UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1W02D9.7W02D9.75e-52chrI 12,559,462contains similarity to Vibrio vulnificus Septum formation inhibitor-activating ATPase.; TR:Q8DFS3
2sra-25T26E3.9n/achrI 12,687,150C. elegans SRA-25 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR003945 (NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5), IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra)
3Y62H9A.6Y62H9A.6n/achrX 11,883,508contains similarity to Brucella melitensis Hypothetical cytosolic protein BMEI0237.; TR:Q8YJ49
4cpg-2B0280.5n/achrIII 7,102,966cpg-2 encodes a protein with six chitin-binding peritrophin-A domains and three mucin-like regions; CPG-2 is individually dispensable for normal embryonic development; however, CPG-2 and CPG-1 are jointly required for osmotic integrity of early embryos, error-free chromosomal segregation during meiosis, polar body extrusion, association of the sperm pronucleus/centrosome complex (SPCC) with the early embryonic cortex, localization of PAR-2 in early embryos, posterior localization of P granules or PIE-1, and pseudocleavage; CPG-2, like CPG-1, is covalently linked to chondroitin, which itself is required for vulval morphogenesis, polar-body extrusion, and separation of the eggshell from the embryonic plasma membrane; cpg-2 mRNA, like that of cpg-1, is expressed specifically in the adult hermaphrodite germ line and is bound by GLD-1; CPG-2 has 34 potential chondroitin attachment sites, four of them verified by mass spectrometry, and transgenic CPG-2 synthesized in mammalian cells carries chondroitin sulfate chains; CPG-2's multiple peritrophin-A domains may enable mechanical cross-linking of chitin.
5dod-23F49E12.2n/achrII 8,398,700C. elegans DOD-23 protein ;
6F57C2.4F57C2.4n/achrII 14,525,575contains similarity to Homo sapiens Crumbs protein homolog 1 precursor; ENSEMBL:ENSP00000256772
7T27A10.6T27A10.6n/achrX 3,592,684contains similarity to Interpro domain IPR006150 (Cysteine-rich repeat)
8F22B3.4F22B3.4n/achrIV 11,411,714F22B3.4 encodes a putative glucosamine-fructose 6-phosphate aminotransferase, paralogous to F07A11.2, thought to catalyse the first step of the hexosamine pathway to UDP-N-acetylglucosamine or UDP-N-acetylgalactosamine; F22B3.4 transcripts are enriched during oogenesis; F22B3.4(RNAi) animals have an osmotically-sensitive embryonic lethal phenotype, presumably because of defects in chitin and eggshell synthesis.
9gln-5F26D10.10n/achrIV 17,272,909C. elegans GLN-5 protein; contains similarity to Pfam domains PF03951 (Glutamine synthetase, beta-Grasp domain) , PF00120 (Glutamine synthetase, catalytic domain) contains similarity to Interpro domains IPR008147 (Glutamine synthetase, beta-Grasp), IPR014746 (Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic region), IPR008146 (Glutamine synthetase, catalytic region)
10tbh-1H13N06.6n/achrX 15,501,790tbh-1 encodes a putative dopamine beta-hydroxylate orthologous to human DBH (OMIM:609312, mutated in dopamine beta-hydroxylase deficiency).
11mei-2F57B10.12n/achrI 6,565,308mei-2 encodes a novel protein that contains a region similar to the p80-targeting subunit of katanin that is required for embryonic viability, alignment of chromosomes at the metaphase plate, and establishment of the oocyte meiotic spindle together with MEI-1; can interact with MEI-1 in HeLa cells and this complex can function to disassemble microtubules, expressed in the germ line, throughout the cytoplasm of most mature oocytes within the proximal gonad, and localization is mutually dependent upon MEI-1
12W05F2.3W05F2.3n/achrI 3,368,102
13cpg-3R06C7.4n/achrI 7,245,503cgp-3 encodes a putatively secreted protein with an N-terminal low-complexity domain containing 15 potential chondroitin attachment sites, and a C-terminal EGF-like region; cpg-3 mRNA is enriched in oogenesis, but CPG-3 has no obvious function in mass RNAi assays.
14C14B1.2C14B1.2n/achrIII 3,702,706contains similarity to Bacillus anthracis Hypothetical protein.; TR:Q81T15
15B0513.4B0513.4n/achrIV 13,880,800contains similarity to Ixodes scapularis Putative secreted protein.; TR:Q8MVF5
16C37C3.9C37C3.9n/achrV 7,853,081contains similarity to Pfam domain PF00651 BTB/POZ domain contains similarity to Interpro domains IPR000210 (BTB/POZ-like), IPR011333 (BTB/POZ fold), IPR013069 (BTB/POZ)
17T05F1.2T05F1.2n/achrI 9,623,710T05F1.2 encodes a novel protein; in situ hybridization studies indicate that T05F1.2 mRNA is expressed in the medial germline.
18fbxa-215Y45F10C.3n/achrIV 13,666,087This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins; this gene's encoded protein also contains an FTH/DUF38 motif, which may also mediate protein-protein interaction.
19K04C1.5K04C1.5n/achrX 14,248,813contains similarity to Pfam domain PF00069 Protein kinase domain contains similarity to Interpro domains IPR002290 (Serine/threonine protein kinase), IPR011009 (Protein kinase-like), IPR008271 (Serine/threonine protein kinase, active site), IPR000719 (Protein kinase, core), IPR017442 (Serine/threonine protein kinase-related)
20K07A1.13K07A1.13n/achrI 9,584,354contains similarity to White spot syndrome virus Wsv319.; TR:Q8VAS3
21puf-5F54C9.8n/achrII 8,576,562C. elegans PUF-5 protein; contains similarity to Pfam domain PF00806 Pumilio-family RNA binding repeat contains similarity to Interpro domains IPR011989 (Armadillo-like helical), IPR001313 (Pumilio RNA-binding region), IPR016024 (Armadillo-type fold)
22F20H11.5F20H11.5n/achrIII 6,588,571F20H11.5 encodes a putative secreted D-aspartate oxidase (DASPO), paralogous to C47A10.5 and F18E3.7; recombinant F20H11.5 protein is insoluble when expressed in E. coli, and thus has not yet been tested in vitro for activity; F20H11.5 is expressed in a head mesodermal cell, hypodermis, other head cells, and vulva.
23W02D9.5W02D9.5n/achrI 12,561,291contains similarity to Pfam domain PF00635 MSP (Major sperm protein) domain contains similarity to Interpro domains IPR008962 (PapD-like), IPR000535 (Major sperm protein)
24H02I12.1H02I12.1n/achrIV 11,375,266H02I12.1 encodes a large (1319-residue) protein with 12 chitin-binding peritrophin-A domains; H02I12.1(RNAi) animals have an osmotically-sensitive embryonic lethal phenotype, perhaps because of defects in chitin and eggshell synthesis; like CEJ-1 and CPG-2, H02I12.1 may participate in eggshell synthesis and early embryonic development; H02I12.1's multiple peritrophin-A domains might enable mechanical cross-linking of chitin.
25F07C4.6F07C4.6n/achrV 7,627,266contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
26gln-6C28D4.3n/achrIV 9,740,184C. elegans GLN-6 protein; contains similarity to Pfam domains PF03951 (Glutamine synthetase, beta-Grasp domain) , PF00120 (Glutamine synthetase, catalytic domain) contains similarity to Interpro domains IPR008147 (Glutamine synthetase, beta-Grasp), IPR014746 (Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic region), IPR008146 (Glutamine synthetase, catalytic region)
27F17E9.4F17E9.4n/achrIV 8,348,753
28D1054.11D1054.11n/achrV 10,794,334contains similarity to Interpro domain IPR000104 (Antifreeze protein, type I)
29nos-2ZK1127.1n/achrII 7,066,218nos-2 encodes one of three genes in C. elegans that contains a putative zinc-binding domain similar to the one found in Drosophila nanos; nos-2 affects incorporation of primordial germ cells into the somatic gonad, is required redundantly with nos-1 to prevent primordial germ cells from dividing in starved animals and to maintain germ cell viability during larval development in hermaphrodites and in males, and also functions together with nos-1 and nos-3 in the hermaphrodite switch from spermatogenesis to oogenesis; nos-2 is expressed in the primordial germ cells around the time of gastrulation from a maternal RNA associated with P granules, and it is expressed coordinately with nos-1in a dynamic fashion until the embryonic 200-cell stage.
30str-182C12D8.12n/achrV 10,232,595C. elegans STR-182 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
31C17E4.3C17E4.3n/achrI 9,417,878contains similarity to Pfam domain PF00097 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011016 (Zinc finger, variant RING-type)
32Y75B12B.1Y75B12B.1n/achrV 15,185,232Y75B12B.1 encodes a probable transposase, with many C. elegans paralogs and distant similarity to rotifer and insect transposases; Y75B12B.1 has no known function in mass RNAi assays; Y75B12B.1 mRNA is stabilized by bound GLD-1.
33T01H3.4T01H3.4n/achrII 7,881,603T01H3.4 encodes an unfamiliar protein; T01H3.4 and T01H3.5 share an operon divergently transcribed from another operon containing vha-4.
34W02D9.6W02D9.6n/achrI 12,560,492contains similarity to Homo sapiens similar to KIAA1107 protein; ENSEMBL:ENSP00000176186
35F17C11.4F17C11.4n/achrV 10,952,702contains similarity to Mus musculus Desmoglein 2 precursor.; SW:DSG2_MOUSE
36T01C3.3T01C3.3n/achrV 14,992,169contains similarity to Interpro domains IPR001841 (Zinc finger, RING-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type)
37mex-6AH6.5n/achrII 9,525,192mex-6 encodes a CCCH zinc-finger protein highly similar to MEX-5 that functions with MEX-5 to affect embryonic viability, establish soma germline asymmetry in embryos and establish PIE-1, MEX-1, and POS-1 asymmetry in embryos, and also affects formation of intestinal cells; MEX-6 and MEX-5 may act downstream of the PAR proteins.
38F57F4.2F57F4.2n/achrV 6,388,125contains similarity to Felis silvestris catus RPGR (Fragment).; TR:Q56PC0
39clec-97ZK39.6n/achrI 11,153,502C. elegans CLEC-97 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
40ttr-2K03H1.4n/achrIII 9,928,259K03H1.4 encodes a protein containing a predicted signal sequence followed by a transthyretin-like domain; the product of K03H1.4 belongs to a family of apparently nematode-specific proteins whose function is not yet known.
41vha-18F52E1.10n/achrV 8,412,615vha-18 encodes an an ortholog of subunit H of the cytoplasmic (V1) domain of vacuolar proton-translocating ATPase (V-ATPase); VHA-18 and VHA-15 are co-orthologs; VHA-18 is a predicted cytosolic stator (stalk) component.
42H06A10.1H06A10.1n/achrX 13,508,747contains similarity to Interpro domain IPR006609 (Region of unknown function DM13, Skeletor)
43nlp-26Y43F8C.2n/achrV 19,613,981nlp-26 encodes a predicted neuropeptide not found in multigene families within C. elegans and is not clearly related to other well-characterized neuropeptides.
44C49F5.7C49F5.7n/achrX 11,995,234contains similarity to Homo sapiens Similar to PDZ domain proteins; ENSEMBL:ENSP00000298474
45C35B1.4C35B1.4n/achrIV 4,079,997
46C16C8.4C16C8.4n/achrII 3,443,969contains similarity to Pfam domain PF00240 Ubiquitin family contains similarity to Interpro domain IPR000626 (Ubiquitin)
47C03D6.6C03D6.6n/achrI 9,657,459contains similarity to Saccharomyces cerevisiae Involved in cell cycle control and ion homeostasis; SGD:YKR072C
48C53B7.2C53B7.2n/achrX 6,846,844C53B7.2 encodes a putative secreted TIL-domain protease inhibitor paralogous to SWM-1, ISL-1, and the products of 11 other C. elegans genes; C53B7.2 and its relatives are collectively similar to other TIL-domain protease inhibitors from nematodes, insects, and vertebrates; C53B7.2 has no obvious function in mass RNAi assays.
49C17G1.2C17G1.2n/achrX 9,922,096contains similarity to Plasmodium falciparum Hypothetical protein.; TR:Q8IJE7
50Y62H9A.4Y62H9A.4n/achrX 11,880,601contains similarity to Branchiostoma floridae Homeobox protein DLL homolog.; SW:HMDL_BRAFL