UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description                                       
1W01D2.5W01D2.50chrII 14,813,623contains similarity to Interpro domain IPR005178 (Protein of unknown function DUF300)
2R05D11.7R05D11.7n/achrI 8,601,675contains similarity to Pfam domain PF08648 Protein of unknown function (DUF1777) contains similarity to Interpro domain IPR013957 (Protein of unknown function DUF1777)
3C27F2.7C27F2.7n/achrIII 4,982,522This gene encodes a protein containing an F-box, a motif predicted to mediate protein-protein interactions either with homologs of yeast Skp-1p or with other proteins.
4F19D8.2F19D8.2n/achrX 13,835,397contains similarity to Homo sapiens Splice isoform 1 of Q9UMN6 Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia protein 4; ENSEMBL:ENSP00000222270
5R151.8R151.8n/achrIII 7,228,224contains similarity to Interpro domains IPR001005 (SANT, DNA-binding), IPR009057 (Homeodomain-like)
6T23B12.1T23B12.1n/achrV 8,469,517contains similarity to Pfam domain PF00628 PHD-finger contains similarity to Interpro domains IPR001965 (Zinc finger, PHD-type), IPR013083 (Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type), IPR011011 (Zinc finger, FYVE/PHD-type)
7C24D10.6C24D10.6n/achrIV 5,159,856contains similarity to Homo sapiens Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1; ENSEMBL:ENSP00000361923
8cpf-1F28C6.3n/achrII 8,601,385C. elegans CPF-1 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR001632 (G-protein, beta subunit), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
9B0511.2B0511.2n/achrI 10,651,985contains similarity to Interpro domain IPR015804 (Cysteinyl-tRNA synthetase, class Ia, C-terminal)
10tag-313Y66H1A.3n/achrIV 444,376C. elegans TAG-313 protein ; contains similarity to Bos taurus 39S ribosomal protein L55, mitochondrial precursor (L55mt) (MRP-L55).; SW:P0C2B8
11F45F2.5F45F2.5n/achrV 8,531,457contains similarity to Pfam domain PF03189 Protein of unknown function, DUF270 contains similarity to Interpro domain IPR004878 (Protein of unknown function DUF270)
12F52C12.1F52C12.1n/achrIV 1,961,538contains similarity to Pfam domain PF06087 Tyrosyl-DNA phosphodiesterase contains similarity to Interpro domains IPR001736 (Phospholipase D/Transphosphatidylase), IPR010347 (Tyrosyl-DNA phosphodiesterase)
13F28D1.1F28D1.1n/achrIV 12,373,435contains similarity to Pfam domains PF08149 (BING4CT (NUC141) domain) , PF00400 (WD domain, G-beta repeat) contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR012952 (BING4, C-terminal), IPR001680 (WD40 repeat), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
14F09F7.3F09F7.3n/achrIII 5,560,978contains similarity to Pfam domains PF04566 (RNA polymerase Rpb2, domain 4) , PF04561 (RNA polymerase Rpb2, domain 2) , PF04567 (RNA polymerase Rpb2, domain 5) , PF04565 (RNA polymerase Rpb2, domain 3) , PF00562 (RNA polymerase Rpb2, domain 6) , PF04560 (RNA polymerase Rpb2, domain 7) , PF04563 (RNA polymerase beta subunit) contains similarity to Interpro domains IPR007120 (DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6), IPR007641 (RNA polymerase Rpb2, domain 7), IPR007644 (RNA polymerase, beta subunit, protrusion), IPR015712 (DNA-directed RNA polymerase, subunit 2), IPR007645 (RNA polymerase Rpb2, domain 3), IPR007642 (RNA polymerase Rpb2, domain 2), IPR014724 (RNA polymerase Rpb2, OB-fold), IPR007646 (RNA polymerase Rpb2, domain 4), IPR007647 (RNA polymerase Rpb2, domain 5), IPR007121 (RNA polymerase, beta subunit, conserved site)
15prp-17F49D11.1n/achrI 10,938,676C. elegans PRP-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF00400 WD domain, G-beta repeat contains similarity to Interpro domains IPR011046 (WD40 repeat-like), IPR001680 (WD40 repeat), IPR011042 (Six-bladed beta-propeller, TolB-like), IPR015943 (WD40/YVTN repeat-like)
16set-25Y43F4B.3n/achrIII 13,288,364set-25 encodes a putative histone H3 lysine-9 methyltransferase, with a C-terminal SET domain but no obvious non-nematode orthologs; SET-25 is required both for normal axonal guidance during development, and for a normally low somatic mutation rate; set-25(RNAi) animals have defective DD/VD motoneuron commissures, and also display an elevated somatic mutation rate, but are otherwise normal.
17K11H12.1K11H12.1n/achrIV 652,824contains similarity to Pfam domain PF01722 BolA-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002634 (BolA-like protein)
18F02C12.3F02C12.3n/achrX 13,397,291
19sri-63F39E9.3n/achrII 3,288,198C. elegans SRI-63 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domains IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1), IPR003544 (Cytochrome c-type biogenesis protein CcmB)
20C01F6.9C01F6.9n/achrIV 9,095,971The C01F6.9 gene resides in an operon that also contains the genes icl-1 and lpl-1.
21F44F4.9F44F4.9n/achrII 10,915,378contains similarity to Toxoplasma gondii Membrane skeletal protein IMC1.; TR:Q962H9
22hum-1F29D10.4n/achrI 8,848,443hum-1 encodes a class I unconventional myosin heavy chain that, within this class, is most closely related to the amoeboid myosin I subclass; loss of hum-1 activity via RNAi results in a low frequency of aldicarb resistance, suggesting that hum-1 may play a role in regulating synapse structure and/or function; when expressed in the DA cholinergic motor neurons, a HUM-1 reporter fusion protein localizes solely to punctate structures.
23srh-17C47E8.2n/achrV 14,662,094C. elegans SRH-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
24spr-5Y40B1B.6n/achrI 13,443,987spr-5 encodes the C. elegans ortholog of the human histone demethylase LSD1 (lysine-specific demethylase 1) that functions to mediate chromatin remodeling and transcriptional regulation; loss of spr-5 activity can suppress the egg-laying defective (Egl) phenotype of mutations in sel-12/presenilin and derepresses expression of hop-1, which encodes the second C. elegans presenilin, by 20- to 30-fold; in binding assays and yeast two-hybrid experiments, SPR-5 interacts with SPR-1, the C. elegans ortholog of CoREST.
25F13H6.5F13H6.5n/achrV 6,373,505contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
26C26B2.7C26B2.7n/achrIV 8,016,527
27C34B7.2C34B7.2n/achrI 8,339,396contains similarity to Pfam domain PF02383 SacI homology domain contains similarity to Interpro domain IPR002013 (Synaptojanin, N-terminal)
28F56G4.6F56G4.6n/achrI 11,369,184contains similarity to Interpro domain IPR001623 (Heat shock protein DnaJ, N-terminal)
29srsx-19T22G5.4n/achrV 13,888,537C. elegans SRSX-19 protein; contains similarity to Interpro domains IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
30lips-3F10F2.3n/achrIII 4,617,677C. elegans LIPS-3 protein; contains similarity to Pfam domain PF01674 Lipase (class 2) contains similarity to Interpro domain IPR002918 (Lipase, class 2)
31K03B8.4K03B8.4n/achrV 11,394,932contains similarity to Homo sapiens Isoform 2 of SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 3; ENSEMBL:ENSP00000349254
32his-31F17E9.12n/achrIV 8,333,809his-31 encodes an H4 histone; his-31 is contained within the histone gene cluster HIS5.
33lgc-17T01H10.6n/achrX 12,123,239C. elegans LGC-17 protein; contains similarity to Pfam domain PF02931 Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain contains similarity to Interpro domains IPR006201 (Neurotransmitter-gated ion-channel), IPR006202 (Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding)
34T07F12.1T07F12.1n/achrX 4,895,096T07F12.1 encodes a member of the histidine phosphatase superfamily orthologous to Bombyx mori ecdysteroid phosphate phosphatase (EPP), human STS1 (OMIM:609201) and human UBASH3A (OMIM:605736); in cell culture, recombinant T07F12.1 is a cytosolic enzyme with steroid phosphatase activity on ecdysone 22-phosphate (E22P), 3-epiecdysone 22-phosphate, 3-epiecdysone 2-phosphate substrates, and prednisolone 21-phosphate substrates, with E22P being preferred; T07F12.1 has no activity against 3-epiecdysone 3(alpha)-phosphate or 1-dehydrotestosterone sodium sulphate; unlike its Bombyx or mammalian orthologs, T07F12.1 lacks non-catalytic SH3 and UBA domains; T07F12.1 is paralogous to C. elegans C52E4.7, F09C12.8, F53B6.7, and F55A11.11.
35wrm-1B0336.1n/achrIII 5,724,932wrm-1 encodes, along with bar-1 and hmp-2, one of three C. elegans beta-catenin-like proteins; during development, wrm-1 functions in noncanonical Wnt signaling pathways that specify cell fates in the early embryo, the somatic gonad, and postembryonic hypodermal lineages.
36dnj-17T03F6.2n/achrIII 13,392,282This gene encodes a protein containing a DnaJ ('J') domain.
37srh-239T26H5.3n/achrV 15,446,542C. elegans SRH-239 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
38C15C7.1C15C7.1n/achrX 3,165,079contains similarity to Pfam domain PF05739 SNARE domain contains similarity to Interpro domains IPR000727 (Target SNARE coiled-coil region), IPR001388 (Synaptobrevin), IPR006012 (Syntaxin/epimorphin, conserved site)
39nhr-177F16B4.1n/achrV 1,611,519C. elegans NHR-177 protein; contains similarity to Pfam domain PF00105 Zinc finger, C4 type (two domains) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
40glb-18F52A8.4n/achrI 7,344,423glb-18 encodes a globin; glb-18 is expressed in larval and adult neurons and excretory gland cells, and in adult spermetheca and vulva; glb-18 transcription is higher in L3 and dauers than in young adults; glb-18 has no obvious function in mass RNAi assays.
41C32E8.5C32E8.5n/achrI 3,782,660contains similarity to Pfam domain PF00498 FHA domain contains similarity to Interpro domains IPR008984 (SMAD/FHA domain), IPR000253 (Forkhead-associated)
42K08F4.1K08F4.1n/achrIV 10,124,631contains similarity to Pfam domain PF00004 ATPase family associated with various cellular activities (AAA) contains similarity to Interpro domains IPR003959 (AAA ATPase, core), IPR001199 (Cytochrome b5), IPR003593 (AAA+ ATPase, core)
43C27B7.2C27B7.2n/achrIV 8,893,280contains similarity to Arabidopsis thaliana F3O9.12 protein (At1g16320/F3O9_12).; TR:Q9SA31
44tag-50M176.1n/achrII 9,413,277tag-50 encodes a predicted member of the arrestin family.
45C06A5.1C06A5.1n/achrI 6,017,022contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG3173-PA;; FLYBASE:CG3173
46C50F4.12C50F4.12n/achrV 9,538,883contains similarity to Interpro domain IPR003690 (Mitochodrial transcription termination factor-related)
47C05E7.4C05E7.4n/achrX 12,966,891contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
48F53F4.3F53F4.3n/achrV 13,592,537F53F4.3 encodes a putative alpha-tubulin folding cofactor B, orthologous to human CKAP1 (OMIM:601303); F53F4.3 is dispensable in early embryos for microtubule nucleation or elongation, and has no obvious function in mass RNAi assays.
49C35D10.1C35D10.1n/achrIII 4,880,584contains similarity to Interpro domain IPR013784 (Carbohydrate-binding-like fold)
50nhr-256ZK697.2n/achrV 1,745,848C. elegans NHR-256 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)