UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1Y49E10.16Y49E10.160chrIII 12,432,047contains similarity to Pfam domain PF01764 Lipase (class 3) contains similarity to Interpro domains IPR002921 (Lipase, class 3), IPR008262 (Lipase, active site)
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3opt-3F56F4.5n/achrI 6,135,613C. elegans OPT-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00854 POT family contains similarity to Interpro domains IPR000109 (TGF-beta receptor, type I/II extracellular region), IPR000817 (Prion protein), IPR004768 (Oligopeptide transporter, peptide:H+ symporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
4ZK1320.9ZK1320.9n/achrII 9,685,397contains similarity to Pfam domain PF02550 Acetyl-CoA hydrolase/transferase N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR003702 (Acetyl-CoA hydrolase/transferase), IPR001220 (Legume lectin, beta domain)
5F42G2.4F42G2.4n/achrII 2,411,193n/a
6F47C12.1F47C12.1n/achrIV 4,001,937contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (4), PF00754 (F5/8 type C domain) , PF07645 (Calcium binding EGF domain) (2), PF07699 (GCC2 and GCC3) (3), PF00431 (CUB domain) , PF07974 (EGF-like domain) , PF02494 (HYR domain) (2), PF00084 (Sushi domain (SCR repeat)) (6)contains similarity to Interpro domains IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR003410 (Hyalin), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR000859 (CUB), IPR011641 (GCC2 and GCC3), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR016060 (Complement control module), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR000421 (Coagulation factor 5/8 type, C-terminal), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013091 (EGF calcium-binding)
7wrt-8C29F3.2n/achrV 15,343,304wrt-8 encodes a hedgehog-like protein, with (from N- to C-terminus) a signal sequence, a Wart domain, an short region of low-complexity sequence, and a Hint/Hog domain; WRT-8 is strongly expressed in hypodermal syncytia hyp6-hyp10 throughout life, and in in 12 subventral P cells and their descendants from 3-fold embryo to L2 larva stages; the Hint/Hog domain is predicted to cut WRT-8 into two halves and then covalently link cholesterol to the C-terminus of the Wart domain; the Wart domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins; WRT-8 has no obvious function in RNAi assays.
8cyp-33E1C49C8.4n/achrIV 8,646,858C. elegans CYP-33E1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
9ttr-46T07C12.7n/achrV 9,951,666C. elegans TTR-46 protein; contains similarity to Pfam domain PF01060 Transthyretin-like family contains similarity to Interpro domain IPR001534 (Transthyretin-like)
10T18D3.8T18D3.8n/achrX 12,437,812
11T10D4.1T10D4.1n/achrII 3,151,352contains similarity to Pfam domains PF01579 (Domain of unknown function DUF19) , PF02343 (Domain of unknown function DUF130) contains similarity to Interpro domains IPR003326 (Protein of unknown function DUF130), IPR002542 (Protein of unknown function DUF19)
12B0280.2B0280.2n/achrIII 7,126,452contains similarity to Interpro domain IPR000697 (EVH1)
13F38A1.9F38A1.9n/achrIV 1,244,866
14hmit-1.2Y51A2D.5n/achrV 18,526,923hmit-1.2 encodes one of three C. elegans proton (H+)-dependent myo-inositol transporters; loss of hmit-1.2 activity via large-scale RNAi result in no obvious abnormalities but by homology, HMIT-1.2 is predicted to function as a plasma membrane protein required for the regulated uptake of myo-inositol and thus potentially for regulation of cell signaling and intracellular osmolarity.
15Y40B1B.5Y40B1B.5n/achrI 13,436,717contains similarity to Homo sapiens Retinoblastoma binding protein 6 isoform 1; ENSEMBL:ENSP00000317872
16F35H8.2F35H8.2n/achrII 9,556,425contains similarity to Pfam domain PF02485 Core-2/I-Branching enzyme contains similarity to Interpro domain IPR003406 (Glycosyl transferase, family 14)
17F39D8.3F39D8.3n/achrX 15,423,577contains similarity to Homo sapiens Sperm-specific thioredoxin; ENSEMBL:ENSP00000304908
18his-37C50F4.7n/achrV 9,547,316his-37 encodes an H4 histone.
19F35F10.4F35F10.4n/achrV 3,292,977contains similarity to Pfam domain PF04721 Domain of unknown function (DUF750) contains similarity to Interpro domain IPR006588 (Protein of unknown function PAW)
20dhs-30T25G12.7n/achrX 17,233,193dhs-30 encodes a member of the short-chain dehydrogenases/reductases family (SDR) homologous to HSD, which when mutated leads to cortisol 11-beta ketoreductase deficiency (OMIM:218030).
21F40A3.2F40A3.2n/achrV 7,880,134contains similarity to Interpro domains IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR013032 (EGF-like region, conserved site)
22F25C8.4F25C8.4n/achrV 20,901,062contains similarity to Pfam domain PF00501 AMP-binding enzyme contains similarity to Interpro domain IPR000873 (AMP-dependent synthetase and ligase)
23twk-25M04B2.5n/achrIV 11,507,989C. elegans TWK-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF07885 Ion channel contains similarity to Interpro domains IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR013099 (Ion transport 2), IPR003092 (Potassium channel, two pore-domain, TASK)
24lite-1C14F11.3n/achrX 6,228,375C. elegans LITE-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF08395 7tm Chemosensory receptor contains similarity to Interpro domains IPR009318 (Trehalose receptor), IPR013604 (7TM chemoreceptor)
25ugt-49AC3.2n/achrV 10,373,259C. elegans UGT-49 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
26D1022.4D1022.4n/achrII 7,456,724contains similarity to Pfam domain PF01738 Dienelactone hydrolase family contains similarity to Interpro domain IPR002925 (Dienelactone hydrolase)
27C25F6.1C25F6.1n/achrX 5,487,263
28srr-9T05B11.2n/achrV 7,738,784C. elegans SRR-9 protein; contains similarity to Pfam domain PF03268 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF267 contains similarity to Interpro domain IPR004950 (Protein of unknown function DUF267, Caenorhabditis species)
29nhr-143F59E11.11n/achrV 8,974,032C. elegans NHR-143 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
30F16B4.3F16B4.3n/achrV 1,597,417contains similarity to Pfam domain PF06918 Protein of unknown function (DUF1280) contains similarity to Interpro domain IPR009689 (Protein of unknown function DUF1280)
31lin-48F34D10.5n/achrIII 3,746,355lin-48 encodes a C2H2-type zinc-finger transcription factor that is orthologous to Drosophila OVO and mouse OVO1; LIN-48 is required for development of the hindgut, the male tail, and the excretory duct cell; in hindgut and male tail development, LIN-48 activity is essential for proper fate specification of the U, F, and K' blast cells and B blast cell descendants, and in excretory duct cell development, for normal duct cell morphogenesis; a LIN-48 translational reporter is expressed in the nuclei of the U, F, K, and K' blast cells, the excretory duct cell, and up to 10 cells in the head region beginning in late embryogenesis and continuing through adulthood; in addition, expression is detected in the neuronal support cells of the phasmid and labial sensory structures beginning at the late L1 larval stage; in hindgut cell specification, LIN-48 functions with EGL-38/Pax, which appears to be a direct transcriptional regulator of LIN-48 expression, and in excretory duct cell development, LIN-48 is likely under the control of the CES-2 bZip transcription factor
32F59A2.6F59A2.6n/achrIII 3,420,133contains similarity to Pfam domains PF02524 (KID repeat) , PF01465 (GRIP domain) contains similarity to Interpro domains IPR004089 (Chemotaxis methyl-accepting receptor, signalling), IPR000533 (Tropomyosin), IPR009053 (Prefoldin), IPR000237 (GRIP)
33prx-2ZK809.7n/achrIV 11,645,165prx-2 is orthologous to the human gene PEROXISOMAL MEMBRANE PROTEIN 3 (PXMP3; OMIM:170993), which when mutated leads to Zellweger syndrome 3 or infantile Refsum disease.
34gtl-2F54D1.5n/achrIV 11,277,712gtl-2 encodes a predicted receptor-activated calcium channel and represents a family of calcium channels, the other two family members being gtl-1 and gon-2.
35C26D10.4C26D10.4n/achrII 8,331,544contains similarity to Pfam domains PF08544 (GHMP kinases C terminal) , PF00288 (GHMP kinases N terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR006206 (Mevalonate and galactokinase), IPR001174 (Galactokinase/homoserine kinase), IPR006204 (GHMP kinase), IPR014721 (Ribosomal protein S5 domain 2-type fold), IPR013750 (GHMP kinase, C-terminal)
36F56F10.3F56F10.3n/achrX 863,092F56F10.3 encodes the C. elegans cysteine dioxygenase ortholog; by homology to mammalian enzymes, the product of F56F10.3 is predicted to function in cysteine catabolism by catalyzing the oxidation of cysteine to cysteine sulfanate.
37fbxa-57C29F9.10n/achrIII 106,751C. elegans FBXA-57 protein; contains similarity to Pfam domains PF01827 (FTH domain) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR001986 (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase, core), IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species), IPR001810 (Cyclin-like F-box)
38fbxa-111Y102A5C.14n/achrV 16,949,135This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
39T27C4.2T27C4.2n/achrV 3,729,612
40ocam-1T02B5.2n/achrV 14,167,452T02B5.2 encodes a protein with an OCAM domain, a nematode-specific motif conserved between T02B5.2 and two other nematode ONECUT homeobox proteins (CEH-21 and CEH-41); this gene is probably derived from a ONECUT gene that lost both tit cut domain and its homeodomain; T02B5.2 has no obvious function in mass RNAi assays.
41C05C12.4C05C12.4n/achrIV 11,247,231contains similarity to Interpro domains IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR013032 (EGF-like region, conserved site)
42F15E11.4F15E11.4n/achrV 2,340,462contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
43W04E12.7W04E12.7n/achrV 19,731,742contains similarity to Pfam domain PF06162 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF976) contains similarity to Interpro domains IPR010381 (Protein of unknown function DUF976, Caenorhabditis species), IPR016125 (Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like)
44srx-67K07C6.10n/achrV 3,917,627C. elegans SRX-67 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
45R10H1.1R10H1.1n/achrII 7,495,254contains similarity to Interpro domain IPR008374 (SF-assemblin)
46K07E8.5K07E8.5n/achrII 652,962K07E8.5 encodes a homolog of the functionally active Fmrf Receptor (FR; CG2114) of D. melanogaster; it is thus possible that K07E8.5 is a receptor for one of the FMRF-like neurotransmitters in C. elegans (e.g., FLP-1 through FLP-12).
47acy-2C10F3.3n/achrV 5,978,731acy-2 encodes an adenylyl cyclase; an intragenic deletion of acy-2 is lethal at the first larval stage of development; the terminal phenotype resembles that seen in loss-of-function gsa-1 mutants.
48srp-5C03G6.18n/achrV 7,382,647srp-5 encodes an ovalbumin-like serpin (ov-serpin) member of the serine protease inhibitor superfamily; by homology, SRP-5 is predicted to function as a suicide substrate that inhibits the proteolytic activity of serine proteases; however, as loss of srp-5 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any obvious abnormalities, the precise role of SRP-5 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
49F17H10.4F17H10.4n/achrX 13,126,169contains similarity to Macaca fascicularis Cytochrome oxidase subunit VIII.; TR:Q8SPI5
50math-23C46F9.2n/achrII 1,903,365The C46F9.2 gene encodes a protein closely similar to C46F9.3, which has a meprin-associated Traf homology (MATH) domain and may be involved in apoptosis.