UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1Y39A1A.20Y39A1A.207.999999999999999e-63chrIII 10,699,807
2rog-1F54D12.6n/achrII 1,374,343rog-1 encodes a protein with an insulin receptor substrate-1 (IRS-type) phosphotyrosine-binding (PTB) domain that is required for the progression from pachytene to diakinesis in meiosis; rog-1 is primarily transcribed in germ cells, and this expression is required for oocyte development; ROG-1 is orthologous to human FRS2 (OMIM:607743) and FRS3 (OMIM:607744); rog-1(tm1031) mutant oocytes fail to progress from pachytene to diakinesis, a phenotype reminiscent of let-60 or mpk-1 mutant oocytes, and rog-1(tm1031) gonads lack phosphorylated MPK-1; rog-1(tm1031) and rog-1(RNAi) hermaphrodites show reduced brood sizes and increased embryonic lethality, with rog-1(tm1031) being more phenotypically severe than rog-1(RNAi); rog-1(tm1031) germ cell, brood size, and MPK-1 phosphorylation phenotypes are suppressed by the gain-of-function mutations let-60(n1046) or let-60(ga89ts); during meiosis, ROG-1 may function as an adaptor downstream of LET-23 and upstream of LET-60.
3gpa-4T07A9.7n/achrIV 403,531gpa-4 encodes a member of the G protein alpha subunit family of heterotrimeric GTPases; it is expressed in ASI.
4tor-2Y37A1B.13n/achrIV 13,983,393tor-2 encodes a AAA ATPase that, along with TOR-1 and OOC-5, comprise the three C. elegans orthologs of human torsinA, mutations in which are associated with torsion dystonia (OMIM:605204); overexpression of TOR-2 in nematodes with polyglutamine repeat-induced protein aggregates indicates that TOR-2 can suppress protein aggregation, suggesting TOR-2 may play a role in regulation of protein folding; in wild-type animals, TOR-2 localizes to the endoplasmic reticulum; in animals containing polyglutamine protein aggregates, TOR-2 localizes to these sites of protein aggregation.
5F52E1.9F52E1.9n/achrV 8,398,736contains similarity to Interpro domain IPR011332 (Ribosomal protein, zinc-binding)
6T11F1.6T11F1.6n/achrII 2,945,352contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
7cah-5R173.1n/achrX 7,021,932cah-5 encodes a member of the carbonic anhydrase family.
8tat-6F02C9.3n/achrV 3,131,186C. elegans TAT-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00702 haloacid dehalogenase-like hydrolase contains similarity to Interpro domains IPR006069 (ATPase, P-type cation exchange, alpha subunit), IPR006539 (Phospholipid-translocating P-type ATPase, flippase), IPR001757 (ATPase, P-type, K/Mg/Cd/Cu/Zn/Na/Ca/Na/H-transporter), IPR005834 (Haloacid dehalogenase-like hydrolase)
9C02F5.3C02F5.3n/achrIII 8,246,494contains similarity to Pfam domains PF01926 (GTPase of unknown function) , PF02824 (TGS domain) contains similarity to Interpro domains IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR002917 (GTP-binding protein, HSR1-related), IPR006073 (GTP1/OBG), IPR004095 (TGS), IPR006074 (GTP1/OBG, conserved site)
10W08D2.5W08D2.5n/achrIV 9,821,001contains similarity to Pfam domains PF00122 (E1-E2 ATPase) , PF00702 (haloacid dehalogenase-like hydrolase) contains similarity to Interpro domains IPR008250 (E1-E2 ATPase-associated region), IPR006544 (P-type ATPase of unknown pump specificity (type V)), IPR001757 (ATPase, P-type, K/Mg/Cd/Cu/Zn/Na/Ca/Na/H-transporter), IPR000150 (Cof protein), IPR005834 (Haloacid dehalogenase-like hydrolase)
11trxr-2ZK637.10n/achrIII 8,915,015C. elegans TRXR-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF02852 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain) , PF07992 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase) , PF00070 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase) contains similarity to Interpro domains IPR013027 (FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase), IPR000447 (FAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase), IPR000103 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class-II), IPR012999 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site), IPR004099 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation), IPR006338 (Thioredoxin and glutathione reductase selenoprotein), IPR016156 (FAD/NAD-linked reductase, dimerisation), IPR001327 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, NAD-binding region), IPR000815 (Mercuric reductase), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR001100 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I)
12F54E4.4F54E4.4n/achrX 14,643,359contains similarity to Pfam domain PF03931 Skp1 family, tetramerisation domain contains similarity to Interpro domains IPR001232 (SKP1 component), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR016073 (SKP1 component, POZ)
13pmp-3C54G10.3n/achrV 14,650,313pmp-3 encodes a putative ABC transporter orthologous to human ABCD4 (OMIM:603214) and paralogous to PMP-5; pmp-3 expression levels are unusually stable, with relatively little variation between adults, dauers, and L3 larvae, or between wild-type and daf-2(e1370ts) or daf-16(m26) mutant adults; PMP-3 has no obvious function in mass RNAi assays, and pmp-3(ok1087) mutants are at least grossly normal (in particular, they show no defects in the uptake stage of RNAi).
14clec-238Y102A5C.17n/achrV 16,952,706C. elegans CLEC-238 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
15hap-1ZC395.7n/achrIII 5,264,428C. elegans HAP-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01725 Ham1 family contains similarity to Interpro domain IPR002637 (Ham1-like protein)
16lis-1T03F6.5n/achrIII 13,373,822lis-1 encodes an ortholog of human LIS1, which when mutated leads to lissencephaly (OMIM:247200); it also encodes an ortholog of the Aspergillus nidulans nudF, which mediates nuclear migration along Aspergillus hyphae.
17C11D2.2C11D2.2n/achrIV 6,187,162contains similarity to Pfam domain PF00026 Eukaryotic aspartyl protease contains similarity to Interpro domains IPR009007 (Peptidase aspartic, catalytic), IPR001969 (Peptidase aspartic, active site), IPR001461 (Peptidase A1)
18T05C1.3T05C1.3n/achrII 4,488,577
19ccb-2W10C8.1n/achrI 2,848,257C. elegans CCB-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00774 (Dihydropyridine sensitive L-type calcium channel (Beta subunit)) (2), PF00018 (SH3 domain) contains similarity to Interpro domains IPR000584 (Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit), IPR001452 (Src homology-3)
20D1005.6D1005.6n/achrX 1,463,763
21tag-83F46F11.3n/achrI 5,602,718C. elegans TAG-83 protein ; contains similarity to Homo sapiens TNS1 protein; ENSEMBL:ENSP00000308321
22F11A5.6F11A5.6n/achrV 16,203,986contains similarity to Bradyrhizobium japonicum Bll7368 protein.; TR:Q89DS1
23F29D10.2F29D10.2n/achrI 8,842,038contains similarity to Interpro domains IPR000853 (Nematoda metallothionein, family 6), IPR000006 (Metallothionein, vertebrate), IPR002952 (Eggshell protein), IPR004035 (Endonuclease III, iron-sulphur binding, conserved site-1), IPR001396 (Echinodermata metallothionein, family 4), IPR001008 (Mollusc metallothionein, family 2)
24F48A11.2F48A11.2n/achrII 198,605
25C53C11.1C53C11.1n/achrX 17,340,978contains similarity to Interpro domain IPR010993 (Sterile alpha motif homology)
26T23F6.2T23F6.2n/achrIV 12,722,330
27srh-269T03E6.5n/achrV 16,591,043C. elegans SRH-269 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
28C25A1.5C25A1.5n/achrI 10,178,041contains similarity to Pfam domains PF04116 (Fatty acid hydroxylase superfamily) , PF00173 (Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR006694 (Fatty acid hydroxylase), IPR001199 (Cytochrome b5)
29F25H9.1F25H9.1n/achrV 13,454,521contains similarity to Interpro domain IPR016054 (Ly-6 antigen / uPA receptor -like)
30F33H12.1F33H12.1n/achrII 2,601,167contains similarity to Pfam domain PF00533 BRCA1 C Terminus (BRCT) domain contains similarity to Interpro domain IPR001357 (BRCT)
31srh-270F37B4.5n/achrV 2,860,866C. elegans SRH-270 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
32nhr-230Y17D7A.1n/achrV 18,849,704C. elegans NHR-230 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
33F40E3.6F40E3.6n/achrI 2,651,225
34fbxa-112Y102A5C.13n/achrV 16,947,523C. elegans FBXA-112 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
35ztf-8ZC395.8n/achrIII 5,271,035C. elegans ZTF-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR004355 (Type IV secretion system CagA exotoxin), IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
36R06B9.4R06B9.4n/achrII 13,754,197contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
37T05B4.13T05B4.13n/achrV 4,126,750contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
38C29F9.2C29F9.2n/achrIII 131,349contains similarity to Homo sapiens Isoform 3 of MAP7 domain-containing protein 1; ENSEMBL:ENSP00000362241
39K09C4.6K09C4.6n/achrX 3,275,175
40sma-3R13F6.9n/achrIII 6,862,404sma-3 encodes a Smad protein; during development, SMA-3 functions as part of a DBL-1/SMA-6 TGF-beta-related signaling pathway that controls body size and male tail sensory ray and spicule formation; sma-3 is widely expressed at all developmental stages, beginning during embryogenesis, continuing through all larval stages, and seen very strongly in adult hermaphrodites and males; a SMA-3::GFP is detected in the pharynx, intestine, and hypodermis and localizes to the nucleus; sma-3 expression in the hypodermis is necessary and sufficient for normal body size; SMA-3 can physically interact with the LIN-31 forkhead transcription factor.
41W02B8.1W02B8.1n/achrII 13,900,226
42Y38H6C.14Y38H6C.14n/achrV 20,527,484contains similarity to Leishmania major strain Friedlin Proteophosphoglycan 5.; TR:Q4FX62
43Y75B8A.14Y75B8A.14n/achrIII 12,217,589contains similarity to Pfam domain PF03029 Conserved hypothetical ATP binding protein contains similarity to Interpro domain IPR004130 (Protein of unknown function, ATP binding)
44B0391.3B0391.3n/achrV 15,616,248contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR000802 (Arsenical pump membrane protein)
45str-37C50B6.12n/achrV 13,328,296C. elegans STR-37 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
46F53B3.2F53B3.2n/achrX 2,860,247contains similarity to Pfam domain PF01596 O-methyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR002935 (O-methyltransferase, family 3)
47srh-8K09D9.8n/achrV 4,006,527C. elegans SRH-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR005394 (P2Y12 purinoceptor)
48C14E2.1C14E2.1n/achrX 1,826,905
49fbxa-113Y113G7B.6n/achrV 20,199,350This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
50F19C6.5F19C6.5n/achrX 9,983,681contains similarity to Homo sapiens Isoform 2 of Zinc transporter 8; HI:HIT000389038