UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1fbxa-131W04E12.11e-118chrV 19,734,294C. elegans FBXA-131 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
2skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
3T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
4F55H12.4F55H12.4n/achrI 8,893,719contains similarity to Brugia malayi 24 kDa secreted protein.; TR:O76497
5elo-6F41H10.8n/achrIV 5,387,627The elo-6 gene encodes a paralog of elo-1 and elo-2, each of which encodes a polyunsaturated fatty acid (PUFA) elongase; ELO-6 may be required for a normally high growth rate.
6F46F2.3F46F2.3n/achrX 15,259,856contains similarity to Interpro domain IPR001376 (Gliadin, alpha/beta)
7ZK1320.3ZK1320.3n/achrII 9,659,772
8F45D3.3F45D3.3n/achrV 12,549,760contains similarity to Brucella suis Conserved hypothetical protein.; TR:Q8G0R3
9F25E5.5F25E5.5n/achrV 7,448,059This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
10col-127F54D1.3n/achrIV 11,265,407C. elegans COL-127 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000681 (Adrenergic receptor, beta 3), IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008161 (Collagen helix repeat), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
11C04F5.9C04F5.9n/achrV 5,116,964contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR013087 (Zinc finger, C2H2-type/integrase, DNA-binding), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
12elo-1F56H11.4n/achrIV 9,527,335elo-1 encodes a component of C-18 polyunsaturated fatty acid (PUFA) elongase that is required for normal elongation of n-6 and n-3 20-carbon PUFA in vivo; ELO-1 is a condensing enzyme that elongates n-6 and n-7 (and, with less efficiency, n-3) series C18 PUFAs.
13rhr-1F08F3.3n/achrV 5,429,215rhr-1 encodes an ortholog of human Rhesus blood-group associated glycoprotein (RHAG; OMIM:180297, mutated in chronic hemolytic anemia), a member of the ammonium transporter family, and affects general levels of mRNA transcripts, and embryonic viability in a large-scale RNAi screen.
14T01C8.5T01C8.5n/achrX 16,792,168contains similarity to Pfam domain PF00155 Aminotransferase class I and II contains similarity to Interpro domains IPR004838 (Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site), IPR015422 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2), IPR015424 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region), IPR004839 (Aminotransferase, class I and II), IPR000796 (Aspartate/other aminotransferase), IPR015421 (Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1)
15F57F5.1F57F5.1n/achrV 12,003,793contains similarity to Pfam domain PF00112 Papain family cysteine protease contains similarity to Interpro domains IPR013128 (Peptidase C1A, papain), IPR000169 (Peptidase, cysteine peptidase active site), IPR000668 (Peptidase C1A, papain C-terminal)
16K05F1.10K05F1.10n/achrII 5,805,057K05F1.10 encodes a putative secreted TIL-domain protease inhibitor paralogous to SWM-1, ISL-1, and the products of 11 other C. elegans genes; K05F1.10 and its relatives are collectively similar to other TIL-domain protease inhibitors from nematodes, insects, and vertebrates; although it has no obvious function in mass RNAi assays, K05F1.10 transcription is reproducibly induced by infection, suggesting that it may participate in innate immunity.
17F59A7.2F59A7.2n/achrV 2,016,188
18F12A10.7F12A10.7n/achrII 5,497,776contains similarity to Interpro domain IPR000817 (Prion protein)
19cpr-1C52E4.1n/achrV 11,976,112cpr-1 encodes a cysteine protease of the cathepsin B-like cysteine protease family; cpr-1 appears to be required for embryogenesis; cpr-1 is specifically expressed in the gut of all stages except the embryo and around developing embryos in the gonad; expression of cpr-1 is regulated by three promoter GATA motifs.
20T20G5.8T20G5.8n/achrIII 10,199,488contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
21F35F10.6F35F10.6n/achrV 3,288,593contains similarity to Pfam domain PF06162 Caenorhabditis elegans protein of unknown function (DUF976) contains similarity to Interpro domains IPR010381 (Protein of unknown function DUF976, Caenorhabditis species), IPR016125 (Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like)
22col-146T06E4.6n/achrV 9,630,449C. elegans COL-146 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
23ZK829.4ZK829.4n/achrIV 11,954,203ZK829.4 is orthologous to the human gene GLYCINE DECARBOXYLASE PRECURSOR (GLUD1; OMIM:238300), which when mutated leads to disease.
24F47B10.5F47B10.5n/achrX 10,889,736contains similarity to Xenopus laevis D(2) dopamine receptor 1.; SW:D2D1_XENLA
25mxl-3F46G10.6n/achrX 13,350,149C. elegans MXL-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF00010 Helix-loop-helix DNA-binding domain contains similarity to Interpro domains IPR001092 (Basic helix-loop-helix dimerisation region bHLH), IPR011598 (Helix-loop-helix DNA-binding), IPR002418 (Transcription regulator Myc)
26asp-5F21F8.3n/achrV 8,273,166C. elegans ASP-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF00026 Eukaryotic aspartyl protease contains similarity to Interpro domains IPR009007 (Peptidase aspartic, catalytic), IPR001969 (Peptidase aspartic, active site), IPR001461 (Peptidase A1)
27hmp-2K05C4.6n/achrI 14,741,100hmp-2 encodes a beta-catenin; HMP-2 activity is required during embryonic development for cell adhesion at adherens junctions, cell migration, and body morphogenesis; as a beta-catenin, HMP-2 likely functions solely as part of a cadherin-catenin complex, as in yeast two-hybrid assays, HMP-2 is the only C. elegans beta-catenin that binds HMP-1/alpha-catenin and HMR-1/cadherin; additionally, in the embryo, HMP-2 co-localizes to sites of epithelial cell contacts with HMP-1 and HMR-1/cadherin; however, despite its normal role in embryonic cell adhesion, HMP-2 can activate transcription and when overexpressed in vivo, can partially rescue vulval defects produced by loss of BAR-1/beta-catenin, suggesting that HMP-2 has retained the ability to interact with the Wnt signaling pathway.
28heh-1R148.6n/achrIII 3,199,010tag-79/R148.6 is orthologous to human NPC2 (OMIM:601015, mutated in Niemann-Pick disease type C2)
29str-32T19H12.7n/achrV 4,880,697C. elegans STR-32 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
30T21F4.1T21F4.1n/achrX 5,631,021T21F4.1 is orthologous to the human gene ARGINASE TYPE I ERYTHROID VARIANT (ARG1; OMIM:207800), which when mutated leads to argininemia.
31col-143T15B7.3n/achrV 6,836,152C. elegans COL-143 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR000694 (Proline-rich region), IPR008160 (Collagen triple helix repeat)
32F35C8.5F35C8.5n/achrX 5,366,661contains similarity to Pfam domain PF01598 contains similarity to Interpro domain IPR006088 (Sterol desaturase)
33F39H12.3F39H12.3n/achrX 839,898contains similarity to Pfam domains PF00612 (IQ calmodulin-binding motif) (3), PF02197 (Regulatory subunit of type II PKA R-subunit) contains similarity to Interpro domains IPR003117 (cAMP-dependent protein kinase, regulatory subunit, type I/II alpha/beta), IPR000048 (IQ calmodulin-binding region)
34C44C8.2C44C8.2n/achrIV 900,230
35VF13D12L.3VF13D12L.3n/achrII 11,709,716VF13D12L.3 is orthologous to the human gene ARGININOSUCCINATE SYNTHETASE (ASS; OMIM:603470), which when mutated leads to classic citrullinemia.
36K07E1.1K07E1.1n/achrII 4,551,523contains similarity to Pfam domain PF03079 ARD/ARD' family contains similarity to Interpro domains IPR011051 (Cupin, RmlC-type), IPR004313 (Acireductone dioxygenase, ARD), IPR014710 (RmlC-like jelly roll fold)
37let-754C29E4.8n/achrIII 7,950,857let-754 was identified in screens for ethyl methane sulfonate-induced lethal mutations on chromosome III; the let-754 mutation results in mid larval lethality; the molecular identity of let-754 is not yet known.
38tyr-4C34G6.2n/achrI 5,900,210C. elegans TYR-4 protein; contains similarity to Pfam domains PF00264 (Common central domain of tyrosinase) , PF01549 (ShK domain-like) (4)contains similarity to Interpro domains IPR000817 (Prion protein), IPR008922 (Di-copper centre-containing), IPR002227 (Tyrosinase), IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
39asp-6F21F8.7n/achrV 8,268,253aspartic protease.
40R186.6R186.6n/achrV 12,958,187contains similarity to Pfam domain PF00581 Rhodanese-like domain contains similarity to Interpro domain IPR001763 (Rhodanese-like)
41hpd-1T21C12.2n/achrIII 10,536,487hpd-1 encodes a putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase required for normally short lifespan and for negative regulation of the dauer larval stage, with loss of hpd-1 function prolonging lifespan and promoting dauer formation; hpd-1 is a (perhaps evolutionarily conserved) target of transcriptional activation by DAF-16; HPD-1 is orthologous to human HPD (OMIM:609695, mutated in tyrosinemia type III), and is paralogous to C31H2.4 and human HPDL/GLOXD1; HPD-1 is expressed in hypodermis and intestine, and is required for the tyrosinemic phenotype of K10C2.4(RNAi) animals.
42C29F3.3C29F3.3n/achrV 15,347,032contains similarity to Oryza sativa OSJNBa0038P21.12 protein.; TR:Q7XKR9
43R05A10.6R05A10.6n/achrIV 14,167,109contains similarity to Pfam domain PF01697 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domain IPR008166 (Protein of unknown function DUF23)
44rpl-20E04A4.8n/achrIV 4,749,465rpl-20 encodes a large ribosomal subunit L18a protein.
45asah-1K11D2.2n/achrI 12,506,351K11D2.2 is orthologous to the human gene N-ACYLSPHINGOSINE AMIDOHYDROLASE (ASAH; OMIM:228000), which when mutated leads to Farber lipogranulomatosis.
46B0281.3B0281.3n/achrII 2,307,697contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR003058 (Cloacin), IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR000315 (Zinc finger, B-box), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
47F47C12.1F47C12.1n/achrIV 4,001,937contains similarity to Pfam domains PF00008 (EGF-like domain) (4), PF00754 (F5/8 type C domain) , PF07645 (Calcium binding EGF domain) (2), PF07699 (GCC2 and GCC3) (3), PF00431 (CUB domain) , PF07974 (EGF-like domain) , PF02494 (HYR domain) (2), PF00084 (Sushi domain (SCR repeat)) (6)contains similarity to Interpro domains IPR001438 (EGF-like, type 2), IPR000742 (EGF-like, type 3), IPR003410 (Hyalin), IPR000436 (Sushi/SCR/CCP), IPR006209 (EGF-like), IPR000152 (Aspartic acid and asparagine hydroxylation site), IPR006210 (EGF), IPR002049 (EGF-like, laminin), IPR008979 (Galactose-binding like), IPR000859 (CUB), IPR011641 (GCC2 and GCC3), IPR001881 (EGF-like calcium-binding), IPR016060 (Complement control module), IPR009030 (Growth factor, receptor), IPR013032 (EGF-like region, conserved site), IPR000421 (Coagulation factor 5/8 type, C-terminal), IPR013111 (EGF, extracellular), IPR013091 (EGF calcium-binding)
48F56G4.1F56G4.1n/achrI 11,343,556contains similarity to Pfam domain PF01757 Acyltransferase family contains similarity to Interpro domain IPR002656 (Acyltransferase 3)
49F09C12.6F09C12.6n/achrII 5,117,137contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
50F40F8.3F40F8.3n/achrII 11,129,630contains similarity to Homo sapiens 17 kDa protein; ENSEMBL:ENSP00000373249