UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1W06B4.1W06B4.10chrII 4,472,468
2F44B9.8F44B9.8n/achrIII 8,028,820contains similarity to Pfam domains PF00004 (ATPase family associated with various cellular activities (AAA)) , PF08542 (Replication factor C) contains similarity to Interpro domains IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR008921 (DNA polymerase III clamp loader subunit, C-terminal), IPR000767 (Disease resistance protein), IPR001270 (Chaperonin clpA/B), IPR013748 (Replication factor C), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
3B0304.2B0304.2n/achrII 4,524,073
4F27B3.5F27B3.5n/achrIII 6,560,937contains similarity to Interpro domain IPR000215 (Protease inhibitor I4, serpin)
5sra-25T26E3.9n/achrI 12,687,150C. elegans SRA-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
6C42C1.8C42C1.8n/achrIV 12,292,136contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
7C01G5.5C01G5.5n/achrIV 6,525,508contains similarity to Pfam domain PF00248 Aldo/keto reductase family contains similarity to Interpro domain IPR001395 (Aldo/keto reductase)
8C10A4.4C10A4.4n/achrX 7,402,753
9rab-21T01B7.3n/achrII 8,714,514rab-21 encodes a Rab GTPase most closely related to the Drosophila and vertebrate Rab21 GTPases and Saccharomyces cerevisiae VPS21; by homology, RAB-21 is predicted to be involved in membrane trafficking/vesicle transport; loss of rab-21 activity via RNAi results in 7-8% embryonic lethality.
10F16H11.3F16H11.3n/achrX 4,648,333contains similarity to Pfam domain PF01733 Nucleoside transporter contains similarity to Interpro domains IPR002259 (Delayed-early response protein/equilibrative nucleoside transporter), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
11C07E3.9C07E3.9n/achrII 10,351,043contains similarity to Pfam domain PF00068 Phospholipase A2 contains similarity to Interpro domains IPR016090 (Phospholipase A2), IPR001211 (Phospholipase A2, eukaryotic), IPR013090 (Phospholipase A2, active site)
12F30F8.3F30F8.3n/achrI 7,836,374contains similarity to Pfam domain PF00595 PDZ domain (Also known as DHR or GLGF) contains similarity to Interpro domain IPR001478 (PDZ/DHR/GLGF)
13tag-319C30B5.1n/achrII 6,200,135C. elegans TAG-319 protein ;
14R11H6.4R11H6.4n/achrV 14,610,325contains similarity to Homo sapiens Steerin3 protein; ENSEMBL:ENSP00000228327
15rfc-3C39E9.13n/achrIV 13,096,350C. elegans RFC-3 protein; contains similarity to Interpro domains IPR008921 (DNA polymerase III clamp loader subunit, C-terminal), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
16R11G1.2R11G1.2n/achrX 3,653,706
17Y49A10A.1Y49A10A.1n/achrX 10,359,445contains similarity to Pfam domain PF06565 Repeat of unknown function (DUF1126) contains similarity to Interpro domains IPR010554 (Protein of unknown function DUF1126), IPR006602 (Region of unknown function DM10)
18str-5T23D5.12n/achrV 15,753,810C. elegans STR-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR001991 (Sodium:dicarboxylate symporter)
19F33G12.2F33G12.2n/achrII 5,030,810contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
20T01E8.4T01E8.4n/achrII 10,238,236This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; its encoded protein also contains WD repeats.
21mel-47EEED8.1n/achrII 5,421,944C. elegans MEL-47 protein; contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
22C16C8.5C16C8.5n/achrII 3,445,041contains similarity to Pfam domain PF00240 Ubiquitin family contains similarity to Interpro domain IPR000626 (Ubiquitin)
23mxl-1T19B10.11n/achrV 11,245,345mxl-1 encodes a basic helix-loop-helix protein similar to the vertebrate MAX transcriptional regulators; in vitro, MXL-1 can heterodimerize, and bind an E-box DNA sequence, with MDL-1, a C. elegans MAD-like bHLH protein; mxl-1::gfp reporter fusions are expressed in the posterior intestine and in head and tail neurons.
24ccdc-55C16C10.6n/achrIII 4,167,827C. elegans CCDC-55 protein ; contains similarity to Mus musculus Coiled-coil domain-containing protein 55.; SW:Q5NCR9
25F43D2.1F43D2.1n/achrV 14,613,051contains similarity to Pfam domain PF00134 Cyclin, N-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR006670 (Cyclin), IPR011028 (Cyclin-like), IPR013763 (Cyclin-related), IPR006671 (Cyclin, N-terminal), IPR015429 (Transcription regulator cyclin)
26rnf-5C16C10.7n/achrIII 4,165,557This gene encodes a homolog of mammalian RNF5, a C3HC4 (RING-finger) zinc-finger protein.
27EEED8.13EEED8.13n/achrII 5,411,874contains similarity to Interpro domain IPR011038 (Calycin-like)
28F21D5.5F21D5.5n/achrIV 8,737,526contains similarity to Pfam domain PF08645 Polynucleotide kinase 3 phosphatase contains similarity to Interpro domains IPR013954 (Polynucleotide kinase 3 phosphatase, central region), IPR006549 (HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIIA), IPR015636 (Polynucleotide kinase 3, phosphatase), IPR006551 (DNA 3-phosphatase)
29Y5F2A.4Y5F2A.4n/achrIV 11,077,311contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
30T23G11.4T23G11.4n/achrI 7,694,776contains similarity to Pfam domain PF07052 Hepatocellular carcinoma-associated antigen 59 contains similarity to Interpro domain IPR010756 (Hepatocellular carcinoma-associated antigen 59)
31F46F11.8F46F11.8n/achrI 5,625,448
32edc-3R05D11.8n/achrI 8,603,637C. elegans EDC-3 protein; contains similarity to Interpro domain IPR010920 (Like-Sm ribonucleoprotein-related, core)
33sqv-3R10E11.4n/achrIII 9,779,478sqv-3 encodes a beta(1,4)-galactosyltransferase, biochemically active in vitro, that is required for cytokinesis of one-cell embryos, vulval morphogenesis, and chondroitin synthesis; SQV-3 is orthologous to human human galactosyltransferase I (B4GALT7; OMIM:604327, mutated in the progeroid form of Ehlers-Danlos syndrome); sqv-3 transgenically rescues hamster cells lacking galactosyl transferase I; the common requirement for SQV-3 in both cytokinesis and morphogenesis may be to promote filling an extracellular space with hygroscopic proteoglycans (either in the eggshell, or underneath the L4 cuticle), which in turn may cause the space to fill with fluid.
34K09E3.7K09E3.7n/achrX 17,132,904contains similarity to Homo sapiens Conserved hypothetical protein; HI:HIT000048720
35F26A1.1F26A1.1n/achrIII 4,851,165
36srh-141T08G3.5n/achrV 16,444,803C. elegans SRH-141 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
37ekl-5Y26E6A.1n/achrX 13,915,941C. elegans EKL-5 protein; contains similarity to Interpro domains IPR001579 (Glycoside hydrolase, chitinase active site), IPR006642 (Zinc finger, Rad18-type putative)
38tbx-36ZK829.5n/achrIV 11,951,305C. elegans TBX-36 protein; contains similarity to Pfam domain PF00907 T-box contains similarity to Interpro domains IPR008967 (p53-like transcription factor, DNA-binding), IPR001699 (Transcription factor, T-box)
39T09B4.1T09B4.1n/achrI 6,186,762contains similarity to Pfam domain PF04188 Mannosyltransferase (PIG-V)) contains similarity to Interpro domain IPR007315 (Mannosyltransferase, PIG-V)
40F10D11.2F10D11.2n/achrI 8,437,292contains similarity to Bacillus thuringiensis Pesticidial crystal protein cry8Ca (Insecticidal delta-endotoxinsCryVIIIC(a)) (Crystaline entomocidal protoxin) (130 kDa crystalsprotein).; SW:C8CA_BACTP
41M116.1M116.1n/achrIV 8,411,585
42T13F2.6T13F2.6n/achrIV 9,779,719
43ZC302.3ZC302.3n/achrV 10,739,944contains similarity to Adoxophyes honmai nucleopolyhedrovirus Hypothetical protein.; TR:Q80LN9
44nex-3C28A5.3n/achrIII 4,443,071nex-3 encodes an annexin, a member of a family of calcium-dependent phospholipid binding proteins; by homology, NEX-3 could function in a number of processes, such as membrane fusion, cytoskeletal interactions, and intracellular signaling; however, as loss of nex-3 function via RNA-mediated interference (RNAi) does not result in any abnormalities, the precise role of NEX-3 in C. elegans development and/or behavior is not yet known.
45C53B7.7C53B7.7n/achrX 6,862,206C53B7.7 encodes a neprilysin; neprilysins are thermolysin-like zinc metallopeptidases, found on the outer surface of animal cells, that negatively regulate small signalling peptides (e.g., enkephalin, tachykinin, insulin, and natriuretic peptides) by cleaving them; C53B7.7 has no clear orthologs in other organisms.
46ZK1320.7ZK1320.7n/achrII 9,672,350contains similarity to Pfam domains PF00023 (Ankyrin repeat) , PF01585 (G-patch domain) contains similarity to Interpro domains IPR003604 (Zinc finger, U1-type), IPR002110 (Ankyrin), IPR000467 (D111/G-patch)
47W06D11.1W06D11.1n/achrX 12,294,462
48C56C10.9C56C10.9n/achrII 6,591,647contains similarity to Pfam domain PF00036 EF hand contains similarity to Interpro domains IPR011992 (EF-Hand type), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand)
49rnh-1.2ZK938.7n/achrII 9,840,817C. elegans RNH-1.2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF00075 (RNase H) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal), IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold), IPR002156 (Ribonuclease H)
50clec-223C03E10.5n/achrV 11,275,618C. elegans CLEC-223 protein; contains similarity to Pfam domain PF01391 Collagen triple helix repeat (20 copies) contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)