UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1Y18D10A.9Y18D10A.90chrI 12,855,664contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
2Y39A1A.22Y39A1A.22n/achrIII 10,705,056contains similarity to Pfam domains PF03124 (EXS family) , PF03105 (SPX domain) contains similarity to Interpro domains IPR004342 (EXS, C-terminal), IPR004331 (SPX, N-terminal)
3F33H12.1F33H12.1n/achrII 2,601,167contains similarity to Pfam domain PF00533 BRCA1 C Terminus (BRCT) domain contains similarity to Interpro domain IPR001357 (BRCT)
4F53H1.1F53H1.1n/achrIV 1,303,451contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR000629 (RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014014 (RNA helicase, DEAD-box type, Q motif), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
5tgt-1ZK829.6n/achrIV 11,958,629tgt-1 encodes a tRNA-guanine transglycosylase predicted to be mitochondrial.
6B0524.6B0524.6n/achrIII 1,903,905
7nhr-226T27B7.3n/achrV 2,295,897C. elegans NHR-226 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR000083 (Fibronectin, type I), IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
8skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
9pkc-1F57F5.5n/achrV 12,019,252pkc-1 encodes a serine/threonine protein kinase that is orthologous to mammalian protein kinase C epsilon (PRKCE), a member of the nPKC subgroup of the protein kinase C superfamily; together with UNC-13, PKC-1 may act downstream of goa-1 to modulate phorbol ester-induced stimulation of acetylcholine release at NMJs; PKC-1 positively regulates locomotion, and affects thermotaxis and chemotaxis together with kin-11; PKC-1 is required for regulating several behaviors including sensation of volatile and soluble compounds, osmolarity, and temperature (thermosensation); PKC-1 is also required for phorbolester-induced stimulation of acetylcholine release at neuromuscular junctions; PKC-1 localizes to the processes and cell bodies of approximately 75 sensory neurons and interneurons, and pkc-1 mRNA is detectable at varying levels during larval and adult stages.
10cnb-1F55C10.1n/achrV 11,376,767cnb-1 encodes an ortholog of calcineurin B, the regulatory subunit of the protein phosphatase 2B with four EF-hand motifs for calcium binding, that binds TAX-6 (a calcineurin A ortholog) in a calcium-dependent manner; CNB-1 binds calcium, enhances the phosphatase activity of TAX-6 in vitro, promotes transcription of rcn-1, and is required for normal cuticle formation, sperm morphology, and brood size.
11C30F12.1C30F12.1n/achrI 6,957,790contains similarity to Pfam domain PF00642 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) contains similarity to Interpro domain IPR000571 (Zinc finger, CCCH-type)
12C05B5.5C05B5.5n/achrIII 10,002,152This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
13F16B12.5F16B12.5n/achrX 14,100,488contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
14T08D2.2T08D2.2n/achrX 167,955contains similarity to Pfam domains PF00953 (Glycosyl transferase family 4) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domain IPR000715 (Glycosyl transferase, family 4)
15T13C5.4T13C5.4n/achrX 6,192,236T13C5.4 encodes a paired-like homeodomain protein of the Q50 class, which has no obvious function in mass RNAi assays.
16alh-10C54D1.4n/achrX 7,142,025C. elegans ALH-10 protein; contains similarity to Pfam domain PF00171 Aldehyde dehydrogenase family contains similarity to Interpro domains IPR016163 (Aldehyde dehydrogenase, C-terminal), IPR016162 (Aldehyde dehydrogenase, N-terminal), IPR016161 (Aldehyde/histidinol dehydrogenase), IPR015590 (Aldehyde dehydrogenase), IPR016160 (Aldehyde dehydrogenase, conserved site)
17cyp-13A12F14F7.3n/achrIII 13,026,202C. elegans CYP-13A12 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002402 (Cytochrome P450, E-class, group II), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
18T22F3.10T22F3.10n/achrV 3,608,429contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
19ugt-61F39G3.1n/achrV 4,743,888C. elegans UGT-61 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
20gpa-4T07A9.7n/achrIV 403,531gpa-4 encodes a member of the G protein alpha subunit family of heterotrimeric GTPases; it is expressed in ASI.
21srh-8K09D9.8n/achrV 4,006,527C. elegans SRH-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR005394 (P2Y12 purinoceptor)
22F13E6.2F13E6.2n/achrX 10,671,215contains similarity to Pfam domain PF05186 Dpy-30 motif contains similarity to Interpro domains IPR000850 (Adenylate kinase), IPR007858 (Dpy-30), IPR011769 (Adenylate/cytidine kinase, N-terminal)
23C07D8.2C07D8.2n/achrX 7,362,559contains similarity to Interpro domain IPR000104 (Antifreeze protein, type I)
24str-48C34D4.8n/achrIV 7,123,053C. elegans STR-48 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
25C52E12.4C52E12.4n/achrII 7,017,594contains similarity to Pfam domains PF01477 (PLAT/LH2 domain) , PF02141 (DENN (AEX-3) domain) , PF03456 (uDENN domain) , PF03455 (dDENN domain) , PF02759 (RUN domain) contains similarity to Interpro domains IPR005112 (dDENN), IPR001024 (Lipoxygenase, LH2), IPR008976 (Lipase/lipooxygenase, PLAT/LH2), IPR004012 (RUN), IPR005113 (uDENN), IPR001194 (DENN)
26ugt-41F10D2.11n/achrV 7,162,312C. elegans UGT-41 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
27F54D8.6F54D8.6n/achrIII 5,104,430contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
28pqn-29F10F2.9n/achrIII 4,645,137The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
29F55A12.8F55A12.8n/achrI 5,351,713contains similarity to Pfam domains PF05127 (Putative ATPase (DUF699)) , PF08351 (Domain of unknown function (DUF1726)) contains similarity to Interpro domains IPR013562 (Region of unknown function DUF1726), IPR007807 (Protein of unknown function DUF699, ATPase putative), IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase), IPR013324 (RNA polymerase sigma factor, regions 3 and 4)
30C16B8.2C16B8.2n/achrX 3,963,843
31fbxa-190F56C3.2n/achrX 1,373,317This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
32pssy-2T27E9.5n/achrIII 13,473,420C. elegans PSSY-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF03034 Phosphatidyl serine synthase contains similarity to Interpro domain IPR004277 (Phosphatidyl serine synthase)
33Y39A1A.20Y39A1A.20n/achrIII 10,699,807
34F16G10.9F16G10.9n/achrII 2,385,448contains similarity to Pfam domain PF02343 Domain of unknown function DUF130 contains similarity to Interpro domain IPR003326 (Protein of unknown function DUF130)
35F55A4.1F55A4.1n/achrX 1,036,270contains similarity to Pfam domain PF00957 Synaptobrevin contains similarity to Interpro domains IPR010908 (Longin), IPR011012 (Longin-like), IPR001388 (Synaptobrevin)
36F25H9.1F25H9.1n/achrV 13,454,521contains similarity to Interpro domain IPR016054 (Ly-6 antigen / uPA receptor -like)
37Y54E5B.2Y54E5B.2n/achrI 14,817,953contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
38npp-4Y54E5A.4n/achrI 14,703,902C. elegans NPP-4 protein; contains similarity to Interpro domains IPR001778 (Pollen allergen Poa pIX/Phl pVI, C-terminal), IPR007758 (Nucleoporin, Nsp1-like, C-terminal)
39C49A9.6C49A9.6n/achrIV 6,212,029contains similarity to Pfam domain PF03312 Protein of unknown function, DUF272 contains similarity to Interpro domain IPR004987 (Protein of unknown function DUF272)
40F56E10.1F56E10.1n/achrV 105,397contains similarity to Neurospora crassa Protein bfr-2.; SW:Q7S6P8
41C32D5.10C32D5.10n/achrII 6,350,550contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
42H13N06.2H13N06.2n/achrX 15,489,935contains similarity to Pfam domain PF00092 von Willebrand factor type A domain contains similarity to Interpro domain IPR002035 (von Willebrand factor, type A)
43K04G11.3K04G11.3n/achrX 14,346,393contains similarity to Pfam domain PF07547 RSD-2 N-terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR011508 (RSD-2, N-terminal)
44F41E6.12F41E6.12n/achrV 8,627,981
45C23F12.4C23F12.4n/achrX 9,388,245
46Y17G7B.12Y17G7B.12n/achrII 12,024,783contains similarity to Pfam domain PF00929 Exonuclease contains similarity to Interpro domains IPR013520 (Exonuclease, RNase T and DNA polymerase III), IPR006055 (Exonuclease), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
47klp-8C15C7.2n/achrX 3,162,174klp-8 encodes an atypical kinesin-like motor protein with the motor domain in the N-terminus; the motor domain of KLP-8 exhibits poor homology to the globular motor domain of the kinesin heavy chain.
48R11E3.2R11E3.2n/achrIV 4,773,617contains similarity to Pfam domain PF00860 Permease family contains similarity to Interpro domain IPR006043 (Xanthine/uracil/vitamin C permease)
49hint-1F21C3.3n/achrI 7,280,150C. elegans HINT-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01230 HIT domain contains similarity to Interpro domains IPR001310 (Histidine triad (HIT) protein), IPR011151 (Histidine triad motif), IPR011146 (Histidine triad-like motif)
50cah-5R173.1n/achrX 7,021,932cah-5 encodes a member of the carbonic anhydrase family.