UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1W05G11.4W05G11.40chrIII 37,457contains similarity to Pfam domain PF00648 Calpain family cysteine protease contains similarity to Interpro domain IPR001300 (Peptidase C2, calpain)
2F19D8.2F19D8.2n/achrX 13,835,397contains similarity to Homo sapiens Splice isoform 1 of Q9UMN6 Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia protein 4; ENSEMBL:ENSP00000222270
3mdt-27T18H9.6n/achrV 9,210,879C. elegans MDT-27 protein; contains similarity to Interpro domain IPR003983 (Leukotriene B4 type 1 receptor)
4F52C12.1F52C12.1n/achrIV 1,961,538contains similarity to Pfam domain PF06087 Tyrosyl-DNA phosphodiesterase contains similarity to Interpro domains IPR001736 (Phospholipase D/Transphosphatidylase), IPR010347 (Tyrosyl-DNA phosphodiesterase)
5cup-2F25D7.1n/achrI 10,399,657The primary phenotype of cup-2 animals is an accumulation of secreted GFP in the pseudocoelom, suggesting a decrease in, or the absence of, endocytosis in coelomocytes.
6T12F5.2T12F5.2n/achrI 3,732,139
7hum-1F29D10.4n/achrI 8,848,443hum-1 encodes a class I unconventional myosin heavy chain that, within this class, is most closely related to the amoeboid myosin I subclass; loss of hum-1 activity via RNAi results in a low frequency of aldicarb resistance, suggesting that hum-1 may play a role in regulating synapse structure and/or function; when expressed in the DA cholinergic motor neurons, a HUM-1 reporter fusion protein localizes solely to punctate structures.
8zfp-2F35H8.3n/achrII 9,558,501zfp-2 encodes a zinc-finger transcription factor; loss of zfp-2 and lin-35/Rb results in almost complete sterility accompanied by defects in somatic gonad development and vulval morphology, as well as polyploidization of somatic cell nuclei; loss of zfp-2 activity by itself reveals that zfp-2 is also required for cosuppression, inhibition of RNAi of some genes, and wild-type levels of expression of a rol-6 extrachromosomal array; a zfp-2::GFP promoter fusion construct is expressed in vulval cells and all somatic gonad structures, such as the spermatheca, sheath cells, uterine cells and distal tip cells (DTCs).
9H21P03.2H21P03.2n/achrIV 11,481,604contains similarity to Pfam domain PF08743 Nse4 contains similarity to Interpro domain IPR014854 (Nse4)
10T12F5.1T12F5.1n/achrI 3,742,059
11met-2R05D3.11n/achrIII 8,377,993C. elegans MET-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF05033 (Pre-SET motif) , PF00856 (SET domain) , PF01429 (Methyl-CpG binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR001214 (SET), IPR003616 (Post-SET zinc-binding region), IPR003606 (Pre-SET zinc-binding sub-group), IPR001739 (Methyl-CpG DNA binding), IPR007728 (Pre-SET zinc-binding region)
12fbxa-197T06C12.4n/achrV 15,868,291C. elegans FBXA-197 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
13T04H1.5T04H1.5n/achrV 12,251,820contains similarity to Pfam domain PF01585 G-patch domain contains similarity to Interpro domains IPR000467 (D111/G-patch), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
14cdk-5T27E9.3n/achrIII 13,465,418cdk-5 encodes a putative homolog of cyclin dependent kinase 5 that affects pronuclear migration and rotation in one-cell embryos and may affect neuronal development; expressed in neurons.
15tag-348T04H1.1n/achrV 12,237,724C. elegans TAG-348 protein; contains similarity to Pfam domain PF07690 Major Facilitator Superfamily contains similarity to Interpro domains IPR011701 (Major facilitator superfamily MFS-1), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
16C26B2.7C26B2.7n/achrIV 8,016,527
17F10G2.4F10G2.4n/achrV 7,327,473
18C05C8.6C05C8.6n/achrV 7,236,014contains similarity to Pfam domains PF07707 (BTB And C-terminal Kelch) , PF00651 (BTB/POZ domain) contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ), IPR011705 (BTB/Kelch-associated), IPR013089 (Kelch related)
19F32E10.5F32E10.5n/achrIV 7,576,352contains similarity to Pfam domain PF00567 Tudor domain contains similarity to Interpro domains IPR008191 (Maternal tudor protein), IPR002011 (Receptor tyrosine kinase, class II, conserved site), IPR002999 (Tudor)
20T04F8.2T04F8.2n/achrX 11,654,994contains similarity to Anopheles gambiae str PEST AGAP011701-PA (Fragment).; TR:Q7PZ34
21sec-5T23G7.4n/achrII 9,175,083The sec-5 gene encodes an ortholog of SEC5 in S. cerevisiae, a component of the exocyst complex required genetically for endocytosis and for normal cellular morphology in the intestine.
22bath-27F14D2.1n/achrII 3,360,782C. elegans BATH-27 protein; contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
23R05D11.7R05D11.7n/achrI 8,601,675contains similarity to Pfam domain PF08648 Protein of unknown function (DUF1777) contains similarity to Interpro domain IPR013957 (Protein of unknown function DUF1777)
24srg-4T12A2.12n/achrIII 6,261,094C. elegans SRG-4 protein; contains similarity to Pfam domain PF02118 C.elegans Srg family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
25F02E9.7F02E9.7n/achrI 8,414,687contains similarity to Pfam domain PF00149 Calcineurin-like phosphoesterase contains similarity to Interpro domain IPR004843 (Metallophosphoesterase)
26T20G5.9T20G5.9n/achrIII 10,210,308contains similarity to Pfam domain PF09282 Mago binding contains similarity to Interpro domain IPR015362 (Exon junction complex, Pym)
27F49C5.5F49C5.5n/achrII 12,546,186
28str-244C50H11.9n/achrV 3,058,396C. elegans STR-244 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
29W01A8.5W01A8.5n/achrI 7,070,051contains similarity to Interpro domain IPR009057 (Homeodomain-like)
30ape-1F46F3.4n/achrV 11,680,585ape-1 encodes an ortholog of inhibitory p53-interacting protein (iASPP); APE-1 binds CEP-1 in vitro, and shares 38% amino-acid identity in its ankyrin repeats and SH3 domain to iASPP, with many iASPP residues contacting p53 being conserved; RNAi of ape-1 induces CEP-1- and HUS-1-dependent apoptosis in the germline, consistent with inhibition of the CEP-1/HUS-1 DNA damage checkpoint by APE-1 in the germline; excess ape-1(RNAi) apoptosis also requires CED-3.
31mut-7ZK1098.8n/achrIII 9,540,593mut-7 encodes a homolog of RnaseD that represses transposition of Tc1, Tc3, Tc4, and Tc5, perhaps by degrading transposon-specific messages; also affects sperm development, sensitivity to RNAi of mainly germline expressed genes, silencing of some germline transgenes, X chromosome loss, and is required for cosuppression (functional silencing of chromosomal loci induced by transgenes) and for silencing induced by antisense RNA oligomers; cellular fractionation experiments indicate that MUT-7 is expressed in adult worms, and resides in a complex in both the cytosol and nucleus; in the cytosolic complex, MUT-7 interacts with RDE-2, a novel protein also required for RNA interference.
32T23C6.3T23C6.3n/achrX 17,137,111
33sri-16F15H9.4n/achrI 12,149,485C. elegans SRI-16 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
34zim-1T07G12.6n/achrIV 10,551,197zim-1 encodes a protein with two C-terminal noncanonical C2H2 zinc-fingers whose paralogs include HIM-8, ZIM-2/-3, and C02F5.12; ZIM-1 specifically required for homolog pairing, synapsis, and segregation of chromosomes II and III during meiosis; zim-1(tm1813) oocytes ending prophase have ~4 bivalents and ~4 univalents, the latter of which are consistently chromosomes II and III; ZIM-1 associates with the left ends of chromosomes II and III, which may indicate an association with their pairing centers; while the C-terminal region of ZIM-1 most closely resembles those of its orthologs in other Caenorhabditis species, its N-terminal region instead most closely resembles those of its paralogs in C. elegans, indicating coevolving, species-specific functions; ZIM-1 foci, like HIM-8 foci, associate with the nuclear envelope during meiotic prophase; zim-1 mutants also have some defective segregation of the X chromosome (yielding a Him phenotype), but this may be an indirect effect of autosomal asynapsis.
35R151.8R151.8n/achrIII 7,228,224contains similarity to Interpro domains IPR001005 (SANT, DNA-binding), IPR009057 (Homeodomain-like)
36T12A2.1T12A2.1n/achrIII 6,261,458contains similarity to Pfam domains PF01979 (Amidohydrolase family) , PF07969 (Amidohydrolase family) contains similarity to Interpro domains IPR011550 (Amidohydrolase-like), IPR013108 (Amidohydrolase 3), IPR006680 (Amidohydrolase 1), IPR005920 (Imidazolonepropionase)
37pfn-1Y18D10A.20n/achrI 12,922,763C. elegans PFN-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00235 Profilin contains similarity to Interpro domains IPR002097 (Profilin/allergen), IPR005455 (Profilin, plant)
38W01D2.5W01D2.5n/achrII 14,813,623contains similarity to Interpro domain IPR005178 (Protein of unknown function DUF300)
39ZK1058.3ZK1058.3n/achrIII 3,919,762ZK1058.3 is orthologous to the human gene UNNAMED PROTEIN PRODUCT (GALT; OMIM:606999), which when mutated leads to disease.
40Y57G11A.5Y57G11A.5n/achrIV 14,512,160contains similarity to Pfam domain PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) contains similarity to Interpro domains IPR012677 (Nucleotide-binding, alpha-beta plait), IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1)
41sna-2T13F2.7n/achrIV 9,776,092sna-2 encodes an snRNP-binding protein (SNA-2/SL75p) homologous to Ascaris SL95p (SL 175kd); SNA-2 is found in at least two Sm snRNPs, SL1 and Y, but not in SL2; in snRNP SL1, SNA-2 associates with the SNA-1/SL21p protein, while associating with SUT-1/SL26p (a paralog of SNA-1) in snRNP Y; sna-2(RNAi) is lethal; SNA-2 can bind either SNA-1 or SUT-1 even in the absence of RNA.
42T11F9.12T11F9.12n/achrV 11,494,950contains similarity to Interpro domain IPR011735 (Conserved hypothetical protein, HtrL)
43cee-1F26F4.1n/achrIII 4,913,131C. elegans CEE-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF04190 Protein of unknown function (DUF410) contains similarity to Interpro domain IPR007317 (Protein of unknown function DUF410)
44T12D8.4T12D8.4n/achrIII 13,628,781contains similarity to Pfam domains PF00339 (Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain) , PF02752 (Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR014756 (Immunoglobulin E-set), IPR011022 (Arrestin-like, C-terminal), IPR011021 (Arrestin-like, N-terminal)
45R10D12.12R10D12.12n/achrV 13,961,624contains similarity to Pfam domain PF04101 Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain contains similarity to Interpro domain IPR007235 (Glycosyl transferase, family 28, C-terminal)
46wdfy-2D2013.2n/achrII 9,320,794wdfy-2 encodes a WD40- and FYVE-domain containing protein that is orthologous to mammalian WDFY2; WDFY-2 is one of twelve C. elegans FYVE-domain-containing proteins; wdfy-2 activity is essential for wild-type levels of endocytosis.
47C14C11.4C14C11.4n/achrV 5,649,282contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domains IPR000859 (CUB), IPR003366 (CUB-like region)
48F11A10.5F11A10.5n/achrIV 12,095,498contains similarity to Pfam domain PF04184 ST7 protein contains similarity to Interpro domain IPR007311 (ST7)
49B0507.7B0507.7n/achrV 8,757,284contains similarity to Pfam domains PF04960 (Glutaminase) , PF00023 (Ankyrin repeat) (2)contains similarity to Interpro domains IPR015868 (Glutaminase, core), IPR007043 (Glutaminase), IPR012338 (Beta-lactamase-type transpeptidase fold), IPR002110 (Ankyrin)
50F10C2.5F10C2.5n/achrV 12,047,001contains similarity to Pfam domain PF01532 Glycosyl hydrolase family 47 contains similarity to Interpro domains IPR010916 (TonB box, conserved site), IPR001382 (Glycoside hydrolase, family 47)