UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1mtr-4W08D2.70chrIV 9,828,133C. elegans MTR-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF08148 (DSHCT (NUC185) domain) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR016438 (RNA helicase, ATP-dependent, SK12/DOB1), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR012961 (DSH, C-terminal), IPR003593 (AAA+ ATPase, core), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
2dnj-15K08D10.2n/achrIV 4,177,547This gene encodes a protein containing a DnaJ ('J') domain.
3C49A9.5C49A9.5n/achrIV 6,215,077contains similarity to Pfam domain PF03312 Protein of unknown function, DUF272 contains similarity to Interpro domain IPR004987 (Protein of unknown function DUF272)
4ttll-5C55A6.2n/achrV 11,510,749ttll-5 encodes a putative tubulin polyglutamylase orthologous to human TTLL5; TTLL-5 is required for embryonic development and fertility; by orthology, TTLL-5 is expected to initiate glutamyl chains rather than elongating them, to prefer alpha-tubulin over beta-tubulin as a substrate, and to have non-tubulin substrates.
5C56G3.2C56G3.2n/achrX 7,365,880contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
6npp-4Y54E5A.4n/achrI 14,703,902C. elegans NPP-4 protein; contains similarity to Interpro domains IPR001778 (Pollen allergen Poa pIX/Phl pVI, C-terminal), IPR007758 (Nucleoporin, Nsp1-like, C-terminal)
7glb-18F52A8.4n/achrI 7,344,423glb-18 encodes a globin; glb-18 is expressed in larval and adult neurons and excretory gland cells, and in adult spermetheca and vulva; glb-18 transcription is higher in L3 and dauers than in young adults; glb-18 has no obvious function in mass RNAi assays.
8skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
9clh-6R07B7.1n/achrV 12,061,778clh-6 encodes a voltage-gated chloride channel orthologous to the human CLCN7 chloride channel (OMIM:602727, which when mutated lead to osteopetrosis); although the precise role of CLH-6 in C. elegans development and/or behavior is not yet known, CLH-6 expression is detected in two GABA-ergic neurons, RMEL and RMER, suggesting that CLH-6 could play a role in membrane excitability and/or GABA packaging; as CLH-6 is also detected in many non-neuronal tissues, such as the gut and body wall muscle, it could also have a broader role in such as processes as transepithelial transport and muscle excitation.
10F18A12.7F18A12.7n/achrII 3,412,942contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
11rheb-1F54C8.5n/achrIII 9,455,024rheb-1 encodes a GTPase orthologous to the mammalian Rheb and Rheb1 GTPases; loss of rheb-1 activity via RNAi indicates that RHEB-1 is involved in the mitochondrial unfolded protein response and that its function is required for normal growth rates, body size, osmoregulation, reproduction, and locomotion.
12fbxa-200T07D3.1n/achrII 905,248C. elegans FBXA-200 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
13pssy-2T27E9.5n/achrIII 13,473,420C. elegans PSSY-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF03034 Phosphatidyl serine synthase contains similarity to Interpro domain IPR004277 (Phosphatidyl serine synthase)
14C07H6.4C07H6.4n/achrIII 7,501,398contains similarity to Pfam domains PF01805 (Surp module) , PF00076 (RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain)) contains similarity to Interpro domains IPR006569 (Regulation of nuclear pre-mRNA protein), IPR000061 (SWAP/Surp), IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR008942 (ENTH/VHS), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
15F44E2.3F44E2.3n/achrIII 8,828,256contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
16K11E4.2K11E4.2n/achrX 13,718,299contains similarity to Pfam domain PF00017 SH2 domain contains similarity to Interpro domains IPR006020 (Phosphotyrosine interaction region), IPR000980 (SH2 motif)
17T02G5.1T02G5.1n/achrII 7,098,996
18F20H11.1F20H11.1n/achrIII 6,590,715contains similarity to Pfam domain PF00130 Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR002219 (Protein kinase C, phorbol ester/diacylglycerol binding)
19ZK836.3ZK836.3n/achrV 12,195,261
20Y40B1B.8Y40B1B.8n/achrI 13,431,748contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domain IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier)
21C49H3.8C49H3.8n/achrIV 7,901,218contains similarity to Pfam domain PF00022 Actin contains similarity to Interpro domains IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF), IPR004000 (Actin/actin-like), IPR013126 (Heat shock protein 70)
22itsn-1Y116A8C.36n/achrIV 17,122,917tag-11/Y116A8C.36 encodes a homolog of human NCF1, which when mutated leads to chronic granulomatous disease (OMIM:306400).
23C06H2.3C06H2.3n/achrV 11,128,767contains similarity to Pfam domains PF02373 (JmjC domain) , PF00583 (Acetyltransferase (GNAT) family) contains similarity to Interpro domains IPR013129 (Transcription factor jumonji), IPR003347 (Transcription factor jumonji/aspartyl beta-hydroxylase), IPR000182 (GCN5-related N-acetyltransferase), IPR016181 (Acyl-CoA N-acyltransferase)
24D1037.1D1037.1n/achrI 3,687,476contains similarity to Pfam domains PF00035 (Double-stranded RNA binding motif) , PF01585 (G-patch domain) contains similarity to Interpro domains IPR001159 (Double-stranded RNA binding), IPR000694 (Proline-rich region), IPR014720 (Double-stranded RNA-binding-like), IPR000467 (D111/G-patch)
25srj-4C27A7.7n/achrV 12,163,847C. elegans SRJ-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
26let-60ZK792.6n/achrIV 11,689,627let-60 encodes a member of the GTP-binding RAS protooncogene family; let-60 activity is required for viability, vulval development, spicule development, germ line meiotic progression, posterior development of the hypodermis, chemotaxis, sex myoblast migration, and muscle membrane extension; let-60 acts genetically downstream of let-23 with respect to vulval development and upstream of the MAPK pathway with respect to chemotaxis; let-60 is expressed in neural, muscle, and hypodermal lineages.
27C25G6.5C25G6.5n/achrX 1,253,316contains similarity to Pfam domain PF00001 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002232 (5-Hydroxytryptamine 6 receptor), IPR000611 (Neuropeptide Y receptor), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
28fbxb-31M151.5n/achrII 3,638,541C. elegans FBXB-31 protein; contains similarity to Pfam domains PF07735 (F-box associated) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domains IPR001810 (Cyclin-like F-box), IPR012885 (F-box associated type 2)
29C48B6.2C48B6.2n/achrI 6,917,161contains similarity to Pfam domain PF01479 S4 domain contains similarity to Interpro domains IPR002942 (RNA-binding S4), IPR001912 (Ribosomal protein S4)
30F18F11.1F18F11.1n/achrIV 335,994contains similarity to Interpro domain IPR014467 (Peroxisomal membrane protein 4)
31F52B11.2F52B11.2n/achrIV 14,084,140F52B11.2 is orthologous to the human gene PHOSPHOMANNOMUTASE 2 (PMS2; OMIM:601785), which when mutated leads to congenital disorder of glycosylation, type Ia.
32Y45G12C.4Y45G12C.4n/achrV 2,547,175contains similarity to Pfam domains PF02958 (Domain of unknown function (DUF227)) , PF07914 (Protein of unknown function (DUF1679)) contains similarity to Interpro domains IPR011009 (Protein kinase-like), IPR012877 (Protein of unknown function DUF1679, Caenorhabditis species), IPR004119 (Protein of unknown function DUF227), IPR015897 (CHK kinase-like)
33smp-2D1037.2n/achrI 3,669,414C. elegans SMP-2 protein; contains similarity to Pfam domain PF01403 Sema domain contains similarity to Interpro domains IPR001627 (Semaphorin/CD100 antigen), IPR003659 (Plexin/semaphorin/integrin), IPR016201 (Plexin-like fold), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
34F31E3.4F31E3.4n/achrIII 6,965,804contains similarity to Pfam domain PF00929 Exonuclease contains similarity to Interpro domains IPR013520 (Exonuclease, RNase T and DNA polymerase III), IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR006055 (Exonuclease), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold)
35srx-53T27C5.2n/achrV 17,400,916C. elegans SRX-53 protein; contains similarity to Interpro domain IPR010989 (t-SNARE)
36F55A3.2F55A3.2n/achrI 10,795,710contains similarity to Interpro domains IPR000209 (Peptidase S8 and S53, subtilisin, kexin, sedolisin), IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like)
37C05D11.10C05D11.10n/achrIII 6,431,356contains similarity to Interpro domain IPR016027 (Nucleic acid-binding, OB-fold-like)
38C25D7.10C25D7.10n/achrV 15,067,993contains similarity to Mus musculus Probable taste receptor type 2 member 23 (T2R23) (STC9-2).; SW:T2R2_MOUSE
39vhl-1F08G12.4n/achrX 11,307,692vhl-1 is orthologous to the mammalian tumor suppressor gene Von Hippel-Landau syndrome (VHL; OMIM:193300), which is part of a ubiquitylation complex targetting proteins for proteasomal degradation.
40T27F6.6T27F6.6n/achrI 12,492,740contains similarity to Pfam domain PF03372 Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family contains similarity to Interpro domain IPR005135 (Endonuclease/exonuclease/phosphatase)
41C46H11.2C46H11.2n/achrI 5,051,289contains similarity to Pfam domains PF00743 (Flavin-binding monooxygenase-like) , PF00070 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase) contains similarity to Interpro domains IPR013027 (FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase), IPR000759 (Adrenodoxin reductase), IPR000960 (Flavin-containing monooxygenase FMO), IPR000103 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class-II), IPR001327 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, NAD-binding region), IPR016040 (NAD(P)-binding), IPR001100 (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I)
42ugt-11T19H12.10n/achrV 4,893,822C. elegans UGT-11 protein; contains similarity to Pfam domain PF00201 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase contains similarity to Interpro domain IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase)
43R02E12.4R02E12.4n/achrX 4,005,562contains similarity to Pfam domains PF03148 (Tektin family) , PF00097 (Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR000435 (Tektin), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
44tag-324C27C12.5n/achrX 14,850,888C. elegans TAG-324 protein; contains similarity to Pfam domain PF00858 Amiloride-sensitive sodium channel contains similarity to Interpro domain IPR001873 (Na+ channel, amiloride-sensitive)
45pqn-51K11D12.2n/achrV 5,050,974The protein product of this gene is predicted to contain a glutamine/asparagine (Q/N)-rich ('prion') domain, by the algorithm of Michelitsch and Weissman (as of the WS77 release of WormBase, i.e., in wormpep77).
46srh-239T26H5.3n/achrV 15,446,542C. elegans SRH-239 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
47K10E9.1K10E9.1n/achrI 196,071
48C06E1.3C06E1.3n/achrIII 8,582,414contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is mol-PD;; FLYBASE:CG4482
49T12G3.5T12G3.5n/achrIV 12,031,705contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is mRpL51-PA;; FLYBASE:CG13098
50Y45F10D.6Y45F10D.6n/achrIV 13,797,043