UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1Y38H6C.20Y38H6C.200chrV 20,544,616contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR005427 (Salmonella/Shigella invasin protein C)
2K11G9.1K11G9.1n/achrV 6,677,918contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
3W01A8.3W01A8.3n/achrI 7,066,580contains similarity to Pfam domain PF00100 Zona pellucida-like domain contains similarity to Interpro domain IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
4K07D4.6K07D4.6n/achrII 4,017,758contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG31439-PA;; FLYBASE:CG31439
5gpb-1F13D12.7n/achrII 11,745,729gpb-1 encodes a heterotrimeric G protein beta subunit that is required during embryonic development for the proper orientation of the mitotic spindle during early cell divisions and thus affects the orientation of early cell division axes, and is also required for larval viability, negatively regulates locomotion and egg-laying, and may affect germline development and osmotic balance; expressed in early embryos with highest expression at cell membranes and colocalizes with asters just before and during early cell divisions (this localization is dependent upon G alpha subunits); adults display high levels of expression in neurons with lower expression in the somatic gonad, vulva, and hypodermal seam cells and expression is also detected in the intestine, pharynx, body wall muscles and in the germline.
6inx-12ZK770.3n/achrI 3,757,299inx-12 (innexin=invertebrate connexin analogue) encodes a protein of the innexin family; innexins are gap junction proteins similar in function, though dissimilar in sequence to the vertebrate connexins; innexins are the only known gap junction proteins in invertebrates; inx-12 and inx-13 appear to be a tandom duplication; RNA interference of inx-12 results in an arrest at the L1 larval stage with fluid filled dead rods; this phenotype and sequence homology to Drosophila innexins suggest that INX-12 may be required to form gap junctions between the excretory canal and hypodermis, thus playing an essential role in osmoregulation; an INX-12::GFP fusion protein is expressed in the excretory canal.
7his-16ZK131.10n/achrII 13,817,860his-16 encodes an H2A histone; his-16 is contained within the histone gene cluster HIS3.
8R90.1R90.1n/achrV 12,893,678contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
9fbxa-110Y102A5C.8n/achrV 16,937,848This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
10F46B6.9F46B6.9n/achrV 9,797,511contains similarity to Candida albicans Probable ferric reductase transmembrane component (EC 1.16.1.7)s(Ferric-chelate reductase).; SW:FREL_CANAL
11glb-23R13A1.8n/achrIV 7,218,772glb-23 encodes a globin; glb-23 transcription is higher in L3 and dauers than in young adults; glb-23 has no obvious function in mass RNAi assays.
12T05H10.3T05H10.3n/achrII 8,049,736
13K12H4.4K12H4.4n/achrIII 8,045,336contains similarity to Pfam domain PF04573 Signal peptidase subunit contains similarity to Interpro domain IPR007653 (Signal peptidase 22 kDa subunit)
14aha-1C25A1.11n/achrI 10,195,452aha-1 encodes an ortholog of human aryl-hydrocarbon receptor nuclear translocator; interacts with AHR-1 and HIF-1 in vitro, requires HIF-1 for proper localization, and is expressed ubiquitously.
15T04C9.3T04C9.3n/achrIII 5,985,695
16K06A1.3K06A1.3n/achrII 6,442,625contains similarity to Pfam domain PF00100 Zona pellucida-like domain contains similarity to Interpro domain IPR001507 (Endoglin/CD105 antigen)
17F13C5.5F13C5.5n/achrX 606,710
18K08E7.6K08E7.6n/achrIV 12,580,060contains similarity to Aquifex aeolicus Probable DNA double-strand break repair rad50 ATPase.; SW:RA50_AQUAE
19ceh-6K02B12.1n/achrI 8,500,257ceh-6 encodes a POU family homeodomain protein, homologous to human POU3F4 (OMIM:304400, mutated in conductive deafness 3) that affects embryonic viability, locomotion, and molting, and that regulates ectodermal and excretory function; CEH-6 is expressed dynamically during development and expression includes neurons, the excretory cell, and ectodermal cells.
20nhr-183F41B5.10n/achrV 2,263,548C. elegans NHR-183 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
21F49E11.2F49E11.2n/achrIV 13,037,470contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
22sgn-1F07H5.2n/achrII 8,782,783C. elegans SGN-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF04790 Sarcoglycan complex subunit protein contains similarity to Interpro domain IPR006875 (Sarcoglycan complex subunit protein)
23F13B6.1F13B6.1n/achrIV 7,457,398
24rhgf-1F13E6.6n/achrX 10,704,787rhgf-1 encodes an RGS RhoGEF (Regulator of G-protein Signaling Rho Guanine Nucleotide Exchange Factor); RHGF-1 functions within cholingergic motor neurons in one of four G-protein-mediated signaling pathways that control locomotion via regulation of acetylcholine (ACh) release at neuromuscular junctions; in regulating ACh release, RHGF-1 functions downstream of the C. elegans Galpha12 ortholog, GPA-12, and upstream of the Rho GTPase ortholog, RHO-1; additionally, rhgf-1 activity is required for normal mechanosensory behavior, egg laying, and embryonic development; an rhgf-1 reporter fusion is expressed in ventral cord motor neurons as well as several head neurons.
25F15A2.7F15A2.7n/achrX 13,489,900contains similarity to Xanthomonas campestris Exodeoxyribonuclease V beta chain.; TR:Q8P379
26F46F5.13F46F5.13n/achrII 803,511contains similarity to Pfam domain PF03762 Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI) contains similarity to Interpro domain IPR005515 (Vitelline membrane outer layer protein I (VOMI))
27T28B4.2T28B4.2n/achrX 6,582,753
28nas-25F46C5.3n/achrII 8,827,065nas-25 encodes an astacin-like metalloprotease; large-scale expression studies reveal that a nas-25::GFP promoter fusion is expressed in the pharynx and pharyngeal-intestinal valve.
29F40F12.4F40F12.4n/achrIII 9,895,687contains similarity to Interpro domain IPR000998 (MAM)
30C29F4.3C29F4.3n/achrIV 11,222,963contains similarity to Spodoptera litura nucleopolyhedrovirus Hypothetical protein.; TR:Q91BF2
31F58B4.2F58B4.2n/achrV 10,918,030contains similarity to Pfam domain PF00173 Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain contains similarity to Interpro domain IPR001199 (Cytochrome b5)
32ZK228.3ZK228.3n/achrV 18,459,731contains similarity to Interpro domain IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
33F38H4.3F38H4.3n/achrIV 11,845,293contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
34nas-32T02B11.7n/achrV 897,042C. elegans NAS-32 protein; contains similarity to Pfam domains PF01549 (ShK domain-like) , PF01400 (Astacin (Peptidase family M12A)) contains similarity to Interpro domains IPR017050 (Peptidase M12A, astacin, nematode), IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR001506 (Peptidase M12A, astacin), IPR006026 (Peptidase, metallopeptidases), IPR000859 (CUB), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
35C01G12.1C01G12.1n/achrII 14,574,969contains similarity to Interpro domains IPR005386 (EDG-8 sphingosine 1-phosphate receptor), IPR004210 (BESS motif), IPR006578 (MADF)
36lgc-16T01H10.5n/achrX 12,119,573C. elegans LGC-16 protein; contains similarity to Pfam domain PF02931 Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain contains similarity to Interpro domains IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding)
37H22K11.2H22K11.2n/achrX 6,785,820contains similarity to Pfam domain PF01301 Glycosyl hydrolases family 35 contains similarity to Interpro domains IPR000583 (Glutamine amidotransferase, class-II), IPR017853 (Glycoside hydrolase, catalytic core), IPR013781 (Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core), IPR001944 (Glycoside hydrolase, family 35)
38tag-278C02F12.7n/achrX 3,686,384C. elegans TAG-278 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000533 (Tropomyosin)
39K08D9.4K08D9.4n/achrV 3,199,601contains similarity to Pfam domain PF06342 Alpha/beta hydrolase of unknown function (DUF1057) contains similarity to Interpro domains IPR008262 (Lipase, active site), IPR010463 (Protein of unknown function DUF1057, lipase putative), IPR003089 (Alpha/beta hydrolase)
40ssr-2C14A11.7n/achrX 2,825,197C. elegans SSR-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00071 (Ras family) , PF08477 (Miro-like protein) contains similarity to Interpro domains IPR002041 (Ran GTPase), IPR003577 (Ras small GTPase, Ras type), IPR013684 (Miro-like), IPR003578 (Ras small GTPase, Rho type), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR001806 (Ras GTPase), IPR003579 (Ras small GTPase, Rab type), IPR013753 (Ras), IPR006689 (ARF/SAR superfamily)
41Y113G7A.12Y113G7A.12n/achrV 20,140,914
42sox-3F40E10.2n/achrX 14,692,543C. elegans SOX-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00505 HMG (high mobility group) box contains similarity to Interpro domains IPR000910 (High mobility group box, HMG1/HMG2), IPR009071 (High mobility group box, HMG), IPR000135 (High mobility group box, HMG1/HMG2, subgroup)
43R08C7.5R08C7.5n/achrIV 4,431,281contains similarity to Pfam domain PF03941 Inner centromere protein, ARK binding region contains similarity to Interpro domains IPR005819 (Histone H5), IPR005635 (Inner centromere protein, ARK binding region)
44R07B1.5R07B1.5n/achrX 9,865,660contains similarity to Pfam domain PF01681 C6 domain contains similarity to Interpro domain IPR002601 (Protein of unknown function C6)
45srbc-56F54B8.12n/achrV 15,831,110C. elegans SRBC-56 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
46cyp-33C6F41B5.7n/achrV 2,248,474C. elegans CYP-33C6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
47lin-33H32C10.2n/achrIV 5,931,939C. elegans LIN-33 protein; contains similarity to Interpro domain IPR002873 (Non-structural protein NSP3, Rotavirus)
48cpt-6W01A11.5n/achrV 6,491,977C. elegans CPT-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00755 Choline/Carnitine o-acyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR000542 (Acyltransferase ChoActase/COT/CPT)
49T04B8.1T04B8.1n/achrII 635,951
50F28H7.7F28H7.7n/achrV 10,752,577contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)