UCSC C. elegans Gene Sorter
 
genome assembly search
sort by display output 
#
Name
WormBase
BLASTP
E-Value
Genome Position
Description
1mys-1VC5.40chrV 7,083,085mys-1 encodes a MYST family histone acetyltransferase orthologous to Drosophila EG0007.7, human TIP60, and S. cerevisiae Esa1p; during vulval development, mys-1 acts as Class C synMuv gene: mys-1 mutations enhance mutations in components of the C. elegans NuRD and Rb repressor complexes that negatively regulate expression of genes required for vulval induction; in addition, mys-1(RNAi) enhances mutations in pha-4, which encodes a FoxA transcription factor required for pharyngeal organogenesis; mys-1 mutations also cause a synthetic slow growth phenotype in combination with mutations in the MCD-1 zinc-finger protein; thus, mys-1 activity is essential for proper cell fate specification of different cell types at different times during C. elegans development.
2T26E4.5T26E4.5n/achrV 15,787,827contains similarity to Interpro domain IPR008996 ()
3mut-7ZK1098.8n/achrIII 9,540,593mut-7 encodes a homolog of RnaseD that represses transposition of Tc1, Tc3, Tc4, and Tc5, perhaps by degrading transposon-specific messages; also affects sperm development, sensitivity to RNAi of mainly germline expressed genes, silencing of some germline transgenes, X chromosome loss, and is required for cosuppression (functional silencing of chromosomal loci induced by transgenes) and for silencing induced by antisense RNA oligomers; cellular fractionation experiments indicate that MUT-7 is expressed in adult worms, and resides in a complex in both the cytosol and nucleus; in the cytosolic complex, MUT-7 interacts with RDE-2, a novel protein also required for RNA interference.
4srg-8T12A2.9n/achrIII 6,254,139C. elegans SRG-8 protein; contains similarity to Pfam domain PF02118 C.elegans Srg family integral membrane protein contains similarity to Interpro domain IPR000609 (Serpentine gamma receptor, Caenorhabditis species)
5clec-190M199.4n/achrIV 15,125,488C. elegans CLEC-190 protein; contains similarity to Interpro domains IPR016187 (C-type lectin fold), IPR001304 (C-type lectin)
6nhr-51K06B4.1n/achrV 15,677,024C. elegans NHR-51 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR000324 (Vitamin D receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
7srt-7C50H11.4n/achrV 3,082,398C. elegans SRT-7 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domains IPR002651 (Protein of unknown function DUF32), IPR000408 (Regulator of chromosome condensation, RCC1)
8nud-2R11A5.2n/achrI 7,858,613nud-2 encodes an ortholog of human NDE1 (OMIM:609449) and NDEL1 (OMIM:607538), effectors of LIS1 (OMIM:601545); NUD-2, along with other orthologs of LIS1-associated proteins (NUD-1, DHC-1, CDK-5, and CDKA-1), is required to prevent convulsions induced by exposure to the GABA antagonist pentylenetetrazole (PTZ); nud-2(RNAi), like RNAi of nud-1 et al., not only induces PTZ susceptibility but also causes GABA-containing synaptic vesicles in the ventral nerve cord to be distributed raggedly, and nud-2(RNAi) animals are abnormally susceptible to paralysis by the GABA agonist muscimol; nud-2(RNAi) phenotypes are dominantly enhanced by a heterozygous lis-1 allele, and nud-2(RNAi) delays the recovery from PTZ-induced paralysis of lis-1 heterozygotes.
9Y54E2A.4Y54E2A.4n/achrII 14,754,890contains similarity to Archaeoglobus fulgidus NADH oxidase (NOXA-3).; TR:O29847
10his-32F17E9.10n/achrIV 8,334,513his-32 encodes an H3 histone; by homology, HIS-32 is predicted to function as a nucleosome component required for packaging of DNA into chromatin; his-32 is a replication-dependent histone locus that resides in the HIS5 cluster on chromosome IV.
11F09G2.2F09G2.2n/achrV 7,197,657contains similarity to Interpro domain IPR011028 (Cyclin-like)
12C32B5.6C32B5.6n/achrII 969,468
13clec-102F33E2.3n/achrI 12,579,521C. elegans CLEC-102 protein; contains similarity to Pfam domain PF08277 PAN-like domain contains similarity to Interpro domains IPR006583 (CW), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
14srt-63T28A11.15n/achrV 3,255,375C. elegans SRT-63 protein; contains similarity to Pfam domain PF01748 Caenorhabditis serpentine receptor-like protein contains similarity to Interpro domain IPR002651 (Protein of unknown function DUF32)
15W03C9.5W03C9.5n/achrII 11,967,205contains similarity to Arabidopsis thaliana F25C20.11 protein.; TR:Q9SAA3
16srz-90C18D4.9n/achrV 17,528,936C. elegans SRZ-90 protein
17srh-184D1054.12n/achrV 10,797,485C. elegans SRH-184 protein; contains similarity to Pfam domain PF01461 7TM chemoreceptor contains similarity to Interpro domain IPR003002 (7TM chemoreceptor, subfamily 1)
18ser-3K02F2.6n/achrI 6,821,820ser-3 encodes a putative homolog of mammalian 5-HT4 metabotropic serotonin receptors; SER-3 is required for normal inhibition of movement by 5-HT, with ser-3 mutants being hyperactive and excessively curling their male tails (but this phenotype is reversed by exogenous 5-HT, with ser-3 mutants then becoming sluggish); SER-3 activity is required for normally high brood sizes and for embryonic development, and weakly required for pharyngeal pumping; SER-3 is expressed in pharynx, head and tail neurons, nerve ring, and intestine.
19F25B4.7F25B4.7n/achrV 5,686,614contains similarity to Pfam domain PF00153 Mitochondrial carrier protein contains similarity to Interpro domains IPR002067 (Mitochondrial carrier protein), IPR002030 (Mitochondrial brown fat uncoupling protein), IPR001993 (Mitochondrial substrate carrier), IPR002113 (Adenine nucleotide translocator 1)
20K10D11.2K10D11.2n/achrIV 12,980,447contains similarity to Pfam domain PF02408 CUB-like domain contains similarity to Interpro domain IPR003366 (CUB-like region)
21T16H12.2T16H12.2n/achrIII 10,086,574contains similarity to Mus musculus 2310010I16Rik protein.; TR:Q9CWH8
22F28C10.1F28C10.1n/achrX 543,683
23F31D5.4F31D5.4n/achrII 4,179,466contains similarity to Pfam domain PF01825 Latrophilin/CL-1-like GPS domain contains similarity to Interpro domain IPR000203 (GPS)
24M151.2M151.2n/achrII 3,632,782contains similarity to Interpro domain IPR000533 (Tropomyosin)
25C40H5.2C40H5.2n/achrX 11,754,976contains similarity to Bifidobacterium longum Possible magnesium and cobalt transport protein.; TR:Q8G4E0
26ZC196.4ZC196.4n/achrV 8,734,518contains similarity to Pfam domain PF05218 Protein of unknown function (DUF713) contains similarity to Interpro domains IPR007883 (Protein of unknown function DUF713), IPR000565 (DNA topoisomerase, type IIA, subunit B)
27ZK1098.1ZK1098.1n/achrIII 9,523,635ZK1098.1 encodes a protein, with multiple WW/rsp5/WWP domains and FF domains, required for embryonic viability and for normally high rates of postembryonic growth.
28W10G6.1W10G6.1n/achrX 16,245,293contains similarity to Babesia bovis Merozoite surface antigen-2a2.; TR:Q95UH0
29T23C6.3T23C6.3n/achrX 17,137,111
30sra-27F18C5.1n/achrII 6,569,673C. elegans SRA-27 protein; contains similarity to Pfam domain PF02117 C.elegans Sra family integral membrane protein contains similarity to Interpro domains IPR000344 (Nematode chemoreceptor, Sra), IPR000276 (GPCR, rhodopsin-like)
31F26D2.14F26D2.14n/achrV 16,436,268contains similarity to Pfam domain PF01549 ShK domain-like contains similarity to Interpro domain IPR003582 (Metridin-like ShK toxin)
32fbxa-160C08E3.12n/achrII 1,624,293C. elegans FBXA-160 protein; contains similarity to Pfam domain PF01827 FTH domain contains similarity to Interpro domain IPR002900 (Protein of unknown function DUF38, Caenorhabditis species)
33nhr-76C05G6.1n/achrIV 630,739C. elegans NHR-76 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
34tag-179T24D1.4n/achrI 9,961,143C. elegans TAG-179 protein; contains similarity to Pfam domain PF04922 DIE2/ALG10 family contains similarity to Interpro domains IPR016900 (Alpha-1, 2 glucosyltransferase Alg10), IPR007006 (DIE2/ALG10)
35clec-128W10G11.6n/achrII 3,570,162C. elegans CLEC-128 protein; contains similarity to Interpro domains IPR003566 (T-cell surface glycoprotein CD5), IPR016187 (C-type lectin fold), IPR016186 (C-type lectin-like), IPR001304 (C-type lectin)
36Y57G7A.2Y57G7A.2n/achrII 1,296,418
37C04G6.4C04G6.4n/achrII 5,082,452contains similarity to Interpro domain IPR000694 (Proline-rich region)
38F54D12.4F54D12.4n/achrII 1,368,200
39mes-2R06A4.7n/achrII 14,386,115mes-2 encodes a SET domain-containing protein that is orthologous to the Drosophila Polycomb group protein Enhancer of zeste [E(Z)]; as a member of a Polycomb-like chromatin repressive complex with MES-3 and MES-6, MES-2 is required maternally for normal germline development and during larval development, for anteroposterior patterning; during germline development, the MES-2/MES-3/MES-6 complex is believed to be essential for maintaining repression of the X chromosome, and in transgenic animals, the complex is necessary for germline repression of repetitive transgenes; in axial patterning, the MES-2/MES-3/MES-6 complex is required in somatic tissues for maintaining homeotic gene repression, acting upstream of the Hox genes lin-39, mab-5, and egl-5, as well as the egl-5 target gene lin-32; in addition, MES-2 activity is required for normal levels and localization of MES-3 in >24-cell-stage embryos; MES-2 expression is detected in the primordial germ cells and germline nuclei throughout development, in all nuclei in early embryos, and in somatic nuclei, including those of the male tail, in L2 and L3 larvae; in the nucleus, MES-2 appears to localize to chromatin.
40T20B6.2T20B6.2n/achrIII 2,895,298contains similarity to Pfam domain PF02206 Domain of unknown function contains similarity to Interpro domains IPR000694 (Proline-rich region), IPR003125 (Protein of unknown function WSN)
41K04B12.3K04B12.3n/achrII 14,444,229contains similarity to Anopheles gambiae str PEST AGAP010179-PA (Fragment).; TR:Q7Q0T1
42M01G12.6M01G12.6n/achrI 12,120,129contains similarity to Interpro domain IPR017452 (GPCR, rhodopsin-like superfamily)
43ubc-12R09B3.4n/achrI 11,911,676The ubc-12 gene encodes a ubiquitin-conjugating enzyme whose substrate is NED-8, and which is required for both embryogenesis and terminal hypodermal differentiation; ubc-12(RNAi) mutants either arrest during embryonic development or show pleotropic defects (e.g., vulval eversion during the L4 stage), as well as defective alae.
44F15E6.5F15E6.5n/achrIV 4,289,807contains similarity to Pfam domain PF07735 F-box associated contains similarity to Interpro domain IPR012885 (F-box associated type 2)
45nhr-89E03H4.13n/achrI 12,440,583C. elegans NHR-89 protein; contains similarity to Pfam domains PF00104 (Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor) , PF00105 (Zinc finger, C4 type (two domains)) contains similarity to Interpro domains IPR008946 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding), IPR001723 (Steroid hormone receptor), IPR013088 (Zinc finger, NHR/GATA-type), IPR001628 (Zinc finger, nuclear hormone receptor-type), IPR000536 (Nuclear hormone receptor, ligand-binding, core)
46R09E12.6R09E12.6n/achrV 767,566contains similarity to Pfam domain PF06869 Protein of unknown function (DUF1258) contains similarity to Interpro domain IPR009667 (Protein of unknown function DUF1258)
47C15B12.6C15B12.6n/achrX 6,498,835
48frk-1T04B2.2n/achrIV 10,044,780frk-1 encodes a non-receptor tyrosine kinase orthologous to the human proto-oncogene Fer; frk-1 is an essential gene required early for embryonic cell proliferation and later in embryonic epidermal cells for enclosure, morphogenesis and late stages of differentiation; FRK-1's role in embryonic development is independent of its kinase domain, and when expressed in cultured mammalian cells, FRK-1 disrupts cell adhesion; FRK-1 is initially expressed in all cells of the early embryo where it localizes to nuclei and points of cell-cell contact; later expression is seen in epithelial cells, body wall muscle, and the adult germline, including mature sperm; FRK-1 expression in epidermal cells requires activity of the ELT-1 GATA transcription factor, and FRK-1 localization to the plasma membrane requires PAT-3/Beta-integrin, JAC-1/p120 catenin, and HMP-2/Beta-catenin with which FRK-1 interacts in vitro.
49taf-6.1W09B6.2n/achrII 1,130,167C. elegans TAF-6.1 protein; contains similarity to Pfam domains PF07571 (Protein of unknown function (DUF1546)) , PF02969 (TATA box binding protein associated factor (TAF)) contains similarity to Interpro domains IPR009072 (Histone-fold), IPR004823 (TATA box binding protein associated factor (TAF)), IPR011442 (Protein of unknown function DUF1546)
50D1044.6D1044.6n/achrIII 5,539,373contains similarity to Drosophila melanogaster Flybase gene name is CG2839-PA;; FLYBASE:CG2839