UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1Y76G2A.2Y76G2A.26e-43chrI 5,979,210
2rod-1F55G1.4n/achrIV 7,481,969C. elegans ROD-1 protein ; contains similarity to Caenorhabditis remanei Putative RoughDeal (Fragment).; TR:Q4TTM7
3lin-1C37F5.1n/achrIV 2,288,106lin-1 encodes an Ets-domain-containing transcription factor that is a member of the ETS gene family that includes human ELK1, 3, and 4 (OMIM:600247); LIN-1 functions as a general effector of MAP kinase-mediated signaling; when MAP kinase is inactive, LIN-1 forms a complex with LIN-31/WH that inhibits vulval cell fate specification; upon MAP kinase activation (vulval induction), LIN-1 is phosphorylated, dissociates from LIN-31, and becomes inactive, thus allowing for vulval development.
4C25G6.4C25G6.4n/achrX 1,248,831
5F53H4.3F53H4.3n/achrX 15,886,572contains similarity to Mus musculus Ataxin-1 (Spinocerebellar ataxia type 1 protein homolog).; SW:ATX1_MOUSE
6F48A11.4F48A11.4n/achrII 214,905
7K02E7.4K02E7.4n/achrII 1,073,572contains similarity to Pfam domain PF02214 K+ channel tetramerisation domain contains similarity to Interpro domain IPR003131 (Potassium channel, voltage dependent, Kv, tetramerisation)
8K07E8.7K07E8.7n/achrII 645,697contains similarity to Pfam domain PF00849 RNA pseudouridylate synthase contains similarity to Interpro domains IPR006145 (Pseudouridine synthase), IPR006224 (Pseudouridine synthase, conserved site), IPR002942 (RNA-binding S4), IPR006225 (Pseudouridine synthase, RluD)
9F33D11.5F33D11.5n/achrI 5,836,021contains similarity to Pfam domain PF07885 Ion channel contains similarity to Interpro domains IPR013099 (Ion transport 2), IPR003092 (Potassium channel, two pore-domain, TASK)
10F44E5.3F44E5.3n/achrII 11,763,830contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein; ENSEMBL:ENSP00000304160
11F56D2.5F56D2.5n/achrIII 5,579,782contains similarity to Pfam domains PF05773 (RWD domain) , PF01485 (IBR domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR006575 (RWD), IPR016135 (Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like), IPR002867 (Zinc finger, C6HC-type)
12str-74C14H10.4n/achrX 10,240,354C. elegans STR-74 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
13tsp-15F53B6.1n/achrI 8,929,911C. elegans TSP-15 protein; contains similarity to Pfam domain PF00335 Tetraspanin family contains similarity to Interpro domains IPR000301 (CD9/CD37/CD63 antigen), IPR008952 (Tetraspanin)
14srd-74C24H11.4n/achrIII 11,782,974C. elegans SRD-74 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
15E02H9.4E02H9.4n/achrIII 2,457,255contains similarity to Pfam domain PF03312 Protein of unknown function, DUF272 contains similarity to Interpro domain IPR004987 (Protein of unknown function DUF272)
16F39F10.2F39F10.2n/achrX 16,895,317contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
17C31A11.7C31A11.7n/achrV 16,312,313contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domains IPR002656 (Acyltransferase 3), IPR006621 (Nose resistant to fluoxetine-4, N-terminal)
18W08F4.11W08F4.11n/achrII 593,637
19fbxb-76H02I12.2n/achrIV 11,378,732This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
20C33C12.9C33C12.9n/achrII 2,188,303contains similarity to Pfam domain PF05175 Methyltransferase small domain contains similarity to Interpro domains IPR007848 (Methyltransferase small), IPR004557 (Putative methylase), IPR002296 (N6 adenine-specific DNA methyltransferase, N12 class), IPR002052 (N-6 adenine-specific DNA methylase, conserved site)
21taf-11.3F43D9.5n/achrIII 10,504,535The taf-11.3 gene encodes an ortholog of human TATA-binding protein associated factor TAF11 (TAFII28, OMIM:600772) that is a component of the TFIID general transcription factor that recognizes the transcription start site; TAF-11.3 is required for proper post-embryonic development.
22ncs-1C44C1.3n/achrX 961,929The ncs-1 gene encodes a neuronal calcium sensor protein that, along with calcium, is essential for thermotaxis along isothermal paths in thermal gradients.
23H42K12.2H42K12.2n/achrX 1,319,512
24K06A4.4K06A4.4n/achrV 9,502,894contains similarity to Pfam domain PF03083 MtN3/saliva family contains similarity to Interpro domain IPR004316 (MtN3 and saliva related transmembrane protein)
25T14G10.8T14G10.8n/achrIV 10,146,609contains similarity to Homo sapiens Splice isoform 1 of P08235 Mineralocorticoid receptor; ENSEMBL:ENSP00000281330
26C50E3.2C50E3.2n/achrV 7,610,647contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domain IPR006583 (CW)
27ubc-19Y69H2.6n/achrV 18,688,049ubc-19 encodes a predicted conjgating enzyme (UBCs/E2s) of the ubiquitin-conjugation system with a potentially low effect on embryonic viability, based on RNAi analysis.
28T21B4.3T21B4.3n/achrII 12,495,897contains similarity to Pfam domain PF01681 C6 domain contains similarity to Interpro domain IPR002601 (Protein of unknown function C6)
29R148.2R148.2n/achrIII 3,184,321
30srw-117C44C3.6n/achrV 2,982,800C. elegans SRW-117 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
31nlr-1F20B10.1n/achrIV 12,174,554C. elegans NLR-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (2), PF02210 (Laminin G domain) (2), PF00054 (Laminin G domain) contains similarity to Interpro domains IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR013320 (Concanavalin A-like lectin/glucanase, subgroup), IPR001791 (Laminin G), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR012680 (Laminin G, subdomain 2), IPR008985 (Concanavalin A-like lectin/glucanase), IPR012679 (Laminin G, subdomain 1)
32Y54E2A.6Y54E2A.6n/achrII 14,768,030contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) (2), PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) (2), PF02889 (Sec63 Brl domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR004179 (Sec63), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
33str-20C05E4.2n/achrV 757,182C. elegans STR-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
34F54F2.7F54F2.7n/achrIII 8,806,716contains similarity to Interpro domain IPR011053 (Single hybrid motif)
35Y41E3.3Y41E3.3n/achrIV 14,988,934contains similarity to Pfam domain PF02263 Guanylate-binding protein, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR015894 (Guanylate-binding protein, N-terminal), IPR015900 (Guanylate-binding protein-like, C-terminal)
36ZK1098.5ZK1098.5n/achrIII 9,526,211ZK1098.5 encodes a unfamiliar protein that is individually dispensable for viability and gross morphology in RNAi assays, but is cotranscribed with ZK1098.1 and thus might act in concert with it.
37gstk-2D2024.7n/achrIV 7,241,341C. elegans GSTK-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01323 DSBA-like thioredoxin domain contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR001853 (DSBA oxidoreductase), IPR014440 (HCCA isomerase/glutathione S-transferase kappa)
38Y69H2.2Y69H2.2n/achrV 18,632,391contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (5), PF00858 (Amiloride-sensitive sodium channel) , PF07974 (EGF-like domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR006209 (EGF-like), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR001873 (Na+ channel, amiloride-sensitive)
39F32B6.9F32B6.9n/achrIV 9,904,788contains similarity to Pfam domain PF01062 Bestrophin contains similarity to Interpro domain IPR000615 (Bestrophin)
40cdc-48.3K04G2.3n/achrI 8,034,273C. elegans CDC-48.3 protein; contains similarity to Pfam domains PF07726 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) , PF00004 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) , PF07728 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) contains similarity to Interpro domains IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR011704 (ATPase associated with various cellular activities, AAA-5), IPR011703 (ATPase associated with various cellular activities, AAA-3), IPR003960 (AAA ATPase, conserved site), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
41srg-45C51F7.2n/achrV 12,308,051C. elegans SRG-45 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
42srx-13C44B12.4n/achrIV 1,116,817C. elegans SRX-13 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
43coq-6K07B1.2n/achrV 9,337,783coq-6 encodes a putative flavin-dependent aromatic-ring monooxygenase, homologous to yeast COQ6; COQ-6 is required for ubiquinone (coenzyme Q9) biosynthesis and for normally short lifespan; coq-6(RNAi) animals have reduced levels of coenzyme Q9 and superoxide, and have abnormally long lifespans.
44sprr-2F42D1.3n/achrX 14,802,137C. elegans SPRR-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
45Y47H9C.7Y47H9C.7n/achrI 11,892,653Y47H9C.7 is orthologous to the human gene EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 2B, SUBUNIT 2 (BETA, 39KD) (EIF2B2; OMIM:606454), which when mutated leads to disease.
46his-12ZK131.6n/achrII 13,821,298his-12 encodes an H2A histone; his-12 is contained within the histone gene cluster HIS3.
47T08G5.7T08G5.7n/achrV 14,044,675contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR003656 (Zinc finger, BED-type predicted), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
48F53A2.9F53A2.9n/achrIII 13,357,930contains similarity to Pfam domain PF00646 (F-box domain)
49F56H11.2F56H11.2n/achrIV 9,532,255contains similarity to Bacillus cereus Hypothetical protein.; TR:Q81E16
50srz-74K03D3.1n/achrIV 16,330,219C. elegans SRZ-74 protein ;