UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1ZK1086.2ZK1086.21.0000000000000001e-71chrX 13,792,979contains similarity to Shewanella oneidensis Hypothetical protein.; TR:Q8EJA6
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3cyp-23A1B0304.3n/achrII 4,514,151The B0304.3 gene encodes a homolog of the human gene CYP7B1, which when mutated leads to giant cell hepatitis (OMIM:231100).
4F59A3.1F59A3.1n/achrI 5,525,077F59A3.1 encodes one of two C. elegans carboxypeptidase D homologs; loss of F59A3.1 activity via large-scale RNAi screens in a sensitized, rrf-3 mutant background results in larval lethality, abnormal locomotion, and abnormal morphogenesis of the vulval epithelium resulting in rupture; high-throughput expression studies report F59A3.1 expression in the pharynx only.
5C30A5.6C30A5.6n/achrIII 8,206,270
6tag-224B0496.8n/achrIV 7,450,248tag-224 encodes an ortholog of Drosophila CG6522-PA and of human LMCD1 and TESTIN; TAG-224 is dispensable for Wnt-directed planar cell polarity and the fully asymmetrical division of B.a versus B.p cells.
7F46F11.7F46F11.7n/achrI 5,621,853contains similarity to Interpro domain IPR011061 (Proteinase inhibitor I14/I15, hirudin/antistatin)
8F23A7.5F23A7.5n/achrX 16,233,076contains similarity to Homo sapiens Isoform 3 of Cyclin-L1; VG:OTTHUMP00000173336
9C32B5.5C32B5.5n/achrII 974,906contains similarity to Pfam domain PF00646 F-box domain
10F22F1.3F22F1.3n/achrX 8,162,399contains similarity to Pfam domain PF02172 KIX domain contains similarity to Interpro domain IPR003101 (Coactivator CBP, KIX)
11srh-15C50B6.6n/achrV 13,321,651C. elegans SRH-15 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
12AC8.7AC8.7n/achrX 230,898
13Y57G11C.31Y57G11C.31n/achrIV 14,685,186contains similarity to Pfam domain PF03407 Protein of unknown function (DUF271) contains similarity to Interpro domain IPR005069 (Protein of unknown function DUF271)
14nhr-176F14H3.11n/achrV 16,072,040C. elegans NHR-176 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
15ncs-3K03E6.3n/achrX 1,055,449ncs-3 encodes a neuronal calcium sensor (NCS) protein with no obvious null phenotype.
16F54B11.11F54B11.11n/achrX 13,580,176contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
17K02D3.2K02D3.2n/achrX 13,710,264contains similarity to Pfam domain PF01852 START domain contains similarity to Interpro domain IPR002913 (Lipid-binding START)
18unc-97F14D12.2n/achrX 5,593,799The unc-97 gene encodes a LIM domain-containing protein of the PINCH family that is highly similar to human LIMS1 (OMIM:602567) and LIMS2; UNC-97 functions as an adaptor protein important for assembly of muscle adherens junctions and the mechanosensory functions of the touch neurons; UNC-97 interacts with PAT-4/integrin-linked kinase and with UNC-98; UNC-97 colocalizes with PAT-3/beta integrin at dense bodies, focal adhesion-like muscle attachment structures.
19C32A3.2C32A3.2n/achrIII 3,629,439contains similarity to Homo sapiens Kinesin-like protein KIF14; ENSEMBL:ENSP00000236917
20gcy-3R134.1n/achrII 9,504,941gcy-3 is predicted to encode a guanylate cyclase.
21R07C12.2R07C12.2n/achrIV 4,149,092
22cdk-2K03E5.3n/achrI 3,411,552C. elegans CDK-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
23unc-50T07A5.2n/achrIII 10,316,260unc-50 encodes an integral membrane protein orthologous to the Saccharomyces cerevisiae Golgi component Gmh1p; UNC-50 is required for regulating subtype-specific nicotinic receptor trafficking to the cell surface and thus, for normal synaptic transmission at the neuromuscular junction; UNC-50 is ubiquitously expressed from early embryogenesis to adulthood and localizes to the Golgi.
24acl-10F55A11.5n/achrV 11,775,146C. elegans ACL-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF01553 Acyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR002123 (Phospholipid/glycerol acyltransferase)
25tsp-20B0198.1n/achrX 12,032,731C. elegans TSP-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF00335 Tetraspanin family contains similarity to Interpro domains IPR000301 (CD9/CD37/CD63 antigen), IPR008952 (Tetraspanin)
26F08G12.3F08G12.3n/achrX 11,301,106contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8I5Q0
27nas-1F45G2.1n/achrIII 13,407,525nas-1 encodes an astacin-like metalloprotease.
28srh-268C54F6.1n/achrV 7,540,084C. elegans SRH-268 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
29pmp-3C54G10.3n/achrV 14,650,313pmp-3 encodes a putative ABC transporter orthologous to human ABCD4 (OMIM:603214) and paralogous to PMP-5; pmp-3 expression levels are unusually stable, with relatively little variation between adults, dauers, and L3 larvae, or between wild-type and daf-2(e1370ts) or daf-16(m26) mutant adults; PMP-3 has no obvious function in mass RNAi assays, and pmp-3(ok1087) mutants are at least grossly normal (in particular, they show no defects in the uptake stage of RNAi).
30srm-1T28H11.2n/achrIV 5,013,566C. elegans SRM-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter)
31F54F7.7F54F7.7n/achrX 11,868,588contains similarity to Pfam domain PF08123 Histone methylation protein DOT1 contains similarity to Interpro domain IPR013110 (Histone methylation DOT1)
32str-16Y73C8A.1n/achrV 3,239,764C. elegans STR-16 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR002091 (Aromatic amino acid permease)
33B0399.2B0399.2n/achrV 19,551,938contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
34sru-3C33A12.11n/achrIV 9,497,224C. elegans SRU-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
35nhr-100C28D4.1n/achrIV 9,729,825nhr-100 encodes a member of the superfamily of nuclear receptors, which is one of the most abundant class of transcriptional regulators; nuclear receptors have a well conserved DNA binding domain and a less conserved C-terminal ligand binding domain.
36ZK265.7ZK265.7n/achrI 8,265,494contains similarity to Drosophila yakuba Salivary glue protein Sgs-3 precursor.; SW:P13728
37chd-3T14G8.1n/achrX 12,849,438chd-3 encodes a PHD-finger SNF2 family member containing a chromo domain and a C-terminal helicase domain that affects Notch-dependent vulval development; expressed in virtually all embryonic cells and in many larval nuclei.
38F27E11.1F27E11.1n/achrV 3,464,980contains similarity to Pfam domains PF01773 (Na+ dependent nucleoside transporter N-terminus) , PF07670 (Nucleoside recognition) , PF07662 (Na+ dependent nucleoside transporter C-terminus) contains similarity to Interpro domains IPR008276 (Concentrative nucleoside transporter), IPR002668 (Na+ dependent nucleoside transporter), IPR011657 (Na+ dependent nucleoside transporter, C-terminal), IPR011642 (Nucleoside recognition)
39F13A2.6F13A2.6n/achrV 4,403,625contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domain IPR006583 (CW)
40C07G3.2C07G3.2n/achrV 3,524,079contains similarity to Pfam domain PF08719 Domain of unknown function (DUF1768) contains similarity to Interpro domain IPR012816 (Conserved hypothetical protein CHP02464)
41ire-1C41C4.4n/achrII 8,118,482ire-1 encodes a transmembrane serine/threonine protein kinase and site-specific endoribonuclease orthologous to Saccharomyces cerevisiae inositol-requiring 1 protein kinase (Ire1) and human endoplasmic reticulum-to-nucleus signaling 1 (ERN1, OMIM:604033); IRE-1 is required for the unfolded protein response (UPR) that counteracts cellular stress induced by accumulation of unfolded proteins in the endoplasmic reticulum (ER); in response to ER stress, IRE-1 cleaves xbp-1 mRNA to produce transcriptionally active XBP-1 that positively regulates UPR gene expression in order to maintain ER homeostasis.
42H01M10.1H01M10.1n/achrX 2,579,387
43fbxa-52F07G6.6n/achrX 1,710,748C. elegans FBXA-52 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
44VC5.2VC5.2n/achrV 7,087,384contains similarity to Pfam domain PF00053 Laminin EGF-like (Domains III and V) contains similarity to Interpro domains IPR006056 (YjgF-like protein), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin)
45F38B6.6F38B6.6n/achrX 6,687,229contains similarity to Pfam domains PF07719 (Tetratricopeptide repeat) (4), PF08409 (Domain of unknown function (DUF1736)) , PF00515 (Tetratricopeptide repeat) (5)contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR013618 (Region of unknown function DUF1736), IPR008940 (Protein prenyltransferase), IPR001440 (Tetratricopeptide TPR-1), IPR013105 (Tetratricopeptide TPR2), IPR013026 (Tetratricopeptide region)
46irk-3K04G11.5n/achrX 14,356,108C. elegans IRK-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF01007 Inward rectifier potassium channel contains similarity to Interpro domains IPR013521 (Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, conserved region 2), IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR013518 (Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic), IPR001838 (Potassium channel, inwardly rectifying, Kir-like)
47F52D1.2F52D1.2n/achrX 447,631
48EEED8.12EEED8.12n/achrII 5,408,624contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
49cul-5ZK856.1n/achrV 10,181,305cul-5 encodes a cullin, orthologous to vasopressin-activated calcium-mobilizing receptor-1 in mammals, that is thought to regulate the cell cycle by virtue of its paralogy to cul-1 and cul-2; however, CUL-5 is dispensable for viability and gross morphology in mass RNAi screens, and does not appear to interact with any of 17 Skp1-related proteins (SKR-1 through SKR-21).
50rog-1F54D12.6n/achrII 1,374,343rog-1 encodes a protein with an insulin receptor substrate-1 (IRS-type) phosphotyrosine-binding (PTB) domain that is required for the progression from pachytene to diakinesis in meiosis; rog-1 is primarily transcribed in germ cells, and this expression is required for oocyte development; ROG-1 is orthologous to human FRS2 (OMIM:607743) and FRS3 (OMIM:607744); rog-1(tm1031) mutant oocytes fail to progress from pachytene to diakinesis, a phenotype reminiscent of let-60 or mpk-1 mutant oocytes, and rog-1(tm1031) gonads lack phosphorylated MPK-1; rog-1(tm1031) and rog-1(RNAi) hermaphrodites show reduced brood sizes and increased embryonic lethality, with rog-1(tm1031) being more phenotypically severe than rog-1(RNAi); rog-1(tm1031) germ cell, brood size, and MPK-1 phosphorylation phenotypes are suppressed by the gain-of-function mutations let-60(n1046) or let-60(ga89ts); during meiosis, ROG-1 may function as an adaptor downstream of LET-23 and upstream of LET-60.