UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1srbc-45ZC455.114e-155chrV 12,804,041C. elegans SRBC-45 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
2F43E2.1F43E2.1n/achrII 7,376,369
3srh-68T21B4.5n/achrII 12,507,810C. elegans SRH-68 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR002379 (ATPase, F0/V0 complex, subunit C)
4math-35R52.3n/achrII 2,105,696C. elegans MATH-35 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
5clec-254F11D11.5n/achrV 18,753,929C. elegans CLEC-254 protein; contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domains IPR006583 (CW), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
6C33F10.11C33F10.11n/achrII 4,834,476
7F47G9.6F47G9.6n/achrV 11,330,067contains similarity to Methanosarcina acetivorans Predicted protein.; TR:Q8TS27
8F23F12.8F23F12.8n/achrIII 6,485,986F23F12.8 encodes a large (980-residue) protein, predicted to be secreted, with two chitin-binding peritrophin-A domains, separated by a low-complexity region; F23F12.8 is synthesized in larval and adult pharynx, a known site of chitin deposition; like CEJ-1 and CPG-2 in embryos, F23F12.8 might participate in chitin synthesis, and its peritrophin-A domains might enable mechanical cross-linking of chitin.
9lin-24B0001.1n/achrIV 12,132,269lin-24 was identified in screens for mutations that result in altered vulval cell lineages; lin-24 is defined by two alleles, the first of which, a partially dominant mutation, generally results in vulvaless animals, while the second, a non-null amber mutation that is also partially dominant, results in wild-type animals when homozygous, but vulvaless animals when heterozygous with a wild-type allele; morphological examination of lin-24 animals indicates that some of the Pn.p cells that normally make up the vulva undergo inappropriate cell death that is dependent upon the ced-2, ced-5, and ced-10 engulfment genes, but not on the ced-3 and ced-4 killing genes; the precise molecular identity of lin-24 has not yet been reported.
10ckb-4F22F7.5n/achrV 2,107,900ckb-4 encodes an isoform of choline kinase whose activity has been verified in vitro, and that has a strong preference for choline over ethanolamine; CKB-1 through CKB-4 comprise a related group ('B') of choline kinases.
11gpa-8F56H9.3n/achrV 12,639,639gpa-8 encodes a member of the G protein alpha subunit family of heterotrimeric GTPases; expressed in URX, AQR, and PQR sensory cells.
12pqn-8C05B5.3n/achrIII 9,996,987The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
13cdh-6F15B9.7n/achrV 13,026,200cdh-6 encodes a cadherin homolog, with a domain resembling seven transmembrane-sequence receptors, that may be orthologous to the Drosophila cadherin STAN; both CDH-6 and STAN are homologous to secretin-type receptors, have extracellular domains of similar lengths and domain compositions (with similar numbers of cadherin, EGF, laminin G, GFS, and HormR domains); however, the cytoplasmic domains of CDH-6 and STAN are dissimilar.
14C35A5.5C35A5.5n/achrV 10,506,811contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
15kgb-1T07A9.3n/achrIV 407,854kgb-1 encodes a serine/threonine kinase that is a member of the JNK (Jun-N-terminal kinase) subfamily of MAP (mitogen-activated protein)kinases; loss of kgb-1 activity results in temperature-sensitive sterility in hermaphrodites and males; in hermaphrodites, this sterility is associated with disorganized gonads and endomitotic oocytes that have likely failed to undergo oocyte maturation; in kgb-1 mutant males, sperm is present, but is non-functional; KGB-1 interacts in vitro with all four C. elegans germline helicases, GLH-1, -2, -3, and -4, that localize to P granules in vivo; Northern analyses indicate that kgb-1 mRNA is present in both somatic and germline tissues.
16srw-59H24D24.1n/achrV 15,950,332C. elegans SRW-59 protein; contains similarity to Pfam domain PF06976 Protein of unknown function (DUF1300) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR010726 (Protein of unknown function DUF1300), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
17C50E3.5C50E3.5n/achrV 7,591,348contains similarity to Interpro domain IPR008108 (Type III secretion system outer membrane, B protein)
18wht-4F02E11.1n/achrII 3,280,577C. elegans WHT-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF01061 (ABC-2 type transporter) , PF00005 (ABC transporter) contains similarity to Interpro domains IPR003439 (ABC transporter-like), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR005284 (Pigment precursor permease), IPR013525 (ABC-2 type transporter)
19aps-1F29G9.3n/achrV 6,018,404aps-1 encodes an adaptin: specifically, it encodes an ortholog of the sigma1 subunit of adaptor protein complex 1 (AP-1).
20nhr-102T06C12.6n/achrV 15,875,252nhr-102 encodes a nuclear receptor that is most highly conserved amongst nematode species.
21T20D4.6T20D4.6n/achrV 3,411,676contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR014752 (Arrestin, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
22gcy-14ZC412.2n/achrV 14,865,514gcy-14 encodes a predicted transmembrane guanylyl cyclase; the precise role of GCY-14 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; however, by sequence similarity GCY-14 can be predicted to function in chemosensory signal transduction.
23F41B5.6F41B5.6n/achrV 2,240,376contains similarity to Pfam domain PF03564 Protein of unknown function (DUF1759) contains similarity to Interpro domain IPR005312 (Protein of unknown function DUF1759)
24F39B3.2F39B3.2n/achrX 17,569,704contains similarity to Pfam domains PF00001 (7 transmembrane receptor (rhodopsin family)) , PF01748 (Caenorhabditis serpentine receptor-like protein) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
25ina-1F54G8.3n/achrIII 9,170,331ina-1 encodes one of two C. elegans alpha integrin subunits; during development, ina-1 activity is required for migration of a number of cell types, including neurons, coelomocyte precursors, and the distal tip cells of the somatic gonad; in addition, ina-1 is required for axon fasciculation and morphogenesis of structures such as the head, pharynx, egg-laying apparatus, and male tail; INA-1 coimmunoprecipitates with the PAT-3 beta integrin subunit suggesting that, in vivo, INA-1 and PAT-3 function as a heterodimer to regulate cell migration and tissue morphogenesis; INA-1 is expressed in many tissues, including neurons, the gonad, and the pharyngeal basement membrane; expression begins during gastrulation and continues through to adulthood.
26emb-27F10B5.6n/achrII 8,160,979emb-27 encodes a tetratricopeptide repeat (TPR)-containing protein that is the C. elegans ortholog of the anaphase-promoting complex (APC) subunit APC-6 (CDC16); required maternally and paternally, EMB-27 activity is essential for proper execution of the metaphase-to-anaphase transition during meiosis (both oogenesis and spermatogenesis) and mitosis (during germline proliferation); EMB-27 activity is also critical for embryonic anterior-posterior (A-P) axis formation, production of the secreted eggshell, and normal vulval development; in establishing the embryonic A-P axis, EMB-27 likely acts upstream of the separin protease to ensure proper localization of PAR-3 and PAR-2 to the anterior and posterior cortices, respectively.
27pqn-29F10F2.9n/achrIII 4,645,137The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
28polq-1W03A3.2n/achrIII 5,797,057C. elegans POLQ-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00476 (DNA polymerase family A) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR001098 (DNA-directed DNA polymerase, family A), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR002298 (DNA polymerase A), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
29nfyc-1F23F1.1n/achrII 44,432C. elegans NFYC-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00808 (Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone) , PF00125 (Core histone H2A/H2B/H3/H4) contains similarity to Interpro domains IPR009072 (Histone-fold), IPR007125 (Histone core), IPR003958 (Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone)
30ugt-32F47C10.6n/achrV 3,842,918C. elegans UGT-32 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
31F43D2.3F43D2.3n/achrV 14,632,476contains similarity to Homo sapiens Orphan nuclear receptor NR1D1; ENSEMBL:ENSP00000246672
32F37C12.14F37C12.14n/achrIII 7,185,248
33C08G5.1C08G5.1n/achrII 736,664contains similarity to Pfam domain PF02206 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR003125 (Protein of unknown function WSN)
34math-19C40D2.1n/achrII 1,999,260C. elegans MATH-19 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
35C32D5.10C32D5.10n/achrII 6,350,550contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
36K07C5.2K07C5.2n/achrV 10,340,201contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
37Y54E5A.6Y54E5A.6n/achrI 14,709,596contains similarity to Pfam domains PF01207 (Dihydrouridine synthase (Dus)) , PF00035 (Double-stranded RNA binding motif) contains similarity to Interpro domains IPR013785 (Aldolase-type TIM barrel), IPR001159 (Double-stranded RNA binding), IPR014720 (Double-stranded RNA-binding-like), IPR000632 (Yeast Mrs6p protein), IPR001269 (Dihydrouridine synthase, DuS)
38math-30F52C6.5n/achrII 1,908,950C. elegans MATH-30 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
39F15A4.9F15A4.9n/achrII 12,480,165contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR014752 (Arrestin, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
40T11F9.1T11F9.1n/achrV 11,460,688contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
41F17A2.3F17A2.3n/achrX 12,308,161contains similarity to Pfam domain PF00628 PHD-finger contains similarity to Interpro domains IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
42nhr-231Y17D7B.1n/achrV 18,792,886C. elegans NHR-231 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
43seld-1Y45F10A.4n/achrIV 13,507,532C. elegans SELD-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF02769 (AIR synthase related protein, C-terminal domain) , PF00586 (AIR synthase related protein, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR016188 (PurM, N-terminal-like), IPR000728 (AIR synthase related protein), IPR010918 (AIR synthase related protein, C-terminal), IPR004536 (Selenide water dikinase)
44C27H6.3C27H6.3n/achrV 9,981,996contains similarity to Homo sapiens Acidic (Leucine-rich) nuclear phosphoprotein 32 family, member E; ENSEMBL:ENSP00000358111
45str-228C07G3.5n/achrV 3,511,106C. elegans STR-228 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
46tag-51K02F3.1n/achrIII 855,363C. elegans TAG-51 protein ;
47ZK632.3ZK632.3n/achrIII 9,803,610contains similarity to Pfam domain PF01163 RIO1 family contains similarity to Interpro domains IPR000687 (RIO kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR017406 (Serine/threonine-protein kinase Rio3)
48nhr-164C41G6.5n/achrV 15,234,803C. elegans NHR-164 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
49clec-188M199.3n/achrIV 15,117,866C. elegans CLEC-188 protein; contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domains IPR006583 (CW), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR001304 (C-type lectin)
50ckb-1B0285.8n/achrIII 4,366,386ckb-1 encodes a putative choline kinase; CKB-1 through CKB-4 comprise a related group ('B') of choline kinases.