UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1ptr-19Y39A1B.20chrIII 10,786,410ptr-19 encodes an ortholog of Drosophila and human PTCHD3, which defines one of seven paralogous families of sterol sensing domain (SSD) proteins; PTR-19 is required for normal development in mass RNAi assays; PTR-19 is expressed in pharynx, hypodermis, nervous system (including head neurons), and other cells.
2Y37A1B.6Y37A1B.6n/achrIV 14,038,988contains similarity to Bacillus amyloliquefaciens Beta-glucanase (BglA) (Fragment).; TR:Q44651
3ZC374.2ZC374.2n/achrX 10,041,531contains similarity to Pfam domain PF00041 Fibronectin type III domain contains similarity to Interpro domains IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold), IPR003961 (Fibronectin, type III)
4T12B3.1T12B3.1n/achrIV 7,383,567contains similarity to Pfam domains PF00782 (Dual specificity phosphatase, catalytic domain) , PF00102 (Protein-tyrosine phosphatase) contains similarity to Interpro domains IPR003595 (Protein-tyrosine phosphatase, catalytic), IPR016130 (Protein-tyrosine phosphatase, active site), IPR000242 (Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type), IPR000387 (Protein-tyrosine phosphatase), IPR000340 (Protein-tyrosine phosphatase, dual specificity), IPR000923 (Blue (type 1) copper domain)
5F47A4.5F47A4.5n/achrX 9,835,643contains similarity to Pfam domains PF01734 (Patatin-like phospholipase) , PF00023 (Ankyrin repeat) (5)contains similarity to Interpro domains IPR016035 (Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase), IPR001638 (Bacterial extracellular solute-binding protein, family 3), IPR002641 (Patatin), IPR002110 (Ankyrin), IPR001680 (WD40 repeat)
6clec-3C41H7.7n/achrII 3,018,651C. elegans CLEC-3 protein; contains similarity to Pfam domains PF00431 (CUB domain) , PF00059 (Lectin C-type domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
7R05C11.1R05C11.1n/achrIV 2,070,210contains similarity to Interpro domain IPR014756 (Immunoglobulin E-set)
8ZK688.7ZK688.7n/achrIII 7,911,165
9C49C3.15C49C3.15n/achrIV 17,334,573contains similarity to Interpro domain IPR002101 (Myristoylated alanine-rich C-kinase substrate MARCKS)
10nhr-113ZK1025.9n/achrI 11,474,430nhr-113 encodes a nuclear receptor that is most highly conserved amongst nematode species.
11gcy-29C04H5.3n/achrII 14,544,746C. elegans GCY-29 protein; contains similarity to Pfam domains PF00211 (Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain) , PF01094 (Receptor family ligand binding region) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001054 (Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR001828 (Extracellular ligand-binding receptor)
12frm-3H05G16.1n/achrX 11,578,915frm-3 encodes a protein containing a FERM domain (Band 4.1 family); expressed in a few cells in the head.
13Y51A2B.5Y51A2B.5n/achrV 18,390,243contains similarity to Interpro domain IPR014044 (SCP-like extracellular)
14Y81G3A.3Y81G3A.3n/achrII 13,087,735contains similarity to Pfam domains PF05773 (RWD domain) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR006575 (RWD), IPR016135 (Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
15ZK1073.2ZK1073.2n/achrX 16,113,615contains similarity to Aquifex aeolicus Hypothetical protein AQ_293.; SW:Y293_AQUAE
16Y51A2A.6Y51A2A.6n/achrV 18,303,075contains similarity to Interpro domain IPR016187 (C-type lectin fold)
17nhr-132R11G11.1n/achrV 535,310C. elegans NHR-132 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
18fbxa-155C05B5.6n/achrIII 10,008,970C. elegans FBXA-155 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
19clec-211F19F10.6n/achrV 7,560,915C. elegans CLEC-211 protein; contains similarity to Interpro domain IPR016187 (C-type lectin fold)
20F02D8.1F02D8.1n/achrV 14,975,819contains similarity to Rattus norvegicus P27 KIP1.; TR:O08769
21F33D11.6F33D11.6n/achrI 5,845,654
22R09B5.11R09B5.11n/achrV 1,440,531contains similarity to Pfam domains PF07690 (Major Facilitator Superfamily) , PF00083 (Sugar (and other) transporter) contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR005829 (Sugar transporter, conserved site), IPR005828 (General substrate transporter), IPR003663 (Sugar transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
23F41E6.1F41E6.1n/achrV 8,624,595
24ZK896.1ZK896.1n/achrIV 12,874,056contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
25srt-35F47D2.4n/achrV 4,263,036C. elegans SRT-35 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter)
26F47G6.2F47G6.2n/achrI 1,475,611contains similarity to Pfam domain PF00501 AMP-binding enzyme contains similarity to Interpro domain IPR000873 (AMP-dependent synthetase and ligase)
27srab-10C36C5.7n/achrV 3,143,828C. elegans SRAB-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
28T28F3.5T28F3.5n/achrIV 17,297,711contains similarity to Pfam domains PF01039 (Carboxyl transferase domain) , PF02786 (Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain) , PF02785 (Biotin carboxylase C-terminal domain) , PF00364 (Biotin-requiring enzyme) , PF00289 (Carbamoyl-phosphate synthase L chain, N-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR000022 (Carboxyl transferase), IPR005481 (Carbamoyl phosphate synthase, large subunit, N-terminal), IPR000089 (Biotin/lipoyl attachment), IPR016185 (PreATP-grasp-like fold), IPR011761 (ATP-grasp fold), IPR005482 (Biotin carboxylase, C-terminal), IPR011053 (Single hybrid motif), IPR005479 (Carbamoyl phosphate synthetase, large subunit, ATP-binding), IPR013815 (ATP-grasp fold, subdomain 1), IPR011764 (Biotin carboxylation region), IPR013816 (ATP-grasp fold, subdomain 2), IPR011763 (Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal), IPR013817 (Pre-ATP-grasp fold), IPR011054 (Rudiment single hybrid motif)
29srab-12C47A10.6n/achrV 17,782,010C. elegans SRAB-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
30sri-38D2062.8n/achrII 2,611,611C. elegans SRI-38 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
31T22H2.2T22H2.2n/achrI 11,705,155contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
32Y54E5A.2Y54E5A.2n/achrI 14,694,856contains similarity to Interpro domain IPR000345 (Cytochrome c heme-binding site)
33fbxa-213Y37H2C.3n/achrV 18,268,033This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
34fbxa-188F47H4.8n/achrV 17,343,887This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
35R05A10.8R05A10.8n/achrIV 14,156,627contains similarity to Pfam domain PF05050 Protein of unknown function (DUF672) contains similarity to Interpro domain IPR007744 (Protein of unknown function DUF672)
36clpp-1ZK970.2n/achrII 10,301,745clpp-1 encodes a mitochondrial protein, homologous to bacterial ClpP, required to initiate the stress response to unfolded mitochondrial proteins; as with its bacterial ortholog, CLPP-1 is predicted to be a proteolytic subunit of a Clp-like protease, with an N-terminal region required for mitochondrial localization, and a C-terminal region of ClpP similarity; in response to a mutation stressing mitochondria, clpp-1(RNAi) animals show reduced HSP-60 levels, inhibited nuclear translocation and hsp-60 activation by DVE-1, and aberrant mitochondrial morphology; CLPP-1 is biochemically inhibited by the ClpP inhibitor Z-LY-CMK and the peptide aldehyde MG132, and may also be blocked by them when injected in vivo; CLPP-1 is expressed in the intestine.
37R102.3R102.3n/achrIV 10,691,049contains similarity to Broad bean wilt virus 2 210kDa protein.; TR:Q9E933
38ocr-2T09A12.3n/achrIV 8,216,912ocr-2 encodes a TRPV (transient receptor potential channel, vanilloid subfamily) ion channel; OCR-2 activity is required for several types of sensory transduction including olfaction, osmosensation, mechanosensation, and chemosensation; an OCR-2 fusion protein is expressed in sensory cilia and requires the OSM-9 TRPV channel protein for proper localization; likewise, OSM-9 requires OCR-2 for its cilial localization.
39nhr-252ZK6.2n/achrV 405,309C. elegans NHR-252 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000679 (Zinc finger, GATA-type), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
40F25E5.2F25E5.2n/achrV 7,456,619contains similarity to Pfam domain PF04590 Protein of unknown function, DUF595 contains similarity to Interpro domain IPR007669 (Protein of unknown function DUF595)
41str-97F10A3.8n/achrV 16,154,443C. elegans STR-97 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
42F41E7.7F41E7.7n/achrX 10,311,728contains similarity to Drosophila grimshawi Chorion protein S18.; SW:CH18_DROGR
43psa-1Y113G7B.23n/achrV 20,239,752psa-1 encodes an ortholog of SWI3, a component of the SWI/SNF complex that is conserved from yeast to mammals and that is involved in chromatin remodeling; psa-1 is probably required during mitosis of the T cells for asymmetric cell division, and in addition, is required for embryonic and larval development, as well as normal levels of fertility; psa-1 exhibits strong genetic interactions with lin-35/Rb, as psa-1 larval lethality and sterility at 20 degrees C are greatly enhanced in lin-35;psa-1 double mutants.
44srd-60C13B7.3n/achrV 2,420,332C. elegans SRD-60 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
45F56F11.1F56F11.1n/achrIII 2,892,177
46sre-54C50E10.6n/achrII 12,333,899C. elegans SRE-54 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor), IPR000366 (Fungal pheromone mating factor STE2 GPCR)
47srsx-13C13D9.6n/achrV 4,982,486C. elegans SRSX-13 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
48F56C3.9F56C3.9n/achrX 1,392,907contains similarity to Interpro domains IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013089 (Kelch related)
49twk-14K01D12.4n/achrV 12,388,845C. elegans TWK-14 protein; contains similarity to Pfam domain PF07885 Ion channel contains similarity to Interpro domains IPR003280 (Potassium channel, two pore-domain), IPR005410 (Potassium channel, two pore-domain, THIK), IPR013099 (Ion transport 2), IPR003092 (Potassium channel, two pore-domain, TASK)
50str-47F07C4.1n/achrV 7,646,392C. elegans STR-47 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)