UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1Y38A10A.6Y38A10A.60chrV 6,098,058contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) , PF04851 (Type III restriction enzyme, res subunit) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR006935 (Restriction endonuclease, type I, R subunit/Type III, Res subunit), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3C09G9.7C09G9.7n/achrIV 8,878,734contains similarity to Pfam domain PF00292 'Paired box' domain contains similarity to Interpro domains IPR001523 (Paired box protein, N-terminal), IPR011991 (Winged helix repressor DNA-binding), IPR009057 (Homeodomain-like)
4H12D21.10H12D21.10n/achrV 14,905,809contains similarity to Pfam domain PF04577 Protein of unknown function (DUF563) contains similarity to Interpro domain IPR007657 (Protein of unknown function DUF563)
5F53F4.12F53F4.12n/achrV 13,626,710contains similarity to Plasmodium falciparum Histidine-rich protein.; SW:HRP3_PLAFS
6ZK402.5ZK402.5n/achrX 1,399,783contains similarity to Pfam domain PF04435 Domain of unknown function (DUF545) contains similarity to Interpro domain IPR006570 (SPK)
7sra-25T26E3.9n/achrI 12,687,150C. elegans SRA-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
8F33E11.3F33E11.3n/achrV 302,371contains similarity to Interpro domain IPR015988 (STAT transcription factor, coiled coil)
9F02H6.4F02H6.4n/achrIV 14,217,678contains similarity to Saccharomyces cerevisiae GTPase, required for general translation initiation by promoting Met-tRNAiMet binding to ribosomes and ribosomal subunit joining; homolog of bacterial IF2; SGD:YAL035W
10ZK1248.13ZK1248.13n/achrII 5,830,927
11fkh-6B0286.5n/achrII 4,381,579fkh-6 encodes one of 15 C. elegans forkhead transcription factors; fkh-6 is required for several aspects of male gonadogenesis including asymmetric cell division, cell migration and sex determination and appears to act downstream of tra-1; FKH-6 is specifically expressed in the gonad.
12T22C1.3T22C1.3n/achrI 7,939,331contains similarity to Pfam domain PF06728 GPI transamidase subunit PIG-U contains similarity to Interpro domain IPR009600 (GPI transamidase subunit PIG-U)
13str-5T23D5.12n/achrV 15,753,810C. elegans STR-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter)
14R11A8.2R11A8.2n/achrIV 10,359,115contains similarity to Interpro domains IPR008991 (Translation protein SH3-like), IPR005824 (KOW), IPR000467 (D111/G-patch)
15R144.5R144.5n/achrIII 5,000,320contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Smith-Magenis syndrome chromosomal region candidate gene 8 protein; ENSEMBL:ENSP00000379048
16K06A5.1K06A5.1n/achrI 6,475,395contains similarity to Xenopus laevis MGC52985 protein.; TR:Q7ZWX1
17fbxa-193F59A1.9n/achrV 17,654,348C. elegans FBXA-193 protein; contains similarity to Pfam domain PF00646 F-box domain contains similarity to Interpro domains IPR001000 (Glycoside hydrolase, family 10), IPR001810 (Cyclin-like F-box)
18ZK1240.3ZK1240.3n/achrII 2,321,141contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR000315 (Zinc finger, B-box)
19bath-4F52C6.8n/achrII 1,917,377C. elegans BATH-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) , PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
20K09E3.4K09E3.4n/achrX 17,119,682
21R05D3.1R05D3.1n/achrIII 8,384,526contains similarity to Pfam domains PF00521 (DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A) , PF02518 (Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase) , PF00204 (DNA gyrase B) contains similarity to Interpro domains IPR002205 (DNA topoisomerase, type IIA, subunit A or C-terminal), IPR013506 (DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, region 2), IPR001241 (DNA topoisomerase, type IIA, subunit B or N-terminal), IPR011558 (DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, conserved region), IPR013758 (DNA topoisomerase, type IIA, subunit A or C-terminal, alpha-beta), IPR013757 (DNA topoisomerase, type IIA, subunit A, alpha-helical), IPR003594 (ATP-binding region, ATPase-like), IPR013759 (DNA topoisomerase, type IIA, subunit B or N-terminal, alpha-beta), IPR001154 (DNA topoisomerase II, eukaryotic-type), IPR014721 (Ribosomal protein S5 domain 2-type fold), IPR013760 (DNA topoisomerase, type IIA, central)
22fbxa-56T12B5.7n/achrIII 937,668C. elegans FBXA-56 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
23dhs-11Y39A1A.11n/achrIII 10,641,861dhs-11 encodes a short-chain dehydrogenase predicted to be mitochondrial.
24nas-22T11F9.6n/achrV 11,475,004nas-22 encodes an astacin-like metalloprotease; large-scale expression studies reveal that a nas-22::GFP promoter fusion is expressed in the uterus, uterine and vulval muscles, and uterine seam cell.
25T09A5.9T09A5.9n/achrII 7,858,979contains similarity to Pfam domain PF00560 Leucine Rich Repeat contains similarity to Interpro domains IPR001611 (Leucine-rich repeat), IPR003591 (Leucine-rich repeat, typical subtype), IPR003603 (U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal)
26snx-3W06D4.5n/achrI 9,064,058C. elegans SNX-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00787 PX domain contains similarity to Interpro domain IPR001683 (Phox-like)
27C29F9.12C29F9.12n/achrIII 121,876
28K08C7.6K08C7.6n/achrIV 10,685,135contains similarity to Arabidopsis thaliana Tetratricoredoxin.; TR:Q8VWG7
29C45G9.12C45G9.12n/achrIII 5,070,975
30K04G2.2K04G2.2n/achrI 8,031,912contains similarity to Aedes aegypti Putative uncharacterized protein.; TR:Q17GK3
31K08D9.5K08D9.5n/achrV 3,225,335contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
32F46C3.2F46C3.2n/achrX 11,417,473contains similarity to Interpro domain IPR016196 (MFS general substrate transporter)
33F49C12.3F49C12.3n/achrIV 9,301,257contains similarity to Pfam domain PF03407 Protein of unknown function (DUF271) contains similarity to Interpro domain IPR005069 (Protein of unknown function DUF271)
34sqv-7C52E12.3n/achrII 7,011,690The sqv-7 gene encodes a nucleotide-sugar transporter of the Golgi membrane, that is required for cytokinesis of one-cell embryos and for vulval morphogenesis; SQV-7 promotes glycosaminoglycan biosynthesis by translocating UDP-glucuronic acid, UDP-N-acetylgalactosamine, and UDP-galactose into the lumen of the Golgi apparatus; SQV-7 is biochemically active when transgenically expressed in yeast or mammalian Golgi membranes; the common requirement for SQV-7 in both cytokinesis and morphogenesis may be to promote filling an extracellular space with hygroscopic proteoglycans (either in the eggshell, or underneath the L4 cuticle), which in turn may cause the space to fill with fluid.
35edc-3R05D11.8n/achrI 8,603,637C. elegans EDC-3 protein; contains similarity to Interpro domain IPR010920 (Like-Sm ribonucleoprotein-related, core)
36ceh-60F22A3.5n/achrX 6,527,181ceh-60 encodes a homeodomain-containing protein that is a member of the PBX family of homeodomain transcription factors; loss of ceh-60 activity via large-scale RNAi results in reduced fat content, sterility, and variable embryonic lethality.
37F16A11.2F16A11.2n/achrI 9,391,956contains similarity to Pfam domain PF01139 Uncharacterized protein family UPF0027 contains similarity to Interpro domain IPR001233 (Protein of unknown function UPF0027)
38col-70H17B01.2n/achrII 1,471,156C. elegans COL-70 protein; contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
39T19D2.3T19D2.3n/achrX 3,939,726
40srh-231C03G6.11n/achrV 7,351,540C. elegans SRH-231 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR003944 (Protease-activated receptor 4)
41F29C4.4F29C4.4n/achrIV 111,769
42C48B4.11C48B4.11n/achrIII 9,565,286contains similarity to Interpro domain IPR006069 (ATPase, P-type cation exchange, alpha subunit)
43F21E9.2F21E9.2n/achrX 1,329,400
44pgl-2B0523.3n/achrIII 8,672,707pgl-2 encodes a novel protein of 532 amino acids that, in C. elegans, is one of three PGL protein family members; PGL-2 associates with P granules during postembryonic development; PGL-2 interacts with PGL-1, an additional P granule component, in yeast two-hybrid assays, but neither protein is required for proper localization of the other.
45Y102A5C.4Y102A5C.4n/achrV 16,923,224contains similarity to Pfam domain PF05075 Protein of unknown function (DUF684) contains similarity to Interpro domain IPR007767 (Protein of unknown function DUF684)
46C05C8.8C05C8.8n/achrV 7,253,723contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
47dhs-21R11D1.11n/achrV 12,732,679dhs-21 encodes a member of the short-chain dehydrogenases/reductases family (SDR) expressed in the intestine, hypodermis, uterus, and spermatheca.
48C14C11.7C14C11.7n/achrV 5,665,729
49T21C9.4T21C9.4n/achrV 10,578,742contains similarity to Pfam domain PF01133 Enhancer of rudimentary contains similarity to Interpro domain IPR000781 (Enhancer of rudimentary)
50C53B7.7C53B7.7n/achrX 6,862,206C53B7.7 encodes a neprilysin; neprilysins are thermolysin-like zinc metallopeptidases, found on the outer surface of animal cells, that negatively regulate small signalling peptides (e.g., enkephalin, tachykinin, insulin, and natriuretic peptides) by cleaving them; C53B7.7 has no clear orthologs in other organisms.