UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1sec-23Y113G7A.30chrV 20,093,804C. elegans SEC-23 protein; contains similarity to Pfam domains PF04811 (Sec23/Sec24 trunk domain) , PF04815 (Sec23/Sec24 helical domain) , PF04810 (Sec23/Sec24 zinc finger) , PF00626 (Gelsolin repeat) , PF08033 (Sec23/Sec24 beta-sandwich domain) contains similarity to Interpro domains IPR006900 (Sec23/Sec24 helical region), IPR012990 (Sec23/Sec24 beta-sandwich), IPR006896 (Sec23/Sec24 trunk region), IPR006895 (Zinc finger, Sec23/Sec24-type), IPR007123 (Gelsolin region)
2dod-17K10D11.1n/achrIV 12,977,287C. elegans DOD-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
3itx-1W03D8.6n/achrI 2,809,305itx-1 encodes one of two Caspr orthologues found in the C. elegans genome; Caspr proteins belong to the Neurexin superfamily and are involved in mediating cell-cell contacts and in the formation of specialized membrane-domains in polarized epithelial and nerve cells; RNA interference of itx-1 suggests that itx-1 is involved in the correct positioning and maintenance of apical junctions and in maintaining epithelial integrity in the gut; gfp-reporter studies indicate that ITX-1 is expressed in intestinal cell epithelia and in the socket cells of the inner and outer labial sensilla; immunofluorescence studies indicate that ITX-1 localizes to the baso-lateral membranes of intestinal epithelia.
4atf-5T04C10.4n/achrX 14,809,925atf-5 encodes a homolog of the mammalian bZIP transcription factors ATF4 and ATF5, analogous to GCN4 in S. cerevisiae; like like ATF4 and GCN4, atf-5 has an extensive 5' UTR with one 37-residue uORF; ATF4 is poorly translated in unstressed cells but well-translated during ER stress, amino acid starvation, or arsenite treatment; possibly atf-5 is also translationally regulated in a way similar to ATF4.
5erv-46K09E9.2n/achrX 15,615,388C. elegans ERV-46 protein; contains similarity to Pfam domain PF07970 Protein of unknown function (DUF1692) contains similarity to Interpro domain IPR012936 (Protein of unknown function DUF1692)
6hsp-4F43E2.8n/achrII 7,351,305hsp-4 encodes a predicted homolog of the mammalian ER chaperone BiP that affects embryonic and larval viability; expression is most prominent in the spermatheca and transcription of hsp-4 is induced in the gut and in the hypodermis upon ER stress.
7ldh-1F13D12.2n/achrII 11,725,839ldh-1 is orthologous to the human gene LACTATE DEHYDROGENASE B (LDHB; OMIM:150100), which when mutated leads to lactate dehydrogenase-B deficiency.
8T20B3.1T20B3.1n/achrV 16,818,064contains similarity to Pfam domain PF00755 Choline/Carnitine o-acyltransferase contains similarity to Interpro domain IPR000542 (Acyltransferase ChoActase/COT/CPT)
9Y113G7B.16Y113G7B.16n/achrV 20,268,307contains similarity to Pfam domain PF05600 Protein of unknown function (DUF773) contains similarity to Interpro domain IPR008491 (Protein of unknown function DUF773)
10cyp-33A1C12D5.7n/achrV 7,680,386C. elegans CYP-33A1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR002403 (Cytochrome P450, E-class, group IV)
11ugt-12T19H12.9n/achrV 4,888,389C. elegans UGT-12 protein; contains similarity to Pfam domains PF04101 (Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain) , PF00201 (UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase) contains similarity to Interpro domains IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase), IPR007235 (Glycosyl transferase, family 28, C-terminal)
12chc-1T20G5.1n/achrIII 10,206,656chc-1 encodes the C. elegans clathrin heavy chain ortholog; loss of chc-1 activity via RNAi results in defects in receptor-mediated yolk endocytosis and thus, embryonic lethality.
13hex-2C14C11.3n/achrV 5,656,509hex-2 encodes a beta-N-acetylhexosaminidase.
14pqn-57R09F10.7n/achrX 8,320,224The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
15C34C6.4C34C6.4n/achrII 8,697,694contains similarity to Pfam domains PF00732 (GMC oxidoreductase) , PF05199 (GMC oxidoreductase) contains similarity to Interpro domains IPR013027 (FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase), IPR012132 (Glucose-methanol-choline oxidoreductase), IPR007867 (Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal), IPR000172 (Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal), IPR001100 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I)
16C52A10.1C52A10.1n/achrV 5,232,169contains similarity to Pfam domain PF00135 Carboxylesterase contains similarity to Interpro domain IPR002018 (Carboxylesterase, type B)
17F29C12.4F29C12.4n/achrII 13,119,692contains similarity to Pfam domains PF03764 (Elongation factor G, domain IV) , PF03144 (Elongation factor Tu domain 2) , PF00009 (Elongation factor Tu GTP binding domain) , PF00679 (Elongation factor G C-terminus) contains similarity to Interpro domains IPR000795 (Protein synthesis factor, GTP-binding), IPR005517 (Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV), IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR004161 (Translation elongation factor EFTu/EF1A, domain 2), IPR009000 (Translation elongation and initiation factors/Ribosomal, beta-barrel), IPR000640 (Translation elongation factor EFG/EF2, C-terminal), IPR004540 (Translation elongation factor EFG/EF2), IPR014721 (Ribosomal protein S5 domain 2-type fold), IPR009022 (Elongation factor G, III and V)
18T28F3.8T28F3.8n/achrIV 17,306,594contains similarity to Interpro domain IPR013032 (EGF-like region, conserved site)
19imp-2T05E11.5n/achrIV 11,117,784C. elegans IMP-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF04258 Signal peptide peptidase contains similarity to Interpro domains IPR006639 (Peptidase A22, presenilin signal peptide), IPR007369 (Peptidase A22B, signal peptide peptidase)
20sec-24.1F12F6.60.001chrIV 11,564,055sec-24.1 encodes one of two C. elegans Sec24 homologs; in Saccharomyces cerevisiae, Sec24 is a member of the Sec24-Sec23 subunit of the COPII coat complex, assembly of which is essential for the first step of secretory protein transport from the endoplasmic reticulum (ER) to the Golgi; by homology with Sec24, SEC-24.1 is predicted to facilitate vesicle cargo selection, and likely contains multiple, independent sites for binding to secreted proteins; loss of sec-24.1 activity via RNAi indicates that SEC-24.1 is required for cuticle secretion and oogenesis.
21dhs-28M03A8.1n/achrX 6,819,210dhs-28 encodes an ortholog of human 17-BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE 4 (HSD17B4; OMIM:601860, mutated in D-bifunctional protein deficiency), which contains a C-terminal SCP-2 sterol transfer domain; the deletion allele dhs-28(ok450) is superficially wild-type.
22Y48A6B.10Y48A6B.10n/achrIII 11,041,221contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
23dnj-7C55B6.2n/achrX 7,196,372This gene encodes a protein containing a DnaJ ('J') domain that is predicted to be mitochondrial.
24C49C3.4C49C3.4n/achrIV 17,324,683contains similarity to Interpro domains IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR013032 (EGF-like region, conserved site)
25T04A8.5T04A8.5n/achrIII 4,690,700contains similarity to Pfam domains PF00310 (Glutamine amidotransferases class-II) , PF00156 (Phosphoribosyl transferase domain) contains similarity to Interpro domains IPR000583 (Glutamine amidotransferase, class-II), IPR005854 (Amidophosphoribosyl transferase), IPR000836 (Phosphoribosyltransferase), IPR002375 (Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferase, conserved site)
26R05C11.3R05C11.3n/achrIV 2,087,977R05C11.3 encodes a calcium-transporting ATPase; large-scale RNAi screens indicate that R05C11.3 activity is required for locomotion and normal rates of postembryonic growth.
27pqn-47F59B10.1n/achrII 10,499,684pqn-47 encodes a protein with a glutamine/asparagine-rich domain, homologous to human C11orf9 and Drosophila CG3328, that is required for locomotion, vulval development, full body size, cuticular integrity, and general health in mass RNAi assays; pqn-47(cxP5915) homozygotes are sluggish.
28rpt-6Y49E10.1n/achrIII 12,371,416rpt-6 encodes a triple A ATPase that is a subunit of the 26S proteasome 19S regulatory particle (RP) base subcomplex; RPT-6 is required for embryonic and larval development and by homology, is predicted to function in unfolding protein substrates and translocating them into the core proteolytic particle (CP) of the proteasome.
29egl-45C27D11.1n/achrIII 7,826,432egl-45 encodes a homolog of eukaryotic translation initiation factor 3, subunit 10, that affects development of the HSNs that affect egg laying.
30cogc-6K07C11.9n/achrV 8,219,777cogc-6 encodes an ortholog of mammalian COG-6, a subunit of lobe B of the conserved oligomeric Golgi complex (COGC); COGC-6 is weakly required for normal gonadal distal tip cell migration, a process that also requires seven other orthologs of COGC subunits; like other lobe B subunits in both C. elegans and S. cerevisiae, COGC-6 is only partially required for normal function, while lobe A subunits are strongly required in either worms or yeast.
31F55B11.1F55B11.1n/achrIV 14,406,976The F55B11.1 gene encodes an ortholog of the human gene XANTHINE DEHYDROGENASE (XDH), which when mutated leads to xanthinuria (OMIM:278300).
32F42A10.3F42A10.3n/achrIII 6,156,244contains similarity to Pfam domain PF01234 NNMT/PNMT/TEMT family contains similarity to Interpro domain IPR000940 (Methyltransferase, NNMT/PNMT/TEMT)
33atp-2C34E10.6n/achrIII 5,229,290atp-2 encodes the beta subunit of the soluble, catalytic F1 portion of ATP synthase (mitochondrial respiratory chain [MRC] complex V); atp-2 activity is required for embryonic and larval development past the L3 stage, as well as for normal mobility, pharyngeal pumping, defecation, growth rate, and larval lifespan; in males, atp-2 activity is also required cell autonomously in male-specific sensory neurons for response to hermaphrodite contact, the first step in a series of stereotypical male mating behaviors; in vitro, the N-terminus of ATP-2 interacts directly with the conserved PLAT domains of human polycystin (PC)-1 and C. elegans LOV-1, which is expressed exclusively in adult male sensory neurons and is also required for the response to hermaphrodite contact; atp-2 is widely expressed throughout development in both sexes; ATP-2 localizes to mitochondria and to cilia of male-specific neurons; in the male-specific CEM neurons ATP-2 colocalizes with PKD-2, the C. elegans homolog of human polycystin (PC)-2.
34K12C11.1K12C11.1n/achrI 1,343,024The K12C11.1 gene encodes an ortholog of the human gene PEPTIDASE D (PEPD), which when mutated leads to prolidase deficiency (OMIM:170100).
35gstk-1ZK1320.1n/achrII 9,657,127C. elegans GSTK-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF01323 DSBA-like thioredoxin domain contains similarity to Interpro domains IPR012336 (Thioredoxin-like fold), IPR001853 (DSBA oxidoreductase), IPR014440 (HCCA isomerase/glutathione S-transferase kappa)
36let-75R06C7.10n/achrI 7,263,197let-75 encodes a pharynx-specific type II myosin heavy chain (MHC D); LET-75 is required for pharyngeal muscle contraction and thus for normal feeding behavior and post-embryonic development; in vitro, the LET-75 tail domain interacts with ITR-1, an IP3 receptor, and this interaction has been proposed to mediate, in vivo, increased pharnygeal pumping in response to food; LET-75 is expressed exclusively in pharyngeal muscle.
37C08H9.2C08H9.2n/achrII 9,888,735contains similarity to Pfam domain PF00013 KH domain contains similarity to Interpro domains IPR004087 (K Homology), IPR004088 (K Homology, type 1)
38T07C12.9T07C12.9n/achrV 9,957,579contains similarity to Pfam domain PF01234 NNMT/PNMT/TEMT family contains similarity to Interpro domain IPR000940 (Methyltransferase, NNMT/PNMT/TEMT)
39F27D4.1F27D4.1n/achrI 7,703,501The F27D4.1 gene encodes an ortholog of the human gene ELECTRON-TRANSFER-FLAVOPROTEIN, ALPHA POLYPEPTIDE (ETFA), which when mutated leads to glutaricaciduria type IIA (OMIM:231680).
40F38E11.5F38E11.5n/achrIV 9,461,841F38E11.5 encodes a beta' (beta-prime) subunit of the coatomer (COPI) complex; in mass RNAi assays, F38E11.5 is required for fertility and general health.
41F13E6.1F13E6.1n/achrX 10,676,336contains similarity to Pfam domain PF04201 Tumour protein D52 family contains similarity to Interpro domain IPR007327 (Tumor protein D52)
42ucr-1F56D2.1n/achrIII 5,593,099C. elegans UCR-1 protein; contains similarity to Pfam domains PF00675 (Insulinase (Peptidase family M16)) , PF05193 (Peptidase M16 inactive domain) contains similarity to Interpro domains IPR001431 (Peptidase M16, zinc-binding site), IPR011765 (Peptidase M16, N-terminal), IPR000209 (Peptidase S8 and S53, subtilisin, kexin, sedolisin), IPR011237 (Peptidase M16, core), IPR007863 (Peptidase M16, C-terminal), IPR011249 (Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like, metal-binding)
43Y57A10C.6Y57A10C.6n/achrII 12,424,519contains similarity to Pfam domain PF00108 Thiolase, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR016038 (Thiolase-like, subgroup), IPR002155 (Thiolase), IPR016039 (Thiolase-like)
44daf-36C12D8.5n/achrV 10,224,591daf-36 encodes a protein homologous to the catalytic subunit of Rieske-like oxygenases; DAF-36 functions in a hormone biosynthetic pathway producing a ligand for the DAF-12 nuclear receptor that regulates the developmental decision between reproductive growth and dauer formation; a daf-36::gfp reporter fusion is expressed in the intestine, the head mesodermal cell, two unidentified head neurons (not XXXR/L) and, in dauers, the lateral seam cells; DAF-36 localizes to the cytoplasm in the intestine and to a cytosolic meshwork in dauer seam cells.
45wrt-6ZK377.1n/achrX 3,481,938wrt-6 encodes a hedgehog-like protein, with (from N- to C-terminus) a signal sequence, a Wart domain, an short region of low-complexity sequence, and a Hint/Hog domain; WRT-6 is expressed in sheath and socket cells of anterior sensilla, seam cells, and hypodermis; the Hint/Hog domain is predicted to cut WRT-6 into two halves and then covalently link cholesterol to the C-terminus of the Wart domain; the Wart domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins; WRT-6 is weakly required for normal molting; WRT-6 is also required for normal growth to full size and locomotion; all of these requirements may reflect common defects in cholesterol-dependent hedgehog-like signalling or in vesicle trafficking.
46myo-3K12F2.1n/achrV 12,230,556myo-3 encodes MHC A, the minor isoform of MHC (myosin heavy chain) that is essential for thick filament formation, and for viability, movement, and embryonic elongation; expressed in body muscle, the somatic sheath cell covering the hermaphrodite gonad, and also expressed in enteric muscle, vulval muscles of the hermaphrodite and the diagonal muscles of the male tail.
47F21C10.7F21C10.7n/achrV 9,117,429contains similarity to Pfam domains PF07686 (Immunoglobulin V-set domain) (2), PF00047 (Immunoglobulin domain) (3), PF07679 (Immunoglobulin I-set domain) (6)contains similarity to Interpro domains IPR003598 (Immunoglobulin subtype 2), IPR002017 (Spectrin repeat), IPR013098 (Immunoglobulin I-set), IPR013783 (Immunoglobulin-like fold), IPR013106 (Immunoglobulin V-set), IPR007110 (Immunoglobulin-like), IPR003599 (Immunoglobulin subtype), IPR013151 (Immunoglobulin)
48srt-55T16H12.8n/achrIII 10,105,558C. elegans SRT-55 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
49clec-186ZK896.7n/achrIV 12,867,615C. elegans CLEC-186 protein; contains similarity to Pfam domain PF00059 Lectin C-type domain contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
50fipr-20H14A12.6n/achrIII 7,462,256C. elegans FIPR-20 protein ;