UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1Y6E2A.5Y6E2A.50chrV 15,717,512contains similarity to Pfam domain PF05218 Protein of unknown function (DUF713) contains similarity to Interpro domain IPR007883 (Protein of unknown function DUF713)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3F07A11.1F07A11.1n/achrII 11,589,926contains similarity to Homo sapiens Trichohyalin; ENSEMBL:ENSP00000357794
4duo-1F38B7.5n/achrV 11,556,440C. elegans DUO-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00443 (Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase) , PF02338 (OTU-like cysteine protease) contains similarity to Interpro domains IPR003323 (Ovarian tumour, otubain), IPR001394 (Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2)
5K12D9.1K12D9.1n/achrV 3,015,027contains similarity to Pfam domains PF08242 (Methyltransferase domain) , PF08241 (Methyltransferase domain) , PF01209 (ubiE/COQ5 methyltransferase family) contains similarity to Interpro domains IPR004033 (UbiE/COQ5 methyltransferase), IPR013217 (Methyltransferase type 12), IPR013216 (Methyltransferase type 11)
6T10B11.2T10B11.2n/achrI 6,934,027contains similarity to Pfam domain PF00781 Diacylglycerol kinase catalytic domain (presumed) contains similarity to Interpro domain IPR001206 (Diacylglycerol kinase, catalytic region)
7K02E2.7K02E2.7n/achrV 20,380,450contains similarity to Homo sapiens RB1-inducible coiled-coil protein 1; ENSEMBL:ENSP00000025008
8T27E7.6T27E7.6n/achrIV 14,541,148contains similarity to Interpro domains IPR000533 (Tropomyosin), IPR002291 (Phosphorylase kinase, gamma catalytic subunit)
9ztf-11F52F12.6n/achrI 9,907,414C. elegans ZTF-11 protein; contains similarity to Pfam domain PF01530 Zinc finger, C2HC type contains similarity to Interpro domain IPR002515 (Zinc finger, C2HC-type)
10acbp-5T12D8.3n/achrIII 13,640,695C. elegans ACBP-5 protein; contains similarity to Pfam domains PF00023 (Ankyrin repeat) (2), PF00887 (Acyl CoA binding protein) contains similarity to Interpro domains IPR014352 (FERM/acyl-CoA-binding protein, 3-helical bundle), IPR002110 (Ankyrin), IPR000582 (Acyl-CoA-binding protein, ACBP)
11Y106G6E.4Y106G6E.4n/achrI 10,222,213contains similarity to Pfam domain PF01812 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase family contains similarity to Interpro domain IPR002698 (5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase)
12cyp-13A10ZK1320.4n/achrII 9,661,820C. elegans CYP-13A10 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002402 (Cytochrome P450, E-class, group II)
13str-102R08H2.13n/achrV 15,385,819C. elegans STR-102 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
14glt-5Y53C12A.2n/achrII 9,707,756glt-5 encodes an ortholog of glutamate/aspartate and neutral amino acid transporters.
15F15H10.6F15H10.6n/achrV 10,411,166contains similarity to Mycoplasma pneumoniae Oligopeptide transport ATP-binding protein oppF.; SW:OPPF_MYCPN
16F14H12.8F14H12.8n/achrX 4,363,765
17F23F1.6F23F1.6n/achrII 36,279contains similarity to Pfam domain PF00324 Amino acid permease contains similarity to Interpro domains IPR004755 (Cationic amino acid transport permease), IPR004841 (Amino acid permease-associated region), IPR002293 (Amino acid/polyamine transporter I)
18C32D5.1C32D5.1n/achrII 6,344,783
19srh-20C02E7.3n/achrV 4,925,540C. elegans SRH-20 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
20F25H9.7F25H9.7n/achrV 13,468,733contains similarity to Pfam domain PF05882 ACN9 family contains similarity to Interpro domain IPR008381 (ACN9)
21W03G1.4W03G1.4n/achrIV 509,467contains similarity to Pfam domain PF06869 Protein of unknown function (DUF1258) contains similarity to Interpro domain IPR009667 (Protein of unknown function DUF1258)
22twk-2T12C9.3n/achrII 4,447,199twk-2 encodes one of 44 C. elegans TWK (two-P domain K+) potassium channel subunits that contain two pore-forming domains and four transmembrane domains; the precise role of TWK-2 in C. elegans development and/or behavior is not yet known, but TWK-2 may function redundantly with other TWK channels; TWK-2 is expressed in a subset of neurons.
23srj-57T03D3.14n/achrV 2,854,982C. elegans SRJ-57 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
24B0564.4B0564.4n/achrIV 13,112,036contains similarity to Pfam domain PF01062 Bestrophin contains similarity to Interpro domain IPR000615 (Bestrophin)
25srh-182ZK228.5n/achrV 18,472,715C. elegans SRH-182 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
26Y6E2A.4Y6E2A.40.00000001chrV 15,713,920contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core), IPR002219 (Protein kinase C, phorbol ester/diacylglycerol binding)
27W05H12.2W05H12.2n/achrI 13,412,326contains similarity to Pfam domain PF01612 3'-5' exonuclease contains similarity to Interpro domains IPR002562 (3'-5' exonuclease), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
28wrt-7ZK1037.10n/achrV 15,336,119wrt-7 encodes a hedgehog-like protein, with (from N- to C-terminus) a signal sequence, a Wart domain, and a Hint/Hog domain; the Hint/Hog domain is predicted to cut WRT-7 into two halves and then covalently link cholesterol to the C-terminus of the Wart domain; the Wart domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins; WRT-7 is required for normal growth to full size and locomotion; both of these requirements may reflect common defects in cholesterol-dependent hedgehog-like signalling or in vesicle trafficking.
29nhr-140C33G8.9n/achrV 6,988,762C. elegans NHR-140 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
30ZK1307.9ZK1307.9n/achrII 9,650,113contains similarity to Pfam domain PF04502 Family of unknown function (DUF572) contains similarity to Interpro domain IPR007590 (Protein of unknown function DUF572)
31tag-81T14G12.2n/achrX 3,730,613C. elegans TAG-81 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000727 (Target SNARE coiled-coil region)
32ZC190.10ZC190.10n/achrV 8,696,074
33srx-66K07C6.9n/achrV 3,920,192C. elegans SRX-66 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
34srw-17T10H4.6n/achrV 15,276,192C. elegans SRW-17 protein; contains similarity to Interpro domains IPR000190 (AT1 angiotensin II receptor), IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002259 (Delayed-early response protein/equilibrative nucleoside transporter)
35vps-26T20D3.7n/achrIV 9,340,583C. elegans VPS-26 protein; contains similarity to Pfam domain PF03643 Vacuolar protein sorting-associated protein 26 contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR005377 (Vacuolar protein sorting-associated protein 26)
36kin-30M01B2.1n/achrV 15,246,214kin-30 encodes a predicted tyrosine kinase; kin-30 is expressed during larval stages, but has not been detected in adults; the expression of kin-30 was experimentally verified by RT-PCR.
37nhr-193F57G8.6n/achrV 16,343,349C. elegans NHR-193 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
38F25E2.3F25E2.3n/achrX 812,150contains similarity to Pfam domain PF02551 Acyl-CoA thioesterase contains similarity to Interpro domain IPR003703 (Acyl-CoA thioesterase)
39ZC581.3ZC581.3n/achrI 6,653,325contains similarity to Interpro domain IPR011046 (WD40 repeat-like)
40flp-10T06C10.4n/achrIV 7,869,261flp-10 encodes a FMRFamide-related neuropeptide; in males, flp-10 activity is required for a sensory transduction pathway that negatively regulates the frequency of certain substeps of turning behavior during mating; a flp-10::gfp reporter is expressed in a number of neurons including AIM, ASI, AUA, BAG, BDU, DVB, PQR, PVR, and URX, and in the vulD cells.
41T15D6.8T15D6.8n/achrI 12,390,358contains similarity to Pfam domain PF01482 Domain of unknown function DUF13 contains similarity to Interpro domain IPR002485 (Protein of unknown function DUF13)
42egl-38C04G2.7n/achrIV 10,108,695The egl-38 gene encodes a Pax5 homolog.
43knl-2K06A5.4n/achrI 6,462,350C. elegans KNL-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF09133 SANTA (SANT Associated) contains similarity to Interpro domain IPR015216 (SANT associated)
44T02D1.4T02D1.4n/achrIV 17,401,011contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
45R10E11.5R10E11.5n/achrIII 9,787,703contains similarity to Homo sapiens cDNA FLJ77065, highly similar to Homo sapiens golgi autoantigen, golgin subfamily a, 4 (GOLGA4), mRNA; ENSEMBL:ENSP00000349305
46let-23ZK1067.1n/achrII 9,202,659let-23 encodes an EGF-receptor-family transmembrane tyrosine kinase that affects viability, inductive signaling during development of the vulva, male spicule formation, posterior development of the epidermis, ovulation and behavioral quiescience during lethargus; it is genetically upstream of the let-60/RAS pathway with respect to viability and vulval development, is upstream of phosopholipase C gamma with respect to fertility and quiesence, and is expressed in vulval precursor cells and the ALA neuron.
47srsx-12C13D9.5n/achrV 4,980,446C. elegans SRSX-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
48rab-30Y45F3A.2n/achrIII 10,564,035rab-30 encodes a rab related protein of the Ras GTPase superfamily.
49nekl-2ZC581.1n/achrI 6,664,152nekl-2 encodes a putative serine/threonine protein kinase orthologous to Aspergillus nidulans nimA and human NEK8 (OMIM:609799), and paralogous to C. elegans D1044.3, D1044.8, F19H6.1, and Y39G10AR.3; nekl-2 interacts with two or more components of the EGF/RAS signalling pathway, and is required for such signalling in vulval development.
50C02F12.5C02F12.5n/achrX 3,671,203C02F12.5 encodes a putatively secreted protein with a Kunitz/bovine pancreatic trypsin inhibitor domain; C02F12.5 has no obvious function in mass RNAi assays.