UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1W03G9.3W03G9.30chrI 4,960,459
2W06D11.4W06D11.4n/achrX 12,302,364contains similarity to Pfam domain PF08123 Histone methylation protein DOT1 contains similarity to Interpro domain IPR013110 (Histone methylation DOT1)
3ckb-1B0285.8n/achrIII 4,366,386ckb-1 encodes a putative choline kinase; CKB-1 through CKB-4 comprise a related group ('B') of choline kinases.
4F13H8.3F13H8.3n/achrII 6,264,731contains similarity to Pfam domain PF01156 Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase contains similarity to Interpro domain IPR001910 (Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase)
5F21G4.5F21G4.5n/achrX 9,906,914contains similarity to Interpro domain IPR007087 (Zn-finger, C2H2 type)
6F57G4.6F57G4.6n/achrV 17,643,424contains similarity to Interpro domains IPR013048 (Meiotic recombination Spo11), IPR006578 (MADF)
7cdh-6F15B9.7n/achrV 13,026,200cdh-6 encodes a cadherin homolog, with a domain resembling seven transmembrane-sequence receptors, that may be orthologous to the Drosophila cadherin STAN; both CDH-6 and STAN are homologous to secretin-type receptors, have extracellular domains of similar lengths and domain compositions (with similar numbers of cadherin, EGF, laminin G, GFS, and HormR domains); however, the cytoplasmic domains of CDH-6 and STAN are dissimilar.
8T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
9F54B11.7F54B11.7n/achrX 13,600,836contains similarity to Neurospora crassa GTP cyclohydrolase I (EC 3.5.4.16) (GTP-CH-I).; SW:GCH1_NEUCR
10glr-8F22A3.3n/achrX 6,508,340glr-8 encodes a highly divergent putative ionotropic glutamate receptor subunit, unclassifiable as NMDA or non-NMDA (though possibly of the Delta subfamily), and without any clear close homologs in metazoa or plants; glr-8 is expressed in the pharyngeal nervous system, the body wall mechanoreceptors ALM and PLM, and two other neurons (BDU and URB); glr-8 is expressed from embryogenesis to adulthood.
11F28C10.3F28C10.3n/achrX 533,819contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR017441 (Protein kinase ATP binding, conserved site), IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR001245 (Tyrosine protein kinase), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
12F27D9.4F27D9.4n/achrX 7,653,722
13F58H7.1F58H7.1n/achrIV 933,095contains similarity to Homo sapiens Isoform 8 of Collagen alpha-2(XI) chain precursor; ENSEMBL:ENSP00000355123
14sru-29C50C10.2n/achrV 9,812,012C. elegans SRU-29 protein; contains similarity to Pfam domain PF02688 Domain of unknown function DUF215 contains similarity to Interpro domain IPR003839 (Protein of unknown function DUF215)
15F28C10.1F28C10.1n/achrX 543,683
16mvb-12C06A6.3n/achrIV 7,831,453C. elegans MVB-12 protein ; contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Protein FAM125B; ENSEMBL:ENSP00000354772
17W06E11.4W06E11.4n/achrIII 637,463W06E11.4 encodes an ortholog of human SBDS (OMIM:607444, mutated in Shwachman-Bodian-Diamond syndrome) and S. cerevisiae SDO1; by homology, W06E11.4 is predicted to be a nucleolar protein that may be required for normal processing of rRNA; WS06E11.4 shares an operon with tag-266 and T19C3.7.
18M01G12.6M01G12.6n/achrI 12,120,129contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
19gcy-5ZK970.6n/achrII 10,313,230gcy-5 encodes a predicted guanylate cyclase with strong similarity to rat atrial natriuretic peptide receptor A; expressed in ASER.
20grl-14T03D8.4n/achrV 20,822,062grl-14 encodes a hedgehog-like protein, with an N-terminal signal sequence and a C-terminal Ground-like (Grl) domain; GRL-14 is expressed in intestine, head mesodermal cell, hypodermis, seam cells, and uterine muscle, larval arcade cells and reproductive system, and the developing vulva; the Grl domain is predicted to form a cysteine-crosslinked protein involved in intercellular signalling, and it has subtle similarity to the N-terminal Hedge domain of HEDGEHOG proteins.
21str-28F25E5.12n/achrV 7,472,264C. elegans STR-28 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
22emb-27F10B5.6n/achrII 8,160,979emb-27 encodes a tetratricopeptide repeat (TPR)-containing protein that is the C. elegans ortholog of the anaphase-promoting complex (APC) subunit APC-6 (CDC16); required maternally and paternally, EMB-27 activity is essential for proper execution of the metaphase-to-anaphase transition during meiosis (both oogenesis and spermatogenesis) and mitosis (during germline proliferation); EMB-27 activity is also critical for embryonic anterior-posterior (A-P) axis formation, production of the secreted eggshell, and normal vulval development; in establishing the embryonic A-P axis, EMB-27 likely acts upstream of the separin protease to ensure proper localization of PAR-3 and PAR-2 to the anterior and posterior cortices, respectively.
23B0361.4B0361.4n/achrIII 7,263,665
24kgb-1T07A9.3n/achrIV 407,854kgb-1 encodes a serine/threonine kinase that is a member of the JNK (Jun-N-terminal kinase) subfamily of MAP (mitogen-activated protein)kinases; loss of kgb-1 activity results in temperature-sensitive sterility in hermaphrodites and males; in hermaphrodites, this sterility is associated with disorganized gonads and endomitotic oocytes that have likely failed to undergo oocyte maturation; in kgb-1 mutant males, sperm is present, but is non-functional; KGB-1 interacts in vitro with all four C. elegans germline helicases, GLH-1, -2, -3, and -4, that localize to P granules in vivo; Northern analyses indicate that kgb-1 mRNA is present in both somatic and germline tissues.
25tpst-2F42G9.8n/achrIII 772,135C. elegans TPST-2 protein ; contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is Tango13-PC;; FLYBASE:CG32632
26str-108F10A3.13n/achrV 16,166,795C. elegans STR-108 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
27F35G12.12F35G12.12n/achrIII 4,582,734contains similarity to Interpro domain IPR016024 (Armadillo-type fold)
28F41G4.5F41G4.5n/achrX 16,831,782
29fpn-1.2R09B5.4n/achrV 1,463,421R09B5.4 is orthologous to the human gene HYPOTHETICAL PROTEIN (SLC11A3; OMIM:604653), which when mutated leads to disease.
30ZK1240.5ZK1240.5n/achrII 2,317,121contains similarity to Interpro domain IPR000315 (Zinc finger, B-box)
31W09D6.5W09D6.5n/achrIII 11,089,923contains similarity to Saccharomyces cerevisiae cell wall integrity and stress response component 1; SGD:YOR008C
32F58B3.6F58B3.6n/achrIV 11,637,391contains similarity to Pfam domains PF04836 (Interferon-related protein conserved region) , PF05004 (Interferon-related developmental regulator (IFRD)) contains similarity to Interpro domains IPR007701 (Interferon-related developmental regulator), IPR006921 (Interferon-related protein conserved region), IPR016024 (Armadillo-type fold)
33aat-4T13A10.10n/achrIV 6,274,136aat-4 encodes a predicted amino acid transporter catalytic subunit; unlike catalytic subunits in other organisms, however, AAT-4 does not contain the highly conserved cysteine residue known to facilitate covalent interaction with a glycoprotein subunit, suggesting that AAT-4 does not require this residue for heterodimer formation or, alternatively, does not require the glycoprotein subunit for function.
34drh-1F15B10.2n/achrIV 6,610,349drh-1 encodes a DExH-box helicase; loss of drh-1 activity via RNAi suggests that drh-1 is required, perhaps redundantly with drh-2, for both germline and somatic RNA interference (RNAi); DRH-1 interacts in vivo with RDE-4, a double-stranded RNA-binding protein required for the initiation phase of RNAi.
35F53G12.3F53G12.3n/achrI 141,205F53G12.3 encodes a large partial homolog of dual oxidase ('Ce-Duox2'), with an N-terminal peroxidase domain, two central calmodulin-binding EF hands, and a C-terminal superoxide-generating NADPH-oxidase domain; F53G12.3 may be required for dityrosine cross-linking of collagen, and thus for cuticular integrity; F53G12.3 may use cytosolic NADPH to generate reactive oxygen, which then may drive the peroxidase ectodomain to cross-link free tyrosine in collagen; F53G12.3 has no visible expression pattern detectable by antibodies, implying very low or rare expression.
36F41G4.7F41G4.7n/achrX 16,834,908
37C55A1.1C55A1.1n/achrV 15,622,421contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
38Y44E3A.4Y44E3A.4n/achrI 3,325,798contains similarity to Pfam domains PF07653 (Variant SH3 domain) (2), PF00018 (SH3 domain) (2)contains similarity to Interpro domains IPR000104 (Antifreeze protein, type I), IPR001452 (Src homology-3), IPR000108 (Neutrophil cytosol factor 2), IPR000694 (Proline-rich region), IPR011511 (Variant SH3), IPR003071 (Orphan nuclear receptor, HMR type)
39B0205.9B0205.9n/achrI 10,722,143contains similarity to Pfam domain PF04435 Domain of unknown function (DUF545) contains similarity to Interpro domain IPR006570 (SPK)
40T05E8.3T05E8.3n/achrI 5,475,882The T05E8.3 gene encodes a divergent DEAH helicase that is (apparently) unique to Caenorhabditis; it has no well-characterized orthologs in the complete Drosophila or S. cerevisiae genomes, and no obvious orthologs in the draft human genome sequence either.
41nsh-1F20H11.2n/achrIII 6,595,590C. elegans NSH-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00271 Helicase conserved C-terminal domain contains similarity to Interpro domains IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
42ZK945.4ZK945.4n/achrII 10,104,330contains similarity to Pfam domains PF00621 (RhoGEF domain) , PF00169 (PH domain) contains similarity to Interpro domains IPR000219 (Dbl homology (DH) domain), IPR001849 (Pleckstrin-like), IPR011993 (Pleckstrin homology-type), IPR015721 (Rho GTP exchange factor)
43str-190C18B10.7n/achrV 7,477,853C. elegans STR-190 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
44cyp-25A6K06B9.1n/achrIV 4,197,909C. elegans CYP-25A6 protein; contains similarity to Pfam domain PF00067 Cytochrome P450 contains similarity to Interpro domains IPR001128 (Cytochrome P450), IPR002401 (Cytochrome P450, E-class, group I), IPR000044 (Mycoplasma lipoprotein (MG045))
45col-164T21D9.1n/achrX 2,094,123C. elegans COL-164 protein; contains similarity to Pfam domains PF01484 (Nematode cuticle collagen N-terminal domain) , PF01391 (Collagen triple helix repeat (20 copies)) (3)contains similarity to Interpro domains IPR002486 (Nematode cuticle collagen, N-terminal), IPR008160 (Collagen triple helix repeat), IPR013286 (Annexin, type VII)
46F54F2.9F54F2.9n/achrIII 8,826,142contains similarity to Pfam domains PF00249 (Myb-like DNA-binding domain) , PF00226 (DnaJ domain) contains similarity to Interpro domains IPR015609 (Molecular chaperone, heat shock protein, Hsp40, DnaJ), IPR001005 (SANT, DNA-binding), IPR003095 (Heat shock protein DnaJ), IPR001623 (Heat shock protein DnaJ, N-terminal), IPR014778 (Myb, DNA-binding), IPR009057 (Homeodomain-like)
47coq-5ZK652.9n/achrIII 7,857,812coq-5 encodes a putative 2-hexaprenyl-6-methoxy-1,4-benzoquinone methyltransferase, homologous to COQ5 in S. cerevisiae and to a family of methyltransferases involved in ubiquinone, menaquinone, biotin and sterol biosynthesis and in phosphatidylethanolamine methylation; COQ-5 is required for ubiquinone (coenzyme Q9) biosynthesis and for normally short lifespan; coq-5 can transgenically rescue a coq-5 deletion in S. cerevisiae; coq-5(RNAi) animals have reduced levels of coenzyme Q9 and superoxide, and have abnormally long lifespans.
48F25H2.7F25H2.7n/achrI 10,559,067contains similarity to Pfam domain PF03314 Protein of unknown function, DUF273 contains similarity to Interpro domain IPR004988 (Protein of unknown function DUF273)
49srx-59T07H8.3n/achrV 6,972,490C. elegans SRX-59 protein; contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
50srab-7C36C5.11n/achrV 3,154,327C. elegans SRAB-7 protein ;