UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1Y70C5A.2Y70C5A.28.000000000000001e-175chrV 16,622,275contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
2irs-1R11A8.6n/achrIV 10,370,700irs-1 encodes a predicted cytoplasmic isoleucyl-tRNA synthetase (IleRS), an aminoacyl-tRNA synthetase that catalyzes the attachment of isoleucine to its cognate tRNA and is thus required for protein biosynthesis; loss of irs-1 activity via RNA-mediated interference (RNAi) results in sterility, embryonic lethality, and slower rates of growth, indicating that IRS-1 is essential for development.
3F13B12.2F13B12.2n/achrIV 10,427,657contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter), IPR001411 (Tetracycline resistance protein, TetB), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005829 (Sugar transporter, conserved site), IPR005828 (General substrate transporter), IPR003663 (Sugar transporter), IPR008075 (Lipocalin-1 receptor), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
4kqt-2M60.5n/achrX 8,244,691kqt-2 encodes one of three C. elegans KCNQ-like potassium channel subunits for which mutations in humans are associated with heredity diseases that affect epithelial cells, cardiac muscle and neurons; a KQT-2::GFP fusion protein is expressed exclusively in the intestine.
5W06A7.2W06A7.2n/achrV 14,822,585contains similarity to Salmonella typhi;Salmonella typhimurium Hypothetical protein (Putative inner membrane protein).; TR:Q8XEW6
6M04C3.2M04C3.2n/achrV 19,447,361contains similarity to Arabidopsis thaliana Putative SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulatorsof chromatin subfamily A member 3-like 3 (EC 3.6.1.-) (SMARCA3-likesprotein 3).; SW:Q9FIY7
7K02G10.3K02G10.3n/achrX 4,675,475contains similarity to Rattus norvegicus Transmembrane protein 135.; SW:Q5U4F4
8R07E3.4R07E3.4n/achrX 10,331,226contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
9K10D11.6K10D11.6n/achrIV 12,988,061contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
10his-39F45F2.2n/achrV 8,536,492his-39 encodes an H2B histone; by homology, HIS-39 is predicted to function as a nucleosome component required for packaging of DNA into chromatin; loss of his-39 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities; his-39 is a replication-dependent histone locus that resides in the HIS2 cluster on chromosome V.
11ugt-16ZC443.6n/achrV 12,826,207C. elegans UGT-16 protein; contains similarity to Pfam domains PF04101 (Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain) , PF00201 (UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase) contains similarity to Interpro domains IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase), IPR007235 (Glycosyl transferase, family 28, C-terminal)
12lec-9C16H3.2n/achrX 17,600,900lec-9 encodes a predicted lectin that affects embryonic viability.
13H23N18.4H23N18.4n/achrV 4,902,178contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
14his-7F45F2.4n/achrV 8,533,548his-7 encodes an H2A histone.
15gly-13B0416.6n/achrX 9,295,081gly-13 encodes an experimentally verified UDP-N-acetylglucosamine alpha-3-D-mannoside beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase I (GnT I), that is the primary GnT I enzyme in vivo, and that can act on unusual substrates; gly-13 is expressed throughout development in many cell types; gly-13 has no obvious function in vivo, since a deletion allele of gly-13 is phenotypically normal even as a double or triple mutant with gly-12 and gly-14.
16T20D4.6T20D4.6n/achrV 3,411,676contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR014752 (Arrestin, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
17F25B4.1F25B4.1n/achrV 5,713,763F25B4.1 is orthologous to the human gene GLYCINE CLEAVAGE SYSTEM T-PROTEIN (AMT; OMIM:238310), which when mutated leads to glycine encephalopathy.
18C06G8.1C06G8.1n/achrIV 10,779,821contains similarity to Pfam domain PF03083 MtN3/saliva family contains similarity to Interpro domains IPR004316 (MtN3 and saliva related transmembrane protein), IPR003091 (Voltage-dependent potassium channel)
19F43E2.9F43E2.9n/achrII 7,359,080
20Y54G11A.7Y54G11A.7n/achrII 14,298,367contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR003006 (Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site), IPR000023 (Phosphofructokinase)
21Y48A6C.4Y48A6C.4n/achrIII 11,121,345Y48A6C.4 encodes an ortholog of S. cerevisiae IPI1 that may suppress tumorous growth in the germline; like PRO-1, -2, and -3, Y48A6C.4 is probably required for ribosome biogenesis, suggesting a link between biogenesis in the distal sheath and control of cell division in the germline.
22his-3T10C6.12n/achrV 16,040,965his-3 encodes an H2A histone; by homology, HIS-3 is predicted to function as a nucleosome component required for packaging of DNA into chromatin; his-3 is a replication-dependent histone locus that resides in the HIS1 cluster on chromosome V.
23R04E5.2R04E5.2n/achrX 8,814,421R04E5.2 encodes a predicted transmembrane protein orthologous to human ACDP1-ACDP4 and S. cerevisiae MAM3, and paralogous to C01H6.6, C33D12.2, C52D10.12, M02F4.3, and R13G10.4; by orthology with MAM3, R04E5.2 may participate in metal homoeostasis; R04E5.2, MAM3, and ACDP1-ACDP4 belong to a family of proteins (sharing an ACD domain) from bacteria, yeast, plants, and metazoa; murine Acdp1 is a plasma membrane protein; bacterial proteins containing the ACD domain include CorC from Salmonella typhimurium, which is involved in magnesium and cobalt efflux; R04E5.2 has no obvious function in RNAi assays.
24math-8C16C4.13n/achrII 1,888,192C. elegans MATH-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
25prx-19F54F2.8n/achrIII 8,808,467prx-19 is orthologous to the human gene PEROXISOMAL FARNESYLATED PROTEIN (PXF; OMIM:600279), which when mutated leads to peroxisome biogenesis (Zellweger) syndrome of complementation group J.
26T16G12.3T16G12.3n/achrIII 10,052,465contains similarity to Homo sapiens Hypothetical protein KIAA0053; ENSEMBL:ENSP00000295381
27C31E10.7C31E10.7n/achrX 14,002,346C31E10.7 is orthologous to the human gene UNKNOWN (PROTEIN FOR MGC:10230) (CYB5; OMIM:250790), which when mutated leads to disease.
28ZK856.5ZK856.5n/achrV 10,187,411contains similarity to Pfam domain PF00149 Calcineurin-like phosphoesterase contains similarity to Interpro domain IPR004843 (Metallophosphoesterase)
29C25F9.4C25F9.4n/achrV 19,412,581contains similarity to Arabidopsis thaliana Putative SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulatorsof chromatin subfamily A member 3-like 3 (EC 3.6.1.-) (SMARCA3-likesprotein 3).; SW:Q9FIY7
30F21G4.1F21G4.1n/achrX 9,890,917contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF03137 (Organic Anion Transporter Polypeptide (OATP) family) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR004156 (Organic anion transporter polypeptide OATP), IPR000539 (Frizzled protein), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
31Y56A3A.19Y56A3A.19n/achrIII 11,915,313contains similarity to Pfam domain PF00550 Phosphopantetheine attachment site contains similarity to Interpro domains IPR006163 (Phosphopantetheine-binding), IPR009081 (Acyl carrier protein-like), IPR003231 (Acyl carrier protein (ACP))
32T04F3.1T04F3.1n/achrV 11,747,105contains similarity to Pfam domain PF00155 Aminotransferase class I and II contains similarity to Interpro domains IPR001176 (1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase), IPR015422 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2), IPR015424 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region), IPR004839 (Aminotransferase, class I and II), IPR015421 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1)
33Y43C5A.2Y43C5A.2n/achrIV 10,271,258contains similarity to Pfam domain PF00147 Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain contains similarity to Interpro domains IPR013048 (Meiotic recombination Spo11), IPR014716 (Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1), IPR002181 (Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular)
34nlt-1ZK892.2n/achrII 10,000,661nlt-1 encodes a member of the SCP-2 sterol transfer family.
35rap-3C08F8.7n/achrIV 11,177,654C. elegans RAP-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF00071 (Ras family) , PF08477 (Miro-like protein) contains similarity to Interpro domains IPR002041 (Ran GTPase), IPR003577 (Ras small GTPase, Ras type), IPR013684 (Miro-like), IPR003578 (Ras small GTPase, Rho type), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR001806 (Ras GTPase), IPR003579 (Ras small GTPase, Rab type), IPR006688 (ADP-ribosylation factor), IPR013753 (Ras), IPR006689 (ARF/SAR superfamily)
36pcp-2F23B2.12n/achrIV 9,162,862C. elegans PCP-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF05577 Serine carboxypeptidase S28 contains similarity to Interpro domains IPR008758 (Peptidase S28), IPR000258 (Bacterial ice-nucleation proteins octamer repeat)
37E02H9.5E02H9.5n/achrIII 2,447,417E02H9.5 encodes a homolog of the human beta-glucosidase-like proteins KL (klotho; OMIM:604824), KLB (beta-klotho; OMIM:611135), GBA3 (cytosolic beta-glucosidase; OMIM:606619), LCT (lactase-phlorizin hydrolase; OMIM:603202, variant in adult lactose tolerance), and LCTL (lactase-like protein); E02H9.5 has 76% identity (364/478 residues) to its paralog C50F7.10; perhaps due to genetic redundancy, E02H9.5 has no obvious function in mass RNAi assays.
38pgp-1K08E7.9n/achrIV 12,595,402pgp-1 encodes a transmembrane protein that is a member of the P-glycoprotein subclass of the ATP-binding cassette (ABC) transporter superfamily; along with PGP-3, PGP-1 is required for defense against the pathogenic Pseudomonas aeruginosa strain PA14, and may facilitate ATP-dependent efflux of the toxic phenazine compounds produced by the bacteria; PGP-1 is expressed in the apical membrane of intestinal cells and in the intestinal valve cells; loss of pgp-1 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities.
39abu-9R09F10.2n/achrX 8,322,700abu-9 encodes a transmembrane protein (identical to that predicted for the pqn-57 gene) with a predicted signal sequence, a glutamine/asparagine-rich domain and multiple cysteine-rich repeats (DUF139); abu-9 expression is induced by blockage of the unfolded-protein response in the endoplasmic reticulum, and ABU-9 may help protect the organism from damage by improperly folded nascent protein.
40Y37A1B.5Y37A1B.5n/achrIV 14,053,897contains similarity to Pfam domain PF05694 56kDa selenium binding protein (SBP56) contains similarity to Interpro domains IPR008826 (Selenium-binding protein), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
41K07H8.3K07H8.3n/achrIV 8,290,863contains similarity to Pfam domain PF00583 Acetyltransferase (GNAT) family contains similarity to Interpro domains IPR000182 (GCN5-related N-acetyltransferase), IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
42T07C12.9T07C12.9n/achrV 9,957,579contains similarity to Pfam domain PF01234 NNMT/PNMT/TEMT family contains similarity to Interpro domain IPR000940 (Methyltransferase, NNMT/PNMT/TEMT)
43hum-5T02C12.1n/achrIII 4,032,950C. elegans HUM-5 protein; contains similarity to Pfam domains PF00612 (IQ calmodulin-binding motif) , PF06017 (Myosin tail) , PF00063 (Myosin head (motor domain)) contains similarity to Interpro domains IPR010926 (Myosin tail 2), IPR000048 (IQ calmodulin-binding region), IPR001609 (Myosin head, motor region)
44C03H12.1C03H12.1n/achrX 15,692,830contains similarity to Interpro domain IPR012336 (Thioredoxin-like fold)
45C23H4.3C23H4.3n/achrX 12,227,955contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
46F33E2.4F33E2.4n/achrI 12,582,781contains similarity to Schizosaccharomyces pombe Elongation factor 3 (EF-3).; SW:EF3_SCHPO
47ugt-1AC3.7n/achrV 10,396,677C. elegans UGT-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
48F22E10.5F22E10.5n/achrX 12,763,749contains similarity to Pfam domain PF03171 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily contains similarity to Interpro domains IPR006620 (Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit), IPR005123 (2OG-Fe(II) oxygenase)
49amx-3F25C8.2n/achrV 20,896,026C. elegans AMX-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF01593 Flavin containing amine oxidoreductase contains similarity to Interpro domains IPR000759 (Adrenodoxin reductase), IPR001613 (Flavin-containing amine oxidase), IPR002937 (Amine oxidase), IPR016040 (NAD(P)-binding)
50R12E2.12R12E2.12n/achrI 4,174,271contains similarity to Interpro domain IPR000529 (Ribosomal protein S6)