UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1W05F2.6W05F2.60chrI 3,370,130contains similarity to Interpro domains IPR000504 (RNA recognition motif, RNP-1), IPR001620 (Dopamine D3 receptor)
2C16C8.14C16C8.14n/achrII 3,450,118C16C8.14 encodes a Caenorhabditis-specific protein, with a central predicted coiled-coil and a C-terminal ubiqutin-like domain; C16C8.14 inhibits CEP-1- and HUS-1-dependent germline apoptosis, as do BMK-1, RAD-50, and RAD-51; C16C8.14 is paralogous to C16C8.4, C16C8.11, C16C8.12, C16C8.13, C16C8.15, C16C8.16, and F54D10.7.
3bath-2F52C6.11n/achrII 1,922,182C. elegans BATH-2 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) , PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
4F55G1.5F55G1.5n/achrIV 7,475,614contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
5klc-1M7.2n/achrIV 11,085,048klc-1 encodes one of two C. elegans kinesin light chains; by homology, KLC-1 is predicted to function, along with kinesin-like heavy chains, as part of a multimeric kinesin complex involved in intracellular transport; consistent with this, KLC-1 has been shown to interact with UNC-116/kinesin, KCA-1/kinesin cargo adaptor, and the ARX-2/Arp2/3 complex component in yeast two-hybrid assays; RNAi experiments indicate that klc-1 activity is required for normal embryonic development.
6F49E8.2F49E8.2n/achrIV 7,549,959contains similarity to Interpro domains IPR011767 (Glutaredoxin active site), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
7B0001.2B0001.2n/achrIV 12,148,704contains similarity to Pfam domain PF03312 Protein of unknown function, DUF272 contains similarity to Interpro domain IPR004987 (Protein of unknown function DUF272)
8C55B7.11C55B7.11n/achrI 6,512,726
9glh-2C55B7.1n/achrI 6,515,665glh-2 encodes a putative DEAD-box RNA helicase that contains six CCHC zinc fingers and is homologous to Drosophila VASA, a germ-line-specific, ATP-dependent, RNA helicase; at non-permissive temperatures, GLH-2 plays a role in germ-line development and fertility, specifically in regulating the normal extent of germ-line proliferation, oogenesis, and the production of functional sperm; GLH-2 activity may also be required for the wild-type morphology of P granules and for localization of several protein components, but not accumulation of P granule mRNA components; GLH-2 interacts in vitro with itself and with KGB-1, a JNK-like MAP kinase; GLH-2 is a constitutive P granule component and thus, with the exception of mature sperm, is expressed in germ cells at all stages of development; GLH-2 is cytoplasmic in oocytes and the early embryo, while perinuclear in all later developmental stages as well as in the distal and medial regions of the hermaphrodite gonad; GLH-2 is expressed at barely detectable levels in males.
10F56A3.1F56A3.1n/achrI 5,192,666
11bath-5F59H6.11n/achrII 2,031,389C. elegans BATH-5 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) , PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
12C29A12.1C29A12.1n/achrV 10,812,876contains similarity to Mesocricetus auratus Synaptonemal complex protein 1 (SCP-1 protein) (Meiotic chromosomessynaptic protein) (Fragment).; SW:SCP1_MESAU
13K12D12.5K12D12.5n/achrII 11,862,086contains similarity to Interpro domains IPR012337 (Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold), IPR002156 (Ribonuclease H)
14msh-5F09E8.3n/achrIV 13,159,611msh-5 encodes a germline-specific homolog of the yeast and mammalian DNA mismatch repair protein MSH5 (MutS-family) that is required for crossing over and chiasma formation during Caenorhabditis elegans meiosis; inactivation of both rad-51 and msh-5 induces chromosome fragmentation, not seen with inactivation of either gene alone.
15C45B2.1C45B2.1n/achrX 6,086,305
16F56D2.2F56D2.2n/achrIII 5,588,134contains similarity to Pfam domains PF05773 (RWD domain) , PF01485 (IBR domain) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR006575 (RWD), IPR016135 (Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like), IPR002867 (Zinc finger, C6HC-type)
17M01A10.1M01A10.1n/achrI 5,565,037M01A10.1 encodes a protein, belonging to an ancient family of single-stranded nucleic acid-binding proteins, that is predicted to regulate gene expression through binding either mRNA or (locally) single-stranded DNA; it is most likely to specifically bind one or more discrete mRNAs and regulate their spatial localization or alternative splicing.
18T01C3.9T01C3.9n/achrV 15,005,731contains similarity to Foot-and-mouth disease virus O Polyprotein.; TR:Q80B22
19pch-2F10B5.5n/achrII 8,159,065pch-2 encodes a putative AAA+-type ATPase orthologous to budding yeast PCH2 and human TRIP13 (OMIM:604507); PCH-2 is required for the apoptosis of pachytene cells induced by unsynapsed chromosomal pairing centers, but is dispensable for meiotic apoptosis induced by DNA damage; PCH-2-mediated apoptosis is inhibited by SYP-1 and SYP-2, while it requires HIM-8 (and probably HIM-8's paralogs, ZIM-1/-3 and C02F5.12); however, PCH-2-mediated apoptosis does not require SPO-11; pch-2 transcripts are enriched during oogenesis; the excess germline apoptosis of syp-1(me17) mutants is partially suppressed by pch-2(tm1458), and fully suppressed by pch-2(tm1458);spo-11(ok79).
20gak-1C05D2.5n/achrIII 5,605,958gak-1 encodes a protein that contains an AT hook motif, a DNA-binding domain that shows a preference for binding stretches of A/T base pairs; GAK-1 appears to play a role in meiotic chromosome segregation, as overexpression results in post-prophase I chromosome segregation abnormalities, and a corresponding increase in embryonic lethality and the proportion of genotypically XO males in an otherwise self-fertile, XX hermaphrodite population; loss of gak-1 function via RNA-mediated interference (RNAi) results in sterility in the injected hermaphrodites, suggesting a possible role in germline development as well; gak-1 expression is enhanced in the germline, although its precise subcellular localization has not been reported.
21F22E5.9F22E5.9n/achrII 2,638,698
22F08G5.1F08G5.1n/achrIV 12,409,650contains similarity to Homo sapiens Putative protein TPRXL; ENSEMBL:ENSP00000322097
23lsl-1F52F12.4n/achrI 9,902,069C. elegans LSL-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007086 (Zinc finger, C2H2-subtype), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR003656 (Zinc finger, BED-type predicted), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
24D2030.7D2030.7n/achrI 7,589,605contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
25F56D1.1F56D1.1n/achrII 5,479,410contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
26F55G1.6F55G1.6n/achrIV 7,474,219contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
27F45F2.11F45F2.11n/achrV 8,520,032contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
28hke-4.1T28F3.3n/achrIV 17,286,682C. elegans HKE-4.1 protein; contains similarity to Pfam domain PF02535 ZIP Zinc transporter contains similarity to Interpro domain IPR003689 (Zinc/iron permease)
29F07H5.10F07H5.10n/achrII 8,807,812contains similarity to Arabidopsis thaliana Myosin heavy chain-like protein.; TR:Q9FJ35
30C52B11.4C52B11.4n/achrX 1,285,532
31klp-18C06G3.2n/achrIV 7,041,936klp-18 encodes a kinesin motor protein whose motor domain is most similar to that of the Xenopus and human klp2 proteins; loss of klp-18 activity via RNAi indicates that KLP-18 is required for the assembly of a disordered array of acentrosomal (female meiotic) microtubules into an organized, functional, bipolar spindle; in addition, KLP-18 may also play a role in cortex dynamics during post-meiotic development; antibody staining indicates that during meiosis and mitosis (early embryonic) KLP-18 localizes to: 1) spindles, and especially spindle poles, during prometaphase, metaphase, and early anaphase, and 2) the interzone during late anaphase and telophase; in early embryos, KLP-18 is also seen around the nucleus and cell cortex at sites of cell-cell contact; KLP-18 expression in later embryos and larvae is confined to the germ line which, in adults, stains brightly in both distal and proximal regions.
32zhp-3K02B12.8n/achrI 8,530,344zhp-3 encodes a RING finger protein orthologous to budding yeast Cst9p (meiotically expressed) and human RNF212 (associated with varying recombination rate); ZHP-3 activity is required during meiosis for crossover recombination and chiasma formation; ZHP-3 activity is thus essential for proper chromosome segregation and normal levels of fertility; a ZHP-3::GFP fusion protein localizes along synapsed chromosomes in a manner that is dependent upon the presence of mature synaptonemal complexes; ZHP-3 is paralogous to D1081.9, F55A12.10, and Y39B6A.16.
33ZC317.7ZC317.7n/achrV 5,469,825contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR003980 (Histamine H3 receptor)
34ZK1248.15ZK1248.15n/achrII 5,837,633contains similarity to Pfam domain PF00397 WW domain contains similarity to Interpro domains IPR006596 (Nucleotide binding protein, PINc), IPR001202 (WW/Rsp5/WWP)
35F57B10.4F57B10.4n/achrI 6,567,540contains similarity to Trichomonas vaginalis G3 Viral A-type inclusion protein, putative.; TR:A2E8Z5
36K11H3.4K11H3.4n/achrIII 9,835,521contains similarity to Pfam domain PF02213 (GYF domain)
37ZK418.8ZK418.8n/achrIII 7,084,302contains similarity to Pfam domain PF00013 KH domain contains similarity to Interpro domains IPR009019 (K Homology, prokaryotic type), IPR004087 (K Homology), IPR004088 (K Homology, type 1)
38htp-1F41H10.10n/achrIV 5,390,947C. elegans HTP-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF02301 HORMA domain contains similarity to Interpro domain IPR003511 (DNA-binding HORMA)
39apc-2K06H7.6n/achrIII 8,082,080apc-2 encodes an ortholog of subunit 2 of anaphase-promoting complex (APC, a cyclin-specific E3 RING ubiquitin ligase); APC-2 and S. cerevisiae's Apc2p have 32% identity in their cullin domains (considered crucial for function), but otherwise share no obvious similarity; inactivating apc-2 with RNAi causes embryos to arrest at the meiotic one-cell stage, implying that APC-2 is required for the metaphase-to-anaphase transition of meiosis I; this RNAi phenotype of apc-2 is shared by apc-1, apc-4, apc-11, cdc-16, cdc-23, and cdc-27; by analogy with other APC subunits with hypomorphic alleles, APC-2 is likely to be required for asymmetrical segregation of cell fate determinants in two-cell embryos.
40F32E10.5F32E10.5n/achrIV 7,576,352contains similarity to Pfam domain PF00567 Tudor domain contains similarity to Interpro domains IPR008191 (Maternal tudor protein), IPR002011 (Receptor tyrosine kinase, class II, conserved site), IPR002999 (Tudor)
41F11A10.5F11A10.5n/achrIV 12,095,498contains similarity to Pfam domain PF04184 ST7 protein contains similarity to Interpro domain IPR007311 (ST7)
42T28A8.3T28A8.3n/achrIII 13,507,200contains similarity to Pfam domain PF04435 Domain of unknown function (DUF545) contains similarity to Interpro domain IPR006570 (SPK)
43nhr-273T12C9.1n/achrII 4,436,140C. elegans NHR-273 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
44F46F11.6F46F11.6n/achrI 5,617,576contains similarity to Pfam domain PF00646 F-box domain contains similarity to Interpro domain IPR001810 (Cyclin-like F-box)
45puf-12ZK945.3n/achrII 10,101,606C. elegans PUF-12 protein; contains similarity to Pfam domain PF08144 CPL (NUC119) domain contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR001313 (Pumilio RNA-binding region), IPR012959 (CPL), IPR016024 (Armadillo-type fold)
46zim-2T07G12.10n/achrIV 10,556,907zim-2 encodes a protein with two C-terminal noncanonical C2H2 zinc-fingers whose paralogs include HIM-8, ZIM-1, ZIM-3, and C02F5.12; ZIM-2 is specifically required for homolog pairing, synapsis, and segregation of chromosome V during meiosis; zim-2(tm574) oocytes ending prophase have ~5 bivalents and ~2 univalents, the latter of which are consistently chromosome V; zim-2 oocytes fail to begin chromosome V pairing at the start of meiosis; ZIM-2 associates with the right end of chromosome V, which may indicate an association with its pairing center; while the C-terminal region of ZIM-2 most closely resembles those of its orthologs in other Caenorhabditis species, its N-terminal region instead most closely resembles those of its paralogs in C. elegans, indicating coevolving, species-specific functions; ZIM-2 foci, like HIM-8 foci, associate with the nuclear envelope during meiotic prophase; zim-2 mutants also have some defective segregation of the X chromosome (yielding a Him phenotype), but this may be an indirect effect of autosomal asynapsis.
47C17H1.7C17H1.7n/achrI 13,137,541contains similarity to Plasmodium reichenowi Reticulocyte binding-like protein 2b.; TR:Q6YA79
48C05C8.6C05C8.6n/achrV 7,236,014contains similarity to Pfam domains PF07707 (BTB And C-terminal Kelch) , PF00651 (BTB/POZ domain) contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ), IPR011705 (BTB/Kelch-associated), IPR013089 (Kelch related)
49bath-4F52C6.8n/achrII 1,917,377C. elegans BATH-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF00651 (BTB/POZ domain) , PF00917 (MATH domain) contains similarity to Interpro domains IPR002083 (MATH), IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
50ZK742.2ZK742.2n/achrV 7,802,661contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Uncharacterized protein KIAA1530; ENSEMBL:ENSP00000374501