UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1col-43ZC513.89.999999999999999e-57chrV 8,050,298col-43 encodes a collagen that is individually dispensable for viability and gross morphology in mass RNAi screens.
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3F46F5.14F46F5.14n/achrII 800,774contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
4zig-2F42F12.2n/achrX 12,340,922zig-2 encodes a predicted secreted protein that is a member of the immunoglobulin superfamily of proteins; a zig-2::gfp reporter fusion is expressed in the PVT interneuron and weakly in 4-6 additional head neurons.
5spp-1T07C4.4n/achrIII 10,355,287spp-1 encodes a predicted transmembrane protein containing a saposin (B) domain that is a member of a saposin-like protein superfamily containing mammalian NK-lysin and granulysin and the protozoan amoebapores; SPP-1 is predicted to function as a lipid-binding protein with cytotoxic, pore-forming activity, and in vitro, does exhibit antibacterial activity; loss of SPP-1 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not, however, result in any abnormalities.
6DH11.2DH11.2n/achrII 8,013,966contains similarity to Pfam domain PF00646 (F-box domain)
7col-114D2024.80.00000000001chrIV 7,246,056C. elegans COL-114 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
8F17C11.4F17C11.4n/achrV 10,952,702contains similarity to Mus musculus Desmoglein 2 precursor.; SW:DSG2_MOUSE
9F58H7.5F58H7.5n/achrIV 920,399
10glc-1F11A5.10n/achrV 16,220,736glc-1 encodes the alpha subunit of a glutamate-gated chloride channel and forms a functional channel in Xenopus oocytes; mutations genetically interact with avr-14 and avr-15 mutations such that triple mutants exhibit high level resistance to ivermectin.
11T12D8.5T12D8.5n/achrIII 13,626,155contains similarity to Treponema pallidum Nuclease sbcCD subunit C.; SW:SBCC_TREPA
12Y39A1A.3Y39A1A.3n/achrIII 10,595,780contains similarity to Pfam domain PF06677 Sjogren's syndrome/scleroderma autoantigen 1 (Autoantigen p27) contains similarity to Interpro domain IPR009563 (Sjogrens syndrome scleroderma autoantigen 1)
13T26H5.8T26H5.8n/achrV 15,429,911contains similarity to Pfam domains PF04789 (Protein of unknown function (DUF621)) , PF01748 (Caenorhabditis serpentine receptor-like protein) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR006874 (Protein of unknown function DUF621)
14C31B8.4C31B8.4n/achrV 2,897,526contains similarity to Homo sapiens cDNA FLJ77065, highly similar to Homo sapiens golgi autoantigen, golgin subfamily a, 4 (GOLGA4), mRNA; ENSEMBL:ENSP00000349305
15Y57G11C.20Y57G11C.20n/achrIV 14,844,297contains similarity to Interpro domain IPR000003 ()
16F26G1.3F26G1.3n/achrII 4,759,013F26G1.3 encodes a protein containing a transthyretin-like domain; the product of F26G1.3 belongs to a family of apparently nematode-specific proteins whose function is not yet known.
17col-44F54B11.23e-16chrX 13,591,900col-44 encodes a cuticle collagen.
18srd-4ZK863.5n/achrV 12,185,574C. elegans SRD-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
19C05D11.13C05D11.13n/achrIII 6,443,485contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG2839-PA;; FLYBASE:CG2839
20fbxa-69F54B8.3n/achrV 15,815,021This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
21col-85T21B4.20.000002chrII 12,494,362C. elegans COL-85 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat), IPR013286 (Annexin, type VII)
22grl-3K03B8.7n/achrV 11,411,850grl-3 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence, a central low-complexity region, and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; GRL-3 is expressed in intestine, larval renal gland cells, and larval neurons; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
23Y40H7A.11Y40H7A.11n/achrIV 15,219,977contains similarity to Interpro domain IPR006629 (LPS-induced tumor necrosis factor alpha factor)
24C15B12.2C15B12.2n/achrX 6,464,379
25col-183F02D10.10.0000000000008chrX 13,467,159C. elegans COL-183 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR002952 (Eggshell protein), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR003979 (Tropoelastin), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
26C07D10.1C07D10.1n/achrII 7,399,714contains similarity to Pfam domain PF00646 F-box domain contains similarity to Interpro domain IPR001810 (Cyclin-like F-box)
27W03D2.6W03D2.6n/achrIV 4,057,478
28srz-54Y102A5C.25n/achrV 16,981,243C. elegans SRZ-54 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
29grk-1F19C6.1n/achrX 9,995,164grk-1 encodes a serine/threonine protein kinase that is most closely related to G protein-coupled receptor (GPCR) kinases.
30spp-6T08A9.10n/achrX 7,317,449spp-6 encodes a predicted transmembrane protein containing a saposin (B) domain that is a member of a saposin-like protein superfamily containing mammalian NK-lysin and granulysin and the protozoan amoebapores; SPP-6 is predicted to function as a lipid-binding protein that may possess pore-forming, cytotoxic activity; as loss of SPP-6 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of SPP-6 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
31F31C3.5F31C3.5n/achrI 15,053,308contains similarity to Pfam domain PF04128 Partner of SLD five, PSF2 contains similarity to Interpro domains IPR016906 (GINS complex, PSF2 component, subgroup), IPR007257 (GINS complex, Psf2 component)
32col-40T13B5.40.0004chrII 1,105,772col-40 encodes a cuticle collagen protein that belongs to the col-6 cuticle collagen family; col-40 transcript is present in L1 larvae and at the L2d-dauer molt.
33Y18D10A.23Y18D10A.23n/achrI 12,868,302contains similarity to Pfam domain PF01490 Transmembrane amino acid transporter protein contains similarity to Interpro domains IPR002091 (Aromatic amino acid permease), IPR013057 (Amino acid transporter, transmembrane), IPR006634 (TRAM, LAG1 and CLN8 homology)
34Y51B9A.9Y51B9A.9n/achrII 9,396,480contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR008351 (JNK MAP kinase), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
35clec-249Y51A2A.7n/achrV 18,304,784C. elegans CLEC-249 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
36F08F1.3F08F1.3n/achrX 8,430,035
37nhr-139C33G8.8n/achrV 6,986,930C. elegans NHR-139 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
38ZK287.3ZK287.3n/achrV 9,678,756contains similarity to Rhodopirellula baltica Probable DEAH ATP-dependent helicase.; TR:Q7UYP6
39C08F11.3C08F11.3n/achrIV 13,620,866contains similarity to Homo sapiens HOR5'Beta8; ENSEMBL:ENSP00000332473
40ptr-16T21H3.2n/achrV 1,172,902ptr-16 encodes a nematode-specific member of the sterol sensing domain (SSD) proteins, distantly paralogous to Drosophila PATCHED (PTC) and human PTCH (OMIM:601309, mutated in basal cell nevus syndrome); PTR-16 is partially required for normal molting from L2 to L3 larval stages; however, PTR-16 and PTR-1 together are strongly required for both molting and viability, with double ptr-1/-16 RNAi animals showing pronounced molting defects and lethality; PTR-16 is also required for normal growth to full size and locomotion.
41ttr-37F21E9.3n/achrX 1,336,135C. elegans TTR-37 protein; contains similarity to Pfam domain PF01060 Transthyretin-like family contains similarity to Interpro domain IPR001534 (Transthyretin-like)
42F49H6.5F49H6.5n/achrV 17,024,380The F49H6.5 gene encodes a homolog of the human gene MOCS1A, which when mutated leads to molybdenum cofactor deficiency (OMIM:252150).
43col-51T28F2.8n/achrI 3,654,613col-51 encodes a cuticle collagen.
44K07C11.3K07C11.3n/achrV 8,207,597contains similarity to Interpro domains IPR008993 (TIMP-like, OB-fold), IPR001820 (Proteinase inhibitor I35, tissue inhibitor of metalloproteinase), IPR001134 (Netrin, C-terminal)
45col-37ZK863.2n/achrV 12,167,206col-37 encodes a cuticle collagen.
46dlc-2M18.2n/achrIV 12,111,060dlc-2 encodes a putative dynein light chain 1; DLC-2 is orthologous to human DYNLL1 (OMIM:601562) and DYNLL2 (OMIM:608942), but much more divergent from them than its paralog DLC-1; its other paralogs are DLC-3/-5 and DLC-6.
47T28F4.4T28F4.4n/achrI 7,488,371contains similarity to Brugia malayi Putative uncharacterized protein BMBAC01P19.05a.; TR:Q8IHI4
48nhr-19E02H1.7n/achrII 9,601,747C. elegans NHR-19 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
49C11D2.1C11D2.1n/achrIV 6,191,401
50ZK930.2ZK930.2n/achrII 11,892,790contains similarity to Interpro domain IPR010989 (t-SNARE)