UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1str-66Y73C8C.51e-174chrV 3,103,680C. elegans STR-66 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
2F02E11.2F02E11.2n/achrII 3,267,119
3C31H2.3C31H2.3n/achrX 5,152,942
4srab-9C36C5.6n/achrV 3,140,609C. elegans SRAB-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
5F09C6.1F09C6.1n/achrV 16,887,916contains similarity to Interpro domain IPR008999 (Actin-crosslinking proteins)
6ZK938.4ZK938.4n/achrII 9,835,995contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR014752 (Arrestin, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
7F18E9.4F18E9.4n/achrX 8,582,026
8R05A10.3R05A10.3n/achrIV 14,175,025contains similarity to Saccharomyces cerevisiae <b><u>C</u></b>onserved <b><u>O</u></b>ligomeric <b><u>G</u></b>olgi complex <b><u>1</u></b><br> Complexed with Cog8p; interacts with Cog2p; SGD:YGL223C
9C04F12.8C04F12.8n/achrI 9,698,564contains similarity to Pfam domain PF00782 Dual specificity phosphatase, catalytic domain contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR016130 (Protein-tyrosine phosphatase, active site), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase), IPR000340 (Protein-tyrosine phosphatase, dual specificity)
10M03D4.6M03D4.6n/achrIV 6,144,282contains similarity to Pfam domain PF02171 Piwi domain contains similarity to Interpro domains IPR003165 (Stem cell self-renewal protein Piwi), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
11C34F11.1C34F11.1n/achrII 5,213,423contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
12K04F1.11K04F1.11n/achrV 1,660,979contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
13Y57A10B.1Y57A10B.1n/achrII 12,362,805contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
14gab-1ZC482.1n/achrIII 12,775,682gab-1 encodes a gamma-aminobutyric acid (GABA) receptor beta-like subunit with both the neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding and transmembrane domains; gab-1 can form a GABA-responsive channel when co-expressed with alpha/gamma type subunits in a heterologous expression system; experiments with gab-1 indicate that GABA receptors are involved in the mechanism of resistance to the widely used broad-spectrum anthelmintic drug Ivermectin.
15asic-2T28F4.2n/achrI 7,481,759C. elegans ASIC-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF00858 Amiloride-sensitive sodium channel contains similarity to Interpro domains IPR001873 (Na+ channel, amiloride-sensitive), IPR004726 (Degenerin)
16moe-3F32A11.6n/achrII 13,163,070moe-3 encodes a CCCH tandem zinc finger (TZF) protein; while loss of moe-3 activity via RNAi alone results in no obvious abnormalities, animals triply mutant for moe-3, oma-1, and oma-2 demonstrate oocyte maturation defects, indicating that these genes likely function redundantly during germline development; in situ hybridization experiments indicate that moe-3 mRNA expression is relatively weak and restricted to the distal region of the gonad; based upon its sequence similarity to other TZF proteins, such as MEX-5 and POS-1, the product of MOE-3 is predicted to function as an RNA-binding protein.
17str-41R13D7.14e-55chrV 7,412,508C. elegans STR-41 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
18T13A10.2T13A10.2n/achrIV 6,253,526contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
19aat-7F54D12.3n/achrII 1,389,233aat-7 encodes a predicted amino acid transporter catalytic subunit; unlike catalytic subunits in other organisms, however, AAT-7 does not contain the highly conserved cysteine residue known to facilitate covalent interaction with a glycoprotein subunit, suggesting that AAT-7 does not require this residue for heterodimer formation or alternatively, does not require the glycoprotein subunit for function.
20C26F1.6C26F1.6n/achrV 7,772,218C26F1.6 encodes a homolog of the functionally active Fmrf Receptor (FR; CG2114) of D. melanogaster; it is thus possible that C26F1.6 is a receptor for one of the FMRF-like neurotransmitters in C. elegans (e.g., FLP-1 through FLP-12).
21mif-3F13G3.9n/achrI 7,313,193C. elegans MIF-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF01187 Macrophage migration inhibitory factor (MIF) contains similarity to Interpro domains IPR014347 (Tautomerase), IPR001398 (Macrophage migration inhibitory factor)
22CD4.5CD4.5n/achrV 5,590,729
23C30B5.5C30B5.5n/achrII 6,204,855contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR013806 (Kringle-like fold), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
24nhr-39F44A2.4n/achrV 9,303,947C. elegans NHR-39 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
25C36E8.4C36E8.4n/achrIII 4,014,026contains similarity to Pfam domain PF00018 SH3 domain contains similarity to Interpro domains IPR001060 (Cdc15/Fes/CIP4), IPR001452 (Src homology-3)
26sri-38D2062.8n/achrII 2,611,611C. elegans SRI-38 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
27T28F3.5T28F3.5n/achrIV 17,297,711contains similarity to Pfam domains PF01039 (Carboxyl transferase domain) , PF02786 (Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain) , PF02785 (Biotin carboxylase C-terminal domain) , PF00364 (Biotin-requiring enzyme) , PF00289 (Carbamoyl-phosphate synthase L chain, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR000022 (Carboxyl transferase), IPR005481 (Carbamoyl phosphate synthase, large subunit, N-terminal), IPR000089 (Biotin/lipoyl attachment), IPR016185 (PreATP-grasp-like fold), IPR011761 (ATP-grasp fold), IPR005482 (Biotin carboxylase, C-terminal), IPR011053 (Single hybrid motif), IPR005479 (Carbamoyl phosphate synthetase, large subunit, ATP-binding), IPR013815 (ATP-grasp fold, subdomain 1), IPR011764 (Biotin carboxylation region), IPR013816 (ATP-grasp fold, subdomain 2), IPR011763 (Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal), IPR013817 (Pre-ATP-grasp fold), IPR011054 (Rudiment single hybrid motif)
28set-11F34D6.4n/achrII 2,692,391set-11 encodes a putative histone H3 lysine-9 methyltransferase orthologous to human EHMT1 (OMIM:607001, mutated in 9q subtelomeric deletion syndrome) and EHMT2 (OMIM:604599); neither set-11(n4488) nor set-11(RNAi) have any obvious phenotypes.
29C50E3.7C50E3.7n/achrV 7,595,623contains similarity to Interpro domain IPR001499 (Fungal pheromone STE3 GPCR)
30ZC404.7ZC404.7n/achrV 6,779,108
31nhr-153C13C4.1n/achrV 12,105,417C. elegans NHR-153 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core), IPR001781 (Zinc finger, LIM-type)
32C44B11.1C44B11.1n/achrIII 3,156,820contains similarity to Pfam domain PF06905 Fas apoptotic inhibitory molecule (FAIM1) contains similarity to Interpro domain IPR010695 (Fas apoptotic inhibitory molecule)
33nca-2C27F2.2n/achrIII 4,972,657nca-2 encodes a novel, four-domain alpha1U Ca2+ channel subunit; nca-2 functions redundantly with a paralog, nca-1, to regulate locomotion and the response to specific volatile anesthetics; in regulating these processes, nca-1 and nca-2 function in the same pathway as unc-79, which encodes a conserved novel protein that positively regulates levels of NCA-1 and NCA-2 protein; nca-2::gfp reporters are expressed in the nervous system in a few pharyngeal neurons, many nerve ring interneurons, most ventral nerve motor cord neurons, and in neurons and muscles in the tail; diffuse expression is also seen in vulval muscles and the intestine.
34F44E7.7F44E7.7n/achrV 5,784,253contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
35F20D1.3F20D1.3n/achrX 14,977,334contains similarity to Interpro domains IPR011043 (Galactose oxidase/kelch, beta-propeller), IPR000018 (P2Y4 purinoceptor), IPR015915 (Kelch-type beta propeller)
36F56D5.2F56D5.2n/achrIV 9,397,813contains similarity to Bacillus subtilis Hypothetical protein yxcE.; SW:YXCE_BACSU
37F16H6.6F16H6.6n/achrV 18,205,786contains similarity to Anthyllis vulneraria subsp lapponica Maturase-like protein.; TR:Q8HUG8
38srw-7R08F11.5n/achrV 3,806,992C. elegans SRW-7 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
39M163.1M163.1n/achrX 14,503,087contains similarity to Mus musculus Adapter-related protein complex 3 beta 1 subunit (Beta-adaptin 3A)s(AP-3 complex beta-3A subunit) (Beta-3A-adaptin).; SW:A3B1_MOUSE
40acc-4T27E9.9n/achrIII 13,482,337C. elegans ACC-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF02931 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain) , PF02932 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region) contains similarity to Interpro domains IPR006028 (Gamma-aminobutyric acid A receptor), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding), IPR006029 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region)
41npr-9ZK455.3n/achrX 11,330,259C. elegans NPR-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002286 (P2 purinoceptor), IPR001556 (Bombesin receptor), IPR009144 (Thyrotropin-releasing hormone receptor), IPR000586 (Somatostatin receptor), IPR000405 (Galanin receptor), IPR000611 (Neuropeptide Y receptor), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
42K04F1.6K04F1.6n/achrV 1,671,713contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
43K11H12.4K11H12.4n/achrIV 674,988contains similarity to Pfam domain PF03409 Protein of unknown function (DUF274) contains similarity to Interpro domain IPR005071 (Protein of unknown function DUF274)
44T27E7.4T27E7.4n/achrIV 14,534,258contains similarity to Pelomedusa subrufa NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 (EC 1.6.5.3).; SW:NU5M_PELSU
45W02B8.4W02B8.4n/achrII 13,922,543contains similarity to Pfam domain PF04870 Protein of unknown function, DUF644 contains similarity to Interpro domain IPR006954 (Protein of unknown function DUF644)
46irk-1R03E9.4n/achrX 6,769,400C. elegans IRK-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01007 Inward rectifier potassium channel contains similarity to Interpro domains IPR013521 (Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, conserved region 2), IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR013518 (Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic), IPR001838 (Potassium channel, inwardly rectifying, Kir-like)
47F29A7.3F29A7.3n/achrII 2,753,579contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domain IPR006583 (CW)
48C50D2.6C50D2.6n/achrII 86,096
49W02D7.3W02D7.3n/achrV 8,294,341
50C18H7.6C18H7.6n/achrIV 590,772contains similarity to Interpro domain IPR000817 (Prion protein)