UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1Y51A2A.4Y51A2A.47e-47chrV 18,291,106contains similarity to Haemophilus influenzae High-affinity zinc uptake system protein znuA precursor.; SW:ZNUA_HAEIN
2acr-19C31H5.3n/achrI 9,033,976acr-19 encodes a predicted member of the alpha subunit family of nicotinic acetylcholine receptors.
3C17C3.9C17C3.9n/achrII 5,531,799
4bbs-8T25F10.5n/achrV 6,763,757bbs-8 encodes a tetratricopeptide repeat (TPR)-containing protein that is orthologous to the human Bardet-Biedl syndrome protein, BBS8; in C. elegans, bbs-8 activity is required for cilia biogenesis and function; accordingly, bbs-8 mutant animals display odorant chemotaxis defects and exhibit both aberrant motility and abnormal localization of at least two intraflagellar transport (IFT) protein markers; a BBS-8::GFP translational fusion is expressed exclusively in ciliated head and tail neurons, where it localizes predominantly to the base of cilia, known as the ciliary transition zone; BBS-8::GFP is also observed moving bidirectionally (anterograde and retrograde) along the ciliary axoneme; DNA sequences upstream of bbs-8 contain X box DNA binding sites, suggesting that bbs-8 expression may be regulated by the DAF-19 RFX-type transcription factor.
5hil-1C30G7.1n/achrV 14,951,239C. elegans HIL-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00538 linker histone H1 and H5 family contains similarity to Interpro domains IPR011991 (Winged helix repressor DNA-binding), IPR005819 (Histone H5), IPR005818 (Histone H1/H5), IPR003216 (Linker histone, N-terminal)
6F07G11.4F07G11.4n/achrV 7,293,758contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
7dsc-1C18B12.3n/achrX 15,032,922C. elegans DSC-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00046 Homeobox domain contains similarity to Interpro domains IPR012287 (Homeodomain-related), IPR001356 (Homeobox), IPR009057 (Homeodomain-like)
8C54C8.5C54C8.5n/achrI 12,454,277contains similarity to Pfam domain PF03360 Glycosyltransferase family 43 contains similarity to Interpro domain IPR005027 (Glycosyl transferase, family 43)
9vps-33.1B0303.9n/achrIII 8,702,024C. elegans VPS-33.1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00995 Sec1 family contains similarity to Interpro domain IPR001619 (Sec1-like protein)
10C08F1.8C08F1.8n/achrII 1,806,228
11F19B10.5F19B10.5n/achrII 3,656,709
12C14E2.6C14E2.6n/achrX 1,828,107contains similarity to Pfam domain PF01764 Lipase (class 3) contains similarity to Interpro domain IPR002921 (Lipase, class 3)
13sri-15F15H9.2n/achrI 12,152,667C. elegans SRI-15 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
14C04G6.5C04G6.5n/achrII 5,085,937contains similarity to Pfam domain PF01679 Uncharacterized protein family UPF0057 contains similarity to Interpro domain IPR000612 (Protein of unknown function UPF0057)
15M04F3.5M04F3.5n/achrI 4,775,768contains similarity to Pfam domain PF08397 IRSp53/MIM homology domain contains similarity to Interpro domain IPR013606 (IRSp53/MIM homology domain (IMD))
16H12D21.3H12D21.3n/achrV 14,886,000contains similarity to Plasmodium cynomolgi Circumsporozoite protein precursor (CS).; SW:P08675
17clec-244T27C5.7n/achrV 17,414,115C. elegans CLEC-244 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
18F47B8.1F47B8.1n/achrV 14,314,024
19F40B5.1F40B5.1n/achrX 8,376,670F40B5.1 encodes a neprilysin; neprilysins are thermolysin-like zinc metallopeptidases, found on the outer surface of animal cells, that negatively regulate small signalling peptides (e.g., enkephalin, tachykinin, insulin, and natriuretic peptides) by cleaving them; F40B5.1 has no clear orthologs in other organisms.
20F55D1.2F55D1.2n/achrX 5,488,910
21R07B7.7R07B7.7n/achrV 12,072,671
22col-52D1007.2n/achrI 4,572,052C. elegans COL-52 protein; contains similarity to Pfam domain PF01391 Collagen triple helix repeat (20 copies) contains similarity to Interpro domains IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
23T28A11.17T28A11.17n/achrV 3,264,867T28A11.17 encodes a neprilysin; neprilysins are thermolysin-like zinc metallopeptidases, found on the outer surface of animal cells, that negatively regulate small signalling peptides (e.g., enkephalin, tachykinin, insulin, and natriuretic peptides) by cleaving them; T28A11.17 has no clear orthologs in other organisms.
24H16D19.3H16D19.3n/achrI 12,639,596contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
25F46F5.14F46F5.14n/achrII 800,774contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
26srab-11C36C5.8n/achrV 3,146,053C. elegans SRAB-11 protein; contains similarity to Pfam domain PF02175 C.elegans integral membrane protein Srb contains similarity to Interpro domain IPR002184 (Serpentine beta receptor)
27pqn-16C24B5.5n/achrV 9,174,643The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
28F53A9.5F53A9.5n/achrX 8,699,785contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
29math-13C16C4.3n/achrII 1,876,599C. elegans MATH-13 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
30M4.1M4.1n/achrIV 3,215,716contains similarity to Pfam domain PF00498 FHA domain contains similarity to Interpro domains IPR008984 (SMAD/FHA domain), IPR009053 (Prefoldin), IPR000253 (Forkhead-associated)
31C03C10.4C03C10.4n/achrIII 4,097,487contains similarity to Pfam domain PF05276 SH3 domain-binding protein 5 (SH3BP5) contains similarity to Interpro domain IPR007940 (SH3-binding 5)
32F13C5.1F13C5.1n/achrX 603,249
33C15H9.2C15H9.2n/achrX 6,119,566contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
34ugt-55T04H1.7n/achrV 12,257,184C. elegans UGT-55 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
35srh-296Y94A7B.4n/achrV 17,811,540C. elegans SRH-296 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
36T05A10.6T05A10.6n/achrX 10,793,737contains similarity to Interpro domain IPR014044 (SCP-like extracellular)
37C49F8.1C49F8.1n/achrX 13,363,169contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Actin-binding protein of the cortical actin cytoskeleton, important for activation of the Arp2/3 complex that plays a key role actin in cytoskeleton organization; SGD:YCR088W
38srbc-24C45H4.10n/achrV 2,152,386C. elegans SRBC-24 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
39K02E11.6K02E11.6n/achrV 14,251,141contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
40R03H10.2R03H10.2n/achrII 4,161,532
41F54B8.4F54B8.4n/achrV 15,816,808The F54B8.4 gene encodes a homolog of Death Associated Protein 1 (DAP-1) protein that may be involved in apoptosis.
42T17A3.10T17A3.10n/achrIII 155,573contains similarity to Interpro domain IPR007110 (Immunoglobulin-like)
43srsx-39M01B2.9n/achrV 15,255,926C. elegans SRSX-39 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
44F27C1.11F27C1.11n/achrI 5,439,915contains similarity to Pfam domains PF00612 (IQ calmodulin-binding motif) , PF03607 (Doublecortin) , PF01477 (PLAT/LH2 domain) contains similarity to Interpro domains IPR001024 (Lipoxygenase, LH2), IPR008976 (Lipase/lipooxygenase, PLAT/LH2), IPR003533 (Doublecortin), IPR000048 (IQ calmodulin-binding region)
45srj-16T06A1.2n/achrV 1,955,236C. elegans SRJ-16 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
46B0496.5B0496.5n/achrIV 7,421,847contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
47srab-25ZK697.7n/achrV 1,740,043C. elegans SRAB-25 protein; contains similarity to Pfam domains PF02117 (C.elegans Sra family integral membrane protein) , PF03125 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor) , PF02175 (C.elegans integral membrane protein Srb) contains similarity to Interpro domains IPR002184 (Serpentine beta receptor), IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
48Y38H6C.17Y38H6C.17n/achrV 20,537,681Y38H6C.17 encodes a putative amino acid transporter that inhibits CEP-1- and HUS-1-dependent germline apoptosis, as do BMK-1, RAD-50, and RAD-51; Y38H6C.17 has 11 predicted transmembrane alpha-helices; Y38H6C.17 has multiple C. elegans paralogs and non-nematode orthologs, including budding yeast AVT3 and AVT4 and human SLC36A1 (OMIM:606561).
49T25D1.1T25D1.1n/achrX 16,520,133
50B0310.3B0310.3n/achrX 512,692