UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1W03F8.3W03F8.30chrIV 5,187,201contains similarity to Pfam domains PF00472 (Peptidyl-tRNA hydrolase domain) , PF03462 (PCRF domain) contains similarity to Interpro domains IPR005139 (PCRF), IPR000352 (Class I peptide chain release factor)
2sra-25T26E3.9n/achrI 12,687,150C. elegans SRA-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
3skr-9C52D10.7n/achrIV 17,163,837skr-9 encodes a homolog of Skp1 in S. cerevisiae, a component of the SCF (Skp1, Cullin, F-box) ubiquitin-ligase complex that regulates ubiquitin-mediated protein degradation; SKR-9 is required for posterior body morphogenesis, embryonic and larval development, and postembryonic cell proliferation.
4T08B2.4T08B2.4n/achrI 6,225,763
5Y55H10A.2Y55H10A.2n/achrIV 3,364,812contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
6R09F10.5R09F10.5n/achrX 8,307,016
7T19D2.3T19D2.3n/achrX 3,939,726
8hst-1F08B4.6n/achrIV 8,689,875C. elegans HST-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00685 Sulfotransferase domain contains similarity to Interpro domain IPR000863 (Sulphotransferase)
9T22F7.3T22F7.3n/achrIII 520,622contains similarity to Pfam domains PF01683 (EB module) , PF00014 (Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain) (5)contains similarity to Interpro domains IPR002223 (Proteinase inhibitor I2, Kunitz metazoa), IPR006150 (Cysteine-rich repeat), IPR006149 (Nematode-specific EB region)
10B0207.8B0207.8n/achrI 5,951,441
11C10A4.6C10A4.6n/achrX 7,391,386
12nlp-23T24D8.4n/achrX 2,342,692nlp-23 encodes three predicted neuropeptide-like proteins; in C. elegans, nlp-23 is part of the FRPamide neuropeptide family that also contains nlp-2 and nlp-22; nlp-23 is expressed in the tail and in dorsal and ventral hypodermis; as loss of nlp-23 activity via large-scale RNAi screens does not result in any obvious abnormalities, the precise role of the nlp-23-encoded peptides in development and/or behavior is not yet known.
13F31A9.2F31A9.2n/achrX 1,795,240
14T08A9.4T08A9.4n/achrX 7,313,654This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
15F21E9.2F21E9.2n/achrX 1,329,400
16T11F1.6T11F1.6n/achrII 2,945,352contains similarity to Pfam domain PF01030 Receptor L domain contains similarity to Interpro domain IPR000494 (EGF receptor, L domain)
17H03E18.2H03E18.2n/achrX 8,514,766
18C50E3.12C50E3.12n/achrV 7,621,252contains similarity to Homo sapiens retinitis pigmentosa 1-like 1; ENSEMBL:ENSP00000371923
19C33H5.8C33H5.8n/achrIV 7,778,475contains similarity to Pfam domain PF00515 Tetratricopeptide repeat contains similarity to Interpro domains IPR011990 (Tetratricopeptide-like helical), IPR001440 (Tetratricopeptide TPR-1), IPR013026 (Tetratricopeptide region)
20fbxa-104T06E6.13n/achrV 15,422,084C. elegans FBXA-104 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
21W02D7.6W02D7.6n/achrV 8,300,526contains similarity to Pfam domain PF00096 Zinc finger, C2H2 type contains similarity to Interpro domains IPR015880 (Zinc finger, C2H2-like), IPR007087 (Zinc finger, C2H2-type)
22C02F5.3C02F5.3n/achrIII 8,246,494contains similarity to Pfam domains PF01926 (GTPase of unknown function) , PF02824 (TGS domain) contains similarity to Interpro domains IPR005225 (Small GTP-binding protein), IPR002917 (GTP-binding protein, HSR1-related), IPR006073 (GTP1/OBG), IPR004095 (TGS), IPR006074 (GTP1/OBG, conserved site)
23F02H6.4F02H6.4n/achrIV 14,217,678contains similarity to Saccharomyces cerevisiae GTPase, required for general translation initiation by promoting Met-tRNAiMet binding to ribosomes and ribosomal subunit joining; homolog of bacterial IF2; SGD:YAL035W
24F54C1.1F54C1.1n/achrI 5,011,081contains similarity to Pfam domains PF04101 (Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain) , PF00201 (UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase) contains similarity to Interpro domains IPR002213 (UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase), IPR007235 (Glycosyl transferase, family 28, C-terminal)
25D1046.3D1046.3n/achrIV 8,931,564contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier)
26F39H2.3F39H2.3n/achrI 8,665,598contains similarity to Pfam domains PF08669 (Glycine cleavage T-protein C-terminal barrel domain) , PF01571 (Aminomethyltransferase folate-binding domain) contains similarity to Interpro domains IPR006222 (Glycine cleavage T-protein, N-terminal), IPR013977 (Glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel)
27ZC317.1ZC317.1n/achrV 5,472,445contains similarity to Pfam domains PF00270 (DEAD/DEAH box helicase) , PF00271 (Helicase conserved C-terminal domain) contains similarity to Interpro domains IPR011545 (DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal), IPR000629 (RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site), IPR014021 (Helicase, superfamily 1 and 2, ATP-binding), IPR014001 (DEAD-like helicase, N-terminal), IPR001650 (DNA/RNA helicase, C-terminal)
28W05H7.2W05H7.2n/achrX 1,435,503
29F55C12.6F55C12.6n/achrII 5,875,271contains similarity to Pfam domain PF06852 Protein of unknown function (DUF1248) contains similarity to Interpro domain IPR009658 (Protein of unknown function DUF1248)
30F40E3.6F40E3.6n/achrI 2,651,225
31srh-201R03H4.9n/achrV 9,013,008C. elegans SRH-201 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
32W06D11.3W06D11.3n/achrX 12,299,278contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Involved in maintaining genome stability. Homologous to E. coli RecQ and human BLM and WRN proteins that are defective in the cancer-prone disorder Bloom's syndrome and the premature aging disorder Werner's syndrome, respectively; SGD:YMR190C
33C29F9.2C29F9.2n/achrIII 131,349contains similarity to Homo sapiens Isoform 3 of MAP7 domain-containing protein 1; ENSEMBL:ENSP00000362241
34T08D2.2T08D2.2n/achrX 167,955contains similarity to Pfam domains PF00953 (Glycosyl transferase family 4) , PF00646 (F-box domain) contains similarity to Interpro domain IPR000715 (Glycosyl transferase, family 4)
35rpb-6C06A1.5n/achrII 10,579,552C. elegans RPB-6 protein; contains similarity to Pfam domain PF01192 RNA polymerase Rpb6 contains similarity to Interpro domains IPR006110 (RNA polymerase Rpb6), IPR002048 (Calcium-binding EF-hand), IPR006111 (DNA-directed RNA polymerase, 14 to 18 kDa subunit), IPR012293 (RNA polymerase subunit, RPB6/omega)
36F31D5.1F31D5.1n/achrII 4,220,835contains similarity to Pfam domain PF05978 Eukaryotic protein of unknown function (DUF895) contains similarity to Interpro domains IPR010291 (Protein of unknown function DUF895, eukaryotic), IPR003976 (Potassium channel, two pore-domain, TREK), IPR016196 (MFS general substrate transporter)
37F49C12.3F49C12.3n/achrIV 9,301,257contains similarity to Pfam domain PF03407 Protein of unknown function (DUF271) contains similarity to Interpro domain IPR005069 (Protein of unknown function DUF271)
38F33H12.1F33H12.1n/achrII 2,601,167contains similarity to Pfam domain PF00533 BRCA1 C Terminus (BRCT) domain contains similarity to Interpro domain IPR001357 (BRCT)
39Y54E5B.2Y54E5B.2n/achrI 14,817,953contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
40F29C12.6F29C12.6n/achrII 13,129,953contains similarity to Helicobacter pylori Cytotoxicity associated immunodominant antigen (120 kDa protein)s(CAG pathogenicity island protein 26).; SW:CAGA_HELPY
41srh-270F37B4.5n/achrV 2,860,866C. elegans SRH-270 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
42srh-159F40D4.3n/achrV 17,182,953C. elegans SRH-159 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
43srj-8T28A11.9n/achrV 3,248,476C. elegans SRJ-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
44Y116A8C.8Y116A8C.8n/achrIV 16,932,518contains similarity to Interpro domain IPR001283 (Allergen V5/Tpx-1 related)
45srh-8K09D9.8n/achrV 4,006,527C. elegans SRH-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR005394 (P2Y12 purinoceptor)
46fbxa-120C33E10.2n/achrX 17,303,205This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
47R144.5R144.5n/achrIII 5,000,320contains similarity to Homo sapiens Isoform 1 of Smith-Magenis syndrome chromosomal region candidate gene 8 protein; ENSEMBL:ENSP00000379048
48JC8.5JC8.5n/achrIV 13,245,638contains similarity to Pfam domain PF04442 Cytochrome c oxidase assembly protein  CtaG / Cox11 contains similarity to Interpro domain IPR007533 (Cytochrome c oxidase assembly protein CtaG/Cox11)
49srh-215T20B3.3n/achrV 16,831,260C. elegans SRH-215 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR001356 (Homeobox)
50hlh-19F57C12.3n/achrX 556,516C. elegans HLH-19 protein; contains similarity to Pfam domain PF00010 Helix-loop-helix DNA-binding domain contains similarity to Interpro domains IPR001092 (Basic helix-loop-helix dimerisation region bHLH), IPR011598 (Helix-loop-helix DNA-binding)