UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1str-217Y102A5C.280chrV 16,999,587C. elegans STR-217 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
2srg-13T23F11.5n/achrIII 4,673,171C. elegans SRG-13 protein; contains similarity to Pfam domain PF02118 C.elegans Srg family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR001411 (Tetracycline resistance protein, TetB), IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
3srr-2T26H2.8n/achrV 19,215,331C. elegans SRR-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF03268 Caenorhabditis protein of unknown function, DUF267 contains similarity to Interpro domains IPR004950 (Protein of unknown function DUF267, Caenorhabditis species), IPR002455 (GPCR, family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B)
4T05E11.2T05E11.2n/achrIV 11,115,881T05E11.2 encodes a claudin homolog that may be required for normal cohesion of apical junctions in epithelia; T05E11.2 is worm-specific, with a with highly divergent sequence lacking obvious homologs; T05E11.2 has no obvious function in mass RNAi assays; claudins are integral membrane proteins with four transmembrane sequences that are found in mammalian tight junctions (TJs), induce TJs when transgenically expressed in cells normally lacking them, and can mediate the specific conductance of of specific ions (e.g., magnesium or calcium) through TJs while blocking the flow of water.
5C56G2.5C56G2.5n/achrIII 6,323,209contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008973 (C2 calcium/lipid-binding region, CaLB)
6hlh-14C18A3.8n/achrII 5,738,759hlh-14 encodes a basic helix-loop-helix (bHLH) transcription factor that is one of five C. elegans Achaete-Scute family homologs; HLH-14 activity is required generally for normal egg-laying, movement, body morphology, and larval development; more specifically, HLH-14 is required for proper neuronal development, particularly for regulation of the asymmetric cell division that gives rise to the PVQ/HSN/PHB neuroblasts and for normal differentiation of these neuroblast descendants, including their cell division patterns, migrations, and neurotransmitter expression; in specifying neuronal cell fates, genetic evidence suggests that hlh-14 acts together with hlh-2, which encodes the C. elegans E/Daughterless ortholog; HLH-14 is expresed exclusively in the embryo and detected in the left and right PVQ/HSN/PHB neuroblasts and their descendants, as well as in other cells identified, tentatively, as anterior neuroblasts and posterior neuroblasts such as Caapa.
7sre-21C47A10.4n/achrV 17,771,397C47A10.4 is orthologous to the human gene ALBINISM, OCULAR, TYPE I (OA1; OMIM:300500), which when mutated leads to Nettleship-Falls type ocular albinism.
8C50E3.7C50E3.7n/achrV 7,595,623contains similarity to Interpro domain IPR001499 (Fungal pheromone STE3 GPCR)
9Y39E4B.13Y39E4B.13n/achrIII 13,092,265contains similarity to Caulobacter crescentus Localization factor podJL (Polar organelle development protein)s[Contains: Localization factor podJS].; SW:PODJ_CAUCR
10srd-49R04B5.8n/achrV 10,095,486C. elegans SRD-49 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
11W09D10.4W09D10.4n/achrIII 10,713,760contains similarity to Pfam domain PF07228 Stage II sporulation protein E (SpoIIE) contains similarity to Interpro domains IPR001932 (Protein phosphatase 2C-related), IPR010822 (Sporulation stage II, protein E C-terminal)
12E03G2.1E03G2.1n/achrX 15,927,754contains similarity to Plasmodium falciparum Glutamate--cysteine ligase (EC 6.3.2.2).; TR:Q9TY17
13F48B9.1F48B9.1n/achrX 2,183,370contains similarity to Interpro domain IPR001220 (Legume lectin, beta domain)
14srh-192ZC132.7n/achrV 4,313,561C. elegans SRH-192 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
15F46B3.1F46B3.1n/achrV 20,592,082contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
16W04C9.5W04C9.5n/achrI 464,897contains similarity to Pfam domain PF00071 Ras family contains similarity to Interpro domains IPR003577 (Ras small GTPase, Ras type), IPR001806 (Ras GTPase), IPR003579 (Ras small GTPase, Rab type), IPR013753 (Ras)
17W02B8.2W02B8.2n/achrII 13,911,962contains similarity to Pfam domains PF00169 (PH domain) , PF00780 (CNH domain) , PF00130 (Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain)) contains similarity to Interpro domains IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR000533 (Tropomyosin), IPR001180 (Citron-like), IPR002219 (Protein kinase C, phorbol ester/diacylglycerol binding)
18amt-2F49E11.3n/achrIV 13,044,619amt-2 encodes a transmembrane protein that is one of four C. elegans members of the ammonium transporter AMT/Rh family of proteins predicted to function in transport of ammonium ions across the plasma membrane.
19F15D3.8F15D3.8n/achrI 11,580,950contains similarity to Methanocaldococcus jannaschii Chromosome partition protein smc homolog.; SW:Q59037
20R12C12.4R12C12.4n/achrII 6,039,457
21F53H4.4F53H4.4n/achrX 15,867,475contains similarity to Salmonella typhi Hypothetical protein STY0658.; TR:Q8Z8J9
22F44E7.7F44E7.7n/achrV 5,784,253contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR007114 (Major facilitator superfamily), IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
23F49C12.1F49C12.1n/achrIV 9,295,603contains similarity to Pfam domain PF03407 Protein of unknown function (DUF271) contains similarity to Interpro domain IPR005069 (Protein of unknown function DUF271)
24R10F2.5R10F2.5n/achrIII 2,924,200contains similarity to Interpro domain IPR000443 (Islet amyloid polypeptide)
25F49D11.7F49D11.7n/achrI 10,923,733
26sre-43W07G1.6n/achrII 13,967,710C. elegans SRE-43 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
27R06A10.3R06A10.3n/achrI 1,078,831
28nhr-53K06B4.11n/achrV 15,701,459C. elegans NHR-53 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
29F28B4.1F28B4.1n/achrX 3,205,615
30str-252C06B3.92.9999999999999998e-36chrV 13,917,252C. elegans STR-252 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR008365 (Prostanoid receptor), IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
31C56C10.12C56C10.12n/achrII 6,606,347contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
32C44B11.1C44B11.1n/achrIII 3,156,820contains similarity to Pfam domain PF06905 Fas apoptotic inhibitory molecule (FAIM1) contains similarity to Interpro domain IPR010695 (Fas apoptotic inhibitory molecule)
33F18E9.4F18E9.4n/achrX 8,582,026
34Y116A8C.19Y116A8C.19n/achrIV 17,039,245Y116A8C.19 encodes a CCCH tandem zinc finger (TZF) protein; based upon its sequence similarity to C. elegans POS-1, the product of Y116A8C.19 is predicted to function as an RNA-binding protein.
35srt-12E03D2.4n/achrV 4,241,727C. elegans SRT-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
36T07G12.5T07G12.5n/achrIV 10,543,255contains similarity to Pfam domain PF00860 Permease family contains similarity to Interpro domain IPR006043 (Xanthine/uracil/vitamin C permease)
37srsx-30C51E3.5n/achrV 10,159,536C. elegans SRSX-30 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
38Y37D8A.22Y37D8A.22n/achrIII 12,937,773contains similarity to Danio rerio Transmembrane protein 49.; SW:Q6NYY9
39npr-1C39E6.6n/achrX 4,768,551npr-1 encodes a predicted G protein-coupled neuropeptide receptor that is homologous to the mammalian neuropeptide Y (NPY) receptor (OMIM:162641) required for regulating anxiety, food consumption, and pain sensation; in C. elegans, NPR-1 is involved in ethological variations of social behavior such as social versus solitary feeding; NPR-1 also affects some aspect of UNC-6/netrin-mediated branching of motor neurons, as strong npr-1 mutations can suppress abnormal migration of ventral nerve cord neurons induced by overexpression of UNC-6 lacking domain C; NPR-1 is expressed predominantly in the nervous system, and particularly in the AQR, PQR, and URX neurons that are exposed to the body fluid.
40sre-53C50E10.3n/achrII 12,322,214C. elegans SRE-53 protein; contains similarity to Pfam domain PF03125 C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR004151 (C. elegans Sre G protein-coupled chemoreceptor), IPR000366 (Fungal pheromone mating factor STE2 GPCR)
41btb-1F40G9.4n/achrIII 186,286C. elegans BTB-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
42F13A7.11F13A7.11n/achrV 16,394,527contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein, expressed.; TR:Q8IBS8
43F16G10.11F16G10.11n/achrII 2,392,784contains similarity to Pfam domain PF02343 Domain of unknown function DUF130 contains similarity to Interpro domain IPR003326 (Protein of unknown function DUF130)
44glb-11C36E8.2n/achrIII 3,990,752glb-11 encodes a globin; glb-11 transcription is higher in L3 and dauers than in young adults; glb-11 has no obvious function in mass RNAi assays; glb-11 expression is induced by anoxia in a HIF-1 dependent manner, although it is also paradoxically upregulated in a hif-1 mutant background.
45F36F12.1F36F12.1n/achrV 2,101,648contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR008167 (Protein of unknown function DUF23, C-terminal), IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
46B0041.1B0041.1n/achrI 4,665,314
47srb-19C54F6.11n/achrV 7,518,912C. elegans SRB-19 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
48nhr-169C54C8.1n/achrI 12,443,002C. elegans NHR-169 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
49C01G6.7C01G6.7n/achrII 9,292,949contains similarity to Pfam domain PF00501 AMP-binding enzyme contains similarity to Interpro domain IPR000873 (AMP-dependent synthetase and ligase)
50C31E10.3C31E10.3n/achrX 13,987,732contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)