UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description                                       
1Y37H9A.3Y37H9A.30chrI 13,785,519contains similarity to Interpro domains IPR003072 (Orphan nuclear receptor, NOR1 type), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008973 (C2 calcium/lipid-binding region, CaLB), IPR006608 (Protein of unknown function DM14), IPR000008 (C2 calcium-dependent membrane targeting)
2nep-2T05A8.4n/achrII 2,721,578T05A8.4 encodes a neprilysin; neprilysins are thermolysin-like zinc metallopeptidases, found on the outer surface of animal cells, that negatively regulate small signalling peptides (e.g., enkephalin, tachykinin, insulin, and natriuretic peptides) by cleaving them; while T05A8.4 is an ortholog of mammalian neutral endopeptidase (NEP), expressed on the brush-border membranes of kidney; more generally, T05A8.4 falls into a group of proteins that includes the classical neprilysins found in mammals (e.g., PEX [OMIM:307800] and the enkephalin cleaving enzymes).
3nhr-79T26H2.9n/achrV 19,209,750C. elegans NHR-79 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
4K12H6.12K12H6.12n/achrII 2,810,497contains similarity to Interpro domain IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like)
5F28H6.2F28H6.2n/achrX 14,142,630contains similarity to Interpro domains IPR012287 (Homeodomain-related), IPR001356 (Homeobox), IPR009057 (Homeodomain-like)
6F13D2.4F13D2.4n/achrX 11,188,488contains similarity to Homo sapiens Isoform 3 of CD109 antigen precursor; HI:HIT000020743
7set-8F02D10.7n/achrX 13,447,398set-8 encodes a protein with an N-terminal RING-type zinc finger, and a C-terminal SET domain; SET-8 has no non-nematode orthologs, but is paralogous to MES-4; SET-8 is required for a normally low spontaneous somatic mutation rate; otherwise, neither set-8(tm2113) nor set-8(RNAi) have any obvious phenotypes.
8srsx-24C03G6.16n/achrV 7,378,672C. elegans SRSX-24 protein; contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
9elp-1F38A6.2n/achrV 20,762,946elp-1 encodes a WD repeat-containing protein that is the sole C. elegans EMAP (echinoderm microtubule-associated protein) homolog; ELP-1 binds microtubules in vitro, but as loss of ELP-1 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of ELP-1 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; ELP-1 is expressed in many tissues, including body wall muscle, male-specific sex muscles, the vulva, spermatheca, sensory neurons, and intestinal cells.
10R09A1.2R09A1.2n/achrV 1,020,657contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
11F16H6.5F16H6.5n/achrV 18,202,582contains similarity to Pfam domain PF06162 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF976) contains similarity to Interpro domains IPR010381 (Protein of unknown function DUF976, Caenorhabditis species), IPR016125 (Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like)
12rps-8F42C5.8n/achrIV 7,313,435rps-8 encodes a small ribosomal subunit S8 protein; by homology, RPS-8 is predicted to function in protein biosynthesis; in C. elegans, RPS-8 activity is required for germline development and the overall health of the animal.
13spe-38Y52B11A.1n/achrI 10,965,401C. elegans SPE-38 protein ;
14abf-4Y38H6C.22n/achrV 20,553,545abf-4 encodes a homolog of the antibacterial factor ASABF from Ascaris suum; ABF-4 may play a role in innate immunity, though at present the only evidence for its having an antimicrobial humoral function is its sequence similarity.
15srh-298Y94A7B.5n/achrV 17,819,902C. elegans SRH-298 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
16T13A10.1T13A10.1n/achrIV 6,276,666contains similarity to Danio rerio Synaptic vesicle membrane protein VAT-1 homolog (EC 1.-.-.-).; SW:Q8JFV8
17srh-250C49D10.3n/achrII 3,879,253C. elegans SRH-250 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
18C24A3.4C24A3.4n/achrX 8,993,472contains similarity to Pfam domain PF02515 CoA-transferase family III contains similarity to Interpro domains IPR016160 (Aldehyde dehydrogenase, conserved site), IPR003673 (CoA-transferase family III)
19C18D11.1C18D11.1n/achrIII 11,818,072contains similarity to Sporobolus stapfianus Hypothetical protein.; TR:O04820
20W04C9.5W04C9.5n/achrI 464,897contains similarity to Pfam domain PF00071 Ras family contains similarity to Interpro domains IPR003577 (Ras small GTPase, Ras type), IPR001806 (Ras GTPase), IPR003579 (Ras small GTPase, Rab type), IPR013753 (Ras)
21R02F11.2R02F11.2n/achrV 4,795,145
22nhr-53K06B4.11n/achrV 15,701,459C. elegans NHR-53 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
23clec-192Y116A8A.1n/achrIV 16,803,039C. elegans CLEC-192 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
24C07G1.7C07G1.7n/achrIV 8,211,372
25H36L18.1H36L18.1n/achrX 12,650,135contains similarity to Pfam domains PF00413 (Matrixin) , PF00045 (Hemopexin) (3)contains similarity to Interpro domains IPR000585 (Hemopexin), IPR006025 (Peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site), IPR006026 (Peptidase, metallopeptidases), IPR001818 (Peptidase M10A and M12B, matrixin and adamalysin)
26C34E11.2C34E11.2n/achrX 11,808,336contains similarity to Pfam domain PF03166 MH2 domain contains similarity to Interpro domains IPR008984 (SMAD/FHA domain), IPR000694 (Proline-rich region), IPR001132 (SMAD domain, Dwarfin-type), IPR017855 (SMAD domain-like)
27math-5C16C4.10n/achrII 1,882,210C. elegans MATH-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF00917 MATH domain contains similarity to Interpro domains IPR008974 (TRAF-like), IPR002083 (MATH)
28R07A4.3R07A4.3n/achrX 10,756,469contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
29W05B5.2W05B5.2n/achrI 13,052,842contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002286 (P2 purinoceptor), IPR000611 (Neuropeptide Y receptor), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
30C36B7.2C36B7.2n/achrX 7,106,598contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
31fbxa-130F42A6.8n/achrIV 3,340,450C. elegans FBXA-130 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
32F59A2.2F59A2.2n/achrIII 3,408,380contains similarity to Trichomonas vaginalis G3 Viral A-type inclusion protein, putative.; TR:A2EN31
33Y37D8A.22Y37D8A.22n/achrIII 12,937,773contains similarity to Danio rerio Transmembrane protein 49.; SW:Q6NYY9
34C44E4.2C44E4.2n/achrI 4,632,370contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
35gcy-37C54E4.3n/achrIV 2,154,905gcy-37 encodes a predicted soluble guanylyl cyclase that is expressed in four candidate sensory neurons connected to the pseudocoelom, URXL, URXR, AQR, and PQR; as loss of gcy-37 activity via RNA-mediated interference does not result in any abnormalities, the precise role of GCY-37 in C. elegans development and/or behavior is not yet known; GCY-37 expression in neurons connected to the pseudocoelom suggests, however, that GCY-37 may play a role in fluid homeostasis.
36qui-1Y45F10B.10n/achrIV 13,568,114The qui-1 gene encodes a protein of unknown function that contains several WD-40 domains.
37T11F1.3T11F1.3n/achrII 2,955,703
38R05D7.4R05D7.4n/achrI 12,182,156contains similarity to Pfam domains PF07819 (PGAP1-like protein) , PF00561 (alpha/beta hydrolase fold) contains similarity to Interpro domains IPR000073 (Alpha/beta hydrolase fold-1), IPR012908 (PGAP1-like), IPR000639 (Epoxide hydrolase-like), IPR008262 (Lipase, active site), IPR003089 (Alpha/beta hydrolase)
39R12C12.4R12C12.4n/achrII 6,039,457
40srsx-30C51E3.5n/achrV 10,159,536C. elegans SRSX-30 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
41del-1E02H4.1n/achrX 14,274,420del-1 encodes an ion channel protein of the DEG/ENaC (degenerin/epithelial Na+ channel) family; like other members of the degenerin family, DEL-1 is predicted to function as a sensory mechanotransduction channel, however detailed analysis of the DEL-1 mutant phenotype has not yet been reported; DEL-1 is expressed postembryonically in the VA and VB motor neurons and in the FLP sensory neurons; the DEL-1 expression pattern overlaps that of UNC-8, an additional C. elegans degenerin involved in movement control, with which DEL-1 may coassemble to form mechanically activated cation channels.
42Y116A8C.29Y116A8C.29n/achrIV 17,094,627contains similarity to Homo sapiens Class-I MHC-restricted T cell associated molecule; ENSEMBL:ENSP00000227348
43T02H6.8T02H6.8n/achrII 681,180
44Y7A5A.6Y7A5A.6n/achrX 15,798,435contains similarity to Schizosaccharomyces pombe Putative transcriptional regulatory protein, phd finger.; TR:Q9HDV4
45F52C12.4F52C12.4n/achrIV 1,934,886contains similarity to Pfam domains PF01535 (PPR repeat) , PF02141 (DENN (AEX-3) domain) , PF03456 (uDENN domain) , PF03455 (dDENN domain) contains similarity to Interpro domains IPR005112 (dDENN), IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR005113 (uDENN), IPR002885 (Pentatricopeptide repeat), IPR001194 (DENN)
46srh-18C50B6.5n/achrV 13,319,254C. elegans SRH-18 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
47srw-7R08F11.5n/achrV 3,806,992C. elegans SRW-7 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
48srx-104F40H7.7n/achrII 3,699,139C. elegans SRX-104 protein ;
49fbxa-148Y102A5C.9n/achrV 16,939,509C. elegans FBXA-148 protein; contains similarity to Interpro domain IPR001810 (Cyclin-like F-box)
50rrf-3F10B5.7n/achrII 8,165,532rrf-3 encodes an RNA-directed RNA polymerase (RdRP) homolog that inhibits somatic RNAi, and thus promotes activity of repeated genes (e.g., multicopy transgenic arrays); the effect of RRF-3 on RNAi is opposite to that of RRF-1 (which stimulates somatic RNAi), which might arise from competition by RRF-3 with RRF-1 or EGO-1 in RNAi formation; rrf-3(allele) or rrf-3(allele2) mutants are hypersensitive to somatic RNAi, and conversely suppress the activity of an integrated rol6 (su1006) transgene.