UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1Y45F10B.12Y45F10B.128e-133chrIV 13,587,824contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
2C08G9.2C08G9.2n/achrIV 7,668,512contains similarity to Pfam domains PF02822 (Antistasin family) (6), PF00014 (Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain) , PF00095 (WAP-type (Whey Acidic Protein) 'four-disulfide core') (8), PF00086 (Thyroglobulin type-1 repeat) (6)contains similarity to Interpro domains IPR000716 (Thyroglobulin type-1), IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa), IPR008197 (Whey acidic protein, 4-disulphide core), IPR008198 (Proteinase inhibitor I17), IPR006150 (Cysteine-rich repeat), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR004094 (Proteinase inhibitor I15, antistasin), IPR015874 (4-disulphide core), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type), IPR003645 (Follistatin-like, N-terminal), IPR000737 (Proteinase inhibitor I7, squash)
3F52B11.5F52B11.5n/achrIV 14,102,592contains similarity to Clostridium perfringens Hypothetical protein CPE2159.; TR:Q8XIG1
4inx-6C36H8.2n/achrIV 12,748,113inx-6 encodes an innexin, an integral transmembrane channel protein that is a structural component of invertebrate gap junctions; INX-6 is required for formation of pharyngeal gap junctions and thus for the electrical coupling and synchronous muscle contractions necessary for normal feeding behavior and postembryonic development; INX-6 may function redundantly with EAT-5, another C. elegans innexin; INX-6 expression is first detected in embryonic pharyngeal precursors and during later larval and adult stages, in pharyngeal corpus muscles and isthmus marginal cells, where INX-6 localizes to plaque-like structures in the plasma membrane.
5osm-10T20H4.1n/achrIII 7,244,451osm-10 encodes a novel protein conserved amongst several Caenorhabditis species; osm-10 activity is required for normal osmosensory signaling in the ASH sensory neuron; in regulating ASH-mediated osmosensation, osm-10 interacts genetically with eos-1 and eos-2; OSM-10 is expressed in the ASH, ASI, PHA, and PHB sensory neurons beginning just prior to hatching and continuing through larval and adult stages; OSM-10 localizes to cell bodies, sensory processes, and axons.
6unc-122F11C3.2n/achrI 14,873,757unc-122 encodes a predicted type II transmembrane protein with extracellular collagen-like domains and a highly conserved olfactomedin (OLF) domain that is found in a family of secreted proteins involved in formation and function of nervous systems; UNC-122 is required for proper locomotion and for normal morphology of the DVB motorneuron, and may regulate neuromuscular function by acting in an aminergic/peptidergic pathway parallel to cholinergic neurotransmission; although mosaic analysis indicates that UNC-122 activity is required in muscle cells, the precise expression and localization patterns of UNC-122 are not yet known.
7F52D10.6F52D10.6n/achrX 11,583,279contains similarity to Pfam domain PF00169 PH domain contains similarity to Interpro domains IPR000219 (Dbl homology (DH) domain), IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR011993 (Pleckstrin homology-type)
8hot-7Y48B6A.9n/achrII 14,212,173hot-7 encodes a predicted membrane-associated protein that is a member of the Ly-6 superfamily of glycosylphosphatidylinositol (GPI)-linked signaling proteins and is homologous to ODR-2, a neuronally expressed protein required for olfaction; as loss of hot-7 activity via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of HOT-7 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
9F42G8.5F42G8.5n/achrIV 8,137,753
10C38D9.5C38D9.5n/achrV 17,589,380contains similarity to Pfam domain PF02206 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR002110 (Ankyrin), IPR003125 (Protein of unknown function WSN), IPR001357 (BRCT)
11K08C9.5K08C9.5n/achrI 11,483,971This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
12F55A4.4F55A4.4n/achrX 1,025,409contains similarity to Pfam domain PF00035 Double-stranded RNA binding motif contains similarity to Interpro domains IPR001159 (Double-stranded RNA binding), IPR014720 (Double-stranded RNA-binding-like)
13elc-2W03H1.2n/achrX 1,777,746elc-2 encodes a protein containing a Skp1 dimerisation domain that has homology to human transcription elongation factor B (SIII), polypeptide I (15kD, elonginsC).
14srv-21H04M03.8n/achrIV 5,876,704C. elegans SRV-21 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
15T08G5.9T08G5.9n/achrV 14,045,861contains similarity to Pfam domain PF00635 MSP (Major sperm protein) domain contains similarity to Interpro domains IPR008962 (PapD-like), IPR000535 (Major sperm protein)
16ugt-56T04H1.8n/achrV 12,260,070C. elegans UGT-56 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
17sru-40R07B5.3n/achrV 9,833,347C. elegans SRU-40 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
18R05G6.5R05G6.5n/achrIV 7,509,013contains similarity to Pfam domain PF05186 Dpy-30 motif contains similarity to Interpro domains IPR001564 (Nucleoside diphosphate kinase, core), IPR007858 (Dpy-30)
19srv-4F15E6.7n/achrIV 4,286,920C. elegans SRV-4 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
20F10A3.11F10A3.11n/achrV 16,163,213contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domain IPR006583 (CW)
21T11F9.14T11F9.14n/achrV 11,480,742contains similarity to Oryctolagus cuniculus Troponin I, fast skeletal muscle (Troponin I, fast-twitch isoform).; SW:TRIF_RABIT
22K01A12.3K01A12.3n/achrX 8,622,819contains similarity to Interpro domain IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
23M01F1.7M01F1.7n/achrIII 3,525,420M01F1.7 encodes a phosphatidylinositol transfer protein, with a C-terminal DDHD domain, that is orthologous to RETINAL DEGENERATION B (RDGB) in D. melanogaster, as well as other orthologs in mammals (NIR1-3); M01F1.7 is expressed in the egg membrane, the germline, the spermatheca and three pairs of head neurons; while M01F1.7 would be expected to mediate PIP(2) signalling in either neuronal function or cytokinesis, it has not yet had a published mutant phenotype, and has no obvious function in mass RNAi assays.
24F55D12.1F55D12.1n/achrI 7,884,957contains similarity to Brachydanio rerio Hypothetical protein.; TR:Q803L4
25Y49E10.25Y49E10.25n/achrIII 12,490,261contains similarity to Pfam domain PF01764 Lipase (class 3) contains similarity to Interpro domain IPR002921 (Lipase, class 3)
26dhs-16C10F3.2n/achrV 5,984,592dhs-16 encodes a short-chain dehydrogenase predicted to be mitochondrial.
27K10H10.6K10H10.6n/achrII 14,504,011contains similarity to Pfam domain PF00106 short chain dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR003560 (2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase), IPR002347 (Glucose/ribitol dehydrogenase), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR016040 (NAD(P)-binding)
28F43G6.7F43G6.7n/achrII 11,811,141contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR003980 (Histamine H3 receptor)
29F29F11.3F29F11.3n/achrV 10,658,900contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG10189-PA;; FLYBASE:CG10189
30F53A2.1F53A2.1n/achrIII 13,321,932contains similarity to Pfam domain PF06542 Protein of unknown function (DUF1114) contains similarity to Interpro domains IPR001810 (Cyclin-like F-box), IPR009497 (Protein of unknown function DUF1114), IPR009010 (Aspartate decarboxylase-like fold)
31F28D1.6F28D1.6n/achrIV 12,384,958contains similarity to Neurospora crassa ATP-dependent RNA helicase dbp-8 (EC 3.6.1.-).; SW:Q7RYZ7
32C01G10.9C01G10.9n/achrV 15,083,391contains similarity to Pfam domain PF01008 Initiation factor 2 subunit family contains similarity to Interpro domains IPR000649 (Initiation factor 2B related), IPR011559 (Initiation factor 2B alpha/beta/delta)
33fbxa-135T06E6.5n/achrV 15,402,649This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
34Y6B3B.1Y6B3B.1n/achrI 13,699,504contains similarity to Interpro domain IPR000533 (Tropomyosin)
35T14G12.6T14G12.6n/achrX 3,758,129contains similarity to Pfam domain PF02343 Domain of unknown function DUF130 contains similarity to Interpro domain IPR003326 (Protein of unknown function DUF130)
36ZK287.4ZK287.4n/achrV 9,682,882contains similarity to Pfam domain PF00014 Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain contains similarity to Interpro domains IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa), IPR000694 (Proline-rich region), IPR006150 (Cysteine-rich repeat)
37nhr-220T19H12.8n/achrV 4,883,423C. elegans NHR-220 protein; contains similarity to Pfam domain PF00105 Zinc finger, C4 type (two domains) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
38nhr-182F41B5.9n/achrV 2,258,611C. elegans NHR-182 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
39srh-80DC2.1n/achrV 221,355C. elegans SRH-80 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
40egrh-1C27C12.2n/achrX 14,847,486C27C12.2 is orthologous to the human gene BA436D10.3 (EARLY GROWTH RESPONSE 2 (KROX-20 (DROSOPHILA) HOMOLOG)) (EGR2; OMIM:129010), which when mutated leads to disease.
41C45G7.4C45G7.4n/achrIV 2,434,709contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
42F25G6.1F25G6.1n/achrV 8,577,457
43Y43F8C.13Y43F8C.13n/achrV 19,691,051contains similarity to Pfam domain PF01156 Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase contains similarity to Interpro domain IPR001910 (Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase)
44mec-6W02D3.3n/achrI 6,726,624mec-6 is homologous to the human PARAOXONASE 1 gene (PON1, OMIM:168820), which in some allelic forms is associated with susceptibility to coronary artery disease; MEC-6 protein interacts physically with the MEC-4 degenerin ion channel, is colocalized with it in vivo, and is required for MEC-4 punctate expression along touch-receptor neural processes.
45Y106G6H.4Y106G6H.4n/achrI 10,437,301contains similarity to Interpro domain IPR006578 (MADF)
46F22D6.8F22D6.8n/achrI 7,099,204
47C35A11.1C35A11.1n/achrV 5,406,834contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
48M03C11.1M03C11.1n/achrIII 10,394,622contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
49lgc-55Y113G7A.5n/achrV 20,025,213C. elegans LGC-55 protein; contains similarity to Pfam domains PF02931 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain) , PF02932 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region) contains similarity to Interpro domains IPR002289 (Gamma-aminobutyric-acid A receptor, beta subunit), IPR006028 (Gamma-aminobutyric acid A receptor), IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding), IPR006029 (Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region)
50F49E10.1F49E10.1n/achrX 5,899,725contains similarity to Pfam domain PF00566 TBC domain contains similarity to Interpro domain IPR000195 (RabGAP/TBC)