UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1ZK1067.2ZK1067.20chrII 9,218,954contains similarity to Pfam domain PF01422 NF-X1 type zinc finger contains similarity to Interpro domains IPR000967 (Zinc finger, NF-X1-type), IPR000694 (Proline-rich region), IPR001555 (Phosphoribosylglycinamide formyltransferase, active site), IPR000169 (Peptidase, cysteine peptidase active site)
2math-49ZK250.7n/achrII 1,954,675C. elegans MATH-49 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
3srbc-67T24A6.10n/achrV 3,539,627C. elegans SRBC-67 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
4F20D1.9F20D1.9n/achrX 15,002,884contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
5cyp-14A4R04D3.1n/achrX 13,283,058C. elegans CYP-14A4 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
6F29G6.2F29G6.2n/achrX 11,510,328contains similarity to Homo sapiens cDNA FLJ43363 fis, clone NT2RP7017474; ENSEMBL:ENSP00000374260
7srx-17F55B12.8n/achrV 13,841,443C. elegans SRX-17 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
8C47F8.3C47F8.3n/achrI 12,315,930contains similarity to Pfam domain PF01762 Galactosyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR002659 (Glycosyl transferase, family 31)
9str-226C07G3.4n/achrV 3,513,510C. elegans STR-226 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
10B0496.4B0496.4n/achrIV 7,428,290contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core)
11T20D4.9T20D4.9n/achrV 3,404,051T20D4.9 encodes a neprilysin; neprilysins are thermolysin-like zinc metallopeptidases, found on the outer surface of animal cells, that negatively regulate small signalling peptides (e.g., enkephalin, tachykinin, insulin, and natriuretic peptides) by cleaving them; T20D4.9 has no clear orthologs in other organisms.
12T26G10.1T26G10.1n/achrIII 9,405,416contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR000629 (RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014014 (RNA helicase, DEAD-box type, Q motif), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
13lin-23K10B2.1n/achrII 6,372,870lin-23 encodes an F-box- and WD-repeat-containing protein orthologous to Saccharomyces cerevisiae MET30 and human beta TRCP (OMIM:603482), both components of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; LIN-23 negatively regulates postembryonic cell divsions in all tissue types, and specifically, has been shown to function cell autonomously in the vulva to negatively regulate cell cycle progression and allow for cell cycle exit; LIN-23 also functions cell autonomously in some neurons to regulate neurite outgrowth; LIN-23 expression is first detected broadly during gastrulation, with expression continuing postembryonically in body wall and enteric muscle, hypodermal cells, and many but not all neurons; LIN-23 localizes to the cytoplasm.
14C27H6.3C27H6.3n/achrV 9,981,996contains similarity to Homo sapiens Acidic (Leucine-rich) nuclear phosphoprotein 32 family, member E; ENSEMBL:ENSP00000358111
15R12E2.1R12E2.1n/achrI 4,183,608contains similarity to Pfam domains PF01344 (Kelch motif) (5), PF00651 (BTB/POZ domain) , PF07707 (BTB And C-terminal Kelch) , PF07646 (Kelch motif) (3)contains similarity to Interpro domains IPR011043 (Galactose oxidase/kelch, beta-propeller), IPR017096 (Kelch-like protein, gigaxonin), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR006652 (Kelch repeat type 1), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR011498 (Kelch repeat type 2), IPR015916 (Galactose oxidase, beta-propeller), IPR013069 (BTB/POZ), IPR011705 (BTB/Kelch-associated), IPR013089 (Kelch related), IPR006651 (Kelch), IPR015915 (Kelch-type beta propeller)
16B0491.1B0491.1n/achrII 11,349,105contains similarity to Pfam domain PF05007 Mannosyltransferase (PIG-M) contains similarity to Interpro domain IPR007704 (Mannosyltransferase, DXD)
17ama-1F36A4.7n/achrIV 4,253,109ama-1 encodes the large subunit of RNA polymerase II required for mRNA transcription; AMA-1 is essential for proper embryonic development, particularly for the early division and migration of the endodermal precursor (E) cells that initiate gastrulation; AMA-1 is expressed ubiquitously in the developing embryo until the 550-cell stage.
18F32H2.8F32H2.8n/achrI 8,992,131contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domains IPR004988 (Protein of unknown function DUF273), IPR002229 (Blood group Rhesus C/E and D polypeptide)
19R05D11.6R05D11.6n/achrI 8,597,435contains similarity to Clostridium perfringens Hypothetical protein CPE2542.; TR:Q8XHE3
20E01G4.5E01G4.5n/achrII 13,473,085contains similarity to Interpro domains IPR002345 (Lipocalin), IPR000215 (Protease inhibitor I4, serpin)
21Y75B12B.8Y75B12B.8n/achrV 15,201,905contains similarity to Homo sapiens Xylosyltransferase I; ENSEMBL:ENSP00000261381
22str-7F22B8.5n/achrV 16,098,738C. elegans STR-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
23F10E7.6F10E7.6n/achrII 7,113,277
24K02D10.5K02D10.5n/achrIII 8,777,270contains similarity to Pfam domain PF05739 SNARE domain contains similarity to Interpro domain IPR000727 (Target SNARE coiled-coil region)
25nhr-9ZK418.1n/achrIII 7,096,245C. elegans NHR-9 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
26srx-42C06B3.11n/achrV 13,921,696C. elegans SRX-42 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
27scrm-2ZK1053.5n/achrI 13,235,906scrm-2 encodes a putative phospholipid scramblase homologous to human PLSCR1-5, and paralogous to other C. elegans SCRMs (e.g., SCRM-1); in apoptotic germline cells, SCRM-2 is fully dispensable for normally rapid engulfment and largely dispensable for phosphatidylserine exposure; SCRM-2 does not bind WAH-1 in vitro, and scrm-2(tm650) mutants have no obvious phenotype.
28sre-50C50E10.11n/achrII 12,304,243C. elegans SRE-50 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor)
29ZK488.5ZK488.5n/achrV 594,476contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
30sup-12T22B2.4n/achrX 3,906,111sup-12 encodes an RNA-binding protein that contains a conserved RNA recognition motif (RRM); during development, SUP-12 functions to regulate muscle-specific splicing of alternative unc-60 and egl-15 pre-mRNAs; in vitro, SUP-12 can bind unc-60 and egl-15 pre-mRNAs; a sup-12::gfp promoter fusion is expressed in body wall muscle and in the pharynx; in body wall muscle, a SUP-12::GFP localizes to nuclei in a speckled pattern.
31T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
32pdr-1K08E3.7n/achrIII 13,772,270pdr-1 encodes an ortholog of human parkin (PARK2; OMIM:602544), which when mutated leads to the juvenile 2 form of Parkinson disease (OMIM:600116).
33srh-51C10G11.3n/achrI 6,301,375C. elegans SRH-51 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
34T12A2.6T12A2.6n/achrIII 6,243,060
35H28G03.4H28G03.4n/achrX 5,223,420contains similarity to Interpro domain IPR009057 (Homeodomain-like)
36H04D03.1H04D03.1n/achrIII 10,437,086contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Global transcription activator that acts in complex with Snf2p, Snf5p, Snf6p, and Swi3p to assist gene-specific activators; involved in the regulation of expression of many genes, including ADH1, ADH2, GAL1, HO, INO1 and SUC2; SGD:YPL016W
37sgt-1R05F9.10n/achrII 4,903,031C. elegans SGT-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF07719 (Tetratricopeptide repeat) (2), PF00515 (Tetratricopeptide repeat) (3)contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR008940 (Protein prenyltransferase), IPR001440 (Tetratricopeptide TPR-1), IPR013105 (Tetratricopeptide TPR2), IPR013026 (Tetratricopeptide region)
38F22D3.6F22D3.6n/achrII 6,949,185The F22D3.6 gene encodes a paracaspase homolog that may be involved in apoptosis, and that is orthologous to the human gene MUCOSA ASSOCIATED LYMPHOID TISSUE LYMPHOMA TRANSLOCATION GENE 1 (MALT1; OMIM:604860).
39pqn-8C05B5.3n/achrIII 9,996,987The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
40srh-25C54D10.6n/achrV 12,433,068C. elegans SRH-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
41Y38H6A.1Y38H6A.1n/achrV 20,322,280contains similarity to Trypanosoma brucei brucei Histone H1.; TR:Q9N6S6
42clec-254F11D11.5n/achrV 18,753,929C. elegans CLEC-254 protein; contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domains IPR006583 (CW), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
43T10E9.2T10E9.2n/achrI 6,543,527
44T27A3.7T27A3.7n/achrI 6,108,746contains similarity to Pfam domain PF00130 Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) contains similarity to Interpro domains IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR002219 (Protein kinase C, phorbol ester/diacylglycerol binding), IPR001781 (Zinc finger, LIM-type)
45C14H10.1C14H10.1n/achrX 10,235,306contains similarity to Pfam domain PF02535 ZIP Zinc transporter contains similarity to Interpro domain IPR003689 (Zinc/iron permease)
46sra-18F28C12.2n/achrI 12,692,935C. elegans SRA-18 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
47F31A9.4F31A9.4n/achrX 1,779,978
48cin-4ZK1127.7n/achrII 7,039,709C. elegans CIN-4 protein
49K10C2.6K10C2.6n/achrX 6,451,568
50H34I24.2H34I24.2n/achrIII 2,843,610contains similarity to Homo sapiens Mucin-7 precursor; ENSEMBL:ENSP00000302021