UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1ZK1025.7ZK1025.70chrI 11,466,357contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3nas-15T04G9.2n/achrX 779,117nas-15 encodes an astacin-like metalloprotease.
4T20D4.3T20D4.3n/achrV 3,420,496contains similarity to Pfam domain PF04721 Domain of unknown function (DUF750) contains similarity to Interpro domain IPR006588 (Protein of unknown function PAW)
5ptr-14R09H10.4n/achrIV 10,618,200ptr-14 encodes a nematode-specific member of the sterol sensing domain (SSD) proteins, distantly paralogous to Drosophila PATCHED (PTC) and human PTCH (OMIM:601309, mutated in basal cell nevus syndrome); PTR-14 is weakly required for normal molting from L4 to adult stages; PTR-14 is also required for normal growth to full size and locomotion.
6T16G1.2T16G1.2n/achrV 12,931,137contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
7R05G6.9R05G6.9n/achrIV 7,515,301R05G9.6 encodes a protein with a predicted signal sequence and EGF-like repeats that are related to those of Notch family members.
8pcca-1F27D9.5n/achrX 7,659,204The F27D9.5 gene encodes an ortholog of the human gene PROPIONYL-COA CARBOXYLASE ALPHA SUBUNIT (PCCA), which when mutated leads to propionicaciduria, type I (OMIM:232000).
9daf-6F31F6.5n/achrX 14,891,298daf-6 is required for an unidentified function of the nonneuronal amphidial sheath cells that promotes correct morphology of both the amphid and the outer labial sensilla; daf-6 mutants disrupt the joining of the amphid sheath and socket cells to form the receptor channel, and display defects in several distinct functions including formation of dauer larvae, chemotaxis, osmotic avoidance, male mating, negative regulation of lifespan, negative regulation of ASJ's axonal growth late in development, and dye uptake by amphids and phasmids; daf-6 has recently been reported to be identical to the coding sequence ptr-7/F31F6.5, but this assertion has not yet been verified by transgenic rescue.
10T22D1.4T22D1.4n/achrIV 6,911,758contains similarity to Pfam domain PF04597 Ribophorin I contains similarity to Interpro domain IPR007676 (Ribophorin I)
11ptr-15T07H8.6n/achrV 6,968,181ptr-15 encodes a nematode-specific member of the sterol sensing domain (SSD) proteins, distantly paralogous to Drosophila PATCHED (PTC) and human PTCH (OMIM:601309, mutated in basal cell nevus syndrome); PTR-15 has no known function in vivo.
12C34F6.1C34F6.1n/achrX 11,194,603contains similarity to Pfam domain PF00014 Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain contains similarity to Interpro domains IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa), IPR000694 (Proline-rich region), IPR006150 (Cysteine-rich repeat)
13col-17F11G11.10n/achrII 4,866,996col-17 encodes a collagen which is expressed in all developmental stages except eggs, like col-15, col-16, and col-20; collagen genes with this expression pattern may be used for synthesis of cuticles after the L1 stage (e.g., the L4 cuticle).
14F53B3.6F53B3.6n/achrX 2,864,981contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa; ENSEMBL:ENSP00000221448
15F20G2.3F20G2.3n/achrV 13,767,197contains similarity to Pfam domains PF01105 (emp24/gp25L/p24 family/GOLD) , PF00650 (CRAL/TRIO domain) contains similarity to Interpro domains IPR001251 (Cellular retinaldehyde-binding/triple function, C-terminal), IPR011074 (Phosphatidylinositol transfer protein-like, N-terminal), IPR000348 (emp24/gp25L/p24)
16nuo-1C09H10.3n/achrII 11,099,005nuo-1 encodes a encodes a 51 kDa subunit of mitochondrial complex I that is required for oxidative phosphorylation, resistance to volatile anesthetics, and progression through development; nuo-1 is orthologous to human NDUFV1 (OMIM:161015, mutated in Leigh syndrome); nuo-1(ua1) induces a developmental arrest at the third larval (L3) stage that blocks reproduction, and thus is lethal to a population homozygous for nuo-1(ua1); yet arrested L3 nuo-1(ua1) animals have an individual lifespan significantly longer than normal.
17F08B12.1F08B12.1n/achrX 11,388,875F08B12.1 is orthologous to the human gene AC133-2 ANTIGEN (PROML1; OMIM:604365), which when mutated leads to disease.
18tag-257F46G11.3n/achrX 5,784,865C. elegans TAG-257 protein; contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
19M03F4.6M03F4.6n/achrX 4,966,692contains similarity to Pfam domain PF01683 EB module contains similarity to Interpro domains IPR006150 (Cysteine-rich repeat), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR006149 (Nematode-specific EB region)
20F55E10.6F55E10.6n/achrX 8,345,470contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
21C56G2.7C56G2.7n/achrIII 6,340,161contains similarity to Pfam domain PF04683 Adhesion regulating molecule conserved region contains similarity to Interpro domain IPR006773 (Adhesion regulating molecule)
22R07E3.6R07E3.6n/achrX 10,319,714contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
23far-1F02A9.2n/achrIII 9,080,736far-1 encodes a fatty acid/retinol binding protein; expressed throughout development with highest expression levels in L3 stage larvae and in adult males.
24F52F10.2F52F10.2n/achrV 1,549,423contains similarity to Interpro domain IPR016196 (MFS general substrate transporter)
25Y56A3A.19Y56A3A.19n/achrIII 11,915,313contains similarity to Pfam domain PF00550 Phosphopantetheine attachment site contains similarity to Interpro domains IPR006163 (Phosphopantetheine-binding), IPR009081 (Acyl carrier protein-like), IPR003231 (Acyl carrier protein (ACP))
26F08A8.3F08A8.3n/achrI 12,948,957contains similarity to Pfam domains PF01756 (Acyl-CoA oxidase) , PF02770 (Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain) contains similarity to Interpro domains IPR013786 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal), IPR006091 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, central region), IPR013764 (Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, type1/2, C-terminal), IPR012258 (Acyl-CoA oxidase), IPR009100 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, middle and N-terminal), IPR002655 (Acyl-CoA oxidase, C-terminal), IPR009075 (Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal)
27dpy-20T22B3.1n/achrIV 11,698,305dpy-20 encodes a BED zinc finger protein, with no known homologs outside of nematodes, that is required for normal body morphology.
28ZC434.3ZC434.3n/achrI 10,334,634contains similarity to Interpro domain IPR000931 (Adenovirus fibre protein)
29cdh-7R05H10.6n/achrII 14,846,930cdh-7 encodes a protein that contains a cadherin domain.
30tufm-2C43E11.4n/achrI 4,248,543C. elegans TUFM-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF03143 (Elongation factor Tu C-terminal domain) , PF03144 (Elongation factor Tu domain 2) , PF00009 (Elongation factor Tu GTP binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR000795 (Protein synthesis factor, GTP-binding), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR004160 (Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal), IPR004161 (Translation elongation factor EFTu/EF1A, domain 2), IPR009001 (Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal)
31snx-1C05D9.1n/achrX 1,130,709C. elegans SNX-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF09325 (Vps5 C terminal like) , PF00787 (PX domain) contains similarity to Interpro domains IPR001683 (Phox-like), IPR013822 (Signal recognition particle, SRP54 subunit, helical bundle), IPR015404 (Vps5 C terminal like)
32F23C8.5F23C8.5n/achrI 2,419,472The F23C8.5 gene encodes an ortholog of the human gene ELECTRON TRANSFER FLAVOPROTEIN BETA SUBUNIT (ETFB), which when mutated leads to glutaricaciduria type IIB (OMIM:130410).
33C26B9.3C26B9.3n/achrX 5,339,194
34ucr-2.2T10B10.2n/achrX 15,175,935C. elegans UCR-2.2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00675 (Insulinase (Peptidase family M16)) , PF05193 (Peptidase M16 inactive domain) contains similarity to Interpro domains IPR011765 (Peptidase M16, N-terminal), IPR011237 (Peptidase M16, core), IPR007863 (Peptidase M16, C-terminal), IPR011249 (Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like, metal-binding)
35Y45G12C.1Y45G12C.1n/achrV 2,567,280contains similarity to Pfam domain PF07801 Protein of unknown function (DUF1647) contains similarity to Interpro domain IPR012444 (Protein of unknown function DUF1647)
36K02B12.3K02B12.3n/achrI 8,510,282contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
37M01A10.3M01A10.3n/achrI 5,549,799contains similarity to Pfam domain PF05817 Ribophorin II (RPN2) contains similarity to Interpro domain IPR008814 (Ribophorin II)
38ugt-21C33A12.6n/achrIV 9,501,385C. elegans UGT-21 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
39B0395.2B0395.2n/achrX 16,032,720contains similarity to Pfam domain PF03062 MBOAT family contains similarity to Interpro domain IPR004299 (Membrane bound O-acyl transferase, MBOAT)
40Y45G12C.3Y45G12C.3n/achrV 2,556,848contains similarity to Pfam domain PF02798 Glutathione S-transferase, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR012335 (Thioredoxin fold), IPR004045 (Glutathione S-transferase, N-terminal), IPR010987 (Glutathione S-transferase, C-terminal-like)
41lgc-50T20B12.9n/achrIII 7,393,409C. elegans LGC-50 protein; contains similarity to Pfam domains PF02931 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain) , PF02932 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region) contains similarity to Interpro domains IPR002289 (Gamma-aminobutyric-acid A receptor, beta subunit), IPR006028 (Gamma-aminobutyric acid A receptor), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding), IPR006029 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region)
42C06A8.3C06A8.3n/achrII 7,790,994contains similarity to Pfam domain PF02520 Domain of unknown function DUF148 contains similarity to Interpro domain IPR003677 (Protein of unknown function DUF148)
43ifp-1C43C3.1n/achrX 9,677,940ifp-1 encodes a nonessential intermediate filament protein; IFP-1 is predicted to function as a structural component of the cytoskeleton; IFP-1 has no obvious function in RNAi assays.
44pgp-1K08E7.9n/achrIV 12,595,402pgp-1 encodes a transmembrane protein that is a member of the P-glycoprotein subclass of the ATP-binding cassette (ABC) transporter superfamily; along with PGP-3, PGP-1 is required for defense against the pathogenic Pseudomonas aeruginosa strain PA14, and may facilitate ATP-dependent efflux of the toxic phenazine compounds produced by the bacteria; PGP-1 is expressed in the apical membrane of intestinal cells and in the intestinal valve cells; loss of pgp-1 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities.
45T09B4.8T09B4.8n/achrI 6,165,631contains similarity to Pfam domain PF00202 Aminotransferase class-III contains similarity to Interpro domains IPR005814 (Aminotransferase class-III), IPR015422 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2), IPR015424 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region), IPR015421 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1)
46cyp-25A1C36A4.1n/achrIII 3,833,539C. elegans CYP-25A1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002402 (Cytochrome P450, E-class, group II), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
47ugt-28C10H11.4n/achrI 4,728,834C. elegans UGT-28 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
48K04A8.1K04A8.1n/achrV 6,567,604contains similarity to Pfam domain PF03269 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF268 contains similarity to Interpro domain IPR004951 (Protein of unknown function DUF268, Caenorhabditis species)
49R03D7.1R03D7.1n/achrII 10,928,740R03D7.1 is orthologous to the human gene METHIONINE SYNTHASE (MTR; OMIM:156570), which when mutated leads to disease.
50C29F7.2C29F7.2n/achrX 13,417,071contains similarity to Pfam domains PF02958 (Domain of unknown function (DUF227)) , PF07914 (Protein of unknown function (DUF1679)) contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR012877 (Protein of unknown function DUF1679, Caenorhabditis species), IPR004119 (Protein of unknown function DUF227), IPR015897 (CHK kinase-like)