UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1Y11D7A.14Y11D7A.140chrIV 9,278,808Y11D7A.14 encodes a putative myosin, with an N-terminal myosin head motor domain and a C-terminal coiled-coil domain; Y11D7A.14 has no obvious function in mass RNAi assays.
2F36H2.3F36H2.3n/achrI 9,258,077contains similarity to Pfam domain PF00084 Sushi domain (SCR repeat) contains similarity to Interpro domains IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR016060 (Complement control module)
3C30F12.7C30F12.7n/achrI 6,975,813contains similarity to Pfam domain PF00180 Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase contains similarity to Interpro domains IPR004434 (Isocitrate dehydrogenase NAD-dependent, mitochondrial), IPR001804 (Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase)
4kin-21W08D2.8n/achrIV 9,833,852C. elegans KIN-21 protein; contains similarity to Pfam domains PF07714 (Protein tyrosine kinase) , PF00069 (Protein kinase domain) , PF00017 (SH2 domain) contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related), IPR000980 (SH2 motif), IPR008266 (Tyrosine protein kinase, active site)
5W04E12.7W04E12.7n/achrV 19,731,742contains similarity to Pfam domain PF06162 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF976) contains similarity to Interpro domains IPR010381 (Protein of unknown function DUF976, Caenorhabditis species), IPR016125 (Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like)
6far-8K02F3.3n/achrIII 843,359C. elegans FAR-8 protein ;
7cyp-33C9C50H11.15n/achrV 3,093,157C. elegans CYP-33C9 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV), IPR002397 (Cytochrome P450, B-class)
8C25F9.6C25F9.6n/achrV 19,405,134contains similarity to Ectromelia virus EVM128.; TR:Q8JL89
9plc-2Y75B12B.6n/achrV 15,195,140C. elegans PLC-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00387 (Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain) , PF00388 (Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain) contains similarity to Interpro domains IPR001192 (Phospholipase C, phosphoinositol-specific, C-terminal (PLC)), IPR000909 (Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific , X region), IPR001711 (Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain), IPR013841 (Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific , X and Y boxes)
10ttr-46T07C12.7n/achrV 9,951,666C. elegans TTR-46 protein; contains similarity to Pfam domain PF01060 Transthyretin-like family contains similarity to Interpro domain IPR001534 (Transthyretin-like)
11alh-5T08B1.3n/achrV 1,997,845C. elegans ALH-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF00171 Aldehyde dehydrogenase family contains similarity to Interpro domains IPR016163 (Aldehyde dehydrogenase, C-terminal), IPR016162 (Aldehyde dehydrogenase, N-terminal), IPR012394 (Aldehyde dehydrogenase NAD(P)-dependent), IPR016161 (Aldehyde/histidinol dehydrogenase), IPR015590 (Aldehyde dehydrogenase)
12F35C8.2F35C8.2n/achrX 5,375,578contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
13F43G9.3F43G9.3n/achrI 8,613,923contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR002167 (Graves disease carrier protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
14Y41E3.6Y41E3.6n/achrIV 15,006,683contains similarity to Bacillus halodurans Stress-and starvation-induced gene controlled by sigma-B.; TR:Q9KE40
15C18E9.9C18E9.9n/achrII 8,988,878contains similarity to Thermoplasma volcanium Hypothetical protein TV1312.; TR:Q978V3
16Y17G7B.14Y17G7B.14n/achrII 12,066,182contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR014752 (Arrestin, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
17unc-98F08C6.7n/achrX 7,571,972unc-98 encodes a protein with four C2H2 zinc fingers and several possible nuclear localization and export sequences; UNC-98 is required for normal mobility, M-line structures, and dense body (Z-line analog) structures; UNC-98 binds UNC-97/PINCH, HUM-6, and MEP-1; UNC-98 is located in M-lines, muscle cell nuclei, and perhaps dense bodies.
18ctl-1Y54G11A.6n/achrII 14,304,828ctl-1 encodes one of three C. elegans catalases; CTL-1 exhibits catalase activity in vitro, and thus likely functions in vivo as an antioxidant enzyme that protects cells from reactive oxygen species; ctl-1 activity contributes to the extended lifespan seen in daf-2 mutant animals; in addition, ctl-1 expression is negatively regulated by DAF-2-mediated insulin signaling; as CTL-1 does not possess a C-terminal peroxisomal targeting signal (PTS), it is predicted to be a cytosolic catalase.
19C24A11.2C24A11.2n/achrI 5,381,597
20clec-199C30H6.1n/achrIV 17,352,393C. elegans CLEC-199 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
21F09B9.1F09B9.1n/achrX 10,140,628contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domains IPR002656 (Acyltransferase 3), IPR006621 (Nose resistant to fluoxetine-4, N-terminal)
22ncr-1F02E8.6n/achrX 4,476,155ncr-1 encodes a large transmembrane glycoprotein with a patched-like domain that is orthologous to human NPC1 (OMIM:257220, mutated in Niemann-Pick type C disease); NCR-1 and NPC1 are eukaryotic members of the resistance-nodulation-division (RND) family of membrane permeases, and have a putative sterol-sensing domain; by homology, NCR-1 is predicted to function in intracellular cholesterol and glycolipid trafficking; in C. elegans, NCR-1 is required for growth and survival in the absence of cholesterol, newly hatched ncr-1 mutant larvae grow poorly on cholesterol-free medium and die at the L1 or L2 stage; NCR-1 is also involved in negative regulation of dauer formation, being required redundantly with NCR-2, a second C. elegans NPC1-like protein, for preventing constitutive dauer formation; dauer formation in ncr-1; ncr-2 double mutants is suppressed by mutations in daf-12, which encodes a steroid hormone receptor, and by overexpression of daf-9, which encodes a cytochrome P450, suggesting that NCR-1 and NCR-2 may function to transport a sterol precursor that is metabolized by DAF-9 to then serve as the DAF-12 ligand.
23C30F12.6C30F12.6n/achrI 6,990,585contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR008365 (Prostanoid receptor), IPR002120 (Thyrotrophin-releasing hormone receptor), IPR009144 (Thyrotropin-releasing hormone receptor), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
24F52E1.2F52E1.2n/achrV 8,411,177contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR003990 (Pancreatitis-associated protein), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR002198 (Short-chain dehydrogenase/reductase SDR), IPR001304 (C-type lectin), IPR002353 (Type II antifreeze protein)
25clec-256Y17D7B.6n/achrV 18,772,129C. elegans CLEC-256 protein; contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domains IPR006583 (CW), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
26pad-1Y18D10A.13n/achrI 12,890,677The pad-1 gene encodes a highly conserved, but unfamiliar, protein that is required for embryonic development.
27R02D5.3R02D5.3n/achrV 14,483,717contains similarity to Arabidopsis thaliana Putative RNA-binding protein.; TR:Q9SHZ5
28C14C6.2C14C6.2n/achrV 563,724contains similarity to Pfam domains PF04942 (CC domain) , PF01549 (ShK domain-like) (2)contains similarity to Interpro domains IPR007026 (Domian of unknown function, DUF-CC), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
29K10D11.5K10D11.5n/achrIV 12,990,724contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR003006 (Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site), IPR003366 (CUB-like region)
30sri-48ZC239.9n/achrII 3,200,257C. elegans SRI-48 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
31T11B7.2T11B7.2n/achrIV 8,844,038contains similarity to Homo sapiens remodeling and spacing factor 1; ENSEMBL:ENSP00000311513
32egl-23Y37A1B.11n/achrIV 14,007,827egl-23 encodes one of 44 C. elegans TWK (two-P domain K+) potassium channel subunits that contain two pore-forming domains and four transmembrane domains; egl-23 was originally defined by gain-of-function mutations that result in defects in locomotion, egg-laying, and enteric muscle activation; loss of egl-23 function via reversion or RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities suggesting that EGL-23 may function redundantly with other TWK channels; egl-23 does not, however, interact genetically with the UNC-93 group of TWKs encoded by unc-93, sup-9, and sup-10; the EGL-23 expression pattern is not yet known.
33C36C5.14C36C5.14n/achrV 3,165,115contains similarity to Pfam domain PF01579 Domain of unknown function DUF19 contains similarity to Interpro domains IPR016638 (Uncharacterised conserved protein UPF0376), IPR002542 (Protein of unknown function DUF19)
34ZC247.2ZC247.2n/achrI 10,258,909contains similarity to Homo sapiens similar to KIAA1203 protein; ENSEMBL:ENSP00000219689
35K04F10.1K04F10.1n/achrI 6,365,571The K04F10.1 gene encodes a homolog of SCA1, which when mutated leads to spinocerebellar ataxia 1 (OMIM:164400).
36pgp-12F22E10.1n/achrX 12,734,558pgp-12 encodes a transmembrane protein that is a member of the P-glycoprotein subclass of ATP-binding cassette (ABC) transporters; although loss of pgp-12 function via mutation or RNAi results in no obvious defects, pgp-12 promoter fusion constructs reveal expression in the excretory cell, consistent with a role for pgp-12 in metabolite transporter activity; pgp-12 expression is regulated by the DCP-66 transcription factor which binds the pgp-12 Ex-1 promoter element in yeast one-hybrid and EMSA experiments.
37Y41C4A.8Y41C4A.8n/achrIII 11,707,793contains similarity to Aedes aegypti Hypothetical conserved protein (Putative uncharacterized protein).; TR:Q1HQM0
38T09F3.1T09F3.1n/achrII 10,386,641contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR003656 (Zinc finger, BED-type predicted), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
39gsnl-1K06A4.3n/achrV 9,498,184C. elegans GSNL-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00626 Gelsolin repeat contains similarity to Interpro domains IPR007122 (Gelsolin), IPR007123 (Gelsolin region)
40C53A5.13C53A5.13n/achrV 14,550,708contains similarity to Pfam domain PF00041 Fibronectin type III domain contains similarity to Interpro domains IPR008957 (Fibronectin, type III-like fold), IPR003961 (Fibronectin, type III), IPR003962 (Fibronectin, type III subdomain)
41F42C5.4F42C5.4n/achrIV 7,290,079contains similarity to Interpro domain IPR001841 (Zinc finger, RING-type)
42lec-4C44F1.3n/achrIII 3,772,356lec-4 encodes a predicted galectin that exhibits sugar binding properties in vitro.
43W07B8.3W07B8.3n/achrV 1,125,705
44R07H5.9R07H5.9n/achrIV 11,208,377contains similarity to Saccharomyces cerevisiae involved in septin organization; SGD:YCL024W
45F56F11.2F56F11.2n/achrIII 2,883,625
46ubc-23C28G1.1n/achrX 8,846,276ubc-23 encodes a predicted conjugating enzyme (UBCs/E2s) of the ubiquitin-conjugation system; expressed in larvae and adults in cells around the pharynx and in intestinal cells.
47T10E9.3T10E9.3n/achrI 6,536,631contains similarity to Pfam domain PF03351 DOMON domain contains similarity to Interpro domains IPR005018 (DOMON related), IPR013050 (DOMON)
48glo-4F07C3.4n/achrV 9,238,868glo-4 encodes a guanine nucleotide exchange factor (GEF) that is similar to Drosophila Claret and human RP3; throughout development, glo-4 activity is required for biogenesis of the lysosome-related gut granules; based upon phenotypic similarity, glo-4 is likely to encode a GEF for the GLO-1 Rab-like GTPase; in regulating gut granule formation, glo-4 acts downstream of apb-3, which encodes the AP-3 complex beta subunit.
49F56D5.6F56D5.6n/achrIV 9,407,298contains similarity to Plasmodium falciparum Putative uncharacterized protein PFD0207c.; TR:Q8I1Y6
50T10B10.5T10B10.5n/achrX 15,197,450contains similarity to Pfam domain PF00168 C2 domain contains similarity to Interpro domains IPR008973 (C2 calcium/lipid-binding region, CaLB), IPR000008 (C2 calcium-dependent membrane targeting)