UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1Y65A5A.3Y65A5A.34e-16chrIV 16,416,285contains similarity to Human papillomavirus type 13 Probable E4 protein.; SW:VE4_HPV13
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3col-121F56D5.1n/achrIV 9,395,553col-121 encodes a cuticle collagen required for resistance to the endocrine disrupting chemical bisphenol A (BPA); col-121(nx3) and col-121(RNAi) animals are hypersensitive to BPA, but are otherwise wild-type (e.g., they have normal body shape); BPA hypersensitivity has also been observed for dpy-2(e8), dpy-7(e88) and dpy-10(e128) mutants.
4R07C3.7R07C3.7n/achrII 916,765
5gpc-2F08B6.2n/achrI 6,757,967gpc-2 encodes one of two C. elegans heterotrimeric G protein gamma subunits; gpc-2 is required, along with its partner GPB-1, a G protein beta subunit, for proper mitotic spindle positioning and orientation during early embryonic cell divisions; to date, GPC-2 expression has been reported in electrically excitable cells (all neurons and muscles).
6ZC204.2ZC204.2n/achrII 1,664,783contains similarity to Pfam domain PF00046 Homeobox domain contains similarity to Interpro domains IPR012287 (Homeodomain-related), IPR001356 (Homeobox), IPR009057 (Homeodomain-like)
7skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
8str-148M01D1.1n/achrII 1,047,396C. elegans STR-148 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR002091 (Aromatic amino acid permease)
9F42H10.2F42H10.2n/achrIII 8,490,759contains similarity to Pfam domain PF06747 CHCH domain contains similarity to Interpro domains IPR010625 (CHCH), IPR013032 (EGF-like region, conserved site)
10sdz-38ZK892.7n/achrII 9,981,301C. elegans SDZ-38 protein; contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
11F27C1.4F27C1.4n/achrI 5,423,026
12cki-1T05A6.1n/achrII 7,811,601cki-1 encodes a homolog of the mammalian cyclin-dependent kinase inhibitor p27/KIP1 that is required for the arrest of cell division in larval blast lineages, dauer larvae and starved L1 larvae; excess CKI-1 expression prematurely stops cell division while cki-1(RNAi) induces extra cell divisions, indicating that CKI-1 quantitatively regulates the amount of mitosis in postembryonic worms.
13nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
14F55C9.3F55C9.3n/achrV 19,287,274contains similarity to Pfam domain PF02170 PAZ domain contains similarity to Interpro domain IPR003100 (Argonaute and Dicer protein, PAZ)
15kal-1K03D10.1n/achrI 14,135,394kal-1 encodes a cell surface protein that contains a WAP-type protease inhibitor domain and Type III fibronectin domains and is the C. elegans ortholog of human KAL-1, mutated in the X-linked form of the neurological disorder Kallmann syndrome; in C. elegans, both kal-1 loss-of-function mutations and kal-1 overexpression result in similar phenotypes that indicate KAL-1 activity is required for epithelial morphogenesis and axon branching; kal-1 transcriptional reporters reveal expression beginning in the 50-cell stage embryo in 2-3 cells with later embryonic expression in at least 8-10 AB-derived ventral neuroblasts that are a substrate for migrating epidermal cells during ventral enclosure; later expression in larvae and adults is restricted to anterior neurons, including AIY, AIZ, RID, M5, ASI, and labial sensory neurons, ventral nerve cord motorneurons, midbody neurons HSN, CAN, and PVM, tail neurons DVB, DVC, and PDB, and the nonneuronal excretory cell as well as in uterine muscles; in the AIY interneurons, kal-1 is part of a gene battery whose expression is under the control of the CEH-10 and TTX-3 Paired and LIM-type homeodomains, respectively.
16chd-3T14G8.1n/achrX 12,849,438chd-3 encodes a PHD-finger SNF2 family member containing a chromo domain and a C-terminal helicase domain that affects Notch-dependent vulval development; expressed in virtually all embryonic cells and in many larval nuclei.
17R05H5.5R05H5.5n/achrII 10,200,234contains similarity to Pfam domain PF04161 Arv1-like family contains similarity to Interpro domains IPR007290 (Arv1-like protein), IPR015964 (Cytochrome C oxidase subunit II-like, transmembrane region)
18clec-230C29F3.5n/achrV 15,348,475C. elegans CLEC-230 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR001202 (WW/Rsp5/WWP)
19F47C12.1F47C12.1n/achrIV 4,001,937contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (4), PF00754 (F5/8 type C domain) , PF07645 (Calcium binding EGF domain) (2), PF07699 (GCC2 and GCC3) (3), PF00431 (CUB domain) , PF07974 (EGF-like domain) , PF02494 (HYR domain) (2), PF00084 (Sushi domain (SCR repeat)) (6)contains similarity to Interpro domains IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR003410 (Hyalin), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR000859 (CUB), IPR011641 (GCC2 and GCC3), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR016060 (Complement control module), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR000421 (Coagulation factor 5/8 type, C-terminal), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013091 (EGF calcium-binding)
20his-2T10C6.13n/achrV 16,041,899his-2 encodes an H3 histone; his-2 is contained within the histone gene cluster HIS1.
21Y116A8B.1Y116A8B.1n/achrIV 17,216,790contains similarity to Oryza sativa P0660F12.13 protein (P0614D08.10 protein).; TR:Q94CR6
22C27B7.7C27B7.7n/achrIV 8,911,257contains similarity to Pfam domains PF00047 (Immunoglobulin domain) , PF00041 (Fibronectin type III domain) (6)contains similarity to Interpro domains IPR003598 (Immunoglobulin subtype 2), IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold), IPR003961 (Fibronectin, type III), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR003599 (Immunoglobulin subtype), IPR003962 (Fibronectin, type III subdomain), IPR013151 (Immunoglobulin)
23cec-1ZK1236.2n/achrIII 8,427,378cec-1 encodes a nuclear protein with a chromodomain that is ubiquitously expressed in somatic cells, but is dispensable for embryonic survival or gross adult morphology.
24T02H6.3T02H6.3n/achrII 692,115
25K08H2.4K08H2.4n/achrX 13,239,283
26ZC373.5ZC373.5n/achrX 10,073,415contains similarity to Pfam domain PF00596 Class II Aldolase and Adducin N-terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR001303 (Class II aldolase/adducin, N-terminal)
27his-59F55G1.2n/achrIV 7,488,436his-59 encodes an H3 histone; by homology, HIS-59 is predicted to function as a nucleosome component required for packaging of DNA into chromatin; his-59 is a replication-dependent histone locus that resides in a histone gene-rich region on chromosome IV.
28dsl-1W09G12.4n/achrIV 1,207,661dsl-1 encodes a secreted protein with a single DSL and EGF domain in series, resembling Delta/LAG-2; DSL-1, with APX-1 and LAG-2, is collectively required for LIN-12/Notch-mediated lateral signalling during postembryonic vulval development; DSL-1, when misexpressed by lag-2 sequences, can rescue the larval-lethal and anchor cell phenotypes of lag-2(q420ts); dsl-1(RNAi) animals have abnormal vulvae in a genetic background sensitized for lateral signalling defects; dsl-1(ok810) mutants, while viable and fertile, have a 4% penetrant defect in lateral signaling, which exceeds 13% with apx-1 and lag-2 RNAi; dsl-1 is strongly transcribed in P6.p cells; SUR-2 regulates dsl-1 along with apx-1 and lag-2; DSL-1 belongs to a nematode-specific family of Delta/LAG-2-like proteins that includes DSL-2, -3, -5, -6, and -7.
29C54E10.6C54E10.6n/achrV 18,808,334contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Spindle Pole Component of molecular weight 24kDa; SGD:YMR117C
30F58E1.11F58E1.11n/achrII 1,692,234contains similarity to Interpro domain IPR002034 (Alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase, conserved site)
31Y39A1A.7Y39A1A.7n/achrIII 10,619,501contains similarity to Sus scrofa Lymphocyte antigen 64-like protein.; TR:Q7YRL4
32T28F2.2T28F2.2n/achrI 3,638,075contains similarity to Homo sapiens Isoform 2 of COMM domain-containing protein 4; ENSEMBL:ENSP00000340867
33F31E8.4F31E8.4n/achrII 6,799,569contains similarity to Pfam domain PF04145 Ctr copper transporter family contains similarity to Interpro domain IPR007274 (Ctr copper transporter)
34F38E11.9F38E11.9n/achrIV 9,443,446contains similarity to Musca domestica Transposase.; TR:Q25442
35R10E12.2R10E12.2n/achrIII 9,968,408contains similarity to Homo sapiens Splice isoform 1 of Q96PV0 Ras GTPase-activating protein SynGAP; ENSEMBL:ENSP00000293748
36ZC513.1ZC513.1n/achrV 8,056,969contains similarity to Pfam domain PF02886 LBP / BPI / CETP family, C-terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR001124 (Lipid-binding serum glycoprotein)
37F14B4.1F14B4.1n/achrI 9,268,427contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (2), PF07645 (Calcium binding EGF domain) , PF00057 (Low-density lipoprotein receptor domain class A) , PF00058 (Low-density lipoprotein receptor repeat class B) (4)contains similarity to Interpro domains IPR000033 (), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002172 (Low density lipoprotein-receptor, class A, cysteine-rich), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR013091 (EGF calcium-binding), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
38ZK899.6ZK899.6n/achrX 9,463,973contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Delta-like subunit of the yeast AP-3 complex which functions in transport of alkaline phosphatase to the vacuole via the alternate pathway, suppressor of loss of casein kinase 1 function; SGD:YPL195W
39cdh-8F18F11.3n/achrIV 351,612cdh-8 encodes a cadherin that may be nematode specific; CDH-8 is predicted to function as a membrane protein that plays a role in cell adhesion and/or morphogenesis, but as loss of cdh-8 activity via mutation or large-scale RNAi experiments results in no obvious abnormalities, the precise role of cdh-8 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
40hch-1F40E10.1n/achrX 14,698,114hch-1 encodes a member of the zinc-dependent metalloprotease family that contains an epidermal growth factor-like domain, a CUB domain, and a TSP1 domain and affects hatching and QL neuroblast migration.
41tab-1F31E8.3n/achrII 6,804,197tab-1 encodes a homeodomain protein homologous to Drosophila bsh (brain-specific homeodomain protein) and the vertebrate BarH-like homeodomain protein 1; TAB-1 is required, during early larval development, for backward movement in response to anterior touch with a wire, while during later larval stages, TAB-1 is required for response to gentle touch with a hair; TAB-1 expression begins in the early embryo in approximately 20-30 cells and is then restricted to a subset of neurons including AIB, AVJ, and RIV; TAB-1 expression in AIB may be controlled by the UNC-42 homeodomain protein and TAB-1 may autoregulate in the AVJ and RIV neurons.
42trxr-2ZK637.10n/achrIII 8,915,015C. elegans TRXR-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF02852 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain) , PF07992 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase) , PF00070 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase) contains similarity to Interpro domains IPR013027 (FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase), IPR000447 (FAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase), IPR000103 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class-II), IPR012999 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site), IPR004099 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation), IPR006338 (Thioredoxin and glutathione reductase selenoprotein), IPR016156 (FAD/NAD-linked reductase, dimerisation), IPR001327 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, NAD-binding region), IPR000815 (Mercuric reductase), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR001100 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I)
43tza-2K03E6.4n/achrX 1,067,909C. elegans TZA-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF07162 B9 protein contains similarity to Interpro domain IPR010796 (B9)
44nhr-213T06C12.13n/achrV 15,895,604C. elegans NHR-213 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
45C03C10.5C03C10.5n/achrIII 4,090,398contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8IEF0
46R06B9.4R06B9.4n/achrII 13,754,197contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
47ceh-34C10G8.6n/achrV 5,317,530ceh-34 encodes a homeodomain protein, homologous to human SIX2 (OMIM:604994), that is expressed very weakly in the pharynxes of late embryos and early larvae; it has no known function.
48F45D3.1F45D3.1n/achrV 12,527,844contains similarity to Schizosaccharomyces pombe Hypothetical 92.4 kDa protein C1685.14C in chromosome II.; TR:O74334
49C03A3.3C03A3.3n/achrX 11,268,134contains similarity to Pfam domain PF00753 Metallo-beta-lactamase superfamily contains similarity to Interpro domain IPR001279 (Beta-lactamase-like)
50Y73C8C.8Y73C8C.8n/achrV 3,112,017contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)