.7 gene encodes a homolog of the human gene ACAT1, which when mutated leads to alpha-methylacetoaceticaciduria (OMIM:203750).
27C10A4.4C10A4.4n/achrX 7,402,753
28C16C8.13C16C8.13n/achrII 3,451,870contains similarity to Pfam domain PF00240 Ubiquitin family contains similarity to Interpro domain IPR000626 (Ubiquitin)
29T04A8.15T04A8.15n/achrIII 4,713,844contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Ubiquitin-specific protease; SGD:YDL122W
30T03F6.3T03F6.3n/achrIII 13,390,012contains similarity to Pfam domain PF01182 Glucosamine-6-phosphate isomerases/6-phosphogluconolactonase contains similarity to Interpro domains IPR006148 (Glucosamine/galactosamine-6-phosphate isomerase), IPR004547 (Glucosamine-6-phosphate isomerase)
31cdc-6C43E11.10n/achrI 4,269,180cdc-6 encodes a homolog of an origin complex component (CDC6) which in yeast controls the start of DNA replication, and also has a distant paralog (Y39A1A.12) within the C. elegans genome; CDC-6 is superficially dispensable for embryonic viability, perhaps because of redundancy with Y39A1A.12.
32W03C9.2W03C9.2n/achrII 11,963,758contains similarity to Schizosaccharomyces pombe Transcription elongation factor S-II (TFIIS).; SW:TFS2_SCHPO
33efn-3F15A2.5n/achrX 13,476,463efn-3 encodes a potential GPI-modified ephrin that is, with EFN-2, is required for normal epidermal organization in the male tail; EFN-3, along with EFN-1 and EFN-2, activates the VAB-1 tyrosine kinase in vivo and binds it in vitro, and has a minor role in embryonic epiboly.
34C48B4.11C48B4.11n/achrIII 9,565,286contains similarity to Interpro domain IPR006069 (ATPase, P-type cation exchange, alpha subunit)
35edc-3R05D11.8n/achrI 8,603,637C. elegans EDC-3 protein; contains similarity to Interpro domain IPR010920 (Like-Sm ribonucleoprotein-related, core)
36F07H5.10F07H5.10n/achrII 8,807,812contains similarity to Arabidopsis thaliana Myosin heavy chain-like protein.; TR:Q9FJ35
37T23D8.7T23D8.7n/achrI 9,991,647contains similarity to Pfam domains PF02170 (PAZ domain) , PF08699 (Domain of unknown function (DUF1785)) , PF02171 (Piwi domain) contains similarity to Interpro domains IPR014811 (Region of unknown function DUF1785), IPR003165 (Stem cell self-renewal protein Piwi), IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
38F26H11.4F26H11.4n/achrII 14,410,374contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Mitochondrial ATPase (similar to E. coli FtsH protein) that resides in the innner mitochondrial membrane; SGD:YMR089C
39nhr-133F44C8.8n/achrV 2,211,309C. elegans NHR-133 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
40skr-17C06A8.4n/achrII 7,784,177skr-17 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a core component of the SCF (Skp1p, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that facilitates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-17 has no known function in vivo, since skr-17(RNAi) animals are at least superficially normal, and SKR-17 does not appear to interact in vitro with any of the C. elegans cullin homologs.
41C41G7.3C41G7.3n/achrI 9,516,858contains similarity to Pfam domains PF00013 (KH domain) , PF03073 (TspO/MBR family) contains similarity to Interpro domains IPR004307 (TspO/MBR-related protein), IPR004087 (K Homology), IPR004088 (K Homology, type 1)
42rab-21T01B7.3n/achrII 8,714,514rab-21 encodes a Rab GTPase most closely related to the Drosophila and vertebrate Rab21 GTPases and Saccharomyces cerevisiae VPS21; by homology, RAB-21 is predicted to be involved in membrane trafficking/vesicle transport; loss of rab-21 activity via RNAi results in 7-8% embryonic lethality.
43F46F11.8F46F11.8n/achrI 5,625,448
44ulp-5K02F2.4n/achrI 6,813,375C. elegans ULP-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF02902 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain contains similarity to Interpro domain IPR003653 (Peptidase C48, SUMO/Sentrin/Ubl1)
45F43G9.4F43G9.4n/achrI 8,611,732contains similarity to Brugia malayi Putative uncharacterized protein BMBAC01P19.03a.; TR:Q8IHI9
46fbxa-108F59A1.7n/achrV 17,657,524This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
47ZC477.5ZC477.5n/achrIV 7,102,332
48C05C8.5C05C8.5n/achrV 7,233,733contains similarity to Pfam domain PF00929 Exonuclease contains similarity to Interpro domains IPR013520 (Exonuclease, RNase T and DNA polymerase III), IPR006055 (Exonuclease), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
49ftr-1Y113G7B.4n/achrV 20,192,960This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
50hus-1H26D21.1n/achrI 3,698,705hus-1 encodes the C. elegans ortholog of the Schizosaccharomyces pombe Hus1 DNA damage checkpoint protein; in C. elegans, hus-1 activity is required for DNA damage-induced cell cycle arrest and apoptosis, telomere maintenance, and hence, genome stability and development; specifically, hus-1 is required for the CEP-1/p53-dependent increase in germline egl-1 expression following irradiation; a HUS-1::GFP fusion protein is detected in the nuclei of mitotic and meiotic germ cells, mature oocytes, embryos, and somatic larval cells, particularly those that are proliferating; while HUS-1 localization is generally diffuse throughout these nuclei, following irradiation, HUS-1 localizes to discrete foci that overlap with chromatin; HUS-1 nuclear localization is dependent upon the Rad9 homologue HPR-9 and upon the checkpoint protein MRT-2, with which it interacts in yeast two-hybrid and in vitro assays.