UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1arx-3Y79H2A.60chrIII 12,055,279arx-3 encodes the C. elegans ortholog of the p41Arc subunit of the actin-related protein (Arp)2/3 complex.
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3ceh-20F31E3.1n/achrIII 6,980,772ceh-20 encodes the C. elegans ortholog of the homeodomain co-factor Extradenticle (Exd/Pbx); together with ceh-40 and unc-62, ceh-20 activity is required for embryonic viability; ceh-20 is also required as a cofactor for LIN-39- and MAB-5- dependent postembryonic mesoderm patterning; in addition, ceh-20 is required for regulating post-embryonic migrations of the Q neuroblast descendants and for regulating vulval development; a CEH-20::GFP fusion protein is expressed in embryos and postembryonically in many cell types including the Q, P, and V cells and their descendants; CEH-20 localizes to the nucleus.
4F32G8.4F32G8.4n/achrV 10,559,356contains similarity to Pfam domain PF01062 Bestrophin contains similarity to Interpro domain IPR000615 (Bestrophin)
5K10D3.4K10D3.4n/achrI 7,137,354contains similarity to Pfam domains PF01683 (EB module) , PF00014 (Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain) (5)contains similarity to Interpro domains IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa), IPR006150 (Cysteine-rich repeat), IPR006149 (Nematode-specific EB region)
6dhs-25F09E10.3n/achrX 1,487,910dhs-25 encodes a short-chain dehydrogenase predicted to be mitochondrial.
7T22G5.3T22G5.3n/achrV 13,882,397This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
8F13G3.3F13G3.3n/achrI 7,298,454contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
9srt-15C50H11.10n/achrV 3,060,908C. elegans SRT-15 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
10mog-4C04H5.6n/achrII 14,556,957The mog-4 gene encodes a DEAH helicase orthologous to the Drosophila CG10689 and the S. cerevisiae PRP2 proteins.
11C17H11.2C17H11.2n/achrX 8,171,341
12F47G9.1F47G9.1n/achrV 11,325,591contains similarity to Interpro domain IPR009038 (GOLD)
13F09E10.5F09E10.5n/achrX 1,492,033
14F25B4.2F25B4.2n/achrV 5,710,856contains similarity to Pfam domain PF04710 Pellino contains similarity to Interpro domain IPR006800 (Pellino)
15F41G3.2F41G3.2n/achrII 6,759,863
16lips-12T13B5.6n/achrII 1,113,234C. elegans LIPS-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF01674 Lipase (class 2) contains similarity to Interpro domain IPR002918 (Lipase, class 2)
17ZK829.1ZK829.1n/achrIV 11,941,464contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR002424 (Insect alcohol dehydrogenase family), IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
18W02A11.1W02A11.1n/achrI 12,731,353contains similarity to Pfam domain PF08704 tRNA methyltransferase complex GCD14 subunit contains similarity to Interpro domain IPR014816 (tRNA methyltransferase complex GCD14 subunit)
19C43H6.7C43H6.7n/achrX 2,400,426contains similarity to Pfam domain PF01529 DHHC zinc finger domain contains similarity to Interpro domains IPR001594 (Zinc finger, DHHC-type), IPR016201 (Plexin-like fold)
20F22B3.5F22B3.5n/achrIV 11,416,056contains similarity to Interpro domains IPR001304 (C-type lectin), IPR006583 (CW)
21Y106G6H.14Y106G6H.14n/achrI 10,472,796contains similarity to Pfam domains PF07653 (Variant SH3 domain) , PF00018 (SH3 domain) , PF00023 (Ankyrin repeat) (3)contains similarity to Interpro domains IPR001452 (Src homology-3), IPR000108 (Neutrophil cytosol factor 2), IPR002110 (Ankyrin), IPR013315 (Spectrin alpha chain), IPR011511 (Variant SH3)
22rnf-1C06A5.9n/achrI 6,010,654C. elegans RNF-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
23gck-4C04A11.3n/achrX 13,679,590C. elegans GCK-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
24dapk-1K12C11.4n/achrI 1,316,902C. elegans DAPK-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00531 (Death domain) , PF00069 (Protein kinase domain) , PF00023 (Ankyrin repeat) (8)contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011029 (DEATH-like), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR002110 (Ankyrin), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR000488 (Death)
25F09C8.1F09C8.1n/achrX 16,161,517contains similarity to Pfam domain PF00657 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase contains similarity to Interpro domains IPR001087 (Lipase, GDSL), IPR013830 (Esterase, SGNH hydrolase-type)
26F23F1.4F23F1.4n/achrII 26,912
27T08D2.1T08D2.1n/achrX 162,831contains similarity to Pfam domain PF01105 emp24/gp25L/p24 family/GOLD contains similarity to Interpro domains IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR009038 (GOLD), IPR000348 (emp24/gp25L/p24)
28T10F2.4T10F2.40.003chrIII 5,171,158contains similarity to Pfam domains PF08606 (Prp19/Pso4-like) , PF00400 (WD domain, G-beta repeat) (6)contains similarity to Interpro domains IPR003613 (U box), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR009053 (Prefoldin), IPR001680 (WD40 repeat), IPR013915 (Pre-mRNA-splicing factor 19), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
29T23E1.2T23E1.2n/achrIV 3,144,252
30T22F7.1T22F7.1n/achrIII 544,286contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR006655 (Molybdopterin oxidoreductase, prokaryotic, conserved site), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005828 (General substrate transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
31ZK836.3ZK836.3n/achrV 12,195,261
32F13E6.5F13E6.5n/achrX 10,696,500contains similarity to Pfam domain PF01569 PAP2 superfamily contains similarity to Interpro domains IPR000326 (Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase), IPR016118 (Phosphatidic acid phosphatase/chloroperoxidase, N-terminal)
33M02G9.3M02G9.3n/achrII 10,319,023contains similarity to Pfam domain PF02363 Cysteine rich repeat contains similarity to Interpro domains IPR003341 (Cysteine rich repeat, tripleX), IPR013032 (EGF-like region, conserved site)
34pac-1C04D8.1n/achrIII 8,508,167C. elegans PAC-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00620 (RhoGAP domain) , PF00169 (PH domain) contains similarity to Interpro domains IPR008936 (Rho GTPase activation protein), IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR000104 (Antifreeze protein, type I), IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR000198 (RhoGAP)
35srh-40Y40D12A.3n/achrIII 6,611,482C. elegans SRH-40 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
36F22H10.4F22H10.4n/achrX 16,684,977
37F25B4.5F25B4.5n/achrV 5,680,736contains similarity to Interpro domain IPR003107 (RNA-processing protein, HAT helix)
38F46G11.1F46G11.1n/achrX 5,794,401F46G11.1 is orthologous to the human gene TRUNCATED PUTATIVE T7-LIKE MITOCHONDRIAL DNA HELICASE (C10orf2; OMIM:606075), which when mutated leads to disease.
39D1086.2D1086.2n/achrV 14,097,873contains similarity to Pfam domain PF01358 (Poly A polymerase regulatory subunit)
40C46A5.2C46A5.2n/achrIV 7,761,432contains similarity to Pfam domain PF00858 Amiloride-sensitive sodium channel contains similarity to Interpro domain IPR001873 (Na+ channel, amiloride-sensitive)
41ger-1R01H2.5n/achrIII 7,066,371C. elegans GER-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01370 NAD dependent epimerase/dehydratase family contains similarity to Interpro domains IPR001509 (NAD-dependent epimerase/dehydratase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR016040 (NAD(P)-binding)
42R74.6R74.6n/achrIII 4,203,243contains similarity to Pfam domains PF03465 (eRF1 domain 3) , PF03464 (eRF1 domain 2) , PF03463 (eRF1 domain 1) contains similarity to Interpro domains IPR004405 (Probable translation factor pelota), IPR005140 (eRF1 domain 1), IPR005141 (eRF1 domain 2), IPR005142 (eRF1 domain 3)
43dcs-1Y113G7A.9n/achrV 20,084,683dcs-1 encodes a scavenger mRNA decapping enzyme; dcs-1 exhibits hydrolase activity in vitro, with specificity for 7meGMP in its primary nucleoside monophosphate binding site; dcs-1 is the upstream gene in an operon with fre-1, which encodes an NADPH-dependent flavin reductase; reporter fusions using dcs-1 upstream sequence direct expression throughout the life cycle in neurons and pharyngeal muscle; expression is present in dauer larvae and enhanced by heat shock.
44srd-43R04D3.9n/achrX 13,304,796C. elegans SRD-43 protein ;
45B0001.7B0001.7n/achrIV 12,152,686contains similarity to Herpestes ichneumon Acetylcholine receptor protein, alpha chain (Fragment).; SW:ACHA_HERIC
46clec-93ZK39.4n/achrI 11,143,094C. elegans CLEC-93 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
47F52H2.4F52H2.4n/achrX 2,546,392contains similarity to Pfam domain PF00474 Sodium:solute symporter family contains similarity to Interpro domains IPR010979 (Ribosomal protein S13-like, H2TH), IPR001734 (Na+/solute symporter)
48T27A3.2T27A3.2n/achrI 6,112,337contains similarity to Pfam domains PF00443 (Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase) , PF00627 (UBA/TS-N domain) (2), PF02148 (Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein) contains similarity to Interpro domains IPR001394 (Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2), IPR016652 (Ubiquitinyl hydrolase), IPR005924 (Arginase), IPR000449 (Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal), IPR001607 (Zinc finger, UBP-type), IPR015940 (Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal, eukaryote)
49T10D4.6T10D4.6n/achrII 3,121,247contains similarity to Pfam domain PF02178 AT hook motif contains similarity to Interpro domains IPR010993 (Sterile alpha motif homology), IPR009057 (Homeodomain-like)
50F36D1.1F36D1.1n/achrI 11,278,248contains similarity to Interpro domain IPR006578 (MADF)